赛诺菲巴斯德 91,880,415 葛兰素史克(GSK) 73,345,617 霍夫曼-罗氏公司 65,355,758 Seqirus 33,396,110 诺华 15,292,743 Medimmune 11,556,151 Kaketsuken(KM Biologics) 6,614,476 大阪大学微生物疾病研究基金会(BIKEN) 6,459,328 Denka Seiken Co. Ltd. 4,631,388 北里第一三共疫苗有限公司(Daiichi Sankyo Vaccine CO.Ltd.) 3,981,715 GC Pharma(前绿十字公司) 3,378,414 CSL Limted 2,667,745布塔坦研究所 2,730,303 科兴生物制品有限公司 1,453,267 上海生物制品研究所有限公司 1,082,381 华兰生物疫苗股份有限公司 817,303 SK Bioscience 734,305 Fluart Innovative Vaccines LTD 667,785 Adimmune Corporation 625,949 Becton Dickinson and Company (BD) 341,432 病毒、疫苗和血清研究所 Torlak 294,582 北京天坛生物制品股份有限公司 235,234 百特国际公司 209,238 长春生物制品研究所有限公司 CNBG 402,046 圣彼得堡疫苗和血清科学研究所 168,888 DiaSorin Molecular LLC 155,658 Omninvest Vaccine Manufacturing, Researching & Trading Ltd. 149,518 Alere Inc. 117,159 Takeda Pharmaceuticals Internatioanl GmbH 115,025 Focus Diagnostics, Inc. 83,844 CNBG-武汉生物制品研究所有限公司52,678 北京生物研究所生物制品有限公司(BBIBP) 49,798 Qiagen 61,512 印度血清研究所有限公司 48,335 政府制药组织(GPO) 25,059 印度疫苗和医学生物制品研究所(IVAC) 23,303 Quidel Corporation 23,303 中国生物技术集团 20,000 Princeton Biomeditech Corporation 23,303 卡迪拉医疗保健有限公司(研发中心) 82,793 Response Biomedical Corporation 16,762 Cepheid 25,059 Indevr, Inc. 15,389 Fast Track Diagnostics 13,045 Vabiotech 15,230 NPO Petrovax Pharm 10,246 Medicago Inc. 7,439 Nanotherapeutics 5,337 Nanosphere Inc. 4,984 PT Bio Farma (Persero) 4,984 Protein Sciences Corporation 4,984 UMN Pharma Inc. 2,799 兰州生物制品研究所 2,173
t Bio Farma(Persero)使用Borde-tella thea thea attuse pelita pelita III生产全细胞百日咳(WP)疫苗。百日咳菌株的抗原特性会随着时间的流逝而变化(1-3),因此,需要监测工作种子的这些特征以产生有效的疫苗。顺便说一句,最近的基因组学革命使全基因组shot弹枪进行了快速,准确且具有成本效益的途径,不仅检查疫苗抗原基因,而且还检查了生产过程至关重要的其他基因。但是,这取决于全基因组序列的可用性。出于这些原因,并且与其他百日咳疫苗生产菌株进行了详细比较,确定了百日咳芽孢杆菌菌株pelita III的整个基因组序列。The sequencing was performed at the University of Delaware Sequencing & Geno- typing Center (Newark, DE) on the PacBio RS II platform, employing single-molecule real-time (SMRT) technology (Pacific Biosciences, Menlo Park, CA) (4), yielding 141,140 reads totaling 888,059,822 bases.通过层次基因组组装过程(HGAP)工作流进行了从头基因组组装(4)。使用Gepard测试了组装序列的圆形,并用AMOS和Minimus2生成圆序(5,6)。最终组装产生了一个具有141.91覆盖率的4.1-MB基因组的重叠群。使用美国能源部联合基因组研究所(美国加利福尼亚州核桃溪)的综合微生物基因组综述(IMG/ER)平台进行了基因的初始识别和注释(7)。GenBank注释利用了NCBI原核基因组注释管道(8)。在基因组水平上,Pelita III与Bordetella buttussis tohama I(9,10),参考菌株(11)和百日咳疫苗的主要来源密切相关(3,12)。每种发病机理基因的核苷酸序列,包括疫苗抗原的核苷酸序列,即百日咳毒素(PT),心霉素(PRN),膜状血凝集素(FHA)(FHA)和纤维mbriae(FIM),在两种菌株中是相同的(13)。观察到的两个基因组之间的差异有两种类型:(i)Pelita III中的其他元素,可能是由于换位引起的,在两个位置的转座酶INSO的串联重复(BP 44713至
1 欧洲个性化医疗联盟,比利时布鲁塞尔 1040; jayasinghtec29@gmail.com(JS); marta.kozaric@euapm.eu (MK) 2 分子与细胞工程系,雅各布生物技术与生物工程研究所,工程与技术学院,山姆希金博顿农业、技术与科学大学,Prayagraj 211007,印度 3 比利时癌症中心,Sciensano,1050 布鲁塞尔,比利时; marc.vandenbulcke@sciensano.be 4 意大利那不勒斯费德里科二世大学公共卫生系,80138 那不勒斯, umberto.malapelle@unina.it 5 国家癌症研究所“G. Pascale Foundation”—IRCCS,意大利那不勒斯 80131; n.normanno@istitutotumori.na.it 6 意大利那不勒斯费德里科二世大学分子医学和医学生物技术卓越系,80138; edotto70@gmail.com 7 意大利卡塔尼亚 95126 Cannizzaro 急救医院临床病理学和基因组学系 8 意大利米兰国家肿瘤研究所 IRCCS 基金会肿瘤内科系,20133; arsela.prelaj@istitutotumori.mi.it 9 米兰比可卡大学 MBBM 基金会儿科血液学科,20126 蒙扎,意大利; carmelo.rizzari@gmail.com 10 欧洲癌症患者联盟,1000 布鲁塞尔,比利时; aliki.stathopoulou@ecpc.org (AS); francesco.delorenzo@ecpc.org (FdL) 11 Astra Zeneca,Concord Pike,威尔明顿,特拉华州 19803,美国; france.dube@astrazeneca.com 12 马德里政治技术大学照相技术和生物工程系,28040马德里,西班牙; manuel.ottaviano@upm.es 13 意大利罗马圣心天主教大学生命科学与公共卫生系卫生科,20123; stefania.boccia@unicatt.it 14 意大利罗马 A. Gemelli IRCCS 基金会妇女儿童健康和公共卫生系,00168 15 米兰大学肿瘤学和血液肿瘤学系,20122 米兰,意大利; gabriella.pravettoni@ieo.it 16 欧洲肿瘤研究所 (IEO) IRCCS 认知和心理科学应用研究部,20139 米兰,意大利 17 Novartis Farma SpA,20154 米兰,意大利; ivana.cattaneo@novartis.com 18 西班牙国家癌症研究中心 (CNIO) 遗传和分子流行病学组,28029 马德里,西班牙; nmalats@cnio.es 19 科隆肺癌组、病理学和医学院研究所、科隆/波恩综合肿瘤学中心、科隆大学医院,德国科隆 50937; reinhard.buettner@uk-koeln.de 20 巴塞罗那大学医学人工智能实验室(BCN-AIM),西班牙巴塞罗那 08007; karim.lekadir@ub.edu 21 想象 Margo,78100 圣日耳曼昂莱,法国; patricia.blanc@imagineformargo.org 22 蒙彼利埃大学医学中心稀有人类循环细胞实验室,法国蒙彼利埃 34093; c-panabieres@chu-montpellier.fr 23 国际癌症儿童组织,1200 维也纳,奥地利; sara@bwconsultancy。法国蔚蓝海岸大学巴斯德医院临床和实验病理学实验室,邮编 06000 尼斯, hofman.p@chu-nice.fr 25 INSERM U1287,古斯塔夫鲁西癌症园区,94805 维尔瑞夫,法国; eric.solary@gustaveroussy.fr 26 巴黎第十一大学医学院,勒克里姆林-比克特,91405 法兰西岛,法国 27 古斯塔夫鲁西癌症中心血液学系,94805 巴黎,法国
4BIO Capital 4D Molecular Tx AABB Abeona Tx Accelerated Bio ACF Bioservices Adaptimmune Adicet Bio Adverum Bio AGTC Aivita Biomedical Akouos Akron Bio Albumedix Aldevron Alpha-1 Foundation YTE Angiocrine Bio apceth Biopharma Archbow Consulting Artiva Bio Aruvant Aseptic Technologies ASGCT AskBio Aspect Biosystems Asset Management Company Association of Clinical Research Organizations Be the Match Biotherapies Beam Tx Bellicum Pharma BioBridge Global BioCardia BioLife Solutions BioMarin BioStage Biotech Mountains Blood Centers of America gene (BMS) CEO Council for Growth CGT Catapult Cell Medica Cellatoz CellCAN Cellect Bio CellGenix Cello Health CBMG Cellular Technology Limited CCRM Century Tx Cevec Chemelot CIRM City of Hope Cleveland Clinic Cleveland Cord Blood Center Gene Cook Myosite Cornell University Covance CRISPR Tx Cryoport Systems CSL CTI Clinical Trial and Consulting Services CureDuchenne Cynata Tx Dark Horse Consulting DiscGenics EB Research Partnership Editas Medicine Elevate Bio Emerging Therapy Solutions Encoded Tx Enzyvant Tx ERA Consulting Ex CellThera Exogrades Falcon Tx FARA Fate Tx Fibrocell Science Fight Colorectal Cancer Flexion Tx Foundation Telethon Foundation for Biomedical Research and Innovation GammaDelta Tx G-CON Manufacturing GE Healthcare GE2P2 Global Foundation Gemini BioProducts Generation Bio GENETHON Genprex GenSight Biologics Gift of Life Marrow Registry Gilead/Kite Giner GlaxoSmithKline Global Genes GPB Scientific Gyroscope Tx Halloran Consulting Healios KKHistogen 日立化学 Advanced Tx Solutions Hogan Lovells Homology Medicines Humanscape Huron Consulting Hybrid Concepts International ICON Immusoft InRegen InsightRX Intellia Tx Invetech Invitria Invitrx Iovance IQVIA ISCT ISSCR IVERIC Bio 约翰霍普金斯大学 强生公司 Key Biologics Kiadis Pharma Kimera Labs Kytopen L7 Informatics LabConnect Lake Street Capital Markets Latham BioPharma LatticePoint Consulting Legend Biotech Locate Bio LogicBio Lonza Biologics Lovelace Biomedical Ludwig Boltzmann Institute Lysogene Magenta Tx Mammoth Bio MaSTherCell MaxCyte MEDIPOST America Medpace MeiraGTx MSK Cancer Center Mesoblast Limited MilliporeSigma MiMedx Minerva Bio Miromatrix Medical Missouri Cures MolMed 肌肉骨骼移植基金会 Mustang Bio 国家疾病研究交流中心 美国国家多发性硬化症协会 美国国家干细胞基金会内布拉斯加州救命疗法联盟 NeoProgen 神经干细胞研究所 Neurogene 新泽西创新研究所 纽约干细胞基金会 NexImmune NIIMBL Nkarta 西北大学综合移植中心 Novadip Bio 诺华 / Avexis Novitas Capital Novo Nordisk NYBC Obsidian Odylia Tx OIRM Oisin Bio OncoSenX Opsis Tx Orchard Tx Organabio Orgenesis Orig3n Oxford BioMedica panCELLa Parent Project 肌肉萎缩症 PDC*line Pharma SA 辉瑞 Pluristem Tx PolarityTE Polyplus-transfection Poseida Tx Precigen Precision Bio Prevail Tx 预防癌症基金会项目 8p Project Farma Promethera Bio PTC Tx Recardio Recombinetics Regenerative Patch Technologies ReGenesys Regeneus REGENXBIO REMEDI ReNeuron RepliCel Life Sciences Rescue Hearing Rexgenero Rigenerand Rocket Pharma RoosterBio Roslin CT Rousselot RxGen SanBio Sanford Health Sanford 干细胞临床中心 @ UCSD Sangamo Tx Sanofi Sarepta Sartorius Stedim North America SCM LifeScience 苏格兰国家输血服务中心 Semma Tx Seneca Bio Senti Biosiences Sentien Bio Seraxis Sernova Sigilon Sirion Biotech Skyland Analytics SmartPharm Tx Solid Bio Spark Tx StafaCT Starfish Innovations STEL Technologies StemBioSys StemCyte StemExpress Stempeutics Stop ALD Foundation 干细胞研究学生协会 Sven Kili Consulting Synpromics T-Knife Tacitus Tx Takeda Talaris Tx Tenaya TERMIS-Americas Terumo BCT Tessa Tx 德克萨斯心脏研究所 迈克尔·J·福克斯基金会 Theradaptive Thermo Fisher Scientific ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 UCSD干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部脊髓联合协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx World Courier 无锡 Xintela Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学福克斯基金会 Theradaptive 赛默飞世尔科技 ThermoGenesis TikoMed Tmunity Tx TrakCel TreeFrog Tx Tremont Tx LLC Trizell 杜兰大学 加州大学圣地亚哥分校干细胞计划 Ultragenyx 麻省大学医学院 Unicyte uniQure Unite 2 抗击麻痹 退伍军人事务部联合脊髓协会 安第斯大学 科罗拉多大学 宾夕法尼亚大学 Unum Tx VERIGRAFT ViaCyte VidaCel Videregen Vigene VINETI ViveBiotech Vivet Tx Voisin Consulting Voyager Tx WiCell WindMIL Tx 世界快递 无锡新泰拉 Xyphos Bio Yposkesi Zelluna Ziopharm 肿瘤学
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