摘要 由严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 引起的正在大流行的冠状病毒病 19 (COVID-19) 是全球关注的问题。空气污染和吸烟等环境因素以及合并症(高血压、糖尿病和潜在的心肺疾病)可能会增加 COVID-19 的严重程度。大约七分之一的个体可能出现关节痛和关节炎等风湿性表现。COVID-19 可导致急性间质性肺炎、心肌炎、白细胞减少(伴有淋巴细胞减少)和血小板减少,也见于狼疮和干燥综合征等风湿性疾病。一部分患者的重症疾病可能是由细胞因子风暴引起的,可能是由于继发性噬血细胞性淋巴组织细胞增生症 (HLH),类似于全身性发病的幼年特发性关节炎或成人发病的 Still 病。由于缺乏关于这种新兴疾病的高质量证据,了解其发病机制可能有助于推测潜在的治疗方法。血管紧张素转换酶 2 (ACE2) 似乎对病毒进入肺泡细胞很重要;ACE 抑制剂或布洛芬引起的 ACE2 失衡可能导致严重疾病。初步证据表明氯喹或羟氯喹可能有益。洛匹那韦/利托那韦、法匹拉韦和瑞德西韦等抗病毒药物也正在研究中。细胞因子风暴和继发性 HLH 可能需要加强免疫抑制方案。目前国际社会的建议是,接受免疫抑制治疗的风湿病患者在感染 COVID-19 期间不应停止使用糖皮质激素,尽管可以使用尽可能小的剂量。应继续使用改善病情的药物;按照标准做法,在感染发作期间可以考虑停药。开发疫苗可能是预防这种疾病的唯一有效的长期保护措施。
背景:由19日大流行的驱动和可怕的发现抗病毒药,我们探索了SARS-COV-2生物医学出版物的景观,以识别潜在的治疗方法。目的:这项研究的目的是鉴定出可能对冠状病毒病大流行有益的标签药物,它提出了一种称为Covidx的新型排名算法,以建议现有的药物潜在的重新利用,并在临床试验中使用药物知识验证基于文献的基于文献的结果。方法:为了实现此类目标,我们应用了自然语言处理技术来识别药物和链接实体(例如疾病,疾病,基因,蛋白质,化合物)。当链接此类实体时,它们会形成一张可以使用网络科学工具进一步探索的地图。Covidx算法是基于我们称为“多样性”的概念。通过测量如何使用各种生物实体计算“多样化”药物的多样性评分(无论每个类别中实际实例的基础性如何)。该算法验证排名并授予目前正在开放临床试验中正在研究的药物。开放临床试验的基本原理是提供PubMed结果的验证机制。这确保提供了这种疾病快速发展的最新证据。结果:从分析的生物医学文献中,该算法确定了30种可能的候选药物进行重新利用,相应地对其进行排名,并根据临床试验的证据验证了排名结果。根据我们的算法,前10名候选者是羟氯喹,阿奇霉素,氯喹,氯喹,利托那韦,洛萨拉坦,losartan,remdesivir,favipipiviravir,favipiviravir,甲基丙糖酸酯,雷帕霉素,tilorone dilorone dilorone dilorone dihydrochloride。结论:排名在识别可以重新使用的药物方面表现出一致性和有望。但是,我们认为,完整的治疗方法是一种多方面的辅助方法,可能需要同时服用多种药物。
图 2. A) 条形图显示来自印度药用植物的对接得分最高的植物化学物质的百分比。横轴表示植物化学物质的百分比。纵轴是印度药用植物的名称。B) Heatmapper 根据 21 种药物与 SARS-COV-2 的 10 个结合位点的对接得分生成相关性(平均链接,皮尔逊距离测量)热图。左侧纵轴中的数字代表 SARS-COV-2 靶标:1:蛋白酶;2:刺突蛋白,3:NSP 10;4:NSP 12 催化位点;5:NSP 12-NSP7 界面;6:NSP 12-NSP 8 界面;7:NSP 16;8:NSP 9;9:NSP 15; 10:NSP 3。横轴代表21种药物,缩写为:磷酸氯喹(CP);氯喹(CL);阿比多尔(AR);瑞德西韦(REM);法匹拉韦(FAV);洛匹那韦(LOP);利托那韦(RIT);利巴韦林(RIB);奥司他韦(OSE);扎那米韦(ZAN);帕拉米韦(PER);更昔洛韦(GAN);甲基强的松龙(MEP);地塞米松(DEX);巴瑞替尼(BAR);羟氯喹(HCL);索非布韦(SOF);干扰素α-2b(INA);卡莫司他甲磺酸盐(CAM);达芦那韦(DAR);加利地西韦/BCX-4430(GAL)。颜色代表对接分数的z分数。 C) 21 种药物(缩写为 F1…Fn)和植物化学物质(缩写为 P1…Pn)的 8 个 ADME 概况的成对互相关图(Elucidian 距离测量)。橙色框表示图中显示药物和植物化学物质之间相关性的区域,其 ADME 概况显示标准规则的违反程度非常低。D) 比较条形图显示 21 种药物(左图)和植物化学物质(右图)的 13 个毒性概况。是:显示毒性的化合物百分比,否:未显示毒性的化合物百分比。横轴表示化合物的百分比,纵轴是从 vNN ADMET 服务器获得的各种毒性概况。
可导致严重的肺炎,肺功能障碍和多个器官衰竭,可能是致命的(1)。目前尚无美国食品药品监督管理局 - 在整个范围内批准患有冠状病毒病患者(COVID-19)的疗法。然而,几种实验方法,包括重新利用RNA聚合酶(抑制抗病毒剂),已改善了COVID-19患者的健康状况(2)。在东南亚中,一种核苷类似物的利巴韦林的组合治疗,以及两种用于治疗人类免疫降低病毒(HIV)的非核苷抗病毒剂(HIV)在轻度至微型患者中表现出了一些希望(3),同样是一项研究的研究,同样是一项研究的研究,同时又采用了另一项基于核苷的抗病毒剂抗病毒剂(4)。在美国,到目前为止,最有希望的药物治疗是Remdesivir(GS-441524)。一项多站点试验表明,对Remdesivir的治疗与感染SARS-COV-2的住院患者的快速康复有关,这促使美国食品和药物管理局于2020年5月1日允许紧急使用该药物进行COVID-190(5)。尽管有这些有希望的最近发展,但可以帮助临床医生预测哪些患者最有效反应的策略仍然是敷衍的。患者的优先次序和治疗匹配对于确保治疗剂优化以挫败这一大流行应至关重要。沿着这些路线,我们报告说,最初在急诊科和医疗重症监护室中死于败血症综合征和急性呼吸道衰竭的患者,并具有明显的代谢组合学(6-9)。最引人注目的变化是与从头产生烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD; NAD;代谢的关键辅助因子中心),线粒体功能以及ATP产生的ATP产生相关的代谢产生以及表1。在这些患者中,从其正常的生物合成途径中重新穿透了NAD的正常内源性前体,以及NAD,嘌呤和嘧啶核苷的核苷和核苷。此外,结局较差的患者表现出代谢组功能障碍,这似乎是不可逆转的,因为未经处理的三羧酸循环代谢物和肉碱酯的积累证明了这一点。在一起,这些标记不仅预测死亡率,而且表明非保险病具有急性生物能危机,这可能是由于我们在死亡前几天观察到的线粒体功能和代谢的严重下降(6-9)。