。Orlando Marques de Paiva博士,87,Paulo 05508-270,SP,巴西; andrepegororo21@gmail.p。 ); luzanolli@gmail。 ); Mattheus。 ); 。 ); M.C.D. ); silva2006@yahoo.br(abr.S。 ); vsotulio@yahoo.br(v.t.g。 ); vanochin@us(i.s ..... ); kaimarajo@gmail.com(K.A。) SANTIAS 13635-900,SP,巴西; av。 Paul 345教授,Sâ或Paulo 05459-900,SP,巴西; treanam@br。 br;电话。 : +55-011-3091-1377Orlando Marques de Paiva博士,87,Paulo 05508-270,SP,巴西; andrepegororo21@gmail.p。); luzanolli@gmail。); Mattheus。); 。); M.C.D.); silva2006@yahoo.br(abr.S。); vsotulio@yahoo.br(v.t.g。); vanochin@us(i.s .....); kaimarajo@gmail.com(K.A。)SANTIAS 13635-900,SP,巴西; av。Paul 345教授,Sâ或Paulo 05459-900,SP,巴西; treanam@br。 br;电话。 : +55-011-3091-1377Paul 345教授,Sâ或Paulo 05459-900,SP,巴西; treanam@br。 br;电话。: +55-011-3091-1377
生态与生物多样性系,生命科学学院,安德烈斯·贝洛大学,圣地亚哥,智利B生物多样性研究所,动物健康与比较医学,格拉斯哥大学医学兽医和生命科学学院Iologie,蒙彼利埃,法国和Mivegec的Iologie,IRD,CNRS,CNRS,MONTPELLIER,法国蒙彼利埃大学,劳动力Mixte International,Drisa,IRD,IRD用于细菌耐药性合作研究的千年核,Microb-R,Santiago,智利和实验室服务HôpitaldelaMère等人,N'djaména,N'djaména,Chad J A,Lima,Lima,Peru K MRC,秘鲁K MRC - 格拉斯哥大学病毒研究中心,英国格拉斯哥大学,格拉斯哥大学,英国,格拉斯哥大学
pipericilin tazobactam(pit,100/10μg),Ce Fimime(CPM,30μg),CE固定(CFM,5μg),Ceotaxime(CTX,30μg),Ceftazidime(CazIme)(CAZ,30μg,30μg),ImipeNem(ImipeNem(ImipeNem(ImipeNem),ImipeNem(ImipeNem(ImipeNem))(imipnem(ipm,10μg)四环素(TE,3μg),cipro floproxatin(CIP,5μg),Nalidixic Acid(Na,30μg),氯霉素(C,30μg),红霉素(E,15μg),硝基氟烷素(Nitrofurantoin(Nit,300μG) (COT,25μg,1.25/23.75μg)。用于质量控制,使用了ATCC 25922培养。在正常盐水中制备了对生物体的接种,并与0.5 MAC FARLAND标准相比。接种物被擦在MHA板上,并在放置抗生素盘之前干燥5分钟。对于90毫米板,接种了五种不同的抗生素。将板孵育18小时,并用尺度测量抑制区。将抑制区与标准值进行比较。根据临床实验室标准指南(CLSI 2020)测试了抗生素。
深度突变扫描可为细菌必需基因的功能提供重要见解。在这里,我们开发了一种高通量方法,用于在大肠杆菌的天然遗传背景下突变其必需基因。我们使用 Cas 9 介导的重组将由易错 PCR 创建的突变文库引入基因组上的一个基因片段内,使用经过预先验证高效的单个 gRNA。通过深度测序跟踪突变频率揭示了引入突变的位置和数量的偏差。我们通过增加同源臂长度和阻止错配修复来克服这些偏差,使非必需基因的突变效率达到 85%,必需基因的突变效率达到 55%。这些实验还加深了我们对使用具有单核苷酸变化的 dsDNA 供体的未充分表征的重组过程的理解。最后,我们将我们的技术应用于 RNA 聚合酶的 β 亚基 rpoB,以研究对利福平的耐药性。在一次实验中,我们验证了过去几十年进行的多项生化和临床观察结果,并通过双突变体的研究提供了对抗性补偿的见解。
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证下可用(未经同行评审认证)是作者/资助者,他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 12 月 22 日发布。;https://doi.org/10.1101/2024.12.20.629655 doi:bioRxiv 预印本
温血动物(包括鸟类)肠道中自然存在的大肠杆菌是淡水水质监测中粪便污染的常用指标,可作为粪便污染和病原体的替代指标(1)。然而,目前用于计数大肠杆菌的培养方法无法区分粪便大肠杆菌和归化或环境相关的“类大肠杆菌”菌株,也称为大肠杆菌隐蔽进化枝(2-4)。Escherichia whittamii(隐蔽进化枝 2)(5)、Escherichia ruysiae(隐蔽进化枝 3 和 4)(6)和 Escherichia marmotae(隐蔽进化枝 5)(7)是最近描述的类群,但宿主物种和环境持久性仍有待确定。该项目专注于大肠杆菌和大肠杆菌属的全基因组测序。来自环境来源(淡水、河流沉积物、水生生物膜、土壤和鸟类及哺乳动物的粪便)。菌株是在研究对比土地使用对大肠杆菌属的影响的研究中获取的,并按照之前描述的方式进行培养(8)。大肠杆菌和新大肠杆菌属的基因组数据将提供有关这些细菌在环境中存活的信息和更准确的粪便追踪,从而能够识别并迅速解决影响水道的最严重污染源。
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此预印本的版权持有人(本版本发布于2023年5月25日。; https://doi.org/10.1101/2023.05.24.542208 doi:Biorxiv Preprint
摘要:rhamnolipid(RL)可以抑制大肠杆菌O157:H7的生物膜形成,但关联机制仍然未知。我们在这里对用RL和未经处理的培养物处理的培养物进行了比较生理和转录分析,以阐明RL可能抑制大肠杆菌O157:H7中生物FM形成的潜在机制。抗生物膜测定法显示,用0.25-1 mg/ml的RL处理抑制了超过70%的大肠杆菌O157:H7生物膜形成能力。细胞水平的生理分析表明,高浓度的RL显着降低了外膜的疏水性。大肠杆菌细胞膜完整性和渗透性也受到RL的显着影响,这是由于细胞膜脂多糖(LPS)的释放增加。此外,与未经处理的细胞相比,在用RL处理的细胞中,转录组促进显示了2601个差异表达的基因(1344个上调和1257个下调)。功能富集分析表明,RL治疗负责负责LPS合成,外膜外蛋白合成和型脂肪组装以及型多N-乙酰基 - 葡萄糖胺生物合成和基因所需的下调基因。总而言之,RL处理抑制了大肠杆菌O157:H7生物膜形成,通过修饰关键的外膜表面特性和粘附基因的表达水平。
