图2。均化时间和速度对DNA产量和纯度的影响。比较了三个均质化设置:1300 rpm持续3分钟,1500 rpm,持续2分钟,1500 rpm持续1分钟。样品均质2或3分钟显示出可比的产率。纯度w在所有设置上都差异很高。
虽然大多数样本类型的FastPrep®速度设置为4.0 m/s 20秒,但某些样品可能需要更严格的条件才能完全裂解。均质化速度和/或时间可以增加。当使用涡旋而不是FastPrep®进行裂解时,可以通过在溶液基质中进行涡旋之前在液氮中磨碎样品。涡旋持续时间也可以根据需要延长。
注意:在Powerlyzer 24上,相当于慢于2500 rpm或比4000 rpm快的设置,使用FastPREP或前presellys同质化器无法获得。
使用特殊配方的缓冲液MB1和裂解矩阵E与MP BioMedicals的FastPrep®仪器结合使用,可以在几秒钟内实现各种样品的有效裂解。在套件中提供的列MB和套件缓冲液旨在提供高产量和纯度的GDNA,并与QPCR,限制消化和测序等下游应用兼容。
PACBIO强烈建议使用汉密尔顿液体处理系统将DNA剪切至〜15 - 20 kb的片段尺寸范围,用于WGS样品制备工作流程。If a Hamilton system is unavailable, a Megaruptor 3 system, Spex SamplePrep 1600 MiniG homogenizer or MP Bio FastPrep 96 homogenizer may also be used to shear DNA samples.如果上述剪切工具都不可用,则Covaris g-tube提出了一种替代剪切方法,该方法不需要仪器以外的标准微分离散 - 参见技术注:Covaris G-Tube DNA剪切smrtbell Prep Kit 3.0(102-326-501),以获取更多信息。有关特定设备建议的更详细的指导,请参阅适当的PACBIO程序和清单。