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ERBB2/ERBB3 的基因组和免疫景观...
图 3 - ERBB2 / ERBB3 组之间的免疫细胞组成比较。我们检测到样本中所有细胞中免疫细胞的百分比组成和所有免疫细胞中 CD8 T 细胞的百分比组成都具有全局显著性。值得注意的是，与 ERBB2 / ERBB3 WT 患者（中位数为 15%）相比，ERBB3 CN amp 患者（所有细胞中免疫细胞的中位数为 10%）的免疫细胞百分比显著降低，而 ERBB3 其他患者的免疫细胞百分比显著增加（22%）。
卫生福利部食品药物管理署精准医疗分子检测实验室列册...
ABL1 AKT1 AKT3 ALK AR AXL BRAF CCND1 CDK4 CDK6 CTNNB1 DDR2 EGFR ERBB2 ERBB2 ERBB3 ERBB3 ERG ESR1 ESR1 ETV1 ETV1 ETV4 ETV4 ETV5 ETV5 ETV5 ETV5 FGFR1 MAP2K2 MET MTOR MYC MYCN NRAS NTRK1 NTRK2 NTRK3 PDGFRA PIK3CA PPARG RAF1 RAS ROS1 SMO
Pharmacognj-13-5-1143.pdf
ERBB4（HER4）是表皮生长因子（EGF）/ERBB受体酪氨酸激酶（RTKS）1的成员，其他成员是EGFR（ERBB1/HER1），ERBB2（HER2/NEU），ERBB3（HER3）。2 ERBB2过表达发生在约20％的乳腺癌中，并且与整体生存率较差有关。3用ERBB2靶向抑制剂，曲妥珠单抗和拉帕替尼治疗在HER2阳性乳腺癌患者中可提供相当大的临床益处，但大多数由于激活CRBB2靶向ERBB2靶向的抑制剂4,5，由于激活CRBB 3，ERBBBB3上升7，ERBB3上升7，ERBBB4和ERBB4激活。 8,9 ERBB4激活在对ERBB2抑制剂产生抗性的癌细胞存活中起关键作用。 ERBB4敲低导致Akt磷酸化的降低，并激活Lapatinib-耐药细胞中的PI3K/AKT途径，从而触发凋亡。 9因此，有必要开发一种具有更好活性且作为ERBB4抑制剂更具选择性的新药。 93用ERBB2靶向抑制剂，曲妥珠单抗和拉帕替尼治疗在HER2阳性乳腺癌患者中可提供相当大的临床益处，但大多数由于激活CRBB2靶向ERBB2靶向的抑制剂4,5，由于激活CRBB 3，ERBBBB3上升7，ERBB3上升7，ERBBB4和ERBB4激活。8,9 ERBB4激活在对ERBB2抑制剂产生抗性的癌细胞存活中起关键作用。ERBB4敲低导致Akt磷酸化的降低，并激活Lapatinib-耐药细胞中的PI3K/AKT途径，从而触发凋亡。9因此，有必要开发一种具有更好活性且作为ERBB4抑制剂更具选择性的新药。9
一项探索 EGFR 在卵巢癌中的作用的计算机模拟研究
ERbB 家族受体酪氨酸激酶在多种实体瘤的形成中发挥作用，包括表皮生长因子受体 (EGFR)（也称为 HER1/ErbB1）、人 EGFR2 (HER2/neu)/ERbB2、HER3/ErbB3 和 HER4/ErbB4。7 这四种 HER 受体在癌症中都发挥着重要作用，并通过细胞增殖、存活、迁移、粘附和分化促进肿瘤形成。活化 HER 的受体后信号传导包括四种代表性途径：Ras-Raf/丝裂原活化蛋白激酶 (MAPK) 和信号转导和转录激活 (STAT) 途径、磷脂酰肌醇 3-激酶 (PI3K)/蛋白激酶 B (AKT)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白 (mTOR) 途径和磷脂酶 Cγ (PLCγ) 途径。 EGFR 以及其他 HER 家族成员的突变、基因扩增和蛋白质过度表达与致癌作用有关。EGFR 和 HER2 的过度表达和/或突变在包括卵巢癌在内的多种实体肿瘤中都很明显，并且具有治疗意义。
OncoTrack 液体
ABL1、ABL2、AKT1、ALK、APC、AR、ARAF、ARID1A、ARID1B、ATM、ATR、ATRX、BAP1、BARD1、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRIP1、C11orf65、CCND1、CDH1、CDK12、CDK4、CDKN2A、CDX2、CHEK1、CHEK2、CSF1R、CTNNB1、DDR2、EGFR、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERCC2、ESR1、EZH2、FANCL、FBXW7、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、FOXA1、FOXL2、GATA3、GNA11、GNAQ、GNAS、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、INPP4B、 JAK1、JAK2、JAK3、KDM5C、KDM6A、KEAP1、KIT、KRAS、MAP2K1、MAP2K2、MAPK1、MET（外显子 14 跳跃）突变）、MLH1、MPL、MSH2、MSH6、MTOR、MUTYH、MYC、MYCN、MYD88、NF1、NF2、NOTCH1、NPM1、NRAS、NTRK1、NTRK3、PALB2、PBRM1、PDGFRA、PIK3CA、PMS2、POLD1、POLE、PPP2R2A、PTCH1、PTEN、PTPN11、RAD51B、RAD51C、RAD51D、RAD54L、RAF1、RB1、RET、RHEB、RHOA、RIT1、ROS1、SETD2、SF3B1、 SMAD4、SMARCB1、SMO、SPOP、SRC、STK11、TERT、TP53、TSC1、TSC2、VHL
COVID-19
f i g u r e 1通过癌症类型的晚期癌症患者的比例，他们有资格获得与生物标志物相关的治疗或由生物标志物指导的临床试验。改编并从Normanno等人，2022年进行更新。9基于AACR Genie Real -World基因组数据集的内部分析，版本8版（AACR Project Genie Consortium，2017年10）。基于2015 - 2017年UK Cancer Research的癌症发病率。 由英国癌症研究和国家癌症研究所的监视，流行病学和最终结果（SEER）计划和其他来源的晚期疾病患者的比例。 基于FDA批准的批准治疗。 Clinical trial biomarkers (cancer types are excluded where drugs have already been approved): ERBB2 mutation and amplification (excluding breast, NSCLC, and stomach), KRAS G12C (excluding NSCLC), CCNE1 amplification, STK11 (NSCLC only), MET amplification, PALB2 (breast, pancreas, ovary), ARID1A, EGFR (excluding NSCLC), IHD1/2 (excluding biliary), PIK3CA (excluding breast), AKT1/2/3 (excluding breast), CDK12, ERBB3/4 amplification and mutation, FGFR1 fusion and mutation, ATM (excluding prostate), BAP1, CTNNB1, NF1/2和PTCH1。 AACR表示美国癌症研究协会；中枢神经系统，中枢神经系统；美国食品和药物管理局FDA； Genie，基因组学证据肿瘤信息交流； NSCLC，Nonsmall细胞肺癌； SCLC，小细胞肺癌。基于2015 - 2017年UK Cancer Research的癌症发病率。由英国癌症研究和国家癌症研究所的监视，流行病学和最终结果（SEER）计划和其他来源的晚期疾病患者的比例。基于FDA批准的批准治疗。Clinical trial biomarkers (cancer types are excluded where drugs have already been approved): ERBB2 mutation and amplification (excluding breast, NSCLC, and stomach), KRAS G12C (excluding NSCLC), CCNE1 amplification, STK11 (NSCLC only), MET amplification, PALB2 (breast, pancreas, ovary), ARID1A, EGFR (excluding NSCLC), IHD1/2 (excluding biliary), PIK3CA (excluding breast), AKT1/2/3 (excluding breast), CDK12, ERBB3/4 amplification and mutation, FGFR1 fusion and mutation, ATM (excluding prostate), BAP1, CTNNB1, NF1/2和PTCH1。AACR表示美国癌症研究协会；中枢神经系统，中枢神经系统；美国食品和药物管理局FDA； Genie，基因组学证据肿瘤信息交流； NSCLC，Nonsmall细胞肺癌； SCLC，小细胞肺癌。AACR表示美国癌症研究协会；中枢神经系统，中枢神经系统；美国食品和药物管理局FDA； Genie，基因组学证据肿瘤信息交流； NSCLC，Nonsmall细胞肺癌； SCLC，小细胞肺癌。
认可参数列表 Oncoscreen Jena v5.xlsx
Oncomine Comprehensive Assay v3 DNA 组：AKT1、AKT2、AKT3、ALK、AR、ARAF、ARID1A、ATM、ATR、ATRX、AXL、BAP1、BRAF、BRCA1、BRCA2、BTK、CBL、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CDK12、CDK2、CDK4、CDK6、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CHEK1、CHEK2、CREBBP、CSF1R、CTNNB1、DDR2、EGFR、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERCC2、ESR1、EZH2、FANCA、FANCD2、FANCI、FBXW7、FGF19、FGF3、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、 FOXL2、GATA2、GNA11、GNAQ、GNAS、H3-3A、HIST1H1E、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、IGF1R、JAK1、JAK2、JAK3、KDR、KIT、KNSTRN、KRAS、MAGOH、MAP2K1、MAP2K2、MAP2K4、MAPK1、MAX、MDM2、 MDM4、MED12、MET、MLH1、MRE11A、MSH2、MSH6、MTOR、MYC、MYCL、MYCN、MYD88、NBN、NF1、NF2、NFE2L2、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NRAS、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PALB2、PDGFRA、PDGFRB、PIK3CA、 PIK3CB, PIK3R1、PMS2、POLE、PPARG、PPP2R1A、PTCH1、PTEN、PTPN11、RAC1、RAD50、RAD51、RAD51B、RAD51C、RAD51D、RAF1、RB1、RET、RHEB、RHOA、RICTOR、RNF43、ROS1、SETD2、SF3B1、SLX4、SMAD4、SMARCA4、SMARCB1、SMO、SPOP、SRC、STAT3、STK11、TERT、TOP1、TP53、TSC1、TSC2、U2AF1、XPO1
利用基于 Affibody 分子的强效药物偶联物靶向过度表达人类表皮生长因子受体 3 的肿瘤细胞
摘要：越来越多的证据表明，针对人类表皮生长因子受体 3 (HER3) 的疗法可能是癌症靶向治疗的可行途径。在这里，我们研究了一种新型药物偶联物 Z HER3 -ABD-mcDM1，它由 HER3 靶向亲和体分子、与细胞毒性微管蛋白聚合抑制剂 DM1 偶联以及白蛋白结合域组成，可延长体内半衰期。Z HER3 -ABD-mcDM1 对 HER3 的细胞外结构域表现出很强的亲和力 (KD 6 nM)，对 HER3 过表达的胰腺癌细胞系 BxPC-3 表现出更强的亲和力 (KD 0.2 nM)。该药物偶联物对 BxPC-3 细胞表现出强大的细胞毒性作用，IC 50 值为 7 nM。对放射性标记版本 [ 99m Tc]Tc-Z HER3 -ABD-mcDM1 的评估显示，其内化率相对较高，8 小时后内化率为 27%。进一步的体内评估表明，它可以靶向小鼠的 BxPC-3（胰腺癌）和 DU145（前列腺癌）异种移植瘤，注射 BxPC-3 异种移植瘤后 6 小时的摄取量达到峰值 6.3 ± 0.4% IA/g。一般生物分布显示，肝脏、肺、唾液腺、胃和小肠中均有摄取，这些器官已知会自然表达鼠 ErbB3。研究结果表明，Z HER3 -ABD-mcDM1 是一种高效且选择性的药物偶联物，能够特异性靶向 HER3 过表达细胞。讨论了进一步的临床前和临床开发。
利用蛋白质家族和蛋白质网络数据来识别膀胱癌的新药物
膀胱癌仍然是最常见的癌症形式之一，但小分子的靶向疗法有限。在这里，我们提出了一个计算平台，以确定膀胱癌疗法的新潜在靶标。我们的方法最初利用了一组已知驱动基因的膀胱癌，并结合了来自突变富集的蛋白质结构域家族的预测膀胱癌基因。我们使用蛋白质网络数据丰富了这组基因，以确定一组323个推定的膀胱癌靶标。途径和癌症标志分析强调了推定的机制与先前报道的该癌症的机制一致，并揭示了高度富集潜在驱动因素的蛋白质网络模块，这可能是靶向疗法的良好靶标。21我们潜在的药物靶标由FDA批准的其他疾病的药物靶向 - 其中一些是已知的驱动因素或已经针对膀胱癌（FGFR3，ERBB3，HDAC3，HDAC3，EGFR）。通过在我们内部的CATA内域功能家族（Funfams）中遗传药物映射来确定另外4个潜在的药物靶标。我们的Funfam数据还使我们能够鉴定出不太容易发生副作用的家族的药物靶标，即在结构相似的蛋白质结构域亲属在人类蛋白网络中分散较少。我们提供有关新型潜在癌症驱动基因的信息，以及与预测和已知膀胱癌驱动因素相关的途径，网络模块和标志的信息，我们强调了我们预计可能是药物靶标的驱动因素。
解释和整合临床癌症治疗中的基因组检测结果：概述和实用指南
图 1 按照癌症类型划分的晚期癌症患者比例，这些患者可能有资格接受生物标志物相关疗法或生物标志物指导的临床试验。根据 Normanno 等人，2022 年的资料改编和更新。9 生物标志物流行率数据基于对 AACR GENIE 真实世界基因组数据集第 8 版的内部分析（AACR Project GENIE Consortium，2017 10）。癌症发病率基于 2015-2017 年英国癌症研究中心的数据。晚期疾病患者比例来自英国癌症研究中心和国家癌症研究所监测、流行病学和最终结果 (SEER) 计划以及其他来源。获批疗法基于 FDA 批准。临床试验生物标志物（已获批准药物的癌症类型除外）：ERBB2 突变和扩增（乳腺癌、NSCLC 和胃癌除外）、KRAS G12C（NSCLC 除外）、CCNE1 扩增、STK11（仅限 NSCLC）、MET 扩增、PALB2（乳腺癌、胰腺癌、卵巢癌）、ARID1A、EGFR（NSCLC 除外）、IHD1/2（胆道癌除外）、PIK3CA（乳腺癌除外）、AKT1/2/3（乳腺癌除外）、CDK12、ERBB3/4 扩增和突变、FGFR1 融合和突变、ATM（前列腺癌除外）、BAP1、CTNNB1、NF1/2 和 PTCH1。AACR 表示美国癌症研究协会；CNS，中枢神经系统；FDA，美国食品药品监督管理局；GENIE，基因组学证据肿瘤信息交换；NSCLC，非小细胞肺癌；SCLC，小细胞肺癌。