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患者指南：与您的医生一起理解报告
FoundationOne®CDx (F1CDx) 是一种基于下一代测序的体外诊断设备，用于检测 324 个基因中的替换、插入和删除变异 (indel) 和拷贝数变异 (CNA) 以及选定的基因重排，以及基因组特征，包括微卫星不稳定性 (MSI) 和肿瘤突变负担 (TMB)，使用从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织标本中分离的 DNA。该测试旨在作为伴随诊断，用于根据批准的治疗产品标签识别可能从表 1 中列出的靶向疗法中受益的患者。此外，F1CDx 旨在提供肿瘤突变分析，供合格的医疗保健专业人员根据肿瘤学专业指南针对实体恶性肿瘤患者使用。表 1 中未列出的基因组学发现并非任何特定治疗产品的标示用途的规定性或决定性发现。
FoundationOne®CDx 报告指南
FoundationOne®CDx (F1CDx) 是一种基于下一代测序的体外诊断设备，用于检测 324 个基因中的替换、插入和删除变异 (indel) 和拷贝数变异 (CNA) 以及选定的基因重排，以及基因组特征，包括微卫星不稳定性 (MSI) 和肿瘤突变负担 (TMB)，使用从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织标本中分离的 DNA。该测试旨在作为伴随诊断，用于根据批准的治疗产品标签识别可能从表 1 中列出的靶向疗法中受益的患者。此外，F1CDx 旨在提供肿瘤突变分析，供合格的医疗保健专业人员根据肿瘤学专业指南针对实体恶性肿瘤患者使用。表 1 中未列出的基因组学发现并非任何特定治疗产品的标示用途的规定性或决定性发现。
FoundationOne®CDx 技术信息
FoundationOne ® CDx 技术信息 Foundation Medicine, Inc. 150 Second Street, Cambridge, MA 02141 电话：617.418.2200 预期用途 FoundationOne ® CDx (F1CDx) 是一种基于定性下一代测序的体外诊断测试，它使用基于靶向高通量杂交的捕获技术检测 324 个基因中的替换、插入和删除变异 (indel) 和拷贝数变异 (CNA) 以及选择基因重排，以及使用从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织样本中分离的 DNA 的基因组特征，包括微卫星不稳定性 (MSI) 和肿瘤突变负担 (TMB)。该测试旨在作为伴随诊断，以根据批准的治疗产品标签识别可能从表 1 中列出的靶向疗法中受益的患者。此外，F1CDx 旨在提供肿瘤突变分析，供合格的医疗保健专业人员根据肿瘤学专业指南为实体恶性肿瘤患者使用。表 1 中列出的基因组学发现以外的结果对任何特定治疗产品的标示用途不具有规定性或决定性。表 1 . 伴随诊断指征
安全性和有效性数据摘要 (SSED)
FoundationOneCDx (F1CDx) 是专门作为实验室服务进行的，使用从福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤样本中提取的 DNA。该检测采用两种提取方法（DNAx 或 CoExtraction，一种自动化 DNA/RNA 共提取方法）从常规 FFPE 活检或手术切除标本中提取 DNA；50-1000 ng DNA 将进行全基因组散弹枪文库构建和基于杂交的捕获，捕获 309 个癌症相关基因的所有编码外显子、一个启动子区域、一个非编码 (ncRNA) 以及 34 个常见重排基因的选定内含子区域，其中 21 个还包括编码外显子（有关 F1CDx 中包含的基因的完整列表，请参阅表 2 和表 3）。因此，该检测总共可检测到 324 个基因的变异。使用 Illumina® HiSeq 4000 平台，杂交捕获选定文库可测序至高均匀深度（靶向 > 500X 中值覆盖率，覆盖率 > 100X 时外显子覆盖率 > 99%）。然后使用定制分析流程处理序列数据，该流程旨在检测所有类型的基因组改变，包括碱基替换、插入/缺失、拷贝数改变（扩增和纯合缺失）和选定的基因组重排（例如基因融合）。表 2 中列出的目标基因之一的重排可与其唯一标识的基因组伴侣一起报告，后者可以是任何基因
安全性和有效性数据摘要（SSED）
最初的PMA（P170019）用于基础CDX于2017年11月30日批准，用于检测可能受益于非小细胞肺癌（NSCLC），黑色素瘤，乳腺癌，结婚癌症（CRC）和Ovarian Cancer的15种FDA批准疗法之一。随后，批准了九种PMA补充剂以扩大F1CDX的适应症，因为它是其最初批准的。PMA补充（P170019/S005）用于添加杂合性基因组损失（LOH）的PMA补充剂（P170019/S004）在2019年7月1日批准了BRCA1/2改变的卵巢癌患者中添加Lynparza®（Olaparib）指示的指示。PMA补充（P170019/S008）在NSCLC患者中添加Tagrisso®（Osimertinib）的指示EGFR EXON 19缺失和EGFR EXON 21 L858R变化的指示，于2019年7月1日获得批准。PMA补充剂（P170019/S006）在2019年12月3日批准了PIKRAY®（Alpelisib）对PIK3CA改变的乳腺癌患者的指示（Alpelisib）的指示。PMA补充（P170019/S010）在北卡罗来纳州莫里斯维尔添加第二个网站，该网站将于2019年12月16日批准。PMA补充（P170019/S013），用于在2020年4月17日批准使用FGFR2融合的胆管癌患者中添加Pemzyre®（Pemigatinib）的指示（pemigatinib）。PMA补充（P170019/S011）在NSCLC患者中添加了MET单核苷酸变体（SNV）和导致MET 14跳过的NSCLC患者中添加TabRecta®（Capmatinib）的指示。
全面的基因组分析（CGP）套件的演变，以简化工作流并检测同源重组缺陷
•提取优化：用1或3小时的孵育提取16个FFPE样品。使用随附的QPCR评估提取的DNA的浓度和质量。•连接研究：测试了缩短的程序，并针对原始条件分析了关键的测序指标，以减少图书馆的准备工作。•较高的吞吐量研究：合并，测序并与8个样本进行了汇总，测序。•变体灵敏度：用Avenio CGP KIT V2对317 FFPE DNA样品进行测序。变体检测与参考方法F1CDX进行了比较。样品包括由QPCR评估的多种DNA质量。测序是在每个样品读取> 60m的Illumina NextSeq序列上进行的。使用FoundationOneⓡ分析平台进行数据分析。结果
P170019 SSED - accessdata.fda.gov
该检测采用单一 DNA 提取方法，从常规 FFPE 活检或手术切除标本中提取 50-1000 ng DNA，构建全基因组散弹枪文库，并基于杂交捕获 309 个癌症相关基因的所有编码外显子、1 个启动子区域、1 个非编码 RNA (ncRNA) 以及 34 个常见重排基因的选定内含子区域，其中 21 个还包括编码外显子（请参阅下表 2 和表 3，了解 F1CDx 中包含的基因完整列表）。因此，该检测总共可检测到 324 个基因的变异。使用 Illumina ® HiSeq 4000 平台，杂交捕获选定的文库可进行高均匀深度测序（目标中位覆盖率 > 500X，覆盖率 > 100X 时外显子覆盖率 > 99%）。序列数据使用定制的分析流程进行处理，该流程旨在检测所有类型的基因组变异，包括碱基替换、插入/缺失、拷贝数变异（扩增和纯合缺失）和选定的基因组重排（例如基因融合）。此外，还将报告基因组特征，包括微卫星不稳定性 (MSI)、肿瘤突变负担 (TMB) 和阳性同源重组缺陷 (HRD) 状态（tBRCA 阳性和/或 LOH 高）。
肿瘤生物标志物测试的付款人覆盖范围
通过二级研究工作概述Advi评估了付款人政策，并整理了我们的发现，以确定患者在选定的肿瘤类型中使用适当的生物标志物测试（本文档中的分子测试和分子分析）的趋势和机会，包括选定的肿瘤类型，包括非弱小的细胞肺癌，结肠癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌。 此外，ADVI评估了付款人政策，以了解液体活检的采用和覆盖范围（也称为血液基生物标志物测试，无浆细胞/循环肿瘤DNA）。 advi考虑了如何使用算法分析（MAAAS）（MAAAS）或免疫组织化学（IHC）影响的测试类型（例如，单个分析物，下一代测序（NGS）小组，多分析物分析（IHC）影响了付费者策略和临床指南。 Advi专注于国家商业付款人，并对区域商业付款人进行取样（其人群中肿瘤类型的发病率很高）以及当地的Medicare行政承包商（MAC）。 Advi在2018年进行了类似的分析，本报告反映了截至2020年9月的更新。 肿瘤学生物标志物的执行摘要，商业付款人具有统一的伴侣诊断（历史上与治疗剂并行批准的单一分析物），因为临床实用程序是FDA审查的组成部分。 在偏离此范式的情况下，F1CDX尚未达到统一的覆盖范围。 通常，临床效用的证据是覆盖范围的决定因素。通过二级研究工作概述Advi评估了付款人政策，并整理了我们的发现，以确定患者在选定的肿瘤类型中使用适当的生物标志物测试（本文档中的分子测试和分子分析）的趋势和机会，包括选定的肿瘤类型，包括非弱小的细胞肺癌，结肠癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌，乳腺癌。此外，ADVI评估了付款人政策，以了解液体活检的采用和覆盖范围（也称为血液基生物标志物测试，无浆细胞/循环肿瘤DNA）。advi考虑了如何使用算法分析（MAAAS）（MAAAS）或免疫组织化学（IHC）影响的测试类型（例如，单个分析物，下一代测序（NGS）小组，多分析物分析（IHC）影响了付费者策略和临床指南。Advi专注于国家商业付款人，并对区域商业付款人进行取样（其人群中肿瘤类型的发病率很高）以及当地的Medicare行政承包商（MAC）。Advi在2018年进行了类似的分析，本报告反映了截至2020年9月的更新。肿瘤学生物标志物的执行摘要，商业付款人具有统一的伴侣诊断（历史上与治疗剂并行批准的单一分析物），因为临床实用程序是FDA审查的组成部分。在偏离此范式的情况下，F1CDX尚未达到统一的覆盖范围。通常，临床效用的证据是覆盖范围的决定因素。对于未经FDA审查的其他生物标志物，商业付款人依靠国家综合癌症网络（NCCN）指南，美国临床肿瘤学会（ASCO）指南，技术评估组织和同行评审的公开证据。