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使用血淋巴和 eDNA 调查鉴定普吉特湾软壳蛤 (Mya arenararia) 中爆发的双壳类传染性肿瘤
1 太平洋西北研究所，美国华盛顿州西雅图 2 华盛顿大学，美国华盛顿州西雅图 3 西华盛顿大学香农角海洋中心，美国华盛顿州安娜科特斯 4 波特兰州立大学环境科学与管理系，美国俄勒冈州波特兰 5 科罗拉多学院，美国科罗拉多州科罗拉多斯普林斯 6 加利福尼亚大学海洋科学系，美国加利福尼亚州圣克鲁斯 7 俄勒冈大学分子生物学研究所，美国俄勒冈州尤金 8 华盛顿大学基因组科学系，美国西雅图 9 自然资源部，斯蒂拉瓜米什部落，美国华盛顿州阿灵顿 10 自然与文化资源部贝类项目，华盛顿州图拉利普部落，美国图拉利普 11 华盛顿大学华盛顿海洋酸化中心，美国华盛顿州西雅图 12 爱德华王子岛渔业、旅游、体育与文化部，加拿大爱德华王子岛 * 这些作者的贡献相同
生命之树Edna metabarcoding揭示了类似的分类学丰富性，但在海港和海洋储量之间存在不同的进化谱系
fi g u r e 7在分类级别的海港和储备社区的比较。位点得分（左）和物种得分（右）图代表了由空间坐标来调节的两个第一个DBRDA轴，测试了栖息地对jaccard/bray -curtis距离的影响，在汇集重复和组合所有MOTU（从MOTU级别到订单的重要性）；Jaccard差异指数是在MOTU级别（a）计算的，而Bray -Curtis的差异基于MOTU的丰度用于家庭（B）和订单（C）水平。显示出促成约束轴的最高10％分类单元。中，只有那些具有高于97％的分配身份的人才能保持在MOTU级别。SMM，Saintes-Maries-de-la-Mer。
黄泥龟（Kinosternon flavescens）快速 eDNA 检测方法的开发与验证：美国南德克萨斯州的一项实地研究
淡水龟种群的保护依赖于精准有效的监测技术。环境 DNA (eDNA) 分析是识别水生生态系统中隐蔽和难以捉摸的龟种的潜在方法。eDNA 分析有助于确定保护工作的重点区域并监测种群水平随时间的变化。本研究旨在评估一种快速 eDNA 检测方法对黄泥龟 (Kinosternon flavescens，一种在美国某些州濒临灭绝的指示种) 的有效性，该龟栖息于南德克萨斯州卡梅伦县的当地牛轭湖（例如 resacas）。一种针对物种的嵌套 PCR 检测旨在增强对黄泥龟种群的检测。我们从卡梅伦县的五个地点采集了水样以检测黄泥龟 eDNA。结果显示，在五个调查地点中有两个地点有黄泥龟存在。我们的研究表明，eDNA 监测对黄泥龟种群具有巨大潜力。该研究还提供了使用 eDNA 监测保护黄泥龟物种的见解，并为未来的研究和保护举措提供了建议。
从通过selivex滤波器单元（核瘤DNA/RNA水试剂盒-Macherey Nagel）过滤的水样品中提取EDNA。
-1000 µl带过滤器的1000 µl尖端-100 µl带过滤器的尖端-50毫升管：准备等分试样-5 ml管：每8个样品1个样品制备核量b -b-珠和MWA2混合物 - 2 ml管-2 ml管：1个样品以每样品 + 2转移裂解液以每样样品来制备Elyquots -1.5 ml lock local lock local lock lock locke loce loce luu dna -forse lu dna -forse lu dna -forse luer dna -frus luer dna -luer luer luer luer luer luer luer luer luer luer 96孔板，带2毫升深孔，u底（Macherey Nagel -746032.Deep）：每16个样品1-磁杆盖磁盘32（Macherey Nagel 32
应用环境DNA方法在河流中不同的水速度下，为检测simpsonaias ambigua的检测
传统的调查方法可以找到稀有和濒临灭绝的水生物种可能会很耗时，昂贵，对栖息地具有破坏性，并且受现场的身体状况的限制。通过生物体脱落到其环境中的环境DNA（EDNA）的采样可以克服这些局限性，从而最大化保护资源。但是，EDNA检测的最佳空间采样间隔是鲜为人知的。我们开发并评估了EDNA方法，以应用于Simpsonaias ambigua（Salamander Mussel），这是一种联合贻贝，在整个范围内被认为处于危险中。我们开发了一种定量的PCR分析和优化的方法来检测水样中的Ambigua Edna，并实验确定的EDNA脱落和衰减速率。我们使用这些速率填充了先前发布的EDNA传输模型，以估算距离源的最大下游距离（即，实时贻贝的位置）可以在其中检测到EDNA，这是环境相关的源EDNA浓度和水速度的函数。该模型预测，根据源EDNA浓度和水速度，最大检测距离的变化很大。在低EDNA浓度和水速度（分别为1.0拷贝/ml和0.1 m/s）下，仅在源中检测到EDNA，需要在空间密集的EDNA采样上检测到Edna。在较高的EDNA浓度和水速度（分别为5.0拷贝/ml和0.8 m/s）下，可以在下游至少检测到Edna，需要较少的密集采样。根据我们的结果，我们为开发最佳的EDNA采样设计提供了建议，以检测稀有物种或濒危物种。
Ferrante，J.A.，Neilson，M.E.，Daniel，W.M.，Freedman，J.A。和Hunter，M.E。2023。向美国提交环境DNA（EDNA）数据的指南Ferrante，J.A.，Neilson，M.E.，Daniel，W.M.，Freedman，J.A。和Hunter，M.E。2023。向美国提交环境DNA（EDNA）数据的指南
图3。（Ferrante等人2022）用于环境DNA（EDNA）数据提交并显示在美国地质调查局非土著水生物种（NAS）数据库中。粗体文本表示申请人填写的需要在线表格。虚线下方描述了合作机构的通知（申请人代表的实体允许），该通知可能发生在其管辖范围内。计划的左侧显示了未获得批准的申请的过程，而右侧显示了被批准的申请的结果。合作伙伴机构包括在检测区域具有管辖权的地方，部落，州和/或联邦机构。
用“定量聚合酶链”检测环境DNA ...
可以对环境DNA的摘要检测（英语：“环境DNA”，缩写：'edna'）可以用qPCR和DDPCR进行，其中通过在人类病理学研究中检测到病毒或细菌的DNA通过QPCR基于QPCR基于QPCR的检测而更精确。在这项研究中，目标是阐明这种提高的精度是否适用于从海洋非居民物种中检测Edna。可以得出结论，对于具有DDPCR平台的稀有海洋NIS物种，有更有可能检测到非常低水平的EDNA的机会。在DDPCR平台上测试的19个物种特异性检测系统中，有17个，如果水样中存在足够高的EDNA，则EDNA的准确检测与QPCR平台一样。对于低水平的EDNA，DDPCR平台比qPCR评估EDNA浓度的不确定性更好。与QPCR相比，由于减少了设置DDPCR的工作时间，建议使用DDPCR将来对海洋入侵物种的EDNA进行未来监测，以实现更好的精度并减少工作时间。
利用环境 DNA 了解美国新墨西哥州苦湖国家野生动物保护区内四种濒危水生物种的分布情况
摘要：环境 DNA (eDNA) 有可能在稀有和濒危水生物种调查中发挥重要作用。eDNA 采样是一种非侵入性技术，对于难以调查的小型隐蔽物种，它可能是一种比传统技术更可行、更有效且更便宜的替代方法。我们使用 eDNA 调查了美国新墨西哥州查韦斯县苦湖国家野生动物保护区的 5 种濒危春季特有物种。2018 年 7 月对泉水中的 40 个水样进行了评估，以确定其中是否存在 Gambusia nobilis、Gammarus desperatus、Juturnia kosteri、Pyrgulopsis roswellensis 和 Assiminea pecos 的残留 DNA。我们在 50% 的地点检测到了 G. nobilis 的 eDNA，在 42.5% 的地点检测到了 J. kosteri 的 eDNA，在 27.5% 的地点检测到了 P. roswellensis 的 eDNA，在 20% 的地点检测到了 G. desperatus 的 eDNA，但在任何地点均未检测到 A. pecos eDNA。我们还研究了影响这些濒危物种占用模式的栖息地条件，并制定了栖息地参数阈值，以指导保护决策。盐度和溶解氧影响 G. desperatus 、 P. roswellensis 和 J. kosteri 的样本占用率，但只有溶解氧影响 G. nobilis 的样本占用率。结果强调了使用 eDNA 监测 5 种春季特有物种中的 4 种的有效性，并深入了解了每种物种的栖息地偏好，这将有助于推动保护活动。关键词：濒危物种·eDNA·占用·湿地·软体动物·鱼类
超越双螺旋：金黄色葡萄球菌生物膜中细胞外DNA的多面景观
金黄色葡萄球菌形成的生物膜由嵌入由蛋白质，多糖，脂质和细胞外DNA（EDNA）的基质中的细胞组成。生物膜相关的感染很难治疗并可以促进抗生素耐药性，从而导致负面的医疗保健结果。edna有助于金黄色葡萄球菌的稳定性，生长和免疫渗透特性。edna是由自溶的释放的，自溶的是由murein水解酶介导的，这些水解酶通过霍林样蛋白形成的膜孔进入细胞壁。金黄色葡萄球菌的EDNA含量在单个菌株之间有所不同，并且受环境条件（包括存在抗生素的存在）影响。edna通过充当促进蛋白质细胞和细胞 - 细胞相互作用的静电网，在生物膜的发育和结构中起重要作用。由于埃德娜（Edna）在生物膜中的结构重要性及其在金黄色葡萄球菌分离株中的普遍存在，因此它是治疗剂的潜在靶标。用DNase处理生物膜可以消除或大大减少它们的大小。此外，靶向与EDNA结合并稳定的DNABII蛋白的抗体也可以分散生物膜。本综述讨论了有关Edna在金黄色葡萄球菌中的发行，结构和功能的最新文献，此外还讨论了针对Edna靶向生物膜消除的潜在途径的文献。
基于环境DNA（EDNA）的鱼类生物多样性评估尼泊尔的两条喜马拉雅河揭示了多样性差异，并突出了新物种分布记录
尽管尼泊尔已经报道了180多种淡水鱼类，但对它们的生态和分布知之甚少。需要此信息，因为它们的多样性可能会受到水力发电等发展的威胁。我们在两条主要的河流系统中进行了尼泊尔的第一个基于环境DNA（EDNA）的鱼类生物多样性评估 - 卡尔纳利河（KR），该河仍然是原始的和Trishuli River（TR），并带有许多水力发电植物。通过滤波（0.45μm孔径）在每个研究地点的不同采样点上聚集了EDNA。收集了总共224个EDNA样品（KR = 162和TR = 62），利用Illumina测序平台通过12S rRNA元标记方法从中鉴定出鱼类。alpha和beta多样性。此外，在KR站点中，FISH（n = 795）被捕获，并使用基于COI基因的DNA条形码方法来鉴定尼泊尔尼泊尔的第一个鱼DNA参考数据库。现场采样通过形态和DNA栏编码确定了21种，其中Barilius spp。和schizothorax spp。是最丰富的。从244个EDNA样品中，在TR中鉴定出24个操作分类单元（OTU），在KR中鉴定了46个单位，其中19个位点共有19个地点，27个位置在KR中是独一无二的，仅在TR中有5个。大多数鱼类是塞具糖和siluriformes的命令，带有Barilius spp。和schizothorax spp。是最丰富的。长距离迁移鱼（Tor Spp，Neolissochilus