环境 DNA (eDNA) 研究正在改变全球范围内的生物监测,但由于爬行动物的脱落率较低,其适用性受到限制。因此,eDNA 作为一种生物监测工具在澳大利亚可能有相当大的局限性,因为 40% 的陆地脊椎动物都是爬行动物。然而,有必要评估方法改进(例如针对某些底物)是否可以提高检测爬行动物 eDNA 的能力。皮尔巴拉橄榄蟒(Liasis olivaceus barroni)是一种罕见且难以捉摸的澳大利亚顶级捕食者,具有较高的保护优先权。与许多其他蛇类一样,皮尔巴拉橄榄蟒很难用传统的调查方法监测;因此,探索基于 eDNA 的方法非常重要。众所周知,蟒蛇偶尔会栖息在岩石池中。因此,开发一种可靠的基于 eDNA 的方法来检测水中的蟒蛇将提供一种急需的替代方法。在这里,我们使用之前开发的针对爬行动物的宏条形码检测方法,对从西澳大利亚皮尔巴拉地区六个广阔地点的 40 个岩石池和排水池中采集的总共 228 个水样进行测序,并确认在六个广泛采样地点中的三个地点的 12 个水池中的 37 个样本中存在皮尔巴拉橄榄蟒 eDNA。还检测到了其他脊椎动物,包括其他爬行动物、两栖动物、哺乳动物和鸟类。我们记录的从岩石池水样中检测皮尔巴拉橄榄蟒 eDNA 的能力代表着朝着基于 eDNA 的该物种精确监测迈出了重要一步。
抽象的地下栖息地代表了许多保护策略中的焦点栖息地;但是,这些环境是最难采样的。新的抽样方法,例如环境DNA(EDNA),显示出有望改善造型的检测,但采样偏差的来源却很差。因此,我们确定了使用传统的视觉调查和eDNA调查对洞穴鱼类和洞穴小龙虾的传统视觉调查和EDNA调查影响检测概率的因素,并证明了检测如何影响这些分类单元的调查工作。我们在Ozark Highlands Ecoregion上抽样了40个地点(179个视觉和183次EDNA调查)。我们使用两种调查方法在不同的环境条件下估计了洞穴鱼鱼和山洞鱼的检测概率。EDNA或视觉调查的有效性因环境条件(即水量,典型基材和水速度)和目标分类单元而异。当在平均水速度,无流量和粗底物的区域进行采样时,EDNA调查的检测概率(0.49)比视觉调查(0.35)更高(0.35)(0.35)(0.67)的检测概率(0.67)的检测概率高于EDNA调查的概率(0.40)的检测概率(0.40)。在相同的采样条件下,需要进行10项埃德纳调查,以确保洞穴
环境DNA(EDNA)定义为生物在环境中留下的遗传物质。它包括来自细胞,组织,液体和排泄物的DNA。可以在水,土壤,气溶胶和食品等各种样本类型中收集和检测到Edna。对EDNA的分析提供了一种高度敏感,快速且具有成本效益的方法,可检测物种的存在并评估野生动植物群落和生物多样性。此信息可用于告知受威胁物种TM和其他保护工具的红色红色列表,以及野生动植物和自然资源的管理。自2008年出版的第一个手稿以来,EDNA生物监测工具的迅速采用导致需要采取步骤来量化不确定性并确保应用EDNA检测方法始终如一,适当地应用。为什么这很重要?
在这项研究中的一个有趣的发现是,尽管潜水员在实验开始之前对该区域进行了三天的视觉检查,并且发现没有lion鱼,但这些背景样品证明了lion鱼实际上已经在测试开始之前(或附近)在测试区域内(或附近)。一个建议是,Lionfish正在进入夜间狩猎浅水区。该实验还证明,可以在表面和底部以相似的强度在表面和底部检测到Lionfish Edna的痕迹。由于在田间测试期间已经在水中已经在水中的lion鱼引起的,他们无法确切确定距离笼中的lion鱼埃德纳的距离。知道可以在整个水柱中以相似的强度检测到lion鱼Edna信号非常重要,因为这意味着可以在海面进行采样,从而使对潜水员的需求恢复。这也意味着可以在较短的时间内收集更多样本,从而使较大的区域巡逻lion鱼。此外,知道Edna崩溃所需的时间(48小时),检测EDNA的高灵敏度以及您在您感兴趣的目光时的电流速度,人们可以预测Edna的检测距离对于任何感兴趣的水生物种。
项目建议中所述的目标是(i)模拟自动环境DNA(EDNA)采样器/分析仪和(ii)Edna与成像数据的交叉引用。但是,在项目计划期间,这些目标经过修改以适应现场和实验室后勤的可能性。焦点是朝着比较主动和被动的EDNA采样方法的转移,以比较它们在从环境中捕获鱼DNA的有效性。通过过滤海水将短期目标确定为主动样品收集,并通过部署和检索被发行和“自制”设备的被动采样器来收集被动样本。为了比较方法,从样品中提取Edna并使用实时定量PCR(QPCR)测定法进行扩增,以验证FISH DNA的存在和数量。该项目的媒介和长期目标包括用于主动和被动EDNA采样的有效抽样方案的定义,以及提供采样方法在描述当地物种丰富度/生物多样性方面更有效的建议。这些
使用海洋环境DNA(EDNA)方法进行的越来越多的研究通过帮助和简化评估被剥削的人群和生态系统状况所需的一些劳动密集型传统调查,显示了其在海洋渔业管理中的潜在应用。Edna接近(即 metabarcoding and Targeed)可以通过提供有关物种组成的信息来支持基于生态系统的薄片管理;侵入性,稀有和/或濒危物种的监视;并提供物种丰度的估计。 由于这些潜在用途和保护科学的潜在用途,在过去几年中,在海洋栖息地中应用EDNA方法的研究数量有所扩大。 但是,在应用管道进行数据分析时,整个研究缺乏一致性,这使得结果很难比较它们。 这种缺乏一致性的部分原因是在原始序列数据的管理中知识不足以及允许比较结果的分析方法引起的。 因此,我们在这里审查EDNA数据处理和分析的基本步骤,以获得声音,可重现和可比的结果,从而提供了一组对每个步骤有用的生物信息学工具。 总的来说,本评论介绍了EDNA数据分析的艺术状态,以促进可持续性的盗版管理中的全面应用。Edna接近(即metabarcoding and Targeed)可以通过提供有关物种组成的信息来支持基于生态系统的薄片管理;侵入性,稀有和/或濒危物种的监视;并提供物种丰度的估计。由于这些潜在用途和保护科学的潜在用途,在过去几年中,在海洋栖息地中应用EDNA方法的研究数量有所扩大。但是,在应用管道进行数据分析时,整个研究缺乏一致性,这使得结果很难比较它们。这种缺乏一致性的部分原因是在原始序列数据的管理中知识不足以及允许比较结果的分析方法引起的。因此,我们在这里审查EDNA数据处理和分析的基本步骤,以获得声音,可重现和可比的结果,从而提供了一组对每个步骤有用的生物信息学工具。总的来说,本评论介绍了EDNA数据分析的艺术状态,以促进可持续性的盗版管理中的全面应用。
描述模型整合了环境 DNA (eDNA) 检测数据和传统调查数据,以联合估计物种捕获率(参见包插图:< https://ednajoint.netlify.app/ >)。模型可以与通过传统调查方法(即诱捕、电捕鱼、目测)获得的计数数据以及通过聚合酶链反应(即 PCR 或 qPCR)从多个调查地点复制的 eDNA 检测/未检测数据一起使用。估计参数包括假阳性 eDNA 检测的概率、相对于传统调查缩放 eDNA 调查灵敏度的站点级协变量以及传统渔具类型的捕获系数。模型使用“Stan”概率编程语言通过贝叶斯框架(马尔可夫链蒙特卡罗)实现。
亲爱的Heer van Beuningen,亲爱的Heer van der Steen,在这封信中,我们将向您发送对定居草案变更草案的磋商反应,而在环境计划中将Edna作为公认的措施包括在环境方案中。为此,我们与来自不同市政当局的(城市)生态学家进行了交谈,并研究了相关文件。首先,我们要强调的是,市政当局非常高兴,政府探讨了在绝缘后探索物种保护的替代物种,并调查了其可靠性。研究对Edna的附加值表示乐观,以此作为排除腔墙中蝙蝠的存在的帮助。这是SMP和NVI旁边的乐器。edna提供了在自然日历之外隔离的机会,因此对于保持能源费用负担得起和能源过渡的进度至关重要。在Spuk nip lai的情况下,市政当局获得了手段,以减轻所有者被占用的房屋中的弱势居民,并通过隔热材料进行补贴和采购措施。但是,在绝缘后的物种保护问题会导致延迟。因此,我们理解并分享了可以尽快应用Edna的愿望。我们也有许多担忧和关注点,我们很乐意与您分享。验证研究提供了注意点以提高可靠性,验证研究表明埃德娜是追踪物种的有前途的方法。根据他们的说法,如果您想整整一年的第2轮使用Edna,这是必要的。我们还提请人们注意这些研究的呼吁,以研究DNA的分解时间和可以使用Edna发现的物种。研究人员指出,尚不清楚DNA将留在居住地多长时间,而EDNA 1可以检测到多长时间。我们还在报告中阅读了进一步的研究
环境DNA(EDNA)元法编码的进步彻底改变了我们评估生物多样性的能力,尤其是对于隐性或研究较少的生物,例如真菌,细菌和微依脊椎动物。尽管具有成本效益,但由于处理和分析EDNA样品所需的大量时间和资源,对抽样站点的空间选择仍然是一个关键的挑战。这项研究引入了生物多样性数字双胞胎原型,旨在优化EDNA采样位置的选择和优先级。利用可用的EDNA数据并集成用户定义的标准,该数字双胞胎在选择未来的采样站点时有助于明智的决策。通过开发相关的数据格式工具,我们还促进了DNA元编码数据的可访问性和实用性,以进行更广泛的保护工作。该原型将根据未来样本的估计互补性提供直观的界面来提供多个最终用户,从研究人员和监视计划到商业企业。该原型提供了可扩展的生物多样性采样方法。最终,该工具旨在通过有效的EDNA采样来完善我们对全球生物多样性模式的理解,并支持针对性的保护策略。
4E电子设备和网络附件(EDNA)为成员和其他政府提供了政策指导,旨在提高连接设备及其运营的系统的能源效率。edna的重点是增加的能源消耗,该能源消耗是由设备连接到互联网的,以及设备系统的最佳操作以节省能源。