FastAni

使用FastAni和AniclusterMap

在本文中，我们想使用FastAni（Jain等，2018）和AniclusterMap（https://github.com/moshi4/moshi4/aniclusterm ap）提出一种基于平均核苷酸认同（ANI）的细菌基因组比较的简单方法。ANI是作为新测序基因组分类隶属的标准。It is a similarity index between a given pair of genomes that can be applicable to prokaryotic organisms independently of their G+C content, and a cut-off score of > 95% indicates that they belong to the same species (Figueras et al ., 2014) Nevertheless, the usage of ANI value as a mean of strains phenotypic diversity offers a relatively easy way for studding bacterial phylogeny.所提出的程序可用于研究完整和细菌基因组草案的系统发育。程序的最大优势是它们的相对简单性。但是，程序允许进行基本的系统发育分析，并且不考虑编码和非编码区域或重组区域之间的差异。更详细的分析将需要另一种方法。