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从液体活检中的位点特异性DNA甲基化作为药效学
Omega Therapeutics开发了一个可编程表观基因组mRNA药物的新型平台，能够修改染色质状态以在转录前的水平上特异性调节基因表达。OTX-2002是通过脂质纳米颗粒（LNP）传递的第一类mRNA治疗，是表观基因组控制剂（ECS）的临床发展。Mychelangelo I试验（NCT05497453）研究了肝细胞癌（HCC）患者对MYC对MYC的转录前抑制作用。OTX-2002编码两种蛋白质，这些蛋白质持久地通过MYC基因座的CpG DNA甲基化部分地修饰染色质。我们先前已经表明，EC定向的MYC甲基化会导致MYC表达的下调和HCC细胞活力在体外的损失和体内HCC异种移植生长的抑制。1
3D基因组和预测基因调控模型
• 转录调控由与启动子和增强子元件结合的转录因子 (TF) 协调 • 远端增强子可能距离启动子 >1Mb，通过染色质环路进行物理相互作用 • 1D 表观基因组数据（染色质可及性、组蛋白标记）映射候选增强子元件的存在但不映射它们的连接性
靶向治疗的机会
简单总结：胶质母细胞瘤干细胞是一类独特的肿瘤细胞，可促进肿瘤生长、侵袭以及对化疗和放射疗法的抵抗。这些干细胞具有自我更新和增殖的能力。针对胶质母细胞瘤的传统治疗策略往往无法根除这些干细胞，从而导致肿瘤复发。几种关键信号通路的失调导致胶质母细胞瘤干细胞具有致癌性，是极具吸引力的治疗靶点。此外，这些干细胞具有高突变率，并具有改变其基因组表达格局的表观基因组变化。在这里，我们回顾了胶质母细胞瘤干细胞的表型特征、它们与肿瘤微环境的相互作用、关键信号通路以及胶质母细胞瘤干细胞的表观基因组格局。在这些通路和突变的背景下讨论了治疗靶点。可能需要采用多管齐下的治疗方法，同时针对多种通路和分子来克服肿瘤耐药机制。
IDH wildType胶质母细胞瘤的纵向多模式分析揭示了预后不同的治疗反应的分子进化和细胞表型
抽象背景。尽管在IDH-WildType胶质母细胞瘤的生物学上取得了进步，但它仍然是一种毁灭性的疾病，中位生存期不到2年。然而，对当前护理标准治疗方案的异质反应的分子基础包括最大安全切除，辅助辐射和替莫唑胺化学疗法的分子基础仍然未知。方法。对106名患者的配对初始和复发性胶质母细胞瘤试样进行了全面的组织病理学，基因组和表观依赖氏症评估，以研究分子进化和细胞表型，这些分子进化和细胞表型。结果。虽然TERT启动子突变和CDKN2A纯合缺失是通过初始肿瘤和复发性肿瘤共享的神经胶质作用期间的早期事件，但大多数其他复发性遗传改变（例如，EGFR，PTEN，PTEN和NF1）通常是私有的，属于初始或反复发生的肿瘤，表明后期在后球后期的摄取。此外，胶质母细胞瘤表现出异质的表观基因组进化，亚群在全球性高甲基化，低甲基化或保持稳定的情况下变得越来越稳定。进行肉瘤转化的胶质母细胞瘤的复发时间较短，并且在NF1，TP53和RB1改变以及间质表观遗传学类中显着富集。在替莫唑胺治疗后出现体细胞超突变的患者与疾病复发和长时间的总生存期间的间隔明显更长，并且在MGMT启动子区域的4个特定CpG位点上增加了甲基化，这与这种超孕期的发展显着相关。最后，开发了347个关键CpG位点的DNA甲基化水平变化的表观基因组进化特征，与临床结局显着相关。结论。胶质母细胞瘤经历异质的遗传，表观遗传和细胞进化，其基础是预后不同的治疗反应。
项目摘要
项目建议表观遗传异质性是一种新型治疗抗性急性髓样白血病（AML）的新型驱动力，是一种侵略性的血液癌，总体生存率较低，复发率很高。表观遗传失调在疾病进展中起着重要作用，因为表观遗传调节剂经常因缺失而丢失并进入单倍性调节剂。此外，现已将表观遗传药物用作标准治疗[1]。最近的一项研究表明，诊断时白血病细胞池的表观遗传异质性可归因于大约40％的复发。虽然可以使用大量方法来量化表观基因组异质性，但了解特定表观遗传构型和复发之间的关系需要单细胞方法。了解表观基因组异质性以及诸如MNX1等癌基因的激活如何导致加速肿瘤发生或耐药性对于改善AML治疗至关重要。我们推测，表观遗传调节剂的单倍不足会导致表观基因组异质性的水平升高，从而导致肿瘤发生和耐药性加速。在此项目中，临床医生将在诊断和复发中介绍来自AML患者的样本，以了解导致复发的特定表观遗传构型。我们将使用各种表观遗传构型的读数，包括单细胞ATAC-SEQ，用于分析染色质的可及性和SCTAM-SEQ，用于分析DNA甲基化[4]。该项目将需要对现有的批量数据进行分析，以查明该部门已经生成的较大人群中的变量区域，然后可以在单细胞级别上以更多详细信息进行介绍。除了在DKFZ的单细胞开放式实验室中执行单细胞测定外，该项目还将有一个大的计算部分，分析生成的数据也与批量数据有关。最终，我们将探索表观遗传调节，这是AML以外的癌症抗药性的主要标志（例如肺癌，前列腺癌），为精密医学铺平了道路。
为什么生物医学科学和生物技术？
生物信息学•建立化学，生物学和遗传学技能的基础，这些技能将帮助您创建分析和解释生物学数据的工具。•了解基因组，转录组和表观基因组实验和数据集的设计和分析和解释的基本理论和技能。•学习不同的测序技术以及对用于对齐，组装和注释序列数据的算法的理解。
同时映射6mA标签，本机DNA ...
基因转录受组蛋白转化后修饰（PTM），染色质蛋白（CAPS）和DNA甲基化（DNAME）之间的复杂相互作用的调节。绘制其基因组位置并检查这些染色质元素之间的关系是一种强大的疾病机制方法，从而可以发现新型的生物标志物和治疗剂。领先的表观基因组映射技术（例如，Chip-Seq，Cut＆Run）依靠DNA碎片来隔离感兴趣的区域以在短读平台上进行测序（例如Illumina）。这种策略导致有关周围DNA的上下文信息的实质性丧失，从而排除了单个DNA分子上多个同时出现的表观基因组特征的鉴定。相比之下，长阅读测序（LRS）平台能够从单个分子（通常> 10KB）进行很长的读取，从而使单个分子上的特征之间的关系可以用于解决混合群体内的异质性。在这里，我们报告了一种强大的多摩变方法，该方法利用LRS在单个测定中同时介绍了组蛋白PTMS（或CAPS），DNAME和父母单倍型。
深入了解胃癌干细胞胃癌耐药性的分子机制
分类）] [2]或四个亚型[乳头状，管状，粘液和凝聚力不佳（WHO分类）] [3]。Based on genomic and epigenomic alterations, the most well-defined molecular-based classification systems include The Cancer Genome Atlas (TCGA) classification [EBV positive (EBV), microsatellite instable (MSI), genomically stable (GS), and chromosomal instable (CIN)] [4] and the Asian Cancer Research Group (ACRG) classification [microsatellite instable (MSI),微卫星稳定的TP53非活性（MSS/TP53无活性），MSS TP53 Active（MSS/TP53 Active）和具有上皮 - 米质转变（EMT）特征（MSS/EMT）的MSS [5]。尽管GC早期诊断领域的进展，但大多数病例仍在晚期[6]诊断出患有无法切除或转移性疾病的阶段。尽管当前的全身疗法，包括手术，化学疗法，放疗，免疫疗法和靶向治疗[表1]，用于晚期GC患者，在最近几十年中，大多数患有晚期GC的患者因肿瘤复发和转移而死亡。晚期和转移性GC的预后仍然很差，5年的存活率<10％[7]。
博士学位机会：蝴蝶迁移基因组学
授予：蝴蝶迁移的基因组和表观基因组特征（PID2023-152239NB-I00）项目概述：我们正在邀请诸如研究蝴蝶中迁移行为的基因组和表观基因组的PHD职位的应用。该项目旨在发现影响蝴蝶迁移的关键遗传特征和监管机制，以响应环境提示。重点领域包括适应迁移鸿沟，运动方向的季节性转移，感觉基因家族的演变以及对快速环境压力源的表观遗传反应。该研究将涉及实地研究，实验室行为研究以及基因组，转录组和表观基因组数据的分析。博士计划将在此框架内灵活，并根据其利益与选定的候选人一起量身定制。博士候选人将加入一个跨学科团队，并接受进化基因组学，动物行为和移民生态学的培训。地点：西班牙（www.ibb.csic.es）IBB IBB是巴塞罗那的研究中心，IBB是加泰罗尼亚的生物多样性研究中心领先的研究中心，为进化生物学，生态学和基因组学和基因组学的尖端研究提供了充满活力的学术环境。研究小组：候选人将加入昆虫迁移和系统多样性实验室（www.phylomigrationlab.com）。我们的实验室专门研究迁徙昆虫的行为，运动生态学，植物地理学和基因组进化。我们现任的团队包括三名博士生，一名实验室技术员，三名硕士学生，两个来访的学生和主要研究员（PI）。我们与乌普萨拉大学（瑞典），渥太华大学（加拿大）和爱丁堡大学（苏格兰）的同事保持着牢固的合作关系，并将鼓励研究留在国外。我们的实验室培养了我们团队和国际合作伙伴的协作和相互支持的文化。候选人要求：我们正在寻求一个对基因组学，昆虫学，生物信息学，植物地理学，进化和行为的兴趣浓厚的积极性的人。资格：•硕士学位与生物科学，生物信息学，遗传学或相关养育有关。•英语中出色的沟通技巧。•基因组数据分析，种群基因组学，进化论的经验和知识，
保守的DNA甲基转移酶：细菌表观遗传调节基本机制的窗口
越来越多的研究报告说，细菌DNA甲基化具有重要的功能，超出了其在限制性修饰系统中的作用，包括影响临床相关的表型，例如毒力，宿主定殖，孢子孢子，生物膜形成等。尽管有洞察力，但此类研究在很大程度上具有临时的性质，并且将从系统的策略中受益，从而实现微生物学界对细菌甲基瘤的联合功能表征。在这种意见中，我们建议高度保守的DNA甲基转移酶（MTases）代表了细菌表观基因组学研究的独特机会。这些MTases在细菌中很常见，跨越各种分类法，并且存在于多种人类病原体中。除了具有良好特征的核心DNA MTase，例如来自Vibrio Cholera，Salmonella Enterica，梭状芽胞杆菌艰难梭菌或化脓性链球菌的核心MTase，在许多人类病原体中也发现了多个高度保守的DNA MTase，其中包括属于Burkholderia属的人和阿科氏菌。我们讨论了为什么以及如何优先考虑这些MTase，以使社区范围内的综合方法进行功能基氏症研究。最终，我们讨论了一些高度保守的DNA MTases如何成为开发新型表观遗传抑制剂以用于生物医学应用的有希望的靶标。