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使用新Endercript服务器
endcript 2是一款友好的Web服务器，用于以符合方式提取和渲染对第四纪蛋白质结构信息的全面分析。这一重大升级已全面设计，以通过交互式3D可视化提高速度，准确性和USABIL。它需要对我们众所周知的序列比对渲染器Espript的新版本3进行优势，以减少计算时间来处理大量数据。从单个PDB输入或文件中，端目构图显示出与查询同源的蛋白质多种蛋白质对齐的高质量图，并根据残基保守性颜色。此外，还描述了实验二级结构元素以及一组相关的生物物理和结构数据。现在，所有这些信息和更多信息都在交互式3D Pymol表示上映射。多亏了其自适应和严格的算法，专家用户的初学者可以将设置修改为满足他们的需求。endcript也已被升级为开放平台，用于可视化来自外部Biotool Web服务器的多个生化和结构数据，并具有2D和3D表示。endcript 2和es- pript 3分别在http://endscript.ibcp.fr和http://espript.ibcp.fr上免费获得。
人类心脏发展期间的转录网络
摘要：人类心脏发育由控制动态和时间基因表达改变的转录因子（TF）网络控制。因此，为了全面地表征这些转录法规，在整个定向的心脏差异中产生了日常转录组素，从三种不同的人类诱导的多能干细胞系中，来自健康的供体（32天）。我们将基于表达的相关评分应用于TF基因的时间顺序表达式，并将它们聚集到12个顺序基因表达波中。然后，我们确定了一个超过23,000个激活和抑制链接的调节网络。在该网络中，我们观察到以前未知的推断转录激活将IRX3和IRX5 TF连接到三个主心脏TFS：GATA4，NKX2-5和TBX5。荧光素酶和共免疫沉淀分析表明，这些五个TF可以（1）激活彼此的表达； （2）物理相互作用作为多蛋白复合物； （3）共同调节SCN5A的表达，编码主要的心脏钠通道。总的来说，这些结果揭示了TF之间的数千种相互作用，从而产生了统治人类心脏发展的多种强大假设。
使用同步加速器辐射
肌动蛋白细胞骨架重塑驱动细胞运动，细胞与细胞接触以及膜和细胞器动力学。这些细胞在免疫细胞中以特别高的速度运行，因为这些细胞通过各种组织迁移，与多个细胞伴侣相互作用，摄入的微生物和分泌效应分子。由于编码近端和远端肌动蛋白调节剂的基因突变引起的罕见的先天免疫力，强调了肌动蛋白细胞骨架重塑在维持人类免疫细胞任务中的中心作用。与免疫细胞中一些基于肌动蛋白的过程的特异性一致，某些受影响的基因的表达（例如WAS，ARPC1B和HEM1）仅限于造血室。对这些自然缺陷的探索强调了一个事实，即肌动蛋白重塑的分子控制在髓样和淋巴机免疫细胞的各种子集中明显调节，并维持与大量专业任务相关的不同网络。此外，单个肌动蛋白重塑蛋白的缺陷通常与部分细胞损伤有关，突出了肌动蛋白细胞骨架重塑的可塑性。本综述涵盖了与疾病相关的肌动蛋白调节剂在促进基于肌动蛋白的免疫细胞过程中的作用。它集中于这些调节剂在各种免疫细胞亚群中的特定分子功能，并响应不同的刺激。鉴于仅最近表征了许多与免疫相关的肌动蛋白缺陷的事实，我们进一步讨论了破译基本的病情机制所面临的挑战。
校正：根据多个后...
©作者2025。Open Access本文在创意共享属性下获得许可 - 非商业 - 非洲毒素4.0国际许可证，该许可允许以任何中等或格式的任何非商业用途，共享，分发和复制，只要您与原始作者提供适当的信誉，并为您提供了符合创造性共识许可的链接，并提供了持有货物的启动材料。您没有根据本许可证的许可来共享本文或部分内容的适用材料。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问h t p p：//c r e a t i v e c o m m o ns。or g/l i c e n s e s/b y-n c-n c-n c-n d/4。0/。
使用基因组学破译候选门辐射的神秘特性和存活适应
摘要：微生物生态学是理解微生物在各种环境和健康相关过程中的组成，多样性和功能的关键领域。通过独立的方法发现候选门辐射（CPR）已引入了一种新的微生物划分，其特征在于以共生/寄生的生活方式，小细胞大小和小基因组为特征。尽管知之甚少，但CPR近年来由于它们在各种环境和临床样本中的广泛发现而引起了显着关注。与其他微生物相比，已经发现这些微生物表现出高度的遗传多样性。几项研究揭示了它们在全球生物地球化学周期中的潜在重要性及其对各种人类活动的影响。在这篇评论中，我们提供了CPR发现的系统概述。然后，我们专注于描述CPR的基因组特征如何帮助它们与不同生态壁ches中其他微生物进行互动并适应其他微生物。未来的工作应集中于发现CPR的代谢能力，并在可能的情况下隔离它们以更好地了解这些微生物。
用超短激光脉冲激发后聚碳酸酯中的解密载体动力学
暴露于超短脉冲激光器（UPL）的聚合物（UPL）经历了一系列物理和化学变化，这些变化在从材料加工到高级光子学和生物医学的应用中起着关键作用。为了阐明UPL与聚合物材料的相互作用，假设聚碳酸酯（PC）是暴露于中等能量的激光脉冲的测试材料，则研究了超快现象，例如载体动力学，重组和松弛。为介电材料开发的理论模型被扩展，以描述PC的未开发的激发和载体动力学，而femtsecond瞬时吸收光谱用于阐明材料的响应和超快动力学的演变。使用理论模型来解释实验测量结果表明，能量水平的存在促进了自我捕获的激子在传导和价带之间的自我转移的形成（低于传导带的2.4-2.8 eV）。它还可以预测电子播寿命（约110-150 fs），重组时间（约34 ps）和由于kerr效应而折射率的非线性部分（𝑛2值范围为1.1-1.5×10 -16 cm 2 /w）。此外，还强调了多光子辅助电离的主要特征，而还计算出光学崩溃阈值并发现等于2.55×10 12 W/cm 2。结果预计将支持旨在阐明强烈超短激光脉冲与聚合物材料相互作用的未来努力，这对于优化这些材料的制造过程至关重要。
破译 DNA 的序列依赖性结构和...
图 1：双链 DNA 结构和构象灵活性的参数化和描述。（A）双链 DNA 分子的结构通过刚体变换参数化，其中轴系统跨越每个碱基对步骤 (ri)。这些参数描述了将碱基对步骤的轴系统映射到相邻轴系统的旋转和平移函数。（B）标准化流模型从正态分布的潜在空间映射到描述双链 DNA 结构的参数。映射是通过多层实现的，并且是可逆的。
解密的啮齿动物行为：揭开复杂决定
推荐引用推荐引用Giri，Atanu，“解密的啮齿动物行为：通过行为神经科学中的高吞吐量数据分析来揭示复杂的决策”（2024）。开放访问论文和论文。4245。https：//scholarworks.utep.edu/open_etd/4245
通过 CRISPR/ 解读植物染色质调控...
摘要：基于 CRISPR 的表观基因组编辑使用 dCas9 作为平台，在选定的位点招募转录或染色质调节因子。尽管最近取得了进展，但这些方法在体内研究染色质功能方面的全部潜力仍然难以充分发挥。在这篇综述中，我们讨论了植物和动物的最新进展如何为研究染色质调节因子的功能提供了新途径，并解决了通常相互关联的相关调节的复杂性。虽然已经开发出有效的转录工程方法，并且可以用作改变位点染色质状态的工具，但在植物中直接操纵染色质调节因子的例子仍然很少。这些报告还揭示了表观基因组工程方法的缺陷和局限性，但它们仍然具有参考价值，因为它们通常与位点和上下文相关的特征有关，包括 DNA 可及性、初始染色质和转录状态或细胞动力学。重点介绍了不同生物体为克服甚至利用这些局限性而实施的策略，这将进一步提高我们建立染色质动力学对基因组调控的因果关系和层次结构的能力。
使用蛋白质结构预测的金属蛋白酶切割靶标的解密特征
此预印本版的版权持有人于2025年1月18日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.13.632885 doi：biorxiv Preprint