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重组 - 甲硫代子酶产生的大肠杆菌在微生物组中灌输了抑制原位细胞系小鼠模型中的三阴性乳腺癌
摘要。背景/目标：饮食和重组蛋白酶（RMETASE）的蛋氨酸限制对癌症治疗有效或与化学疗法药物结合在一起。我们先前表明，可以在小鼠微生物组中安装口服rmeTase产生大肠杆菌JM109（大肠杆菌JM109-RMETASE）的大肠杆菌JM109（大肠杆菌JM109-RMETASE），并抑制同步小鼠模型中的结肠癌生长。在本报告中，我们研究了口服大肠杆菌JM109-胺在原位三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系小鼠模型中的疗效。材料和方法：首先，我们在雌性无胸腺NU/NU裸小鼠4-6周的腹部乳腺上建立了原位4T1小鼠三阴性乳腺癌。肿瘤生长后，将15只小鼠分为三组5。第1组通过每天两次口服磷酸盐缓冲盐水（PBS）作为对照。第2组由非重组大肠杆菌JM109通过每天两次口服口服的细胞作为对照。第3组由两次饲养大肠杆菌JM109-RMETASE细胞
识别和表征十种编码新型Shiga Toxin 2亚型，STX2N以及STX2J，STX2M和STX2O的大肠杆菌菌株的识别和表征
1肠道疾病，实验室分支，疾病控制与预防中心，亚特兰大，佐治亚州30333，美国； kapsakcj@gmail.com（C.K。）; koj1@cdc.gov（P.S.）2国家生物技术信息中心，国家卫生研究院国家医学图书馆，美国贝塞斯达，美国医学博士20894； aprasad@mail.nih.gov（A.P.）; Michael.feldgarden@nih.gov（M.F.）; klimke@ncbi.nlm.nih.gov（W.K.）; souvorov@ncbi.nlm.nih.gov（A.S.）3美国马里兰州20740大学公园食品安全与应用营养中心； narjol.gonzalez-escalona@fda.hhs.gov 4微生物学和免疫学系，医学院卫生科学大学医学院，贝塞斯达，贝塞斯达，20184年，美国； Angela.melton-celsa@usuhs.edu 5橡树岭科学与教育研究所，橡树岭，美国田纳西州37830； odv3@cdc.gov 6丹麦哥本哈根2300号Statens Serum Institut国际Escherichia和Klebsiella Center； fsc@ssi.dk *通信：rlindsey1@cdc.gov†当前地址：Theigan Genomics，Highlands Ranch，CO 80129，美国。•当前地址：Chenega Professional＆Technical Services，Chesapeake，VA 23320，美国。
大肠杆菌血清型O157：H7的生理和转录组分析响应鼠李菜脂治疗 开发用于欧洲进行性脑部疾病的量身定制的剪接开关寡核苷酸：开发，调节和实施Consi 转录因子FOXM1在糖尿病及其... 中的作用 Lelliottia amnigena和Pseudomonas putida与关键SARS-COV-2感染相关的共同感染：病例报告 多个免疫细胞中的蛋白O-Glcnacylation及其治疗势 具有库存管理的绿色供应链网络设计的综合优化模型
摘要：rhamnolipid（RL）可以抑制大肠杆菌O157：H7的生物膜形成，但关联机制仍然未知。我们在这里对用RL和未经处理的培养物处理的培养物进行了比较生理和转录分析，以阐明RL可能抑制大肠杆菌O157：H7中生物FM形成的潜在机制。抗生物膜测定法显示，用0.25-1 mg/ml的RL处理抑制了超过70％的大肠杆菌O157：H7生物膜形成能力。细胞水平的生理分析表明，高浓度的RL显着降低了外膜的疏水性。大肠杆菌细胞膜完整性和渗透性也受到RL的显着影响，这是由于细胞膜脂多糖（LPS）的释放增加。此外，与未经处理的细胞相比，在用RL处理的细胞中，转录组促进显示了2601个差异表达的基因（1344个上调和1257个下调）。功能富集分析表明，RL治疗负责负责LPS合成，外膜外蛋白合成和型脂肪组装以及型多N-乙酰基 - 葡萄糖胺生物合成和基因所需的下调基因。总而言之，RL处理抑制了大肠杆菌O157：H7生物膜形成，通过修饰关键的外膜表面特性和粘附基因的表达水平。
遗传决定因素是大肠杆菌中β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂耐药性的进行性表型的遗传决定因素
此预印本的版权持有人（本版本发布于2023年5月25日。; https：//doi.org/10.1101/2023.05.24.542208 doi：Biorxiv Preprint
移动 CRISPRi 集合可实现大肠杆菌必需基因的遗传相互作用研究
未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者（此版本于 2023 年 4 月 22 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.04.21.537703 doi：bioRxiv preprint
大肠杆菌亮氨酸响应调节蛋白在体内桥接 DNA，并在外源亮氨酸存在下可调地解离
摘要 盛宴-饥荒反应蛋白是原核生物中一类广泛保守的全局调节蛋白，其中研究最多的是大肠杆菌亮氨酸反应调节蛋白 (Lrp)。Lrp 能够感知环境营养状况，并随后直接或间接地调节大肠杆菌中多达三分之一的基因。Lrp 主要以八聚体和十六聚体 (16 聚体) 的形式存在，其中亮氨酸被认为会使平衡向八聚体状态移动。在本研究中，我们分析了三种寡聚状态的 Lrp 突变体在其与 DNA 结合和调节外源亮氨酸引起的基因表达的能力方面的影响。我们发现二聚体以上的寡聚化是 Lrp 的调节活性所必需的，并且与之前的推测相反，外源亮氨酸仅通过抑制 Lrp 与 DNA 结合来调节其靶启动子处的 Lrp 活性。我们还证明了 Lrp 结合可以在数千碱基的长度范围内连接 DNA，揭示了 Lrp 介导的转录调控的一系列新机制。
大肠杆菌 SymE 是一种 DNA 结合蛋白，可以浓缩核苷
I 型毒素-抗毒素 (TA) 系统通常由嵌入内膜的蛋白质毒素和直接与毒素 mRNA 相互作用以抑制其翻译的 RNA 抗毒素组成。在大肠杆菌中，symE/symR 被注释为具有非典型毒素的 I 型 TA 系统。SymE 最初被认为是一种内切核糖核酸酶，但预测其结构与 DNA 结合蛋白相似。为了更好地了解 SymE 的功能，我们使用 RNA-seq 检查异位产生它的细胞。尽管 SymE 会驱动基因表达的重大变化，但我们没有发现内切核糖核酸酶活性的有力证据。相反，我们的生化和细胞生物学研究表明 SymE 会结合 DNA。我们证明 symE 过表达的毒性可能源于其能够驱动严重的类核缩合，从而破坏 DNA 和 RNA 合成并导致 DNA 损伤，类似于过量产生类核相关蛋白 H-NS 的影响。总之，我们的结果表明 SymE 代表了一类广泛分布于细菌中的新型类核相关蛋白。
YDAT的DNA结合的结构基础，YDAT是来自Escherichia Coli O157：H7
ydat在某些lambdoid噬菌体和预言中相当于CII阻遏物的功能。ydat可作为DNA结合蛋白起作用，并识别5 0 -TTGATTN 6 AATCAA-3 0倒置重复。DNA结合结构域是一个螺旋 - 螺旋 - 螺旋（HTH）含有POU域，其次是长螺旋（6），形成了一个反平行的四螺旋束，形成了四聚体。与典型的HTH基序相比，HTH基序中的螺旋2和识别螺旋3之间的循环异常长，并且在YDAT家族内的序列和长度高度变化。POU结构域具有相对于自由结构中的螺旋束相对于螺旋束的自由度，但是它们的方向固定在DNA结合上。
一种低成本重组糖缀合物疫苗赋予小鼠中的肠毒性大肠杆菌感染的免疫原性和保护
1罗伯特·史密斯（Robert F. Smith F. Smith）化学与生物分子工程学院，康奈尔大学，纽约州，纽约州，美国，2化学与生物工程系，西北大学，西北大学，技术学院，伊利诺伊州伊利诺伊州埃文斯顿，美国伊利诺伊州埃文斯顿，3化学生命过程，西北大学，伊利诺伊州，伊利诺伊州，伊利诺伊州伊利诺伊州，美国北科学学院。美国伊利诺伊州埃文斯顿，5生物化学，分子和细胞生物学，康奈尔大学，纽约州伊萨卡大学，美国6人口医学和诊断科学系，康奈尔大学兽医学院，康奈尔大学，纽约州伊塔卡大学，纽约州纽约州，美国，美国斯坦福大学，纽约州斯坦福大学，美国斯坦福大学7号。纽约州伊萨卡，美国
迈向遗传模型生物：加州风信子（毛茛目）稳定遗传转化的有效方法
摘要 加州罂粟 (Eschscholzia californica) 是毛茛目的一员，是所有其他真双子叶植物的姊妹目，因此在系统发育上具有很高的信息量。毛茛目以其多样的花形态和许多药学相关生物碱的生物合成而闻名。加州罂粟被广泛用作研究花发育控制基因保存的模型系统。然而，在毛茛目中，稳定的遗传操作选择很少，因此很难建立遗传模型系统。在这里，我们介绍了一种通过农杆菌介导的转化、体细胞胚诱导和再生加州罂粟进行高效、稳定的遗传转化的方法。此外，我们还提供了一种快速分离和转化原生质体的方法。这使得可以在单细胞和全植物环境中研究基因功能，从而能够通过基因组编辑技术进行基因功能分析和生物碱生物合成途径的修改，为遗传模型生物E. californica提供重要资源。