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用于表观遗传学研究的 FFPE 肿瘤样本的规模化制备
图 4. Charles River Laboratories 共享了小鼠模型患者来源的异种移植瘤 (PDX) 的 FFPE 卷轴。来自 2 名患者样本的 PDX 肿瘤被嵌入 1 至 7 年的石蜡块中。使用 Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE 试剂盒从核材料中提取 gDNA，并通过 Agilent TapeStation 评估 DNA 完整性评分 (DIN)。K562 对照 A (未固定) gDNA 由 Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE 试剂盒提取，K562 对照 B (未固定) gDNA 由 Zymo Quick-DNA/RNA 纯化试剂盒提取，以提供来自 2 个 DNA 提取试剂盒的高质量样本示例。顶部代表性图像：明场碎片。底部代表性图像核标记：碘化丙啶。
实现即时护理脑肿瘤分类：福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 病理的纳米孔甲基化测序
摘要 基于牛津纳米孔技术 (ONT) 的甲基化测序因其快速准确地对脑肿瘤进行分类而受到越来越多的认可。这一过程对于最佳患者治疗至关重要。然而，目前广泛的临床应用受到对新鲜冷冻活检的需求而不是标准福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样本的限制。我们的研究探讨了 FFPE 对 DNA 甲基化的影响，并提出了一种基于 ONT 的 FFPE 肿瘤分类的开发和验证方案。我们提出了一种实用的解决方案，用于在常规临床环境中精确诊断脑肿瘤，并在护理点及时做出治疗决策，而不会干扰手术室标准。关键词：肿瘤分类、牛津纳米孔技术、表观遗传分析、DNA 甲基化、FFPE 活检样本、中枢神经系统肿瘤、精准医学、病理学。准确分类肿瘤类型和亚型对于促进全面精准的患者治疗至关重要 1-3 。例如，世界卫生组织 (WHO) 对中枢神经系统 (CNS) 肿瘤的分类涵盖 10 多个主要肿瘤类别，每个类别又包含许多亚类，总共有 100 多个不同的实体，需要不同的治疗方法，并且与不同的预后和临床病程相关 4。这些肿瘤实体在形态、空间和遗传特征上经常表现出相似性 5–7，因此难以区分它们。此外，神经病理学家可能会对组织病理学结果提供不同的解释，这增加了该过程的主观性 8。另一方面，表观遗传学，特别是 DNA 甲基化——已被证明是一种强大而稳定的工具，可准确区分绝大多数这些肿瘤亚型 2，因此基于甲基化的分类已纳入 2021 年 WHO 对 CNS 肿瘤的分类 4。因此，检查肿瘤甲基化模式最近已成为临床诊断程序的一部分，基于甲基化的分类器已经可用于中枢神经系统肿瘤和肉瘤，其他用于不同肿瘤类型的分类器正在开发中 9 。然而，将 DNA 甲基化纳入脑肿瘤的诊断检查已被证明具有挑战性。评估这些甲基化模式的“金标准”方法是 DNA 杂交阵列，例如 Infinium MethylationEPIC 阵列 10 ，但它具有明显的缺点，包括费用高、周转时间长、所需起始材料量大（最低 500ng DNA，最好是 1ug DNA），需要积累多个样本才能获得结果，并且需要训练有素的人员，这与临床需求通常要求的短时间范围不符 。
一步FFPE RNA提取套件 - 用户指南
首先，FFPE样品进行了优化的非链接，然后进行组织裂解，PAR伴侣和去污剂去除。在短离心后，将下水相转移到新的管中，并用DNase处理以去除基因组DNA。然后将裂解物进行创新的一步纯化技术。样品被加载到保留细胞碎屑和杂质的纯化中，而RNA则通过基质自由迁移到流通液中。该方法仅需要一个快速离心步骤，与传统的二氧化硅方法相比，在整体和动手时间上都显着降低了。由于传统的结合洗流行程序被一步纯化取代，因此也会导致塑料废物的减少。此外，该协议利用了较少的危险试剂。
在无限的多摩尼克空间丛中FFPE癌症样品的空间分子成像允许真正的系统生物学理解在无限的多摩尼克空间丛中FFPE癌症样品的空间分子成像允许真正的系统生物学理解
COSMX™SMI和解码器探测器未提供和/或交付给德国联邦共和国，用于在德国联邦共和国中使用，用于检测细胞RNA，Messenger RNA，MicroRNA，MicroRNA，核糖体RNA及其任何组合的方法，用于在荧光中以荧光量的分析，以进行杂交的分析，以进行分析，以进行分析，以进行分析。 （哈佛大学）作为EP 2 794 928 B1的德国部分的所有者。未经哈佛大学（哈佛大学）的总统和研究员的同意，禁止检测细胞RNA，Messenger RNA，microRNA，核糖体RNA及其任何组合的用途。
使用FFPE样品基于测量前实验室指标和后期的生物信息学指标
抽象背景：福尔马林固定，隔离（FFPE）组织在识别风险生物标志物方面具有许多优势，包括广泛的可用性和扩展后续终点的潜力。但是，源自档案FFPE样品的RNA质量有限。在这里，我们确定了确定哪些FFPE样品有可能成功提取RNA，库制备和生成可用RNASEQ数据的参数。方法：我们优化了旨在与FFPE样品一起使用的图书馆制备方案，该方案使用七个FFPE和新鲜的冷冻复制对，并使用来自患有良性乳房疾病的女性的130个FFPE活检的研究集测试了优化的方案。指标，并将其与生物信息学测序汇总统计数据进行了比较。最后，建立了一个决策树模型，以了解由生物信息学指标确定的序列前实验指标与QC通过/失败状态之间的关系。结果：失败的生物信息学QC的样品往往在同类中的样本中位相关性较低（Spearman相关性<0.75），映射到基因区域的读取数量少（<2500万），或较少的检测基因（11,400个具有TPM> 4）的检测基因＃）。QC失败样品的中值RNA浓度和捕获前库值分别为18.9 ng/ul和2.08 ng/ul，其显着低于QC Pass样品的显着低（40.8 ng/ul和5.82 ng/ul）。我们基于输入RNA浓度，输入库值值构建了决策树模型，并在预测FFPE样本的QC状态（PASS/FAIL）时达到了F分数为0.848。结论：我们通过评估生物信息学和样品指标，为乳腺组织中的FFPE样品提供了生物信息学质量控制建议。我们的结果表明，用于文库制备的25 ng/ul FFPE提取的RNA的最低浓度和1.7 ng/ul预制库的输出，以实现足够的RNA-Seq数据，以进行下游生物信息学分析。
Quick-DNA/RNA FFPE套件
产品描述Quick-DNA/RNA™FFPE试剂盒为一个简单可靠的方法，用于从一个单独的福尔马林膜状帕片蛋白嵌入（FFPE）组织样品中的两个单独的部分中的一种洗脱酸或DNA和RNA中的总核酸分离（DNA/RNA）。该产品的独特化学成分已被优化，以最大程度地恢复DNA和大小和小RNA物种。只需使用脱氧蛋白溶液将组织脱氧化，使用蛋白酶K消化，进行热化学交联，然后使用Zymo-Spin™柱技术进行纯化。结果是不含DNA的高质量DNA和总RNA（包括小RNA），可以用于RT/QPCR，杂交，测序等。
Genexus™ FFPE DNA 和 RNA 纯化试剂盒
■ Genexus ™ 纯化仪独立配置与集成配置. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...
Qiaamp®DSPDNA FFPE组织试剂盒（안내서）
商标：Qiagen®，样本到Insight®，AllPrep®，EZ2®（Qiagen Group）。注册名称，商标等。在本文档中使用的，即使没有明确标记，法律也不被认为不受保护。
IDT揭示了XGEN CFDNA和FFPE DNA库准备套件和杂交捕获解决方案的较高ngs库的复杂性和目标覆盖范围白皮书（RUO23-2238_001 08/23）
下一代测序（NGS）的数据高度取决于库的质量。XGEN CFDNA和FFPE DNA库准备套件与IDT XGEN NGS杂交捕获工作流程配对，为研究人员提供了一种行业领先的解决方案，以生成高质量的测序库。IDT与第三方研究组织合作，比较了XGEN CFDNA和FFPE DNA库Prep套件和自定义杂交捕获（HYB CAP）与两个竞争对手。IDT XGEN NGS工作流解决方案由于较高的样本转换效率和全面的XGEN自定义杂交捕获面板设计而优于竞争对手的工作流程。XGEN试剂被设计为一起使用，尽管它们在竞争对手HYB Cap Workfrows中使用时提高了库的复杂性和测序指标，但最高质量的数据来自使用完整的IDT XGEN NGS NGS Workflow解决方案。