50-200μL缓冲液或直接到膜中心的蒸馏水。 在室温下孵育2-5分钟,然后在12,000 rpm(〜13,400×g)下离心2分钟。 注意:如果洗脱缓冲液的体积小于50μL,则可能会影响恢复效率。 洗脱缓冲液的pH值将在洗脱中产生一定影响。 我们建议选择缓冲液或蒸馏水(pH 7.0-8.5)以洗脱gDNA。 对于长期存储DNA,建议在缓冲液中洗脱并在-30〜 -15°C下存储,因为存储在水中的DNA会接受酸水解。 为了提高gDNA产量,可以将洗脱液重新加载至CB3,在室温2分钟下孵育,然后以12,000 rpm(〜13,400×g)的速度离心2分钟,以获得最终的洗脱。50-200μL缓冲液或直接到膜中心的蒸馏水。在室温下孵育2-5分钟,然后在12,000 rpm(〜13,400×g)下离心2分钟。注意:如果洗脱缓冲液的体积小于50μL,则可能会影响恢复效率。洗脱缓冲液的pH值将在洗脱中产生一定影响。我们建议选择缓冲液或蒸馏水(pH 7.0-8.5)以洗脱gDNA。对于长期存储DNA,建议在缓冲液中洗脱并在-30〜 -15°C下存储,因为存储在水中的DNA会接受酸水解。为了提高gDNA产量,可以将洗脱液重新加载至CB3,在室温2分钟下孵育,然后以12,000 rpm(〜13,400×g)的速度离心2分钟,以获得最终的洗脱。
Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 是一种文库制备和富集解决方案,符合欧盟 (EU) 关于体外诊断医疗器械的法规 2017/746,并受美国食品药品管理局 (FDA) 监管。它支持来自人体细胞和组织的各种基因组 DNA (gDNA) 的文库制备,包括从全血或福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 组织中提取的 gDNA(表 1)。作为下一代测序 (NGS) 工作流程的一部分,Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 使临床实验室能够将有针对性的测序富集面板添加到其诊断应用程序中(图 1)。
质量控制(QC)在任何工作流程中的步骤都有助于区分高质量和低质量样本。知道样品的质量对于大多数工作流程,包括下一代测序(NGS),这需要高质量的样本才能发挥最佳性能。敏捷的贴纸系统是自动电泳仪器,可提供对核酸样品的客观分析。挂接系统使用敏捷的基因组DNA筛选测定法来评估输入基因组DNA(GDNA)的样本量和浓度,并生成称为DNA完整性数(DIN)的DNA质量指标。DIN分析了分析的每个样本,分配了1到10的分数,其中1个表明低质量样本,10个指示最高质量的样本。以德国癌症研究中心(DKFZ)收集的4,000个样本及其测序数据及其相关的输入GDNA DIN值,例如,该应用程序显示了用户如何使用DIN来区分不同质量的样品。此外,通过定义每个输入GDNA样本的质量,用户可以定义一个阈值,以确定样品是否适合NGS。通过将DIN阈值纳入测序准备工作流程,可以简化该过程,从而节省时间和成本。
Illumina* DNA无PCR PREP应用模板使库的生成与Illumina测序平台兼容。应用模板允许用户在单个批处理中生产4至24个库之间。用户可以利用基因组DNA(GDNA)作为起始材料。血液和唾液输入。此应用程序支持具有GDNA输入范围内的标准输入协议。在25-99 ng范围内的输入不受此标准输入应用程序的支持。用户可以选择指定起始材料的浓度以实现归一化以及洗涤后的珠干时间。80%乙醇洗涤量已从180 µL减少到100 µL。在协议末尾的自动池不支持。
5。在E列中输入GDNA的量子浓度。6。确定将使用哪个索引套件。在J列中选择索引井位置。7。输入用于在F列中用于文库制备的提取的DNA的体积。基因组量已标准化DNA的起始体积至5μL(GDNA浓度为20-50 ng/μL),但是,建议的输入DNA的建议量为100-500 ng。我们的建议是使用至少100 ng的输入DNA。个别实验室可以调整输入DNA体积,以确保数量属于此范围内。建议的最小输入DNA为2μL,如果DNA过于浓缩,则执行稀释度以使输入DNA体积高于2μL并进行。
图3。增加MGCL₂浓度对目标下90%的扩增的影响。富裕的s。金黄色葡萄球菌gDNA靶序列使用Phusion Plus Plus DNA聚合酶在Proflex PCR系统上进行扩增。每个20 µL反应含有10 ng的s。金黄色葡萄球菌和另外1 mm,1.5 mm,2 mm或2.5 mmmgcl₂。热循环条件:98°C的30秒;在98°C,最佳退火温度下10秒的10秒循环(表4),在64°C时为1分钟/kb;在64°C下5分钟。PCR产品以2%E-Gel 48含Sybr安全染色的琼脂糖凝胶运行。车道M:E-GEL 1 KB Plus Express DNA梯子。
Maxwell®RSC稳定的唾液DNA试剂盒使用一种称为Magnacel™粒子的新型顺磁性粒子净化样品,该粒子提供了一个可移动的固相,可优化样品GDNA的捕获,洗涤和纯化。该粒子利用核酸的基于纤维素的结合,比传统的DNA纯化提供了更高的结合能力和清洁剂。Maxwell®仪器是磁性粒子处理仪器,可有效地将GDNA与预填充墨盒的第一个孔中的顺磁颗粒结合,并在加工过程中混合。这种磁性捕获方法避免了常见的液体处理问题,例如堵塞的尖端或部分试剂转移,从而导致其他自动化系统次优纯化处理。
Monarch Spin RNA 分离试剂盒(微型)是一种全面的解决方案,可用于从各种生物样本(包括培养细胞、哺乳动物组织、微生物、植物、昆虫和血液)中保存样品、裂解细胞、去除 gDNA 和纯化总 RNA。使用此试剂盒还可以清理酶反应并纯化 TRIzol ® 提取样品中的 RNA。纯化的 RNA 具有高质量指标,A 260/280 和 A 260/230 比率通常 > 2.0,RNA 完整性得分高,残留 gDNA 极少。捕获的 RNA 大小范围从全长 rRNA 到完整的 miRNA。纯化的 RNA 适用于下游应用,例如 RT-qPCR、cDNA 合成、RNA-seq 和基于 RNA 杂交的技术。Monarch 试剂盒在设计时考虑到了可持续性,使用的塑料比市场上的其他试剂盒少得多。
RNA 样本要求:RNA 样本应不含盐(例如 Mg 2+ 或胍盐、二价阳离子螯合剂(例如 EDTA 或 EGTA)或有机物(例如苯酚或乙醇)。RNA 必须不含 DNA。gDNA 是 RNA 制备中的常见污染物。它可能来自有机提取的中间相,或者当固相 RNA 纯化方法的二氧化硅基质超载时。如果总 RNA 样本可能含有 gDNA 污染,则用 DNase I 处理样本以去除所有痕迹的 DNA(此试剂盒中不提供 DNase)。用 DNase I 处理后,应从样本中去除酶。DNase I 的任何残留活性都可能降解富集所需的寡核苷酸。可以使用苯酚/氯仿提取和乙醇沉淀从提取物中去除 DNase I。
Monarch Spin RNA 分离试剂盒(微型)是一种全面的解决方案,可用于从各种生物样本(包括培养细胞、哺乳动物组织、微生物、植物、昆虫和血液)中保存样品、裂解细胞、去除 gDNA 和纯化总 RNA。使用此试剂盒还可以清理酶反应并纯化 TRIzol ® 提取样品中的 RNA。纯化的 RNA 具有高质量指标,A 260/280 和 A 260/230 比率通常 > 2.0,RNA 完整性得分高,残留 gDNA 极少。捕获的 RNA 大小范围从全长 rRNA 到完整的 miRNA。纯化的 RNA 适用于下游应用,例如 RT-qPCR、cDNA 合成、RNA-seq 和基于 RNA 杂交的技术。Monarch 试剂盒在设计时考虑到了可持续性,使用的塑料比市场上的其他试剂盒少得多。