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通过无标记富集和重组基因工程位点 (MERGE) 实现快速、可扩展的组合基因组工程
‡ 通信地址：aashiq.kachroo@concordia.ca 关键词：基因组工程、CRISPR-Cas9、人源化酵母、蛋白酶体 缩写：CFU、菌落形成单位；DSB、双链断裂；HDR、同源定向 DNA 修复；HR、同源重组；CELECT、基于 CRISPR-Cas9 的选择以丰富基因型；MERGE、无标记富集和重组基因工程位点；SGA、合成遗传阵列
克利夫兰高中学生科学丰富与机会计划和从事科学计划的青年
欢迎参加第十八届年度科学丰富和机会（SEO）和从事科学计划的青年 - 高中学生研究和海报盖石化帽由案例西部储备大学医学院，科学，卫生和社会中心赞助。今年充满了COVID-19大流行所带来的挑战，但我们看到了科学研究对疾病的胜利，在其中，我们目睹了一个独特的创新方法随着mRNA疫苗的发展的重要性，所有这些方法都强调了我们夏季学生研究计划在促进生物疾病研究和医疗保健实践中的重要性。值得注意的是，尽管许多夏季计划由于大流行而关闭，但我们的完整计划适应了一个虚拟和面对面的，混合动力，并送给了100多名高中生和6名高中老师。SEO计划于2004年启动，专注于将Cleveland Metropolitan学区的学生与CWRU医学院的出色研究以及临床教师和员工联系起来。多年来，该计划已扩展到更广泛的包括来自俄亥俄州东北部地区的学生。在2018年，在从事科学学院的国家癌症研究所青年的支持下，该计划进一步增加了，包括对癌症研究和医疗保健感兴趣的代表性不足的少数民族学生。SEO和是的计划提供了Cleveland H.S.在专家CWRU医学院和案例全面的癌症中心教师的监督下，有独特机会从事生物医学研究的学生，指导和激励学生完成H.S.，上大学，从事生物医学科学和健康专业和健康专业的职业，并通过将学生带入启用社区的成长，并在启示中，以使其成长，以使其成长，以使其成长，并在启用了社区中，他们的启示是有好处的，并且在启用了启示的人，并启发了启动的人，并启发了人们的热情，并获得了启示的人，并获得了充满活力的人，并获得了启示的人，并将医疗保健提供系统和消除医疗保健差异。那些已经完成高中的学生目前正在上大学，大多数正在从事科学学习，有些人现在已经晋升为生物医学和医疗学校。我们非常感谢克利夫兰地区高中的敬业辅导员和领导层的帮助，这些辅导员指导了申请过程，并与承诺的CWRU教职员工合作完成了学生的选择过程。
围产期环境富集在积极参与环境之前会影响鼠新生儿的大脑结构
图1：围产期和成年人对成年期观察到的富集的影响。（a）富集环境（EE）和标准外壳（SH）的示意图。（b）论文中使用的数据集的插图。数据集N（“新生儿”）：围产期富集，在p7灌注的p7 for ex Vivo MRI。n-ee：EE出生的新生儿； N-SH：出生于Sh的新生儿。阴影是因为在此图中未使用。数据集P（“围产期”）：围产期富集到成年（6周富集），在体内MRI的p43灌注动物。p- EE：出生于EE中的动物。p-sh：出生于sh的动物。数据集A（“成年”）：标准外壳中的动物直到p53，成年期从p53到p96（富集6周）。动物在p96灌注p96的体内MRI。a-ee：成年后转移到EE的动物。A-SH：成年后住在Sh的动物。“方法”部分提供了更多详细信息。（c）将VOXEL线性模型应用于来自数据集P和A的线性共注册后计算的Jacobians（对单个大脑体积变化进行校正）（请参阅方法）（请参阅方法）。（左图）EE在成年期间的效果，无论富集的时间如何。回归者是住房状况和性别。（右图）围产期与成年的差异效应
DNA转座子通过富集转录因子结合基序
从基因组的非编码区域通过突变依次出现。除其他外，此类突变分析转录并创建一个新的开放阅读框（ORF）。尽管ORF出现的机制有充分的文献证明，但对实现新转录事件的机制知之甚少。然而，在许多物种中，已经报道了基因组所有区域的缺乏和非常突出的转录之间的连续体。在这项研究中，我们使用新组装的基因组和七个果蝇的近交系列的转录组和转录组搜索了从头转录本，该基因组和一个来自六个欧洲和一个非洲人口的近交系列。此设置使我们能够检测Sam ple特定的从头转录本，并将其与其他样品中的同源非转录区以及遗传和基因间控制序列进行比较。我们研究了与转换元件（TES）的关联，并富集了从头开始出现的转录本上游的转录因子基序，并将其与调节元素进行了比较。我们发现，从头的成绩单与TES重叠的频率比偶然性的频率更高。新转录本的出现cor与高鸟嘌呤 - 环蛋白含量和TE表达的区域有关。此外，从头转录本的上游区域高度丰富了调节基序。这种基序在与TES（尤其是DNA TES）重叠的新转录物中更丰富，并且比上游的“非转录同源物”更保守上游。总体而言，我们的研究表明，TE插入对于转录本的出现很重要，部分是通过引入DNA te家族的新调节图案。
Bravo Agilent Avida靶向富集的高吞吐量检测基因组改变和DNA甲基化
液体活检中癌组织DNA或CFDNA（无细胞DNA）的当前基因组和表观基因组分析依赖于单独的，时间和样品耗尽的技术来进行体细胞变异检测或甲基化分析。在这里，我们描述了使用Agilent Avida靶向富集溶液进行体细胞和甲基化分析的敏捷Bravo自动化液体处理平台的工作流程和性能。该溶液可以有效地分析低输入肿瘤DNA或CFDNA样品。Avida Duo工作流程可以高度敏感地检测单核苷酸变体（SNV），插入和缺失（Indel），拷贝数变化（CNV），转运（TL）和DNA甲基化谱，而没有任何样品分开。
利用 i-GONAD 进行多次连续基因组编辑和育种富集有助于生产转基因小鼠
摘要：转基因 (GM) 小鼠是生物医学研究中必不可少的工具。传统的转基因小鼠生成方法成本高昂，需要专门的人员和设备。使用成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 结合改进的输卵管核酸递送基因组编辑 (i-GONAD) 大大提高了在研究实验室中生产转基因小鼠的可行性。然而，由于 C57BL/6 (B6) 等近交系小鼠的生育能力低且胚胎脆弱，对其进行基因改造仍然具有挑战性。我们在尝试优化 i-GONAD 的同时，已在 B6 背景下成功生成了多种新型转基因小鼠品系。我们发现 i-GONAD 减少了超排卵怀孕雌性的产仔数，但不会影响怀孕率。自然交配或低激素剂量不会增加超排卵 B6 雌性中观察到的低生育率。然而，饮食丰富对怀孕成功有积极影响。我们还通过将接受 i-GONAD 治疗的怀孕 B6 雌性与同步怀孕的 FVB/NJ 伴母共同饲养来优化繁殖条件，以提高幼崽的存活率。因此，通过丰富的饮食和与生育能力强的雌性（如 FVB/NJ）共同抚养幼崽，增加了转基因小鼠的产生。在本研究中，我们使用 CRISPR/Cas 系统同时或连续靶向单个和多个基因座，产生了 16 只转基因小鼠。我们还比较了使用不同方法插入 LoxP 以产生条件性敲除小鼠的同源定向修复效率。我们发现，两步连续 LoxP 插入（其中每个 LoxP 序列在不同的 i-GONAD 程序中单独插入）是一种低风险、高效的产生 floxed 小鼠的方法。
使用 Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment 检测 FFPE 肿瘤样本中的罕见体细胞变异
将组织活检基因组分析的结果与补充液体活检数据相结合，可以全面了解肿瘤生物学。Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment 是一种多功能文库制备试剂盒，可用于从循环无细胞 DNA (cfDNA) 或从 FFPE 组织样本中提取的基因组 DNA (gDNA) 制备可用于测序的文库 (图 1)。该工作流程包括用于纠正错误和减少假阳性的唯一分子标识符 (UMI)，从而能够准确、灵敏地检测 FFPE 肿瘤样本中的低频突变。Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment 与 Illumina 和第三方富集探针或面板兼容，以支持灵活的实验设计。本应用说明展示了 Illumina Cell-Free DNA Prep with Enrichment 在生成高质量 NGS 文库和从 FFPE 样本中鉴定低频体细胞变异方面的优异性能。
通常健康的肠运动频率异常的个体显示出与肾功能降低相关的微生物衍生的血液代谢物的富集
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。它是制作
使用富集
组织活检的基因组分析结果与液体活检的互补数据的结合提供了有关肿瘤生物学的详尽信息。用富集来照亮无细胞的DNA制备是一种多功能试剂盒，可用于准备准备从循环DNA（CFDNA，无细胞DNA）和基因组DNA（GDNA，GDNA，基因组DNA）从FFPE织物中提取的书架（图1）。工作流程包括唯一的分子标识符（UMI，唯一的分子标识符），以校正误差和误报降低，从而可以准确且敏感地检测FFPE肿瘤样品中的低频突变。用ENRIGHMP照亮无细胞的DNA Prep与探针或富集面板照明和第三方，以支持灵活的实验设计。该应用程序上的注释表明，在高质量的NGS书店的一代中，没有光明细胞的DNA准备表现出色，并确定了FFPE冠军的低频体细胞变体。