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在不同组合景观中对机器学习辅助定向进化的评估
2 加州理工学院化学与化学工程部，加利福尼亚州帕萨迪纳 91125，美国 3 加州理工学院工程与应用科学部，加利福尼亚州帕萨迪纳 91125，美国 4 现地址：默克公司，南旧金山，加利福尼亚州 94080 5 现地址：苏黎世联邦理工学院生物系统科学与工程系，Schanzenstrasse 44，4056 Basel 6 主要联系人* 通讯作者：Frances H. Arnold，frances@cheme.caltech.edu Yisong Yue，yyue@caltech.edu 摘要 各种机器学习辅助定向进化 (MLDE) 策略已被证明能比典型的湿实验室定向进化方法更有效地识别高适应度蛋白质变体。然而，对影响 MLDE 在不同蛋白质中表现的因素的了解有限，阻碍了湿实验室活动的最佳策略选择。为了解决这个问题，我们系统地分析了多种 MLDE 策略，包括使用六种不同的零样本预测因子的主动学习和集中训练，涵盖 16 种不同的蛋白质适应度景观。通过用六个属性量化景观导航能力，我们发现 MLDE 在定向进化更具挑战性的景观上提供了更大的优势，尤其是当集中训练与主动学习相结合时。尽管不同景观的优势程度各不相同，但利用不同的进化、结构和稳定性知识来源的零样本预测因子的集中训练在结合相互作用和酶活性方面始终优于随机采样。我们的研究结果为选择蛋白质工程的 MLDE 策略提供了实用指南。关键词组合诱变、定向进化、上位性、适应度预测、机器学习、蛋白质工程、零样本预测因子
各种特许学校联盟战略计划2024–2029
在2024 - 2029年战略计划中，DCSC概述了四个旨在改变组织影响的战略优先事项。首先是支持我们的会员联盟。分享有希望的高质量，有意多样化的特许学校的有希望的做法，社区得到了社区的支持，以改善多元化的学生人数的学术，社会和情感上的成功。第二个战略优先事项是提倡制定，扩展和维持高质量，有意多样化的特许学校的条件以增加他们服务的学生人数的政策，以促进有意多样化的特许学校的承诺。第三个战略优先事项是区分我们的工作。DCSC将开发高质量，有意的特许学校框架，未来的支持将与其核心组成部分保持一致，从而改善和扩大会员学校的影响。第四战略优先级是构造影响。此优先级将使组织结构，运营计划和规模决策保持一致，以反映我们的战略优先事项，并确保DCSC仍然是一个为当前和未来成员提供服务和支持的可持续组织。
通过结构多样的生物活性植物化学物质对糖尿病伤口中巨噬细胞的免疫调节
1个百夫长技术与管理大学跨学科科学系，库尔达752050，印度奥里萨邦； Krisskrishnendu@gmail.com 2 B. C. Roy专业课程博士，Bidhannagar博士，Bidhannagar，Bidhannagar，Durgapur，Durgapur 713212，印度西孟加拉邦，印度3号食品加工部，印度工程科学与技术研究院，北印度711111111111111.杜尔加普尔713212，印度西孟加拉邦5号土壤科学系，百夫长技术与管理大学，Paralakhemundi 761211，印度奥里萨邦6印度6日生理学系，Bankura基督教学院，Bankura 722101，印度西孟加拉邦； rajkumar@bankurachristiancolge.in 7纽约市技术学院，纽约市技术学院，纽约市大学（CUNY），布鲁克林，纽约州，11201，美国8美国艺术与科学学院，艺术与科学学院，阿德尔夫大学，阿德尔夫大学，纽约州加德市阿德尔夫大学，美国纽约州11530，纽约州9530，吉多利亚教育，吉多尔。美国纽约州11530，美国10号药物科学系，药学学院，德克萨斯州南部大学，德克萨斯州休斯敦，德克萨斯州77004，美国11号，美国宾夕法尼亚州匹兹堡大学手术系77004 ）; banerjeepradipto.123@gmail.com（P.B.） †这些作者为这项工作做出了同样的贡献。1个百夫长技术与管理大学跨学科科学系，库尔达752050，印度奥里萨邦； Krisskrishnendu@gmail.com 2 B. C. Roy专业课程博士，Bidhannagar博士，Bidhannagar，Bidhannagar，Durgapur，Durgapur 713212，印度西孟加拉邦，印度3号食品加工部，印度工程科学与技术研究院，北印度711111111111111.杜尔加普尔713212，印度西孟加拉邦5号土壤科学系，百夫长技术与管理大学，Paralakhemundi 761211，印度奥里萨邦6印度6日生理学系，Bankura基督教学院，Bankura 722101，印度西孟加拉邦； rajkumar@bankurachristiancolge.in 7纽约市技术学院，纽约市技术学院，纽约市大学（CUNY），布鲁克林，纽约州，11201，美国8美国艺术与科学学院，艺术与科学学院，阿德尔夫大学，阿德尔夫大学，纽约州加德市阿德尔夫大学，美国纽约州11530，纽约州9530，吉多利亚教育，吉多尔。美国纽约州11530，美国10号药物科学系，药学学院，德克萨斯州南部大学，德克萨斯州休斯敦，德克萨斯州77004，美国11号，美国宾夕法尼亚州匹兹堡大学手术系77004）; banerjeepradipto.123@gmail.com（P.B.）†这些作者为这项工作做出了同样的贡献。
益生菌在健康和疾病中的多种应用
益生菌在促进健康和福祉，涵盖肠道菌群平衡，消化健康，免疫功能，肠道障碍完整性，代谢健康和心理健康方面发挥了各种作用。具有益生菌的有益作用，个体可以改善其胃肠道健康，增强免疫功能并降低各种疾病的风险。这些益生菌与病原体竞争，并支持肠道和免疫稳态，以帮助预防和治愈胃肠道疾病，免疫疾病，糖尿病，肥胖，癌症，癌症和过敏性疾病等。益生菌富含食物和饮食中的补充剂提供了一种积极的方法来维持整体健康并优化肠道的功能。益生菌有助于维持免疫稳态并降低炎症性疾病和过敏性疾病的风险。市场上有几种益生菌菌株，并以食物，补充剂或药物的形式以健康益处的形式食用。乳酸杆菌，双歧杆菌和芽孢杆菌是常见的益生菌菌株。
在各种环境中针对慢性疾病的综合护理干预措施的扩大
慢性疾病的综合护理干预措施。我们评估了ICP实施水平，并与卫生系统特征联系起来[16]。我们证明了资源短缺，多属卫生服务格局以及（缺乏）标准化方法会影响实施。根据国家进行类似的ICP实施评估[17，18]。扩大了前面的扩展，对ICP进行扩展的卫生系统障碍和促进因子的分析是在多国案例研究中进行的[19]。我们发现，尽管屏障的相对重要性是不同的，但在三个环境中，障碍和促进者的性质相似，并且在三个环境中是一致的。结果补充了有关该主题的特定于国家的研究，我们在其他地方发表了[20-23]。我们还利用了护理级联（COC）分析，并在柬埔寨，斯洛文尼亚和比利时的高血压中绘制了COC，以考虑ICP实施[15]和卫生系统障碍的水平[19] [19]。在所有三个国家中，只有不到50％的被诊断出患有高血压的人受到了控制，但是这三个国家之间在何时何时以及有多少人在沿着护理的终止损失了多少人。先前报道了柬埔寨和比利时的COC分析 [25，26]。 从用户的角度来看，我们探索了比利时有T2DM体验医疗保健的人如何[27]。[25，26]。从用户的角度来看，我们探索了比利时有T2DM体验医疗保健的人如何[27]。这项研究表明，即使在资源良好的卫生系统中，由于专业人员与系统设计之间的不匹配以及这些人的临床和社会心理需求，最佳和连续的护理对于患者亚组的最佳和持续护理也是挑战。
Diverse viral cas genes antagonize CRISPR immunity
Prokaryotic CRISPR–Cas immunity is subverted by anti-CRISPRs (Acrs), which inhibit Cas protein activities when expressed during the phage lytic cycle or from resident prophages or plasmids 1 . Acrs often bind to specific cognate Cas proteins, and hence inhibition is typically limited to a single CRISPR–Cas subtype 2 . Furthermore, although acr genes are frequently organized together in phage- associated gene clusters 3 , how such inhibitors initially evolve has remained unclear. Here we investigated the Acr content and inhibition specificity of diverse Listeria isolates, which naturally harbour four CRISPR–Cas systems (types I-B, II-A, II-C and VI-A). We observed widespread antagonism of CRISPR, which we traced to 11 previously unknown and 4 known acr gene families encoded by endogenous mobile elements. Among these were two Acrs that possess sequence homology to type I-B Cas proteins, one of which assembles into a defective interference complex. Surprisingly, an additional type I-B Cas homologue did not affect type I immunity, but instead inhibited the RNA-targeting type VI CRISPR system by means of CRISPR RNA (crRNA) degradation. By probing viral sequence databases, we detected abundant orphan cas genes located within putative anti-defence gene clusters. Among them, we verified the activity of a particularly broad-spectrum cas3 homologue that inhibits type I-B, II-A and VI-A CRISPR immunity. Our observations provide direct evidence of Acr evolution by cas gene co-option, and new genes with potential for broad-spectrum control of genome editing technologies.
病毒学的年度审查多样化的抗疾病防御能力是预言和移动遗传因素的普遍评论
被称为噬菌体的细菌病毒依靠其宿主进行复制，因此在进化时期建立了亲密的伙伴关系。温带噬菌体的表面可以建立一种慢性感染，其中其基因组保持在被称为预言的静止状态下，与细菌宿主的存活紧密结合。因此，预言编码了一种多样化的反舞蹈防御武器库，以保护它们和它们的细菌宿主，使它们免受进一步的噬菌体感染。同样，与预言相关元件（例如噬菌体诱导的染色体岛屿）的生存和成功直接与细菌宿主的表面和成功息息相关，并且还显示它们编码了许多反舞蹈防御。在这里，我们描述了由预言和与预言有关的移动遗传元素编码的反义辩护的当前知识。
增强人类偏好的学习
设计奖励功能的复杂性一直是深入强化学习（RL）技术的广泛应用的主要障碍。描述代理商的所需行为和属性也可能很困难。一种新的范式，称为从人类优先（或基于偏好的RL）学习的强化学习已成为有前途的解决方案，其中从BE-HAVIOR轨迹之间从人类偏好标签中学到了奖励功能。但是，现有的基于首选项的RL的方法受到准确的Oracle首选项标签的限制。本文通过开发一种从各种人类偏好中学习的方法来限制这种局限性。关键思想是通过在潜在空间中的规范和纠正来稳定奖励学习。为了确保时间一致性，对奖励模型施加了强大的限制，该模型迫使其范围的空间接近非参数分配。此外，基于置信的奖励模型结合方法旨在产生更稳定和可靠的预测。对DMCON-trol和Meta-World中的各种任务进行了测试，并在从不同的反馈中学习时，对现有基于首选项的RL算法显示出一致且显着的改进，为RL方法的现实世界应用铺平了道路。
沉浸式创新：探索虚拟现实（VR）在医疗保健中的多种应用
虚拟现实（VR）在最近几十年中经历了显着的演变，从其在特定军事领域的最初应用发展，成为一种无处不在且易于访问的技术。此详尽的审查涉足医疗保健中VR的复杂领域，试图对其历史演变，理论基础和当前采用状况提供全面的了解。考试探讨了VR在增强医学生的教育经验方面的优势，特别关注技能获取和保留。在此探索中，审查剖析了VR在各种医学学科中的应用，突出了其在手术训练和解剖学/生理教育中的作用。在浏览VR的广阔景观时，该评论解决了与技术和教学法有关的挑战，提供了克服技术障碍并将VR无缝整合到医疗保健实践中的见解。此外，该评论提前着眼于未来的方向和新兴趋势，研究了技术进步和医疗保健中创新应用的潜在影响。这篇评论阐明了VR作为准备彻底改变医疗保健实践的工具的变革潜力。