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大肠杆菌旋转酶超涂料抑制测定
使用该酶的浓度。应在将使用的DMSO的最终浓度下进行酶的初始滴定（请参见上面的注1）。可以使用5-10％（v/v）DMSO（最终浓度），但这将导致活动巨大损失。在存在DMSO的情况下，需要添加更多酶，以允许其抑制作用。例如，如果酶在5％DMSO的存在下仅具有50％的活性，则是两倍（即2U）将需要添加以获得完整的超螺旋。在这种情况下，可能需要添加更多的抑制剂才能获得50％的抑制作用。4）稀释缓冲液含有高浓度的甘油，因此添加了总稀释缓冲液
构建大肠杆菌底盘以提高...
在基因设计的大肠杆菌中生产N连接的糖蛋白具有降低成本，简化生物程序和增强定制的显着潜力。然而，建造稳定和低成本的微生物细胞工厂，用于人性化的N-糖基化重组蛋白的有效产生仍然是一个巨大的挑战。In this study, we developed a glyco-engineered E. coli chassis to produce N -glycosylated proteins with the human-like glycan Gal- β -1,4-GlcNAc- β -1,3-Gal- β -1,3- GlcNAc-, containing the human glycoform Gal- β -1,4-GlcNAc- β -1,3-.我们最初的努力是用寡素胆汁含量pGLB和糖基转移酶LSGCDEF替换大肠杆菌XL1-蓝色菌株的基因组中的各种基因座，以构建大肠杆菌。此外，我们系统地优化了基因组中的启动子区域以调节转录水平。随后，利用带有靶蛋白的质粒，我们成功地获得了N-糖基化蛋白，其含量约为320 mg/L，其产量为100％四糖修饰。此外，我们使用含有质粒的质粒构建了代谢途径，该质粒含有靶蛋白的双表达盒和四糖底盘细胞中的CMP-Sialic酸合成，从而导致终端α-2,3- siAia llyag-65 miAia saimia saiia saimiA siaiia saimiA siaia saimia syaiia和65-My ly a f as 65 m s h 65 m s h 65 m s y 40％的功效糖蛋白会刺激。我们的发现铺平了进一步探索siAllated人类的n -like n-糖蛋白在插件大肠杆菌底盘中的含量中产生不同联系（α-2,3/α-2,6/α-2,8）的方式，为工业尺度生产奠定了基础。
耐多药的扩展光谱β-内酰胺酶（ESBL） - 在乳制牛群中产生大肠杆菌：分布和抗菌抗性曲线
摘要：这项研究调查了延伸谱β-内酰胺酶（ESBL）的存在，分布和抗菌抗性谱，在意大利北部的乳制品群中生产大肠杆菌。收集了临床健康的犊牛，母亲和接受乳腺炎处理的奶牛的粪便，以及水，环境样品和废物牛奶的粪便，并在Chromagar TM ESBL板上接受了细菌培养。进行了问卷调查以识别风险因素。通过MALDI-TOF MS将分离株鉴定为大肠杆菌，并进行双盘协同测试（DDST）和最小抑制浓度（MIC）测定。结果，从37个（75.67％）小牛的28个粪便中分离出ESBL大肠杆菌，3（66.67％）处理过的奶牛的粪便，14个（57.15％）环境样本中的8个（57.15％）和废牛奶。所有ESBL分离株均显示出多种电阻，并被归类为抗多药（MDR）。确定了ESBL大肠杆菌选择和扩散的几种危险因素，包括缺乏对小牛喂养和住房设备的常规清洁，将废牛奶施用到雄性小牛和毛毯干牛治疗。总而言之，这项研究强调了大多数奶牛粪便中MDR，ESBL大肠杆菌的存在及其与不同样品来源的关联。因此，增加了抗生素的审慎使用，采用适当的农场卫生和生物安全措施也可能有助于防止Esbl E. Coli在牧群中的传播和传播。
Rudeus，一种用于研究DNA结合蛋白的机器学习分类系统
工程大肠杆菌菌株用于生产长的单链DNA Konlin Shen 1，Jake J.洪水2，Zhuizi Zhang 1，Alvin HA 4,5,6，Brian R. Shy 4,5,6，John E.美国加利福尼亚州伯克利的国家实验室4美国加利福尼亚大学旧金山分校，美国加利福尼亚州旧金山的实验室医学系。5 Gladstone-UCSF基因组免疫学研究所，美国加利福尼亚州旧金山。6加利福尼亚大学旧金山分校的医学系，美国加利福尼亚州旧金山。 对应证：shawn.douglas@ucsf.edu抽象的长单链DNA（SSDNA）是一种多功能分子试剂，其应用包括RNA引导的基因组工程和DNA纳米技术，但其生产通常是资源密集的。 我们采用了一种新的方法，利用工程化的大肠杆菌“助手”菌株和吞噬系统，将长ssDNA的产生简化为直接转化和纯化程序。 我们的方法通过将M13MP18基因直接整合到大肠杆菌染色体中，从而消除了对辅助质粒及其相关污染的需求。 ，我们实现了504至20,724个核苷酸的ssDNA长度，碱性赖氨酸溶液纯化后滴度最高为250 µg/l。 通过将其在原代T细胞基因组修饰和DNA折纸折叠中的应用中，我们的系统的功效得到了证实。6加利福尼亚大学旧金山分校的医学系，美国加利福尼亚州旧金山。对应证：shawn.douglas@ucsf.edu抽象的长单链DNA（SSDNA）是一种多功能分子试剂，其应用包括RNA引导的基因组工程和DNA纳米技术，但其生产通常是资源密集的。我们采用了一种新的方法，利用工程化的大肠杆菌“助手”菌株和吞噬系统，将长ssDNA的产生简化为直接转化和纯化程序。我们的方法通过将M13MP18基因直接整合到大肠杆菌染色体中，从而消除了对辅助质粒及其相关污染的需求。，我们实现了504至20,724个核苷酸的ssDNA长度，碱性赖氨酸溶液纯化后滴度最高为250 µg/l。通过将其在原代T细胞基因组修饰和DNA折纸折叠中的应用中，我们的系统的功效得到了证实。我们的方法的可靠性，可伸缩性和易度性有望解锁需要大量长ssDNA的新实验应用。引言单链DNA（ssDNA）在生物技术中起着至关重要的作用，尤其是在DNA纳米技术和基因编辑1,2中。长ssDNA的合成超过5000个核苷酸（NT）是具有挑战性的，并且明显的障碍可以阻止可扩展产生。通过磷酰胺化学的直接化学合成仅限于由于掺入误差和脱尿3的长度300-400 nt。为了获得更长的ssDNA链，电流实践采用双链DNA（dsDNA）作为模板。例如，不对称PCR可以在长度4中产生高达15,000 nt的ssDNA。其他方法包括使用差异修饰的引物进行PCR扩增：用于lambda外核酶消化5的磷酸化和未磷酸化，或生物素基化和非生物素化和非生物素化，用于链霉亲和素珠分离6-在孤立的Ssdna strands隔离时进行抗性。然而，这些技术通常每50-微晶（µL）反应产生小于1微克（µg）的ssDNA，从而使毫克的生产量成本昂贵，并且由于广泛的劳动力和高度试剂的消耗而效率低下，因此强调了更多可扩展和经济的SSDNA生产方法的必要性。
来自新西兰环境来源的大肠杆菌分离株的基因组序列草图
温血动物（包括鸟类）肠道中自然存在的大肠杆菌是淡水水质监测中粪便污染的常用指标，可作为粪便污染和病原体的替代指标（1）。然而，目前用于计数大肠杆菌的培养方法无法区分粪便大肠杆菌和归化或环境相关的“类大肠杆菌”菌株，也称为大肠杆菌隐蔽进化枝（2-4）。Escherichia whittamii（隐蔽进化枝 2）（5）、Escherichia ruysiae（隐蔽进化枝 3 和 4）（6）和 Escherichia marmotae（隐蔽进化枝 5）（7）是最近描述的类群，但宿主物种和环境持久性仍有待确定。该项目专注于大肠杆菌和大肠杆菌属的全基因组测序。来自环境来源（淡水、河流沉积物、水生生物膜、土壤和鸟类及哺乳动物的粪便）。菌株是在研究对比土地使用对大肠杆菌属的影响的研究中获取的，并按照之前描述的方式进行培养（8）。大肠杆菌和新大肠杆菌属的基因组数据将提供有关这些细菌在环境中存活的信息和更准确的粪便追踪，从而能够识别并迅速解决影响水道的最严重污染源。
基于新型混合MOS2纳米片和微粒的一次性阻抗传感器，以检测大肠杆菌DNA
致病细菌的快速准确检测对于食品安全和公共健康至关重要。常规检测技术，例如基于核酸序列的扩增和聚合酶链反应，是耗时的，需要专门的设备和训练有素的人员。在这里，我们基于新型混合MOS 2纳米材料来提出快速，一次性阻抗传感器，用于检测大肠杆菌DNA。我们的结果表明，所提出的传感器在10-20和10-15 m的中心之间线性运行，在0.325 nm探针浓度传感器下观察到的最高灵敏度达到了令人印象深刻的检测极限。此外，电化学阻抗光谱生物传感器对大肠杆菌DNA的潜在选择性在枯草芽孢杆菌和纤维状化蛋白水解的DNA序列上表现出潜在的选择性。这些发现为有效，精确的DNA检测提供了承诺的途径，对更广泛的生物技术和医学诊断应用具有潜在的影响。
在香蕉皮中的大肠杆菌生存...
评估了次氯酸钠对香蕉卫生的功效，并评估了从哥斯达黎加到美国的模拟出口运输过程中大肠杆菌对香蕉的生存。香蕉（Musa spp。，AAA组，Cavendish子组）被大肠杆菌ATCC 25922（7 log cfu/g）接种，然后将五分钟浸入次氯酸钠溶液中（0、50、50、100、100、150和200 ppm）在模拟的出口运输条件下（14±1°C；相对湿度为85–90％；聚集在聚乙烯袋和纸板箱中）的在模拟出口传输条件下（14±1°C； 85–90％的相对湿度）监测了在香蕉表面上的大肠杆菌群体。 大肠杆菌在储存的0、1、5、7、12和14天以35±2°C孵育24小时以0、1、5、7、12和14天的储存。试验一式三份进行。 次氯酸钠浓度为100 ppm或更高的大肠杆菌减少至少3型。 在100至200 ppm的消毒剂之间没有发现显着差异（P≥0.05）。 储存时间显着影响（p≤0.05）大肠杆菌种群。 大约3-log在模拟出口传输条件下（14±1°C； 85–90％的相对湿度）监测了在香蕉表面上的大肠杆菌群体。大肠杆菌在储存的0、1、5、7、12和14天以35±2°C孵育24小时以0、1、5、7、12和14天的储存。试验一式三份进行。次氯酸钠浓度为100 ppm或更高的大肠杆菌减少至少3型。在100至200 ppm的消毒剂之间没有发现显着差异（P≥0.05）。储存时间显着影响（p≤0.05）大肠杆菌种群。大约3-log
NextFlex®快速XP V2 DNA-Seq Kit
将每个细胞悬浮液添加到包含0.5 mM玻璃珠的2 mL管中（CAT＃19-622）。然后以3、4和5的速度在Omni珠子破裂4（CAT＃25-010）中均匀地均匀，持续45秒。加工后，将裂解物转移到清洁2毫升试管中，并以10,000 x g离心1分钟，以弥补任何细胞碎屑。使用Quick-DNA™真菌/细菌微型REIPREP试剂盒（Zymo，Cat＃D6005）1 µL DNA洗脱器在纳米光谱表（Thermo Fisher）上量化1 µL DNA洗脱器，以确定DNA浓度和纯度。
大肠杆菌和其他从巴格马蒂河分离的大肠菌菌中的抗菌抗性
pipericilin tazobactam（pit，100/10μg），Ce Fimime（CPM，30μg），CE固定（CFM，5μg），Ceotaxime（CTX，30μg），Ceftazidime（CazIme）（CAZ，30μg，30μg），ImipeNem（ImipeNem（ImipeNem（ImipeNem），ImipeNem（ImipeNem（ImipeNem））（imipnem（ipm，10μg）四环素（TE，3μg），cipro floproxatin（CIP，5μg），Nalidixic Acid（Na，30μg），氯霉素（C，30μg），红霉素（E，15μg），硝基氟烷素（Nitrofurantoin（Nit，300μG） （COT，25μg，1.25/23.75μg）。用于质量控制，使用了ATCC 25922培养。在正常盐水中制备了对生物体的接种，并与0.5 MAC FARLAND标准相比。接种物被擦在MHA板上，并在放置抗生素盘之前干燥5分钟。对于90毫米板，接种了五种不同的抗生素。将板孵育18小时，并用尺度测量抑制区。将抑制区与标准值进行比较。根据临床实验室标准指南（CLSI 2020）测试了抗生素。
在两阶段培养的基因工程大肠杆菌中生产苯乙烯
摘要：苯乙烯是一种重要的工业化学化学物质。尽管有几项研究报告了微生物苯乙烯的产生，但可以增加批量培养物中产生的苯乙烯量。在这项研究中，使用基因设计的大肠杆菌产生了苯乙烯。首先，我们评估了拟南芥（Atpal）（Atpal）和Brachypodium distachyon（BDPAL）的五种类型的苯丙氨酸氨裂解酶（PAL），以产生反式甲酸（CIN），一种苯乙烯前体。ATPAL2-表达大肠杆菌的CIN大约700 mg/L，我们发现BDPAL可以将CIN转换为苯乙烯。为评估苯乙烯的产生，我们构建了一个大肠杆菌菌株，该菌株从酿酒酵母中表达ATPAL2和阿魏酸脱羧酶。在含油醇的双相培养后，葡萄糖的苯乙烯产生和产量分别为3.1 g/L和26.7％（mol/mol），据我们所知，这是分批种植中获得的最高价值。因此，该菌株可以应用于苯乙烯的大型工业生产。