EnGen 突变检测试剂盒提供用于检测靶向基因组编辑事件的试剂。第一步,使用 Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix 扩增基因组被靶向的细胞(即 CRISPR/Cas9、TALEN、锌指核酸酶)的目标区域。变性和重新退火后,当扩增子池中存在插入和缺失 (indel) 突变时,会形成异源双链。第二步,退火的 PCR 产物用 EnGen T7 核酸内切酶 I 消化,这是一种结构特异性酶,可识别大于 1 个碱基的错配。当存在错配时,DNA 的两条链都会被切断,从而形成较小的片段。对所得片段的分析可以估计基因组编辑实验的效率。
ENGEN突变检测试剂盒提供了用于检测目标基因组编辑事件的试剂。在第一步中,使用Q5热启动High-Fidelity 2X Master Mix放大了来自基因组的靶向区域(即CRISPR/CAS9,TALES,锌指核酸酶)。在变性和重新进行重新进行后,当插入和缺失(Indels)中存在于扩增子池中时,就会形成异质化合物。在第二步中,将退火的PCR产物用Engen T7核酸内切酶I消化,这是一种特定于结构的酶,将识别大于1碱基的不匹配。存在不匹配时切割DNA的两个链,从而导致形成较小的片段。对所得片段的分析提供了基因组编辑实验效率的估计。
发病率,急性髓样白血病(AML)的分子表现和结果受到性的影响,但很少关注男性和男性患者之间与性别相关的分子和表型差异无关。虽然发病率增加和风险较差与男性表型相关,但预后的FLT3内部串联复制(FLT3-ITD)突变差,并且与NPM1和DNMT3A的共突变在女性AML中的表现过高。在这里,我们已经通过临床数据,突变程序,基因表达和离体药物敏感性来投资性别与FLT3-ITD突变状态之间的关系:BEAT AML,LAML-TCGA和两个独立的Hovon/Sakk群体,包括1755 Aml Aml患者。我们发现普遍的性别相关分子差异。flt3 -ITD,NPM1和DNMT3A突变的共发生在女性中的代表性过高,而具有FLT3 -ITD的雄性的特征是RNA剪接和表观遗传模拟器基因中的其他突变。我们观察到多种白细胞相关基因以及伴随性的离体药物反应的分歧表达,暗示了离散功能特性。重要的是,仅在女性FLT3 -ITD -ITD -Mutated AML中观察到显着的预后。因此,我们建议以性调整的方式优化FLT3-ITD突变状态作为临床工具,并假设可以通过包括性别特定的考虑因素来改善AML治疗策略的预测,预测和发展。
比较 EnGen Spy Cas9 NLS、EnGen Spy Cas9 HF1 和其他市售高保真 Cas9 变体的引导 RNA 序列与靶 DNA 序列之间的错配容忍度。允许编码与荧光标记的 dsDNA 底物单、双或三错配的几种引导 RNA 之一与五种 Cas9 变体中的每一种形成核糖核蛋白 (RNP) 复合物。包括完全匹配的引导 RNA 作为对照。将 RNP 与底物以 2:1 的比例在 37°C 下孵育 5 分钟。通过毛细管电泳测量每个 RNP 复合物的底物裂解百分比。结果绘制为热图,白色表示无裂解,蓝色强度增加表示裂解百分比增加。每行均标明引导 RNA 序列,错配以绿色表示。 DNA 原型间隔序列为 5´ – AGAACTGGCAGAGGAGGTAG – 3´,原型间隔相邻基序 (PAM) 为 5´– TGG – 3´。EnGen Spy Cas9 HF1 显示出最高的靶向切割与平均脱靶切割比率,从而表明对错配的敏感性增加。
比较 EnGen Spy Cas9 NLS、EnGen Spy Cas9 HF1 和其他市售高保真 Cas9 变体的引导 RNA 序列与靶 DNA 序列之间的错配容忍度。允许编码与荧光标记的 dsDNA 底物单、双或三错配的几种引导 RNA 之一与五种 Cas9 变体中的每一种形成核糖核蛋白 (RNP) 复合物。包括完全匹配的引导 RNA 作为对照。将 RNP 与底物以 2:1 的比例在 37°C 下孵育 5 分钟。通过毛细管电泳测量每个 RNP 复合物的底物裂解百分比。结果绘制为热图,白色表示无裂解,蓝色强度增加表示裂解百分比增加。每行均标明引导 RNA 序列,错配以绿色表示。 DNA 原型间隔序列为 5´ – AGAACTGGCAGAGGAGGTAG – 3´,原型间隔相邻基序 (PAM) 为 5´– TGG – 3´。EnGen Spy Cas9 HF1 显示出最高的靶向切割与平均脱靶切割比率,从而表明对错配的敏感性增加。
比较Engen间谍Cas9 NLS,Engen Spy Cas9 HF1的指南RNA序列和目标DNA序列之间的不匹配的耐受性,以及其他商业可用的高保真cas9变体。与荧光标记的DsDNA底物编码单个,双或三倍不匹配的几个指南RNA之一,可以与五个Cas9变体中的每一个形成核糖核蛋白(RNP)复合物。将完全匹配的导向RNA作为对照包括。将RNP与底物在37°C下以2:1的比率孵育5分钟。通过毛细管电泳测量每个RNP复合物的底物裂解百分比。的结果是作为热图的图形图形,白色代表没有裂解和蓝色强度的增加,表明裂解百分比增加。指南RNA序列在每一行中指示,并以绿色表示不匹配。DNA原始序列序列为5´ - agaactggcagagaggagggtag - 3´,而原始的邻接基序(PAM)为5´– TGG - 3´。Engen间谍Cas9 HF1通过显示出靶向裂解与平均脱靶裂解的最大比例,表现出对不匹配的敏感性提高。
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1 根据 Fabo 等人 (2021) 的研究,关于该主题的文献数量庞大,至少有 54 篇论文。有关美国背景,请参见 Engen、Laubach、Reifschneider (2015) 和 Wu 和 Xia (2016)。总体而言,平均研究估计量化宽松对产出有中等程度的积极影响,尽管存在相当大的异质性。 2 Ramey (2016) 还认为,历史案例研究提供了货币政策冲击影响的最佳证据之一。其中一项研究是 Velde (2009),它研究了 1724 年法国的一次大规模货币供应冲击。 3 例子包括 Kuttner (2001)、Cochrane 和 Piazzesi (2002)、Gürkaynak 等人 (2005)、Gertler 和 Karadi (2015)、Nakamura 和 Steinsson (2015)、Jarocinski 和 Karadi (2020) 等。
将打靶特定人源基因的 Cas9 和 sgRNA 转染到 HEK293 细胞。转染所用的质粒 DNA 上含有 表达带双端核定位序列 ( NLS )的 Cas9 及 sgRNA 的表达框,通过 TransIT-X2 (Mirus) 转染 试剂进行转染。转染所用的 Cas9 mRNA 进行了假尿苷和 5- 甲基胞嘧啶修饰且带有双端 核定位序列,使用 transIT-mRNA 转染试剂将 sgRNA 和 mRNA 共转染。 Cas9 RNPs 使用脂质 体 RNAiMAX ( Life Technologies ) 进行反向转染, RNP 的终浓度为 10 nmol 。 Cas9 蛋白上不含 核定位序列。 EnGen Cas9 含有双端核定位序列。编辑效率通过 T7E1 实验进行分析,结果 以修饰百分比进行统计。
将打靶特定人源基因的 Cas9 和 sgRNA 转染到 HEK293 细胞。转染所用的质粒 DNA 上含有 表达带双端核定位序列 ( NLS )的 Cas9 及 sgRNA 的表达框,通过 TransIT-X2 (Mirus) 转染 试剂进行转染。转染所用的 Cas9 mRNA 进行了假尿苷和 5- 甲基胞嘧啶修饰且带有双端 核定位序列,使用 transIT-mRNA 转染试剂将 sgRNA 和 mRNA 共转染。 Cas9 RNPs 使用脂质 体 RNAiMAX ( Life Technologies ) 进行反向转染, RNP 的终浓度为 10 nmol 。 Cas9 蛋白上不含 核定位序列。 EnGen Cas9 含有双端核定位序列。编辑效率通过 T7E1 实验进行分析,结果 以修饰百分比进行统计。