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番茄果实成熟的表观遗传调控
果实作为被子植物特有的器官，为人类提供丰富的膳食纤维、维生素等营养物质，是健康膳食结构的重要组成部分（Giovannoni，2001；Chen et al.，2020）。果实成熟是果实食用品质形成的关键时期，是一个涉及果实质地变化、色素积累、香气和风味物质形成、抗性降低等性状的复杂发育过程，受诸多内外部因素的调控（Giovannoni，2004；Ji and Wang，2023）。内外部因素主要有转录因子和激素等，外外部因素主要有各种生物因素和非生物因素。根据呼吸模式的不同，果实可分为跃变型和非跃变型两类（Mcmurchie et al.，1972）。在果实成熟过程中，呼吸强度和乙烯释放量出现伴随爆发，如番茄、苹果和香蕉等，而非呼吸强度和乙烯释放量变化不显著，如草莓、葡萄、柑橘等（ Shinozaki et al.，2018 ）。乙烯生物合成的两个系统（系统I和系统II）在果实发育和成熟过程中起着至关重要的作用。未成熟的果实和植物其他器官持续产生低浓度的乙烯，即乙烯背景浓度。系统I乙烯以负反馈方式调节背景浓度的乙烯合成并参与果实发育，系统II乙烯以负反馈方式产生。
乳腺癌抗肿瘤免疫和免疫治疗反应的表观遗传调节：生物学机制和临床意义
乳腺癌 (BC) 是最常见的非皮肤癌，也是美国女性癌症死亡的第二大原因。乳腺癌的发生和发展可以通过遗传和表观遗传变化的积累来进行，这些变化使转化细胞能够逃脱正常的细胞周期检查点控制。与核苷酸突变不同，DNA 甲基化、组蛋白翻译后修饰 (PTM)、核小体重塑和非编码 RNA 等表观遗传变化通常是可逆的，因此可能对药物干预有反应。表观遗传失调是抗肿瘤免疫力受损、免疫监视逃避和免疫疗法耐药的关键机制。与黑色素瘤或肺癌等高度免疫原性的肿瘤类型相比，乳腺癌被视为免疫静止肿瘤，其肿瘤浸润淋巴细胞 (TIL) 数量相对较少、肿瘤突变负荷 (TMB) 较低，对免疫检查点抑制剂 (ICI) 的反应率适中。新兴证据表明，针对异常表观遗传修饰因子的药物可能通过几种相互关联的机制增强 BC 中的宿主抗肿瘤免疫力，例如增强肿瘤抗原呈递、激活细胞毒性 T 细胞、抑制免疫抑制细胞、增强对 ICI 的反应以及诱导免疫原性细胞死亡 (ICD)。这些发现为使用表观遗传药物与免疫疗法的组合方法作为改善 BC 患者预后的创新范例奠定了非常有希望的基础。在这篇综述中，我们总结了目前对表观遗传修饰因子如何发挥作用的理解
SMARCB1缺陷肉瘤中PGBD5依赖性DNA损伤的表观遗传靶向
*通信：Alex Kentsis，医学博士，博士，电子邮件kentsisresearchgroup@gmail.com，电话25 +1-646-88888888888888888888-2593，纽约ZRC-1863，纽约，纽约，纽约，10021 26
保守的DNA甲基转移酶：细菌表观遗传调节基本机制的窗口
越来越多的研究报告说，细菌DNA甲基化具有重要的功能，超出了其在限制性修饰系统中的作用，包括影响临床相关的表型，例如毒力，宿主定殖，孢子孢子，生物膜形成等。尽管有洞察力，但此类研究在很大程度上具有临时的性质，并且将从系统的策略中受益，从而实现微生物学界对细菌甲基瘤的联合功能表征。在这种意见中，我们建议高度保守的DNA甲基转移酶（MTases）代表了细菌表观基因组学研究的独特机会。这些MTases在细菌中很常见，跨越各种分类法，并且存在于多种人类病原体中。除了具有良好特征的核心DNA MTase，例如来自Vibrio Cholera，Salmonella Enterica，梭状芽胞杆菌艰难梭菌或化脓性链球菌的核心MTase，在许多人类病原体中也发现了多个高度保守的DNA MTase，其中包括属于Burkholderia属的人和阿科氏菌。我们讨论了为什么以及如何优先考虑这些MTase，以使社区范围内的综合方法进行功能基氏症研究。最终，我们讨论了一些高度保守的DNA MTases如何成为开发新型表观遗传抑制剂以用于生物医学应用的有希望的靶标。
1跟踪健康和衰老的表观遗传生物标志物...
性别肯定激素治疗（GAHT）是许多跨性别者的必要治疗方法，并且至关重要的是进一步改善治疗经验并减轻可能的风险。在这里，我们调查了GAHT第一年的健康和衰老的DNA甲基化（DNAM）生物标志物是否经过修饰，并且这些生物标志物是否因治疗类型而变化。队列由13名跨性别女性和13位男性组成。采样发生在基线（前GAHT），在6个月和12个月的随访中进行。我们跟踪了三个表观遗传钟（Horvath，Hannum，Phenoage），基于DNA甲基化的端粒长度（DNAMTL）和Dunedinpace的纵向动力学。在基线时，Horvath和Hannum表现出加速的表观遗传衰老，尤其是在跨性别者之间发音，而在两组中，现场和Dunedinpace的衰老均显示出较低的衰老速度。这种差异可能反映出少数族裔压力在原本健康的队列中的可能影响。尽管Gaht不影响这三个时钟，但DNAMTL和DunedInpace显示出特定的治疗模式，但在轨迹中具有显着的个体间差异。跨性别妇女增加了人民平台（估计= 0.057，p = 0.002）和轻微的DNAMTL增益（估计= 0.024，ns）；跨性别者表现出稳定的Dunedinpace（估算= -0.013，ns）的稳定下降，DNAMTL的减少（估计= -0.057，p = 0.037）。明显的异质性表示对治疗的个性化反应，并突出了将这种生物标志物纳入全面健康监测的潜在价值。我们的发现强调了对更大的长期研究的必要性，以优化性别肯定医疗保健的个性化策略。
全球变化时期作物改善的表观遗传学
1分子生命科学系，慕尼黑技术大学，Liesel-Beckmann-STR。2，85354德国弗莱明； i.kakoulidou@tum.de（i.k.）; frank@johanneslab.org（F.J.）2森林遗传学和生物技术实验室，地中海森林生态系统研究所，希腊农业组织 - 迪米特拉（Elgo-dimitra），11528年，希腊雅典，希腊； avramidou@fria.gr 3园艺学院，孟德勒姆 - 遗传学，遗传学，孟德尔大学的遗传学，valtická334，69144，捷克共和国莱德尼斯； baranek@mendelu.cz 4 Umr 950 Ecophysiologievégétale，Agronomie et Nutritions N，C，S，Unicaen，Inrae，Inrae，Normandie Université，Cedex，F-14032 Caen，法国； sophie.brunel-muguet@inrae.fr 5植物和农业科学中心，爱尔兰国立大学（NUI）Galway瑞安研究所，爱尔兰H91 TK33 Galway； sara.farrona@nuigalway.ie 6 Lichtenberg Str。2A，85748 Garching，德国7分子，细胞与系统生物学研究所，医学，兽医与生命科学学院，鲍尔大厦，格拉斯哥大学，格拉斯哥大学，格拉斯哥G12 8QQ，英国； eirini.kaiserli@glasgow.ac.uk 8植物科学研究所，农业研究组织，火山中心，里尚·莱齐恩（Rishon Lezion）7505101，以色列； Michall@volcani.agri.gov.il 9佛罗伦萨大学生物学系，意大利Sesto Fiorentino 50019； federico.martinelli@uni.it。10农业学院，诺维·萨德大学 Georgi Bonchev Str。，Bldg。 21，1113 Sofifa，保加利亚； valyavassileva@bio21.bas.bg 13 Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures，Inrae，ea1207 USC1328，Universitéd'Orléans，F-45067Orlléans，F-45067Orléans，法国电话。2A，85748 Garching，德国7分子，细胞与系统生物学研究所，医学，兽医与生命科学学院，鲍尔大厦，格拉斯哥大学，格拉斯哥大学，格拉斯哥G12 8QQ，英国； eirini.kaiserli@glasgow.ac.uk 8植物科学研究所，农业研究组织，火山中心，里尚·莱齐恩（Rishon Lezion）7505101，以色列； Michall@volcani.agri.gov.il 9佛罗伦萨大学生物学系，意大利Sesto Fiorentino 50019； federico.martinelli@uni.it。10农业学院，诺维·萨德大学Georgi Bonchev Str。，Bldg。21，1113 Sofifa，保加利亚； valyavassileva@bio21.bas.bg 13 Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures，Inrae，ea1207 USC1328，Universitéd'Orléans，F-45067Orlléans，F-45067Orléans，法国电话。21，1113 Sofifa，保加利亚； valyavassileva@bio21.bas.bg 13 Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures，Inrae，ea1207 USC1328，Universitéd'Orléans，F-45067Orlléans，F-45067Orléans，法国电话。dositeobradaviôca8，11波伦。科学，植物植物学院。： +33-28-41-70-22
脑衍生的神经营养因子（BDNF）表观基因组...
脑源性神经营养因子（BDNF）基因的表观基因组修饰已被认为是神经发育，精神病和神经学条件的发病机理的基础。 这项系统评价总结了当前研究BDNF表观基因组修饰（DNA甲基化，非编码RNA，组蛋白修饰）与脑相关表型中的证据。 新颖的贡献是我们创建了开放访问Web的应用程序BDNF DNA甲基化图，以交互可视化在所有可用数据的研究中研究的CPG站点的特定位置。 直到2021年9月27日，我们对四个数据库的文献搜索返回了1,701篇文章，其中153篇符合纳入标准。 我们的审查显示方法学方法中的异质性异质，从而阻碍了稳定和/或复制结果的清晰模式的识别。 我们总结了关键发现，并为将来的表观基因组研究提供了建议。 现有文献似乎仍处于起步阶段，需要进行额外的严格研究，以满足其与大脑相关疾病相关的BDNF连接风险的潜力，并提高了我们对其发病机理背后的分子机制的理解。脑源性神经营养因子（BDNF）基因的表观基因组修饰已被认为是神经发育，精神病和神经学条件的发病机理的基础。这项系统评价总结了当前研究BDNF表观基因组修饰（DNA甲基化，非编码RNA，组蛋白修饰）与脑相关表型中的证据。新颖的贡献是我们创建了开放访问Web的应用程序BDNF DNA甲基化图，以交互可视化在所有可用数据的研究中研究的CPG站点的特定位置。直到2021年9月27日，我们对四个数据库的文献搜索返回了1,701篇文章，其中153篇符合纳入标准。我们的审查显示方法学方法中的异质性异质，从而阻碍了稳定和/或复制结果的清晰模式的识别。我们总结了关键发现，并为将来的表观基因组研究提供了建议。现有文献似乎仍处于起步阶段，需要进行额外的严格研究，以满足其与大脑相关疾病相关的BDNF连接风险的潜力，并提高了我们对其发病机理背后的分子机制的理解。
重编程和多能性的表观遗传调节
多能干细胞（PSC）具有分化为多种细胞类型的非凡能力。这种能力受到表观遗传机制，尤其是组蛋白修饰的严格调节。此外，将体细胞或命运的细胞重编程为诱导的多能干细胞（IPSC）在很大程度上取决于这些修饰，例如组蛋白甲基化和组蛋白的乙酰化。虽然已经利用小鼠模型进行了广泛的研究，但是人IPSC中组蛋白修饰的重要性正在越来越多地识别。最近的研究强调了表观遗传调节剂在癌症干细胞（CSC）的重编程过程和调节中的重要性，这些（CSC）在肿瘤启动和治疗耐药性的发展中至关重要。本综述阐明了影响重编程的组蛋白修饰的动态变化，并强调了在激活和抑制标记之间保持平衡的必要性。这些表观遗传标记受诸如DNA甲基转移酶（DNMT）和组蛋白脱乙酰基酶（HDACS）等酶的影响。此外，本综述探讨了旨在针对这些表观遗传修饰以增强癌症治疗功效的治疗策略，同时促进对多能性和重编程的理解。尽管在创建用于调整组蛋白改良酶的抑制剂方面有希望的发展，但诸如抗选择性和抗治疗性等挑战仍在构成重大障碍。因此，未来的努力必须优先考虑生物标志物驱动的方法和基因编辑技术，以优化表观遗传疗法的功效。
基因调节和表观遗传学（I002621）
1对真核生物中复杂基因调节网络的见解。2具有有关基因调节在正常生物学1过程中的作用的知识。3有关于在1种疾病期间发生的基因调节障碍和压力反应的知识。4讨论有关表观遗传过程的科学文献。5批判性地分析了有关描述技术的道德方面。
唐氏综合症新生儿主要先天性心脏缺陷的表观基因组签名
抽象背景先天性心脏缺陷（CHD）影响了大约一半的唐氏综合症患者（DS），但是不完全渗透的分子原因是未知的。先前的研究主要集中在识别DS个体中与CHD相关的遗传危险因素，但是缺乏对表观遗传标记的贡献的全面研究。与没有CHD的DS个体相比，我们旨在识别和表征具有主要CHD的DS个体的新生的干血点（NDB）的DNA甲基化差异。方法我们使用了Illumina Epic阵列和全基因组Bisulfite测序（WGB）来定量加利福尼亚生物库计划的86个NDBS样品的DNA甲基化计划：（1）45 DS-CHD（27雌性，18个女性，18个男性）和（2）41 ds non-chd non-chd non-chd non-chd non-chd non-chd（27雌性）。我们分析了全球CPG甲基化，并在DS-CHD与DS非CHD比较（包括性别结合和性别分解）中鉴定出差异化甲基化区域（DMR），以纠正性别，血液收集年龄和细胞类型的性别。chd dmrs在CpG和基因上，染色质状态和基因组坐标的组蛋白修饰中的富集，以及通过基因映射的基因本体论富集。DMR，并将DS与典型发育（TD）WGBS NDBS样品中的甲基化水平进行比较。结果，我们发现DS-CHD雄性中的全球CpG低甲基化与DS非CHD雄性相比，这是归因于成核红细胞水平升高而在女性中看不见的。与DS非CHD个体相比，在DS-CHD的NDB中检测到DNA甲基化的性别特异性特异性。在区域级别，我们在性别组合，仅女性和仅使用男性的58、341和3938 CHD相关的DMR中，以及使用的机器学习算法，以选择19个只能将CHD与非CHD区分开的男性。dMR均富含基因外显子，CpG岛和二价染色质，并映射到与心脏和免疫功能有关的术语中富含的基因。最后，在DS与TD样品中，与背景区域相比，与背景区域相比，与背景区域相比，比背景区域的比例更高。这支持了以下假设：表观遗传学可以反映DS（特别是CHD）中表型的变化。关键词唐氏综合症，先天性心脏缺陷，新生的血液点，DNA甲基化，全基因组甲基硫酸盐测序，表观遗传学，表观基因组全基因组关联研究，差异甲基化区域，NRBC，降压>甲基化