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神经内分泌前列腺癌的治疗考虑
谱系可塑性和向小细胞神经内分泌前列腺癌 (NEPC) 的组织学转化是晚期前列腺癌治疗耐药的一种日益被认可的机制。这与侵袭性临床特征和不良预后有关。最近的研究已经确定了将 NEPC 与前列腺腺癌区分开来的基因组、表观基因组和转录组变化，并指出了新的机制和治疗靶点。治疗相关的 NEPC 在疾病进展过程中从前列腺腺癌克隆产生，保留早期基因组事件并获得导致肿瘤增殖而不依赖于雄激素受体活性的新分子特征，并最终显示出从腔内前列腺癌表型向小细胞神经内分泌癌的谱系转换。确定最容易受到谱系可塑性影响的前列腺肿瘤亚群并制定针对 NEPC 患者的早期检测和干预策略最终可能会改善预后。专注于谱系可塑性过程和/或 NEPC 药物靶向的临床试验将需要仔细选择患者。在这里，我们回顾新兴目标并讨论可能对未来临床研究设计有帮助的生物标志物考虑因素。
表观基因组指导作物改良
表观基因组学涵盖了广泛的研究领域，包括研究染色质状态、染色质修饰及其对基因调控的影响；以及表观遗传现象。表观基因组是叠加在 DNA 序列上的多模式信息层，指导它们在基因表达中的使用。因此，它已成为提高作物性能的一个新兴焦点。广义上讲，这可以分为利用染色质信息更好地注释和解码植物基因组的途径，以及旨在识别和选择控制作物性状的可遗传表观等位基因的互补策略，这些基因型与潜在基因型无关。在这篇综述中，我们重点关注第一种方法，我们称之为“表观基因组引导”改良。这包括使用染色质谱来增强我们对复杂作物基因组的组成和结构的理解。我们讨论了将这些表观基因组信息整合到作物改良策略中的当前进展和未来前景；特别是 CRISPR/Cas9 基因编辑和精准基因组工程。我们还重点介绍了谷物和园艺作物面临的一些具体机遇和挑战。
cbd/dsi/ahteg/2020/1/3
CBD/DSI/AHTEG/2020/1/3 第 2 页 7. “数字序列信息”（DSI）被广泛认为是一个占位符，迄今为止尚未就其替代词或精确定义达成共识。本研究首先力求通过解释可理解为构成 DSI 的各种信息类型并提供此类信息生成和使用方式的背景，确保有足够的技术基础来考虑 DSI 的概念。图 1 显示了来自遗传资源的信息流，这是读者了解本研究技术基础的重要参考。它以“分子生物学的中心法则”（即 DNA 转录为 RNA，进而翻译成蛋白质的过程）为基础，解释了遗传资源的 DNA（无论是从天然来源获得还是人工开发）如何用于生物学。DNA、RNA、蛋白质和代谢物在我们理解为生命的生物体内执行任务和过程。该图还描述了可能与遗传资源及其衍生物相关的不同类型的数据，包括基因组、转录组、代谢组、表观基因组数据和元数据。
牛的牛外胚层细胞
了解软细胞发育的机制及其在35植入中的作用对于改善农场动物繁殖至关重要，但由于缺乏36个研究模型而受到阻碍。在这里我们报告说，化学鸡尾酒（FGF4，BMP4，IL-6，XAV939和37 A83-01）可实现从头推导和牛的长期培养，并具有长期的牛外胚膜内胚层38细胞（BXENS）。转录组和表观基因组分析证实了BXENS的身份，39表明它们是早期牛植入植入术胚胎的低成质细胞谱系。40我们表明，Bxens有助于维持牛ESC的干性，并防止它们从41个分化中。在存在信号鸡尾酒的存在下，在发育中的植入前胚胎中也促进了培养细胞的生长和42个e培培养。43此外，通过牛Esc和TSC的Bxens的3D组装，我们开发了一个44个改进的牛胚泡结构（牛胚泡），类似于胚泡。这项研究中建立的45个牛Xens和类囊体代表了可访问的体外模型，可用于46了解牲畜物种中的低纤维细胞发育并提高生殖效率。47
肝癌个性化医学液体活检的基因组景观
摘要。肝细胞癌（HCC）是全球第六位最常见的癌症，也是与癌症相关的死亡的第三大主要原因。高级HCC患者的存活率较差，这需要发现新型的清晰生物标志物用于HCC早期诊断和预后，鉴定危险因素，将HCC与非HCC肝病区分开，并评估治疗反应。液体活检已成为一种新型的微创方法，可以监测肿瘤进展，转移和复发。由于液体活检分析在癌症早期检测中具有相对较高的特异性和低灵敏度，因此存在偏见的风险。下一代测序（NGS）技术提供了包括无细胞循环肿瘤DNA（CTDNA），循环肿瘤细胞（CTC）（CTC）的准确，全面的基因表达和突变分析，以及包括微小圆锥体（EVS）的基因组成分（Miro-Rncrn和MirnaS），长-COD和长-COD（lnnaS），长-COD），长-COD（EVS），长-COD（EVS）。 RNA（circrnas）。由于HCC是一种高度异质性癌症，因此HCC患者可以显示各种基因组，表观基因组和转录组模式，并且对治疗方案的敏感性有所不同。标识
利用长读长的优势进行靶向测序
长读测序技术通过生成足够长的读长来跨越和解析基因组的复杂或重复区域，提高了基因组组装的连续性，从而提高了质量。一些研究小组已经展示了长读长在检测数千个基因组和表观基因组特征方面的强大功能，而这些特征以前被短读长测序方法遗漏了。虽然这些研究表明了长读长如何帮助解析基因组的重复和复杂区域，但它们也强调了使用这些平台准确解析大量群体中的变异等位基因所需的通量和覆盖率要求。在撰写本文时，在最高通量短读长仪器上，全基因组长读长测序比短读长测序更昂贵；因此，实现足够的覆盖率以检测异质样本中的低频变异（如体细胞变异）仍然具有挑战性。另一方面，靶向测序提供了在异质群体中检测这些低频变异所需的深度。在这里，我们回顾了当前使用和最近开发的靶向测序策略，这些策略利用现有的长读技术来提高我们在各种生物背景下观察核酸的分辨率。
跨学科研究：研究人员职业跨学科研究的动机和挑战
转座元素（TES）是寄生虫DNA序列，能够沿所有基因组的染色体移动和繁殖。可以通过靶向沉默表观遗传标记来控制它们，这可能会影响包括基因在内的相邻序列的Chro Matin结构。在这项研究中，我们使用了来自几个果蝇Melanogaster的卵巢样品和果蝇Simulans野生型菌株产生的转录组和表观基因组高吞吐量数据，以精细量化Te插入对基因RNA水平和组蛋白标记的影响（H3K9ME3和H3K9ME3和H3K4ME3）。我们的结果揭示了与梅拉·诺加斯特（D. Mela Nogaster）相比，TES对D. simulans中直源基因的表观遗传作用更强。同时，我们发现了D. mel Anogaster基因组中TE对基因H3K9me3的差异的较大贡献，这证明了Te数字周围的Te数与D. melanogaster中这种染色质标记的水平的更强相关性。总体而言，这项工作有助于理解TE在基因组中的物种特异性影响。它为TE提供的可观自然变异性提供了新的启示，这可能与适应性和进化潜力的对比有关。
生物信息学研究奖学金（表观遗传学）
与宾夕法尼亚大学（UPENN）合作，库祖佐祖卫生科学大学（Kuhes）实施的ADARD项目旨在研究马拉维加速衰老的模式和多因素危险因素。该项目的广泛目标是确定生命过程逆境，健康行为和遗传倾向的影响，以加速表观遗传衰老和ADRD风险。该项目将重点介绍两个具体的目的：1）评估现有和新颖的表观遗传生物标志物的衰老，并测试其与生活过程逆境，健康行为以及潜在的遗传易感性的关系，以及2）测试（EPI）基因组和行为因素在许可环境中有助于（EPI）基因组和行为因素在多大程度上导致认知性下降和ADR的风险。该项目嵌套在马拉维家庭和健康（MLSFH）项目的纵向研究中，该项目一直在2018年以来一直关注来自巴拉卡，姆奇尼和朗菲的定义家庭的基于人群的人群，从家庭成员那里收集社会人口统计学，健康状况和上下文数据。从2024年到2028年，MLSFH的现有生活课程的社会和上下文数据将得到基因组和表观基因组数据以及对衰老和认知状况的纵向评估的补充。
精油作为保存水口考古木材的替代杀菌剂
1生物，农业和林业系统创新部（DIBAF），托斯西亚大学，意大利Viterbo 01100； mroma@unitus.it 2生物学实验室，伊斯蒂托托中央餐厅（ICR），文化遗产和活动与旅游部（Mibact），意大利罗马00153； marco.bartolini@beniculturali.it（m.b。）; giulia.galotta@beniculturali.it（G.G.）; sandra.ricci@beniculturali.it（s.r。）3肝细胞癌的表观遗传学和表观基因组学，U1052，里昂癌症研究中心（CRCL），69424 Lyon Cedex 03，法国； Marie-laure.plissonnier@inserm.fr 4蜂窝，计算和综合生物学系，Trento大学，意大利特伦托38123； alfonso.esposito@unitn.it（A.E。）; silvano.piazza@icgeb.org（s.p。）5个水下考古行动部门，伊斯蒂托图中央餐厅（ICR），文化遗产和活动与旅游部（Mibact），意大利罗马00153； barbara.davidde@beniculturali.it 6恢复有机发掘材料，ISTITUTO CENTRALE每IL餐厅（ICR），文化遗产和活动和旅游部（MIBACT），意大利00153，意大利00153； cristianpedone95@hotmail.com（C.P.）; antonella.digiovanni@beniculturali.it（a.d.g。）7计算生物学，国际基因工程与生物技术中心，意大利三角，34149 *通信：fedantonelli@gmail.com（F.A.）; francesca.guerrieri@inserm.fr（F.G.）†作者同等贡献。
果蝇中的定量，全基因组分析揭示了转座元素对基因表达的影响是物种特异性
转座元素（TES）是寄生虫DNA序列，能够沿所有基因组的染色体移动和繁殖。可以通过靶向沉默表观遗传标记来控制它们，这可能会影响包括基因在内的相邻序列的Chro Matin结构。在这项研究中，我们使用了来自几个果蝇Melanogaster的卵巢样品和果蝇Simulans野生型菌株产生的转录组和表观基因组高吞吐量数据，以精细量化Te插入对基因RNA水平和组蛋白标记的影响（H3K9ME3和H3K9ME3和H3K4ME3）。我们的结果揭示了与梅拉·诺加斯特（D. Mela Nogaster）相比，TES对D. simulans中直源基因的表观遗传作用更强。同时，我们发现了D. mel Anogaster基因组中TE对基因H3K9me3的差异的较大贡献，这证明了Te数字周围的Te数与D. melanogaster中这种染色质标记的水平的更强相关性。总体而言，这项工作有助于理解TE在基因组中的物种特异性影响。它为TE提供的可观自然变异性提供了新的启示，这可能与适应性和进化潜力的对比有关。