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对转录因子剂量逐渐调制的非线性转录响应
与常见特征和疾病相关的基因组基因座通常是非编码的，并且可能影响基因表达，有时与目标基因中罕见的功能丧失变体相吻合。但是，我们对基因剂量逐渐变化如何影响分子，细胞和生物性状的理解是有限的。为了解决这一差距，我们使用CRISPR激活和失活引起了四个基因的基因表达的逐渐变化。使用靶向的单细胞多模式测序检查了三个与血细胞性状（GFI1B，NFE2和MYB）相关的三个主反式调节剂（GFI1B，NFE2和MYB）剂量调节的下游转录后果。我们表明，在TSS周围铺平的指导是调节各种倍数变化范围内CIS基因表达的最有效方法，其染色质可及性和组蛋白标记的进一步影响在抑制和激活系统之间有所不同。我们的单细胞数据使我们能够精确地检测到数十个反式基因的细微基因表达变化，这表明这三个TF的剂量变化的许多反应是非线性的，包括非单调的行为，即使在限制了主调节器对副本数量或损失的折叠时，也是非单调的。我们发现剂量特性与基因约束有关，其中一些非线性反应富含疾病和GWAS基因。总体而言，我们的研究提供了一种直接且可扩展的方法，可以精确调节基因表达并在高分辨率下对其下游后果进行见解。
用于治疗癌症的新型双重 LSD1/HDAC6 抑制剂
通过调节包括 CoREST 在内的基因抑制复合物，双重靶向表观遗传蛋白赖氨酸特异性去甲基化酶 1 (LSD1) 和组蛋白去乙酰化酶 (HDAC)，在癌细胞中发挥关键作用，将在抑制肿瘤生长方面产生深远的影响。在这里，我们评估了双重 LSD1/HDAC6 抑制剂 JBI-097 在各种肿瘤模型中的体外和体内活性。体外，JBI-097 在抑制 LSD1 和 HDAC6 酶活性方面表现出强效效力，并且比其他 HDAC 具有异构体选择性。基于细胞的实验表明，它对血液学和实体肿瘤细胞系具有优异的抗增殖特性。JBI-097 还显示出对 HDAC6 和 LSD1 特异性生物标志物 α-微管蛋白、CD86、CD11b 和 GFi1b 的强烈调节。在体内实验中，JBI-097 在红白血病、多发性骨髓瘤异种移植模型和 CT-26 同源模型中表现出更强的效果。JBI-097 还表现出作为单一疗法的疗效以及与标准治疗或免疫检查点抑制剂联合使用时的附加或协同作用。这些和其他发现表明 JBI-097 可能是一种有前途的靶向 LSD1 和 HDAC6 的分子。有必要进一步研究以阐明作用机制。
髓母细胞瘤的分子分层
摘要。髓母细胞瘤 (MB) 是最常见的儿童恶性后颅窝肿瘤。最近的遗传、表观遗传和转录组分析将 MB 分为三个亚组，即无翅型 (WNT)、Sonic Hedgehog (SHH) 和非 WNT/非 SHH（最初称为第 3 组和第 4 组），具有不同的患者特征和预后。WNT 是最不常见但预后最好的亚组，其特征是核 β-catenin 表达、Catenin beta-1 (CTNNB1) 突变和 6 号染色体单体性。SHH 肿瘤含有 GLI1、GLI2、SUFU 和 PTCH1 基因的突变和改变，这些基因组成性激活 SHH 通路。最初，TP53 基因改变和/或 MYC 扩增的存在被认为是最可靠的预后因素。然而，最近的分子分析将 SHH MB 细分为几种亚型，这些亚型具有不同的特征，例如年龄、TP53 突变、MYC 扩增、转移的存在、TERT 启动子改变、PTEN 丢失和其他染色体改变以及 SHH 通路相关基因突变。第三个非 WNT/非 SHH MB（组 3/4）亚组在遗传上高度异质性，并显示出几种分子模式，包括 MYC 和 OTX2 扩增、GFI1B 激活、KBTBD4 突变、GFI1 重排、PRDM6 增强子劫持、KDM6A 突变、LCA 组织学、10 号染色体丢失、17q 等染色体、SNCAIP 重复和 CDK6 扩增。然而，基于