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工程师人类多能干细胞衍生的天然杀伤细胞，带有Pd-l1 1
我们研究了在平方晶格上具有基塔夫型相互作用的双层量子自旋液体模型的相图。我们表明，低能极限是由具有增强so（4）对称性的π-吹动模型描述的。Hubbard模型的抗磁性莫特过渡信号为双层自旋和轨道自由度的磁性碎片转变。除了各向异性局部顺序参数外，零散的“néel订单”还具有平面内部组件的非局部字符串顺序参数。相关的量子顺序的特征是当NéelVector沿ˆ Z方向而出现的Z 2×Z 2量规，而Z 2量规范则否则。我们以扰动计算为基础，这与现场理论分析一致。我们在讨论了这些阶段的低能量集体激发的讨论中，表明Z 2×Z 2相的金石玻色子是分数化的，非本地的。
finaleme：通过无血浆细胞DNA
与基因组DNA（GDNA）不同，CFDNA不是随机碎片的，其碎片化模式与局部表观遗传背景高度相关。17,18。最近的几项研究已经确定了甲基化和未甲基化的CFDNA分子之间的DNA片段化模式显着不同，7,19,20。这些发现表明，从CFDNA片段化模式中推断DNA甲基化水平的可能性。最近的一项研究提供了一种概念验证解决方案，以通过深度学习模型19预测超高覆盖WGB中DNA甲基化的二元状态。但是，从CFDNA WGS预测甲基化状态的能力仍未得到探索。2020年美国妇产科医生学院（ACOG）指南建议所有怀孕的非侵入性产前测试（NIPT），无论风险如何，这最终将导致美国每年在美国每年都会导致数百万个浅层覆盖率（〜0.1x-1x）CFDNA WG。此外，已经将数十万个CFDNA WGS样品被学术社区和商业实体在全球范围内进行了癌症早期检测和其他目的。21。Given the potential to leverage cfDNA WGS datasets to advance understanding of gene regulation and human health 22 , we developed a computational method, named FinaleMe ( F ragmentat I o N A na L ysis of c E ll-free DNA Me thylation), to predict the DNA methylation status in each CpG at each cfDNA fragment and obtain the continuous DNA methylation level at CpG sites, mostly accurate in CPG富裕地区。我们直接从CFDNA WGS中的碎片模式直接预测了相关的原始组织状态。我们使用对不同生理条件的同一血管（〜16-39x）和浅（〜0.1x）WGS的同一血液中的血浆CFDNA的配对WGS和血浆CfDNA的甲基化水平和原生蛋白状态的预测。
精子DNA片段化对无法解释不育症的体外受精结果的影响
背景：不育症是由异质风险引起的，但大多数是无法解释的。精子DNA碎片指数（DFI）越来越被认为是评估男性不育症的参数。这项研究旨在研究精子DFI与实验室之间的关联以及无法解释的不孕症的人口中的临床结果。方法：收集了不育群体的临床数据，以选择无法解释的不育症的生殖患者。作者对对照组（DFI <25％）和观察组（DFI≥25％）的患者进行了正常精子参数的分类，并比较了两组之间的基础特征，实验室和临床结果的差异。作者进行了相关分析，以检查DFI与D3良好胚胎数量之间的关系，以及临床妊娠率和活出生率。回顾性研究共有176例病例。结果：观察组（n = 88）比对照组显示出晚期男性年龄，精子浓度较低，进行性运动性和形态评估。此外，下部号在观察组中显示了良好质量胚胎，临床妊娠率和活出生率。DFI与No.显示了良好质量的胚胎（RS = -0.347，p <0.001）或活出生率（RS = -0.185，P = 0.028）。结论：精子DFI是在无法解释的不明显伴侣中预测D3良好胚胎的一个很好的指标，但它没有提供有关临床妊娠结局的足够信息，而是实时的预期。
Sanger 生命之树 HMW DNA 碎片化：用于 PacBio HiFi 的 Diagenode Megaruptor®3
本方案描述了使用 Diagenode Megaruptor®3 从 MagAttract v.1、Plant MagAttract v.1 或 Plant MagAttract v.2 Sanger Tree of Life HMW DNA 提取方案中对 HMW DNA 进行片段化。该过程对于从生命之树计划涵盖的所有分类群中提取 DNA 非常有效，DNA 被剪切成平均 12-20 kb 大小的片段。然而，具有挑战性的样本包括那些浓度高或粘度大的样本，以及 DNA 提取后含有污染物或杂质的样本。该方案的输出是剪切的 DNA，可以使用手动或自动 SPRI 方案将其用于碎片 DNA 清理。该协议已更新为 Sanger Tree of Life HMW DNA Fragmentation：Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio，以处理由 Sanger Tree of Life HMW DNA Extraction：Automated MagAttract v.2、Automated Plant MagAttract v.3 和 Automated Plant MagAttract v.4 协议产生的样本。
桑格生命树Hmw DNA碎片：li pacbio
该协议描述了使用diaganodeMegaruptor®3的植物Magattract v.3或植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract v.4使用iaganodeMegaruptor®3的生命HMW DNA提取方案的片段化。此过程对于从生命之树计划所涵盖的所有分类组中的DNA提取物中清除和较短的片段去除非常有效，DNA剪切成平均片段大小范围为12-20 kb。但是，高度浓缩或粘性样品具有挑战性。该协议的输出是剪切的DNA，可以用手动或自动化的SPRI协议针对碎片的DNA清除。该协议改编自Sanger Life Tree HMW DNA片段：Pacbio Hifi的diaganodeMegaruptor®3，以处理由Sanger Life Tree HMW DNA提取的样本HMW DNA提取：自动化MagAttract v.2，自动化植物Magattract V.3，自动化工厂Magattract V.3和自动化工厂Magattrack V.4协议。
采用酶促碎裂法制备文库所得的测序产物
DNA 片段化是基于杂交捕获的短读测序中文库制备过程中的一个基本步骤。迄今为止，人们一直使用超声波来制备适当大小的 DNA，但这种方法会导致大量 DNA 样本损失。最近，研究采用了依赖于 DNA 内切酶酶促片段化的文库制备方法来最大限度地减少 DNA 损失，尤其是在纳米量样本中。然而，尽管它们被广泛使用，但酶促片段化对所得序列的影响尚未得到仔细评估。在这里，我们对使用超声波和酶促片段化方法制备的相同肿瘤 DNA 样本的体细胞变异进行了成对比较。我们的分析显示，与通过超声波创建的文库相比，内切酶处理的文库中反复出现的人工 SNV/indel 数量要多得多。这些人工制品以基因组背景下的回文结构、测序读取中的位置偏差和多核苷酸替换为标志。利用这些独特的特性，我们开发了一种过滤算法，可以高特异性和灵敏度地区分真正的体细胞突变和人为噪声。噪声消除恢复了肿瘤样本中突变特征的组成。因此，我们提供了一种信息学算法来解决因内切酶介导的碎片化而产生的测序错误，这是本研究中首次强调的。
精子 DNA 碎片化指数对辅助生殖结局的影响：回顾性分析
众所周知，男性因素导致不育的比例与女性因素大致相同 (1,2)。然而，男性不育的确切原因仍不清楚。虽然传统的精液分析侧重于精子浓度、活力和形态，被广泛用于评估男性生育能力，但越来越多的研究表明，这些参数并不总是与辅助生殖技术 (ART) 的结果相关 (3)。最近，精子 DNA 碎片化 (SDF) 评估作为男性生育能力的潜在指标引起了人们的关注，因为在各种诊断检测中都观察到不育患者的精子 DNA 完整性降低 (4,5)。精子 DNA 高度组织化，染色质的组织程度会影响表观遗传变化和胚胎发育 (2,6)。精子 DNA 损伤程度通常用精子 DNA 碎片化指数 (DFI) 来衡量。然而，关于 DFI 对辅助生殖结果的影响仍存在争议。一些研究表明，DFI 升高会对自然受孕 (7) 和 ART 结果 (8,9) 产生不利影响。高 DFI 甚至会破坏正常的生理功能，导致将错误的遗传信息传递给后代，而常规精液分析无法评估这一点 (5)。两项荟萃分析表明，精子 DFI 升高与优质胚胎率降低、临床妊娠率降低和流产率增加相关 (10,11)。尽管如此，其他荟萃分析得出的结论是，精子 DFI 不能预测 IVF 或胞浆内精子注射 (ICSI) 结果 (12)。根据现有文献，精子 DFI 对胚胎发育、临床结果，特别是对围产期和新生儿结果的影响仍有待充分了解。美国泌尿协会 (AUA) 和欧洲泌尿协会 (EAU) 在其 2023 年男性不育指南中承认了 SDF 的重要性 (13,14)。为了建立明确的相关性，必须进行严格的调查，并进行大样本量和延长研究时间。在我们的回顾性研究中，我们探讨了精子 DFI 对单胎妊娠中胚胎发育、临床结果以及不良母婴结局风险的影响。
我们分裂了吗？衡量地缘政治分裂及其因果效应 ∗
经过几十年的全球经济一体化，世界经济正在分裂。为了衡量这一点，我们引入了一个地缘政治分裂指数，该指数基于具有时变参数和随机波动性的动态分层因子模型。然后，我们使用结构向量自回归和局部投影来评估分裂的因果影响。分裂加剧对全球经济产生负面影响，新兴经济体受到的影响大于发达经济体。值得注意的是，分裂的负面影响是立竿见影的，而分裂减少的好处则是逐渐显现的。部门分析表明，与全球市场密切相关的行业受到的不利影响更大。最后，我们强调了不同地缘政治集团之间分裂影响的显著差异。
研究影响吸烟对伊拉克男性生育的精子形态和DNA碎片化
背景：男性不育症是一个普遍的问题，涉及各种因素。精子质量，尤其是吸烟影响，对于生育至关重要。DNA片段化表明精子细胞中DNA链的损害在男性不育症研究中变得重要，尤其是关于异常的精子形态。目的：研究吸烟对男性生育能力的潜在影响精子形态和DNA碎片。材料和方法：在这项横断面观测研究中，有83名参与者（38名非吸烟者和45位吸烟者）和Normozoospermia提供了知情同意。精液样本。使用苏木精染色的克鲁格严格标准评估了精子形态，并使用苯胺蓝色染色和精子染色质损伤评估了DNA片段化指数。Results : The signi fi cant correlation signs were especially clear in various parameters, including sperm concentration (P ¼ 0.000484), sperm morphology (P ¼ 0.0001), as well as speci fi c morphological characteristics such as pin & small head (P ¼ 0.039), round head (P ¼ 0.002), tapered head (P ¼ 0.008), irregular neck (P ¼ 0.002），短尾巴（p¼0.020），精子核成熟度（p¼0.048）和精子染色质分散（p¼0.042）。值得注意的是，在吸烟和非吸烟的个体之间，精子形态正常和精子中未损坏的DNA之间没有发现显着相关。结论：在吸烟和非吸烟中显示精子异常形态与DNA损伤之间的联系。此外，根据Tygerberg标准，吸烟者和非吸烟者具有异常的精子形态，在DNA损伤指数上都显着增加，并且对于使用Kruger严格标准来检测常规精液分析中的精子形态。