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World File Search SystemEpigenomics
染色质表观基因组学中的大挑战
我们对组蛋白修饰的调节和功能的理解自1960年代中期首次报道以来已经有了很长的路要走。也是如此，我们对DNA甲基化，组蛋白变体，核小体位置和排列的重要性以及逐渐影响DNA检测过程发生的高阶结构的重要性。最近的进步甚至允许从端粒到端粒的单个染色体的第一个完整的测序和表观基因组学纤维，包括以前对分析难治性的高度重复性区域。染色质组织在基因转录，DNA复制，重组和修复方面的调节能力是无可争议的。仍然，一个持续的挑战是了解影响细胞和组织（无处不在）过程以及每种变化如何影响他人的全部变化（所有事物）。
MCB4324计算基因组学和表观基因组学
Meixia Zhao博士1006，微生物学和细胞科学电话：352-273-3715电子邮件：meixiazhao@ufl.edu办公室时间：星期一和星期三5:00 pm-6：00 pm或通过通过canvas下的Zoom Conferences进行预约。课程描述基因组学和表观基因组学利用高通量测序技术来理解生物学问题。本课程的主要目标是在（EPI）基因组学中介绍历史，理论，最新进步和计算方法，以进行大规模的基因组分析。课程主题包括序列比对，基因组组装和注释，变体鉴定，转录组学，小RNA，DNA甲基化，组蛋白修饰，开放染色质区域和3D染色质相互作用。课程成功完成本课程后，学生应该能够：•使用UNIX中的基本命令技能。•掌握了基因组学和表观基因组学的基本概念和方法。•识别并区分不同计算方法和方法的优点和缺点。•在分析不同类型的高通量基因组数据中采用并比较计算方法和方法。•解释由不同的计算方法和方法生成的数据。课程网站登录通过CANVAS https://elearning.ufl.edu/课程pre-Requousides：BSC 2891或STA 2023或MCB 3020或MCB 3023或PCB 3023或PCB 3063或BSC 4434C或MCB 4325C或MCB 4325C或允许的教师的许可。我们将使用的许多计算工具都安装在嘻哈超级计算机上。每个学生都将在史型活动unix服务器上提供用户帐户。需要访问课程UNIX服务器以完成实验室练习和作业。重要日期•期中考试：22-26，2025。•期末考试：4月26日至2025年。不需要教科书信息教科书。在每个班级之前，PDF和其他相关文档将在线策划和可访问。此外，还将提供补充讲义供您审查。
整合基因组学，表观基因组学和传统智慧
在个性化医学的不断发展的景观中，将阿育吠陀原理与现代基因组科学融为一体为医疗保健带来了变革性的机会。本文探讨了普拉克里蒂（Prakriti）的概念，即阿育吠陀（Ayurveda）定义的个体的独特构成及其与遗传特征的潜在相关性。通过将阿育吠陀见解与基因组和表观基因组研究合并，我们提出了一个个性化医疗保健框架，以考虑遗传倾向和生活方式因素。该研究概述了实际方法，包括使用单核苷酸多态性（SNP）分析来识别与特定prakriti类型相关的遗传变异，以及表观遗传学在理解生活方式选择如何影响基因表达中的作用。此外，我们讨论了全基因组关联研究（GWAS）的实施，以识别可以增强针对个人需求量身定制的疾病预防和治疗策略的生物标志物。通过促进阿育吠陀从业者与基因组研究人员之间的合作，我们旨在促进对健康的整体理解，使古老的智慧与当代科学联系起来。最终，这种整合不仅丰富了个性化的医疗保健，而且为尊重遗传多样性和传统知识的创新治疗解决方案铺平了道路。
epiagent：单细胞表观基因组学的基础模型
10摘要11个大型基础模型最近为生命科学开辟了新的人工通用情报12的途径，在分析单细胞转录组数据的分析中表现出了巨大的希望。13 Nevertheless, such challenges as the tremendous number of signaling regions, extreme data sparsity, 14 and the nearly binary nature of single-cell epigenomic data have prevented the construction of a 15 foundation model for epigenomics thus far, though it is evident that abundant epigenomic properties 16 such as chromatin accessibility provide more decisive insights into cell states than transcriptomics, 17 shaping the chromatin regulatory以不同的细胞类型控制转录的景观。在这里，我们介绍了Epiagent，这是第一个单细胞染色质可访问性数据的基础模型，在手动策划的大规模的人 - 示威 - corpus上预定了19个，该模型由20个大约500万个细胞和350亿个标记组成。epiagent编码染色质可访问性21个细胞模式作为简洁的“细胞句子”，并采用双向注意机制来捕获22个捕获调节网络背后的细胞异质性。具有全面的基准测试，我们23证明，Epiagent在典型的下游任务中出色，包括无监督功能24提取，有监督的细胞类型注释和数据插补。通过掺入外部25个嵌入，Epiagent促进了对样本外26的细胞反应的预测，并刺激了看不见的遗传扰动，以及参考数据整合和查询数据27映射。通过模拟关键顺式调节元件的敲除，Epiagent可以实现silico 28治疗癌症分析。我们进一步扩展了Epiagent的零射击功能，允许在新测序数据集上进行29个直接细胞类型注释，而无需进行其他培训。30 31引言32基因表达如何受到候选顺式调节33个元素（CCR）之间的复杂相互作用的控制，长期以来一直是基因组学领域的基本问题。的确，34这些元素不仅取决于其DNA序列，还取决于驱动与基因调节1,2相关的细胞异质性的表观遗传修饰35。在这些见解上，使用测序（SCATAC-SEQ）的单细胞36分析可用于转座酶可访问的染色质（SCATAC-SEQ）为揭示单个细胞的这些调节性景观3提供了前所未有的37个机会3，实现了38个细胞异质性4，组织发育4，组织的疾病机构5和疾病机制6。随着测序39技术的进步，已经构建了众多涵盖胎儿发育7，成人组织8、40脑组织9和神经发育10的大型细胞图谱，并提供了前所未有的资源41，可在多元化的生理条件下揭露调节模式。但是，大量的42个CCR，极端的稀疏性及其几乎二元性质对Scatac- 43
开创性的综合基因组学和表观基因组学项目
将改善人口健康洞察的全球多样性国际合作“ divese e divemiology p Arteyhers（Deep）的目的是通过发现全球人群中观察到的全球人群中观察到的疾病风险的影响，借助Indimitions Indimition in Instrive and Indiontion和Gornder Worldide的新伙伴关系，通过揭示了全球人群的疾病风险的影响，从而改善全球健康。最近由医学研究委员会批准了一个约250万英镑（250万卢比）的全面基金，英国将使用来自亚洲，非洲，北美洲和南美洲大陆的数据集探索关键人口健康问题。这项研究是由研究人员领导的印度CSIR-CERTRE，英国布里斯托尔大学的细胞和分子生物学，MRC部门，伦敦伦敦卫生与热带医学学院的MRC单位。摘要的非传染性疾病（NCD）如糖尿病，心血管疾病，精神障碍，尤其是在印度和其他南亚国家中，精神障碍正在上升。疾病发作和居住在不同全球地区的人们的症状存在巨大差异。这意味着许多全球社区通常在健康研究中代表不足，而遗传和环境多样性对这些社区内健康的重要影响可能会被错过这些社区，这对于印第安人（南亚人）和非洲人尤其如此。CSIR-CCMB的研究提供了印第安人不同遗传结构的持续证据及其对1型糖尿病和2型糖尿病，慢性胰腺炎等常见疾病的影响。此外，它们还显示了环境的作用，尤其是维生素B12，叶酸等的微量营养素。通过表观遗传调节来改变疾病风险，这是一种理解疾病风险和管理的新范式。DNA甲基化（DNAM）是一种表观遗传修饰，可帮助人体应对环境信号，并最终有助于整个系统的健康和疾病状况。个体dnam变异受遗传和环境因素的影响。了解DNAM，遗传学和环境之间的关系对于了解健康和疾病的后果途径至关重要。CSIR-CCMB的J C Bose爵士Giriraj r Chandak博士，该研究的Co-Pi使用多个同类群体工作了二十年，以了解印第安人NCD的遗传基础如何负责临床特殊性以及如何通过针对目标的方法调节风险
招聘职位：比较表观基因组学组（Bourque 组）项目助理教授
7. 职位描述：ASHBi 将研究人类生物学的核心概念，重点关注基因组调控和疾病建模，为开发创新和独特的以人为本的疗法奠定知识基础。主要目标是：1）在生殖、发育、生长和衰老以及遗传和进化领域，在人类生物学的关键个人主题上取得杰出研究成果；2）阐明人类、非人类灵长类动物和啮齿动物之间出现物种差异的原理，以便将模型生物的发现适当地推广到人类；3）为关键基因功能和难治性疾病生成灵长类动物模型；4）在体外重建关键人类细胞谱系和组织，并根据综合信息验证其特性；5）为使用人类/非人类灵长类动物材料的伦理规范做出贡献，并创建一种哲学来指导研究所研究成果的价值。 ASHBi Bourque 小组旨在了解人类表观基因组，它是复杂生物现象（如细胞分化、发育、进化和人类疾病）的基础。为了实现这一目标，我们使用尖端的生物信息学和基因组技术，例如 RNA-seq、ChIP-seq、Cut&Tag、ATAC-seq、lentiMPRA 和 CRISPR（表观）基因组编辑，结合 iPS 细胞和单细胞技术。候选人有望与 Bourque 小组的联合 PI Fumitaka Inoue 副教授一起进行高水平研究和研究相关工作（https://ashbi.kyoto-u.ac.jp/lab-sites/inoue_lab/en/），并担任人类生物学和相关领域的首席研究员。
分子生物技术和生物信息学-NIMI
Elective course must be: -Coherent with MBB (Not overlapping with others in the study plan, no 4E+ summer schools, no exams from BCG* or PL* - the shared degree with polytechnic school and with UGA - no 9 ECTS courses, no courses from Bachelors or too far of the topic, no language courses) *except advanced genomics and epigenomics (12ETCS) or neurogenomics, Basic统计和实验设计，作物理论的发展，环境植物生物化学和生理学（所有6ETC）
pcen-pilot and-foribility-rfa-2024-2025.pdf
单细胞表观学，转录组学和生物信息学核心：核心的目的是为转录组和表观基因组研究，验证，功能/表型分析以及使用最先进的生物信息信息学方法提供支持和服务。核心的单细胞基因组学和表观基因组学成分提供1）高质量的scrna-seq，snatac-seq，chip-seq，chip-seq，cut＆tag＆cut＆cut＆cut＆cut＆Run服务，2）在RNA和蛋白质水平上验证基因组水平的基因组数据，以及3）CRISPR Service for Gene编辑（基因敲除，表观遗传，表观遗传管理）。生物信息学组成部分提供1）计算基础架构和2）大规模“ OMICS实验的分析支持”。核心的使命是从PCEN项目产生的大规模数据中产生新的生物学和治疗知识。
资源名称：伊利诺伊大学芝加哥研究信息学核心设施
描述：伊利诺伊州 - 芝加哥大学的研究信息学核心提供生物信息学服务，包括基因组学，转录组学，表观基因组学，宏基因组学，代谢组学和蛋白质组学分析，以及在统计分析，系统生物学和机器学习中的应用。