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World File Search SystemEpigenomics
TENET.注释中心
一个复合 GRanges 对象，包含来自各种来源的假定增强子元素区域，主要用于 TENET Bioconductor 包。该数据集由强增强子区域组成，这些区域由 Roadmap Epigenomics ChromHMM 扩展的基于 98 个参考表观基因组的 18 状态模型注释，并转移到 hg38 基因组（以下 4 种状态代表强增强子：7：基因增强子 1、8：基因增强子 2、9：活性增强子 1 和 10：活性增强子 2），以及 FANTOM5 项目在第 1 阶段和第 2 阶段确定的人类允许增强子区域。有关组件数据集的更多信息，请参阅托管在 https://github.com/rhielab/TENET.AnnotationHub/blob/devel/data-raw/TENET_consensus_datasets_manifest.tsv 上的清单文件。引用：Roadmap Epigenomics Consortium；Kundaje A、Meuleman W、Ernst J 等人。111 个参考人类表观基因组的综合分析。Nature。2015 年 2 月 19 日；518(7539)：317-30。doi：10.1038/nature14248。PMID：25693563；PMCID：PMC4530010。Lizio M、Harshbarger J、Shimoji H 等人。通往 FANTOM5 启动子水平哺乳动物表达图谱的途径。Genome Biol 16(1)，22 (2015)。Abugessaisa I、Ramilowski JA、Lizio M 等人。FANTOM 进入第 20 个年头：转录组图谱的扩展和非编码 RNA 的功能注释。 Nucleic Acids Res. 2021 年 1 月 8 日；49(D1)：D892-D898。doi：10.1093/nar/gkaa1054。PMID：33211864；PMCID：PMC7779024。
胰腺癌生物标志物
coru〜na（Chuac）大学医院，西班牙B癌症网络生物医学研究中心（Ciberonc），西班牙马德里，c Maim´ o onides cmaim´ onides ofides Biomedical研究所C´Ordoba（Imibic） （OnComet）E Santiago de Compostela临床大学医院与健康研究所。 圣地亚哥大学圣地亚哥大学，圣地亚哥de costela大学，西班牙G，圣地亚哥大学医院临床分析系，西班牙圣地亚哥·德·科斯托拉（CHUS），西班牙圣地亚哥·德·科斯特拉（CHUS）医学，医学院，科尔巴斯大学，奥尔巴堡，西班牙o o o o o o o ofba c。coru〜na（Chuac）大学医院，西班牙B癌症网络生物医学研究中心（Ciberonc），西班牙马德里，c Maim´ o onides cmaim´ onides ofides Biomedical研究所C´Ordoba（Imibic） （OnComet）E Santiago de Compostela临床大学医院与健康研究所。圣地亚哥大学圣地亚哥大学，圣地亚哥de costela大学，西班牙G，圣地亚哥大学医院临床分析系，西班牙圣地亚哥·德·科斯托拉（CHUS），西班牙圣地亚哥·德·科斯特拉（CHUS）医学，医学院，科尔巴斯大学，奥尔巴堡，西班牙o o o o o o o ofba c。
Epi+Gen CHD™（冠心病事件的3年风险）
在2021年6月与山间医疗保健合作进行的一项同行评审的研究中，并在表观易度素学上出版，Epi+Gen+Gen CHD分别对男性和女性的敏感性分别为76％和78％，对3年CHD的敏感性与fipid for for Firaming fir的平均敏感性相比，分别是3年CHD的敏感性。 女性。
癌症生态系统和转移实验室（CEMLAB）
我们正在寻找具有以下要求的积极进取的候选人：•生物信息学，计算生物学或相关领域的博士学位。*没有博士学位的候选人，但也将考虑具有生物信息学专业知识。•具有高通量奥术技术的经验，例如基因表达转录组学，蛋白质组学，表观基因组学等。•熟练掌握Python和/或R。•能够从测序设施或公共资源中获取和处理数据，与HPC合作，运行，适应现有管道的能力。•在团队内独立和协作。•与湿实验室科学家合作，完善和整合数据集。•强大的书面和口头沟通技巧。•具有高性能计算簇和单细胞OMICS数据分析和集成（理想）的经验。
学术研究助理（M/F/X）
工作场所/部门：每个细胞的状态受许多不同表观遗传机制的复杂相互作用的调节。这对正常生物体发育和疾病具有至关重要的影响。现代测序技术促进了基本调节因素的广泛特征。最近创立的整合性细胞生物学和生物信息学组（https://icb.uni-saarland.de/）正在开发并采用计算方法来剖析这些分子机制，这些分子机制控制了发育和疾病中细胞状态。这需要大规模多摩变数据集的分析和整合，我们进行了分子生物学和计算机科学之间的跨学科合作，以在表观基因组学，生物统计学，算法和机器学习的交集中推动尖端研究。我们正在寻找一个积极进取的人加入我们的团队。鉴于满足所有要求，提供了攻读博士学位的机会。
单细胞和空间分辨基因组学方法为神经科学发现带来的机遇和挑战
在过去十年中，单细胞基因组学技术已经实现了可扩展的细胞类型特异性特征分析，这大大提高了我们研究异质组织中细胞多样性和转录程序的能力。然而，我们对基因调控机制或控制细胞类型之间相互作用的规则的理解仍然有限。单细胞表观基因组学和空间分辨转录组学等新的计算流程和技术的出现为探索生物变异的两个新方向创造了机会：细胞内在的细胞状态调控以及细胞之间的表达程序和相互作用。在这里，我们总结了这些领域中最有前途和最强大的技术，讨论了它们的优势和局限性，并讨论了分析这些复杂数据集的关键计算方法。我们重点介绍了数据共享和集成、文档、可视化和结果基准测试如何有助于神经科学的透明度、可重复性、协作和民主化，并讨论了未来技术开发和分析的需求和机会。
组学技术改善乳腺癌研究和诊断
摘要：乳腺癌（BC）在过去两年中在全球范围内新发病例约 226 万，导致近 68.5 万人死亡，是全球最常见的癌症类型。BC 是由肿瘤微环境和恶性细胞组成的复杂生态系统，其异质性影响治疗反应。由于高通量测序革命、快速发展和广泛应用，生物医学研究已进入海量组学数据时代。这些技术——液体活检、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学、药物组学和人工智能成像——可以帮助研究人员和临床医生更好地了解 BC 的形成和演变。本综述重点介绍了最近应用于乳腺癌研究的多组学研究成果，介绍了每种组学技术及其在不同乳腺癌表型、生物标志物、靶向疗法、诊断、治疗和预后中的应用，全面概述了乳腺癌研究的可能性。
肿瘤内NKT细胞积累促进胰腺癌的抗肿瘤免疫力Med12和ΔNP63之间的相互作用激活了胰腺导管腺癌中的基础同一性
基础谱系特征的存在表示乳腺，膀胱和胰腺的超侵略性人腺癌。然而，维持这种异常细胞状态的生化机制知之甚少。在这里，我们进行了基于标记的遗传筛选，以搜索维持胰腺导管腺癌（PDAC）中基础身份所需的因素。这种方法揭示了Med12是该疾病基底细胞状态的强大调节剂。使用生化重构和表观基因组学，我们表明MED12通过桥接转录因子ΔNP63（基底谱系的已知主调节剂）通过介体复合物激活谱系特异性增强子元素来实现此功能。与这一发现一致，与缺乏基础特征的PDAC细胞相比，基底样PDAC的生长对MED12的损失非常敏感。综上所述，我们的遗传筛选显示了一种生化相互作用，该相互作用在人类癌症中具有基础认同，这可以作为肿瘤谱系指导的治疗剂的靶标。
人工智能促进健康公平和多样性 (AIHED)
Ashiwel Undieh，团队领导；医学和表观基因组学数据 Victoria Frye，核心 A 领导 健康的社会决定因素；电子健康记录（EHR） Jie Wei，核心 B 领导 人工智能软件应用；医学计算 N. Madamopoulos，核心 C 领导 硬件设备开发；光子传感器 Karen Hubbard，核心 D 领导 社区联系；社区参与式研究 Ahu Aydogan 健康的环境决定因素（EDOH）；空气质量与健康 Akira Kawaguchi 人工智能软件应用；增强现实 Bingmei Fu 人工智能图像处理；人工智能辅助疾病诊断 Bruce Kim 微电子；可穿戴传感器 Kevin Foster 人工智能部署的经济决定因素；成本效益分析 Noel Manyindo 健康的社会决定因素；社区联系 Reza Khanbilvardi EDOH；环境监测数据采集 Sang-Woo Seo 硬件开发；物理传感器和执行器 Zhigang Zhu 数据工程；多模态分析