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使用限制性核酸内切酶，保护，选择和扩增来识别微生物转录因子的首选DNA结合序列
基因表达的抽象调节是细胞生物学的重要组成部分。转录因子蛋白经常结合旋转启动位点上游的调节DNA序列，以促进RNA聚合酶的激活或抑制。研究实验室已经专门用于了解转录因子的转录调节网络，因为这些受调节的基因为宿主生物的生物学提供了重要的见解。各种体内和体外测定已被开发，以阐明转录调节网络。包括SELEX-SEQ和CHIP-SEQ在内的几种测定法捕获了结合DNA结合的转录因子，以确定首选的DNA结合序列，然后可以将其映射到宿主有机体的基因组以鉴定候选调节基因。在此方案中，我们描述了一种使用限制性核酸内切酶，保护，选择和放大式（REPSA）来确定兴趣转换因子的DNA结合序列的替代性迭代选择方法。与基于传统抗体的捕获方法相反，REPSA通过用IIS型限制性核酸内切酶来挑战结合反应来选择转录因子结合的DNA序列。耐裂解的DNA物种通过PCR扩增，然后用作下一轮REPSA的输入。重复此过程，直到通过凝胶电泳观察到受保护的DNA物种，这表明成功的REPSA实验。随后的REPSA选择的DNA的高通量测序以及伴随基序发现的epsa选择的DNA，可以使用扫描分析来确定转录因子共识结合序列和潜在的调节基因，并在确定生物体的转录调节网络方面提供了关键的第一个步骤。