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World File Search SystemEpigenomic
表观遗传药物和免疫检查点抑制剂
表观遗传机制是影响基因表达和细胞功能的过程，而无需涉及DNA序列的变化。表观遗传学调节的基因的这种异常或不稳定的表达会引发癌症和其他各种疾病。参与抗肿瘤反应的免疫细胞和肿瘤的免疫原性也可能受到表观基因组变化的影响。这对癌症免疫疗法，表观遗传疗法及其在针对癌症中的联合治疗的发展和应用具有显着意义。我们提供了最近的研究文献概述，重点介绍了免疫细胞中表观基因组的变化如何影响免疫细胞的行为和功能以及癌细胞的免疫原性。以及对关注免疫检查点分子的免疫检查点抑制剂的表观遗传药物的联合利用[例如，程序性死亡1（PD-1），细胞毒性T-淋巴细胞相关蛋白4（CTLA-4），T细胞免疫球蛋白和Mimunoglobulin and Mucunain（Tim-3），tim-3） （lag-3）]存在于与肿瘤相关的免疫细胞和基质细胞中。我们强调了针对表观遗传调节剂扩增抗肿瘤免疫反应的小分子抑制剂的潜力。此外，我们讨论了如何利用癌症表观遗传学与癌症免疫学之间的复杂关系，以创建将表观遗传疗法与免疫疗法相结合的治疗方案。
CUT&Tag 套件版本 3 用户手册版本 3.0
靶标下切割和标记 (CUT&Tag) 是一种突破性的表观基因组图谱策略，它以之前的免疫束缚技术 CUT&RUN 和 ChIC 1-6 为基础。在 CUTANA ™ CUT&Tag 中，细胞核被固定在固体支持物上，抗体原位结合其染色质靶标。蛋白 A 和 G 与原核转座酶 5 (pAG-Tn5) 的融合用于选择性切割和标记抗体结合的染色质，并带有测序接头 (图 1)。使用 EpiCypher 独有的单管 (“直接 PCR”) 方法直接对标记片段进行 PCR 扩增，得到可测序的 DNA 6,7。
体育锻炼塑造小鼠大脑表观基因组
目的：分析长期抗阻训练或耐力训练引起的野生型小鼠海马全基因组表观基因组和转录组变化。方法：我们对小鼠海马进行 4 周特定训练后进行全基因组亚硫酸盐测序 (WGBS) 和 RNA 测序 (RNA-seq)。此外，我们在干预前后使用了一种新颖的物体识别测试来确定锻炼是否导致认知功能的改善。结果：虽然本研究中发现的大多数 DNA 甲基化变化都是训练模型特有的，但大多数与低甲基化有关，并且在相似的组蛋白标记、染色质状态和转录因子结合位点中富集。值得强调的是，Tet1 结合位点 DNA 甲基化的缺失与基因表达变化之间存在显著关联，表明这些表观基因组变化在转录调控中的重要性。然而，耐力和阻力训练激活不同的基因通路，耐力训练激活的基因通路与神经可塑性有关，阻力训练激活的基因通路与干扰素反应通路有关，这似乎也与学习和记忆功能的改善有关。结论：我们的研究结果有助于理解不同运动模式对大脑健康产生有益影响的分子机制，并为未来的研究提供新的潜在治疗靶点。2021 作者。由 Elsevier GmbH 出版。这是一篇根据 CC BY 许可开放获取的文章（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
奥斯曼贝尤鲁实验室
• 原发性人类浸润性小叶和导管乳腺癌的染色质可及性景观和活性转录因子 (Lee, Osmanbeyoglu, Breast Cancer Research, 2022) • 综合多组学分析以了解雌激素受体 (ER) 介导的转录 (Osmanbeyoglu et al., BMC Genomics, 2012; Osmanbeyoglu et al., NAR, 2013; Watters et al., Mol. Cell. Endocrinol, 2017) • 综合多组学分析以表征 ER+乳腺癌模型对 PI3K 信号抑制剂的反应的表观基因组学和转录组学景观 (Toska, Osmanbeyoglu et al., Science, 2017)
Novo-Nordisk-Enters-Into-into-into-collagorations-与...
- Novo Nordisk，Omega Therapeutics，Inc。（NASDAQ：OMGA）（“ Omega”），Cellarity Inc.今天宣布Novo Nordisk已与每个公司进行了单独的研究合作。Omega合作将利用其专有平台技术来开发旨在增强代谢活动的表观基因组控制器，这是肥胖管理的潜在新治疗方法的一部分。地窖合作旨在揭开MASH的新生物学驱动因素，并将利用Cellarity的平台开发针对该疾病的小分子疗法。这是旗舰开拓与Novo Nordisk之间的框架合作下签署的前两个计划，以利用旗舰的生物封装公司开发用于心脏代谢疾病的新型治疗方法。“这是我们与旗舰开创性合作的重要时刻。，我们期待在未来几年中以欧米茄和地窖的方式推进这些研究计划，因为我们探索大胆的新待遇策略，有可能对肥胖或泥土的人们产生重大影响。” Novo Novo Nordisk。“ Novo Nordisk致力于为患有心脏代谢性疾病的人提供新的治疗选择。为此，我们必须通过外部创新来补充我们的内部研究，并与提出尖端技术的合作伙伴合作。两家公司都提供了差异化和新颖的方法，包括Omega在受控表观基因组调制方面的专业知识以及Cellarity在将人类数据和人工智能应用于新药物开发中的深刻见解。”
药物反应和毒性宿主决定因素的研究指南
个性化癌症治疗方法的潜力需要对决定反应的宿主和肿瘤因素有全面的了解。肿瘤学经常研究药物反应和毒性的宿主决定因素。越来越多的研究强调了宿主变异在确定药物疗效和毒性方面的重要性。本文档中包含的信息旨在提供与潜在宿主生物标志物有关的基本信息，这些信息可以在临床研究中探讨。对药物基因组，表观基因组，代谢组和宏基因组分析提供了表型数据，样本收集和处理以及估计成本的概述。还提供了合并主机决定符研究的协议的模型语言。研究的相关研究的特定输入可从Deanna Kroetz（deanna.kroetz@ucsf.edu）获得。
精神分裂症的起源：起源故事
精神分裂症通常被称为神经发育障碍，但是大脑发育在成年早期通常被诊断出的疾病中的作用是神秘的。作者通过来自人类后术后脑研究的最新精神分裂症临床遗传关联研究，转录组和表观基因组分析的精神分裂症的洞察力来重新审视精神分裂症的神经发育模型，并分析了从细胞模型中分析的，这些模型可屈服于神经发育。对精神分裂症遗传风险的新见解继续融合到大脑发育，尤其是早期脑部的阶段，这些阶段可能会受到偏离典型的规范性过程，从而导致精神分裂症临床Symp tomatotology。作为作者的说明，精神分裂症的遗传风险可能是动态的，并且背景是
epiagent：单细胞表观基因组学的基础模型
10摘要11个大型基础模型最近为生命科学开辟了新的人工通用情报12的途径，在分析单细胞转录组数据的分析中表现出了巨大的希望。13 Nevertheless, such challenges as the tremendous number of signaling regions, extreme data sparsity, 14 and the nearly binary nature of single-cell epigenomic data have prevented the construction of a 15 foundation model for epigenomics thus far, though it is evident that abundant epigenomic properties 16 such as chromatin accessibility provide more decisive insights into cell states than transcriptomics, 17 shaping the chromatin regulatory以不同的细胞类型控制转录的景观。在这里，我们介绍了Epiagent，这是第一个单细胞染色质可访问性数据的基础模型，在手动策划的大规模的人 - 示威 - corpus上预定了19个，该模型由20个大约500万个细胞和350亿个标记组成。epiagent编码染色质可访问性21个细胞模式作为简洁的“细胞句子”，并采用双向注意机制来捕获22个捕获调节网络背后的细胞异质性。具有全面的基准测试，我们23证明，Epiagent在典型的下游任务中出色，包括无监督功能24提取，有监督的细胞类型注释和数据插补。通过掺入外部25个嵌入，Epiagent促进了对样本外26的细胞反应的预测，并刺激了看不见的遗传扰动，以及参考数据整合和查询数据27映射。通过模拟关键顺式调节元件的敲除，Epiagent可以实现silico 28治疗癌症分析。我们进一步扩展了Epiagent的零射击功能，允许在新测序数据集上进行29个直接细胞类型注释，而无需进行其他培训。30 31引言32基因表达如何受到候选顺式调节33个元素（CCR）之间的复杂相互作用的控制，长期以来一直是基因组学领域的基本问题。的确，34这些元素不仅取决于其DNA序列，还取决于驱动与基因调节1,2相关的细胞异质性的表观遗传修饰35。在这些见解上，使用测序（SCATAC-SEQ）的单细胞36分析可用于转座酶可访问的染色质（SCATAC-SEQ）为揭示单个细胞的这些调节性景观3提供了前所未有的37个机会3，实现了38个细胞异质性4，组织发育4，组织的疾病机构5和疾病机制6。随着测序39技术的进步，已经构建了众多涵盖胎儿发育7，成人组织8、40脑组织9和神经发育10的大型细胞图谱，并提供了前所未有的资源41，可在多元化的生理条件下揭露调节模式。但是，大量的42个CCR，极端的稀疏性及其几乎二元性质对Scatac- 43
【转化性研究领域资助（B）】 ...
●概要 自DNA结构被阐明以来，经过约70年的研究，人们已经揭示了DNA复制、分离和遗传的机制。此外，人类基因组计划已经解码了整个人类基因组序列。此外，随着基因组编辑工具包的建立，操纵基因组已成为可能。然而，DNA序列并不是唯一可遗传的信息。真核基因组DNA缠绕组蛋白形成核小体阵列，每个核小体都带有不同的化学修饰。这种模式及其在DNA上的位置（表观基因组）决定了基因组DNA的三维结构，从而调节基因表达。表观基因组信息必须在细胞分裂时得到适当遗传，以维持细胞功能的正常维持。
使用多维类器官模拟结直肠癌
与大多数癌症一样，CRC 由一组分子异质性亚型组成，每种亚型都具有一系列基因组和表观基因组改变以及不同的肿瘤驱动因素。这种异质性使得标准的“一刀切”式 CRC 治疗方法无效。另一个重大挑战是，某些 CRC（例如 EOCRC）的致病机制仍然不太清楚，对其分子特征的了解仍然很少。如果没有这样的见解，相关临床前模型的开发也将无法实现。因此，使用生理相关的人类临床前模型系统进行全面研究以描述疾病发病机制的潜在分子基础的需求既迫切又尚未得到满足。这样的研究不仅可以揭示疾病机制，还可以确保发现的转化潜力仍然很高。