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分子肿瘤学伴随诊断测试
如果通过液体活检 [例如 FoundationOne ® Liquid CDx（CPT 代码 0239U）或 Guardant360 ® CDx（CPT 代码 0242U）] 进行检测，则必须满足以下标准之一： o 接受检测的个体身体状况不适合进行侵入性活检；或 o 无法进行肿瘤组织检测；或 o 循环肿瘤 DNA (ctDNA) 检测是检测特定生物标志物（例如 ESR1 抗性突变）的有效方法。如果不符合上述要求，使用综合基因组分析 (CGP) 的伴随诊断测试将被视为未经证实且没有医学必要。注意：对于未分化甲状腺癌，请参阅医疗政策“用于实体瘤癌症诊断、预后和治疗决策的分子肿瘤学检测”。对于急性髓细胞白血病，请参阅题为“血液系统癌症诊断、预后和治疗决策的分子肿瘤学检测”的医疗政策。
未知主要起源癌的全面基因组分析：考虑库比斯科研究设计的回顾性分子分类
背景。未知原始起源（CUP）的癌占新诊断的晚期恶性肿瘤的2％ - 5％，并以化学疗法作为护理标准。Cupisco（NCT03498521）是一项正在进行的随机试验，该试验使用全面的基因组亲膜（CGP），将杯赛患者分配给基于基因组亲实现的靶向或免疫疗法治疗臂。，我们对CGP的杯子病例进行了重新观察分析，以确定有多少有资格进入实验性杯状臂的可能有资格。材料和方法。使用基于混合捕获的基础CDX分析（平均覆盖范围，> 600倍）分析了基础库数据库中基础科目数据库中的腺癌和未分化的杯子标本。确定了基因组改变，微卫星不稳定性（MSI），肿瘤突变负担（TMB），杂合性（GLOH）的基因组丧失（GLOH）和程序性死亡 - 结构1（PD-L1）阳性。
UMR医疗政策更新公告：2025年2月
如果通过液体活检进行测试[或o肿瘤组织测试是不可行的；或o循环肿瘤DNA（CTDNA）测试是检测特定生物标志物（例如，ESR1抗性突变）使用综合基因组分析（CGP）的伴随诊断测试的验证方法，该测试不符合上述要求，被认为是毫无证人的且不具有医学上的。注意：有关型甲状腺癌的，请参阅题为“分子肿瘤学测试实体癌症诊断，预后和治疗决策”的医学政策。急性髓样白血病，请参阅《血液学癌症诊断，预后和治疗决策》的分子肿瘤学测试的医学策略。
基金会医学FDA-2022-D-2275-0002评论
RE：用于某些体外诊断测试的肿瘤学药物：试点计划； FDA-2022-D-2275-0002亲爱的专员Califf：基金会医学感谢有机会在某些体外诊断测试中对最终指导肿瘤学药物产品发表评论：试点计划（以下称为试点计划）。 1基金会医学是致力于改变癌症护理的领先的高质量测试创新者。 基金会医学使用下一代测序（NGS）技术提供全面的基因组分析测试，以鉴定所有癌症的分子改变。 具体来说，FoundationNeyne®CDX和FoundationNone®-液体CDX是FDA批准的伴侣诊断（CDX），它们基于该患者肿瘤的基因组特征，将患者与靶向疗法，免疫疗法或临床试验相匹配。 精确肿瘤学具有重新定义每个癌症患者的方式的巨大希望。 实现这一承诺取决于能够准确，可靠地将患者与最有效的治疗方案相匹配的能力。 ，经常有一个假设，即由于可用于临床使用，因此已证明该测试可以产生准确可靠的结果。 更糟糕的是，有些人声称诊断测试的质量无关紧要，只是药物的安全性和功效。 这种假设是有缺陷的，并且将使（即使不是加剧）永久存在，即当今临床实践中使用的测试中已知的质量差距。 基金会医学赞扬FDA提出了对经验不佳的实验室开发测试（LDTS）带来的安全风险的担忧。RE：用于某些体外诊断测试的肿瘤学药物：试点计划； FDA-2022-D-2275-0002亲爱的专员Califf：基金会医学感谢有机会在某些体外诊断测试中对最终指导肿瘤学药物产品发表评论：试点计划（以下称为试点计划）。1基金会医学是致力于改变癌症护理的领先的高质量测试创新者。基金会医学使用下一代测序（NGS）技术提供全面的基因组分析测试，以鉴定所有癌症的分子改变。具体来说，FoundationNeyne®CDX和FoundationNone®-液体CDX是FDA批准的伴侣诊断（CDX），它们基于该患者肿瘤的基因组特征，将患者与靶向疗法，免疫疗法或临床试验相匹配。精确肿瘤学具有重新定义每个癌症患者的方式的巨大希望。实现这一承诺取决于能够准确，可靠地将患者与最有效的治疗方案相匹配的能力。，经常有一个假设，即由于可用于临床使用，因此已证明该测试可以产生准确可靠的结果。更糟糕的是，有些人声称诊断测试的质量无关紧要，只是药物的安全性和功效。这种假设是有缺陷的，并且将使（即使不是加剧）永久存在，即当今临床实践中使用的测试中已知的质量差距。基金会医学赞扬FDA提出了对经验不佳的实验室开发测试（LDTS）带来的安全风险的担忧。用于选择治疗的测试的质量和验证水平可能会大大变化。2基金会医学已经观察到验证良好的测试，这些测试错误地将患者鉴定为生物标志物的正或阴性，在这种测试中，患者可能失去了尝试潜在的挽救生命疗法或没有受益的潜在有毒疗法的机会。此外，基础医学还经历了我们的测试确定诊断不正确的情况。最近的一个例子是最初被误诊为肺癌的患者，但发现通过基础医学测试具有与可通过FDA-批准的靶向疗法治疗的转移性皮肤癌一致的生物标志物。
化学上的循环肿瘤DNA监测 -
摘要◥目的：化学免疫疗法（化学疗法）是晚期驾驶员阴性非小细胞肺癌（NSCLC）的普遍治疗，诱导后进行了维持治疗。然而，持续时间，剂量和临时治疗临床治疗的临床变异性显着。，我们使用循环肿瘤DNA（CTDNA）监测来告知晚期NSCLC接受化学作用的患者的结果。实验设计：这项回顾性研究包括221名来自阿唑珠单抗的III阶段试验的卡泊铂试验，nsclc中的nab-紫杉醇与卡泊蛋白nab-paclitaxel（Impower131）。ctDNA监测使用了基础跟踪器，涉及预处理肿瘤组织的全面基因组促进，使用算法的变体选择来排除非肿瘤变体，以及最多16个变体的多重PCR来检测和量化ctDNA。结果：在96％的预处理样品（中位数，93个平均肿瘤分子/ml）和
在精确肿瘤学中实施超敏感液体活检方法的挑战
在此观点强调的文章中，Semenkovich等人对ctDNA利用的各种来源，实验室技术，临床应用和Challenges进行了全面综述。目前，当没有足够的组织可用于分析时，ctDNA测试越来越多地用于临床实践中，有足够的效用来进行基因分型。例如，批准CTDNA血液基于EGFR突变的批准，以鉴定有资格获得EGFR指导的靶向疗法的患者。Food and Drug Admin- istration subsequently granted approval for two ctDNA platforms (Guardant360 CDx and FoundationOne Liquid CDx) to detect genomic alterations in multiple solid tumor types to identify targetable tumor muta- tions which now include KRAS , BRAF , EGFR exon 20, MET exon 14, and KRAS G12C in non-small cell lung cancer and BRCA 1/2 in ovarian cancer among others.然而，在临床应用中，在癌症筛查，MRD评估和监测以及治疗反应监测之前仍有许多工作要做。在这里，我们概述了这些技术的临床挑战和下一步，以改善整个癌症连续体的患者结果（图1）。
低级别浆液性卵巢癌和腹膜癌的临床特征和分子方面：一项多中心、观察性、回顾性分析
背景：低级别浆液性卵巢和腹膜癌 (LGSC) 是一种罕见疾病，关于其临床和基因组学状况的数据很少。方法：对 1996 年至 2019 年期间在 MITO 中心确诊为 LGSC 的患者进行了回顾性分析。评估了治疗后的客观缓解率 (ORR)、无进展生存期 (PFS) 和总生存期 (OS)。此外，使用下一代测序 (NGS) FoundationOne CDX (Foundation Medicine®) 评估了 56 例患者的肿瘤分子谱。结果：共确定 128 名具有完整临床资料且病理确诊为 LGSC 的患者。首次和后续治疗的 ORR 分别为 23.7% 和 33.7%。 PFS 为 43.9 个月（95% CI：32.4 – 53.1），OS 为 105.4 个月（95% CI：82.7 – 未达到）。最常见的基因变异是：KRAS（n = 12，21%）、CDKN2A/B（n = 11，20%）、NRAS（n = 8，14%）、FANCA（n = 8，14%）、NF1（n = 7，13%）和 BRAF（n = 6，11%）。意外的是，发现了致病性 BRCA1（n = 2，4%）、BRCA2（n = 1，2%）和 PALB2（n = 1，2%）突变。结论：MITO 22 表明 LGSC 是一种异质性疾病，其临床行为对标准疗法有反应，其分子改变也不同。未来的前瞻性研究应根据肿瘤的生物学和分子特征测试治疗方法。临床试验注册：本研究在 ClinicalTrials.gov 上注册号为 NCT02408536。
安全性和有效性数据摘要（SSED）
最初的PMA（P170019）用于基础CDX于2017年11月30日批准，用于检测可能受益于非小细胞肺癌（NSCLC），黑色素瘤，乳腺癌，结婚癌症（CRC）和Ovarian Cancer的15种FDA批准疗法之一。随后，批准了九种PMA补充剂以扩大F1CDX的适应症，因为它是其最初批准的。PMA补充（P170019/S005）用于添加杂合性基因组损失（LOH）的PMA补充剂（P170019/S004）在2019年7月1日批准了BRCA1/2改变的卵巢癌患者中添加Lynparza®（Olaparib）指示的指示。PMA补充（P170019/S008）在NSCLC患者中添加Tagrisso®（Osimertinib）的指示EGFR EXON 19缺失和EGFR EXON 21 L858R变化的指示，于2019年7月1日获得批准。PMA补充剂（P170019/S006）在2019年12月3日批准了PIKRAY®（Alpelisib）对PIK3CA改变的乳腺癌患者的指示（Alpelisib）的指示。PMA补充（P170019/S010）在北卡罗来纳州莫里斯维尔添加第二个网站，该网站将于2019年12月16日批准。PMA补充（P170019/S013），用于在2020年4月17日批准使用FGFR2融合的胆管癌患者中添加Pemzyre®（Pemigatinib）的指示（pemigatinib）。PMA补充（P170019/S011）在NSCLC患者中添加了MET单核苷酸变体（SNV）和导致MET 14跳过的NSCLC患者中添加TabRecta®（Capmatinib）的指示。
使用液体活检方法对未知原发性癌症的遗传表征
未知的原发性（杯子）的癌症包括一组异质的罕见转移性肿瘤，其主要部位在广泛的临床 - 病情研究后无法识别。 杯子患者通常接受经验化学疗法治疗，并且预后较低。 最近报道，杯赛基因组提出了可能提出靶向疗法的潜在可药物改变。 肿瘤组织的稀少以及难于DNA测试以及缺乏用于靶基因测序的专用面板是进一步的相关局限性。 在这里，我们建议可以使用循环肿瘤细胞（CTC）和循环肿瘤DNA（CTDNA）来识别杯赛患者中可起作用的突变。 血液是从两名杯子患者手中纵向收集的。 用细胞搜索r⃝和deparray tm nxt和parsortix系统分离 ctc，具有免疫表征的特征，用于使用Ampli 1 TM试剂盒进行单细胞基因组表征。 在不同时间点从血浆中纯化的循环无细胞DNA（CCFDNA），使用Sureselect目标富集技术测试了使用杯折线的92基因定制面板的肿瘤突变。 并行，用三种不同的测定法分析了FFPE肿瘤组织：FoundationOne CDX测定法，DeParray libprep和Oncoseek面板以及Sureselect自定义面板。 这些方法识别出相同的突变，当该基因被面板覆盖时，除了APC基因中的插入外。 由Oncoseek和SuneSelect面板检测到，但没有基础。 在一名患者的单个CTC，肿瘤组织和CCFDNA中检测到 FGFR2和CCNE1基因扩增。未知的原发性（杯子）的癌症包括一组异质的罕见转移性肿瘤，其主要部位在广泛的临床 - 病情研究后无法识别。杯子患者通常接受经验化学疗法治疗，并且预后较低。最近报道，杯赛基因组提出了可能提出靶向疗法的潜在可药物改变。肿瘤组织的稀少以及难于DNA测试以及缺乏用于靶基因测序的专用面板是进一步的相关局限性。在这里，我们建议可以使用循环肿瘤细胞（CTC）和循环肿瘤DNA（CTDNA）来识别杯赛患者中可起作用的突变。血液是从两名杯子患者手中纵向收集的。ctc，具有免疫表征的特征，用于使用Ampli 1 TM试剂盒进行单细胞基因组表征。在不同时间点从血浆中纯化的循环无细胞DNA（CCFDNA），使用Sureselect目标富集技术测试了使用杯折线的92基因定制面板的肿瘤突变。并行，用三种不同的测定法分析了FFPE肿瘤组织：FoundationOne CDX测定法，DeParray libprep和Oncoseek面板以及Sureselect自定义面板。这些方法识别出相同的突变，当该基因被面板覆盖时，除了APC基因中的插入外。由Oncoseek和SuneSelect面板检测到，但没有基础。在一名患者的单个CTC，肿瘤组织和CCFDNA中检测到 FGFR2和CCNE1基因扩增。在肿瘤组织和CCFDNA中检测到ARID1A基因（P.R1276 ∗）中的体细胞变体。通过在肿瘤演化期间收集的所有CCFDNA样品中，通过液滴数字PCR验证了变化。CTC呈现出ASPM和SEPT9基因中的复发放大模式以及FANCC的丧失。识别CCFDNA中的92基因自定义面板16个非同义体细胞改变，包括删除（I1485rfs ∗ 19）和体细胞突变（p。
精准医疗对临床结果的影响：单一
基因组学和下一代测序 (NGS) 的进步使精准癌症管理方法成为可能，从而彻底改变了肿瘤学领域。精准肿瘤学着眼于肿瘤的遗传和分子特征而非传统组织学，以匹配治疗策略 ( 1 )。该策略已应用于多种癌症的管理，包括检测非小细胞肺癌 (NSCLC) 中的表皮生长因子受体 (EGFR) 突变、间变性淋巴瘤激酶 (ALK) 融合、B 型 Raf 激酶 (BRAF) 突变、c-Ros 致癌基因 1 (ROS1) 和程序性死亡配体 1 (PD-L1)；乳腺癌和胃癌中的人表皮生长因子受体 2 (HER2)；结肠癌中的 Kirsten 大鼠肉瘤病毒致癌基因同源物 (K-RAS)、神经母细胞瘤 ras 病毒致癌基因同源物 (N-RAS) 和 BRAF 突变；以及所有实体瘤的肿瘤突变负荷、NTRK 融合和微卫星不稳定性 (MSI) 状态（2-8）。针对大约 40 种不同癌症基因的特定变异的生物标志物匹配靶向疗法已获得美国食品药品监督管理局 (FDA) 的批准（9、10）。此外，许多肿瘤学精准临床试验旨在确定可靶向基因变异是否可以预测对靶向疗法的反应，这些试验已经完成并正在进行中。美国国家癌症研究所-治疗选择分子分析 (NCI-MATCH) 试验的选定组的结果已经公布，结果好坏参半。虽然 BRAF V600E/K 突变队列（达拉非尼和曲美替尼）和 MSI-H 队列（纳武单抗）取得了积极成果，但其他组如成纤维细胞生长因子受体 (FGFR) 变异队列（FGFR 抑制剂 AZD4547）、PIK3CA 突变队列（taselisib）和 HER2 扩增队列（ado-trastuzumab emtansine）取得了负面成果（11 – 15）。生物标志物 PDL-1 和肿瘤突变负荷 (TMB) 已被证明可以预测多种癌症对免疫疗法的反应，并且也作为“靶向治疗”纳入我们的研究。精准肿瘤学的疗效仍不清楚。然而，精准医疗策略已在社区肿瘤学实践中得到广泛采用。FoundationOne CDx™