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基于网络的 GWAS 研究结果向阿尔茨海默病病理生物学和药物再利用转化
保留所有权利。未经许可不得重复使用。永久。预印本（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 medRxiv 许可，可以在此版本中显示预印本。版权所有者于 2020 年 1 月 18 日发布此版本。；https://doi.org/10.1101/2020.01.15.20017160 doi: medRxiv preprint
观察性研究和GWAS后
通讯作者：Jian Wang，医学博士，博士，呼吸道疾病的州主要实验室，广州呼吸健康研究所，广州医科大学的第一家附属医院，Yanjiang Road，151 Yanjiang Road，Guangzhou，Guangdong，Guangdong，510120，人民共和国人民共和国；电话。：86-20-83205097;传真：86-20-83205074;电子邮件：jianwang@gzhmu.edu.cn; OrcID：0000-0002-1278-256X。Yuqin Chen，医学博士，博士，国家关键疾病国家关键实验室，国家呼吸医学中心，国家临床研究中心，广州呼吸道健康研究所，呼吸道健康研究所，广州医学院第一家附属医院，151 Yanjiang Road，Yanjiang Road，Guangzhou，Guangzhou，Guangangdong，510120年，Yanjiang Road，151电话。：86-20-83205008;传真：86-20-83205074;电子邮件：yqchen@gzhmu.edu.cn; OrcID：0000-0002-7011-7250。张张，张，博士，国家关键呼吸道疾病的主要实验室，国家呼吸医学中心，国家呼吸道疾病临床研究中心，广州呼吸道健康研究所，广州医科大学第一家隶属医院，151 Yanjiang Road，Guangzhou，Guangzhou，Guangangdong，510120120120120年，Yanjiang Road，151电话。：86-20-83205008;传真：86-20-83205074;电子邮件：vidsing65@126.com; OrcID：0009-0003-3067-1075。
静脉血栓栓塞症的多祖先 GWAS 识别出新的位点，随后在斑马鱼中进行实验验证
1 密歇根大学计算医学与生物信息学系，密歇根州安娜堡，美国 2 密歇根大学儿科系，密歇根州安娜堡，美国 3 美国国家心肺血液研究所内部研究部人口科学分部，73 Mt. Wayte, Suite #2, Framingham, MA, 01702, 美国 4 斯坦福大学医学院血管外科分部，加利福尼亚州帕洛阿尔托，94305，美国 4 密歇根大学内科系，密歇根州安娜堡，美国 6 密歇根大学内科系心血管医学分部，密歇根州安娜堡，美国 7 挪威科技大学 NTNU 公共卫生与护理系 KG Jebsen 遗传流行病学中心，特隆赫姆，7030，挪威 8 挪威科技大学公共卫生与护理系 HUNT 研究中心，挪威科技大学，挪威勒万厄尔 7600 9 特隆赫姆大学医院圣奥拉夫医院医学诊所，挪威特隆赫姆 7030 10 波尔多大学，法国国家健康与医学研究院，波尔多人口健康研究中心，UMR 1219，F-33000 波尔多，法国 11 迈克尔·克雷森茨下士 VA 医学中心，美国宾夕法尼亚州费城 12 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院外科系，美国宾夕法尼亚州费城 13 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院遗传学系，美国宾夕法尼亚州费城 14 华盛顿大学生物统计学和医学系心血管健康研究组 15 格罗宁根大学，UMCG，眼科系，荷兰格罗宁根
GWAS 通过 FYCO1 蛋白的计算机模拟揭示了重症 COVID-19 易感性的遗传基础
严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 是 COVID-19 的病原体，它严重依赖于其“入侵”宿主遗传和生物途径的天然能力。宿主的遗传易感性是疾病严重程度的关键因素。多基因风险评分对于风险评估、风险分层和预防不良后果至关重要。在这项研究中，我们旨在评估和分析俄罗斯人口中大量代表性样本中对严重 COVID-19 的遗传易感性，并建立一个可靠但简单且误差幅度较低的多基因风险评分模型。另一个重要目标是更多地了解严重 COVID-19 的发病机制。我们检查了 FYCO1 蛋白的三级结构，这是唯一一个在其编码区发生突变的基因，并发现了卷曲螺旋结构域的变化。我们的研究结果表明，FYCO1 可能会加速病毒的细胞内复制和过度胞吐，并可能导致严重 COVID-19 的风险增加。我们发现 COVID-19 与 3p21.31 处的 LZTFL1 、 FYCO1 、 XCR1 、 CCR9 、 TMLHE-AS1 和 SCYL2 之间存在显著关联。我们的研究结果进一步证明了严重 COVID-19 表型的多态性。
甲基化定量性状基因座和GWAS的整合分析确定了三种精神分裂症风险变体
该作者接受的手稿是未经编辑的同行评审手稿的PDF文件，该文件已被接受以供出版，但尚未被复制或更正。期刊上发布的官方记录的官方版本是最新的，因此可能与此版本有所不同。
全基因组关联研究 (GWAS) 揭示了与马铃薯种质花卉性状相关的遗传基础
摘要：马铃薯是一种重要的非谷类主食作物，是世界大量人口的食物来源。全基因组关联研究（GWAS）分析已成为一种有用的工具，通过揭示与感兴趣性状的显著关联来揭示重要植物性状的遗传基础。本研究旨在探索表型多样性并确定与重要花部性状相关的遗传基础。总共使用 237 个四倍体马铃薯基因型作为植物材料，并根据增强区组设计连续两年（2016 年、2017 年）进行田间试验。所研究的花部性状的方差分析反映了非常显著的基因型效应。两年的平均数据显示雌蕊长度（5.53 至 9.92 mm）、雄蕊长度（6.04 至 9.26 mm）和雄蕊上方雌蕊长度（1.31 至 4.47 mm）存在显著差异。 Pearson 相关性分析表明雌蕊长度与雄蕊长度 (r = 0.42) 以及雌蕊高于雄蕊的长度 (r = 0.28) 之间存在高度显著的正相关性。进行了主成分分析，认为前两个主成分共占 81.2% 的变异。星座图根据雄蕊和雌蕊长度将所研究的马铃薯组分为两个主要种群。总共使用了 12,720 个 SNP 标记进行标记-性状关联，发现两年内共有 15 个标记与所研究的性状显著相关。在两年内识别相同的标记有助于验证获得的标记-性状关联。所识别的显著标记反映了一些可能对马铃薯育种计划有益的假定候选基因。据我们所知，这是第一项确定重要花卉性状遗传基础的研究，可能对对这些性状的马铃薯标记辅助育种感兴趣的科学界有所帮助。
计算机视觉支持的 GWAS 识别出大量毛果杨植物再生的候选调控因子
植物再生是植物繁殖的一个重要方面，也是转基因植物生产的关键步骤。然而，不同基因型和物种的再生能力差异很大，其分子基础在很大程度上是未知的。全基因组关联研究 (GWAS) 等关联作图方法早已证明能够帮助揭示植物性状变异的遗传基础；然而，这些方法的性能取决于表型分析的准确性和规模。为了对模型树杨树的植物愈伤组织和芽再生进行大规模 GWAS，我们开发了一个涉及语义分割的表型组学工作流程，以量化再生植物组织随时间的改变。我们发现得到的统计数据高度非正态分布，因此采用了变换或排列以避免违反 GWAS 中使用的线性模型的假设。我们报告了超过200个统计学上支持的数量性状基因位点（QTL），其中基因包含或接近顶级QTL，包括细胞粘附、应激信号和激素信号通路的调控因子，以及其他多种功能。我们的研究结果鼓励植物再生过程中激素信号转导模型除了通常考虑的生长素和细胞分裂素途径外，还应考虑应激相关信号（例如涉及茉莉酸和水杨酸）的关键作用。我们鉴定的假定调控基因和生物学过程为理解植物再生的生物学复杂性提供了新的见解，并可能成为改善顽固基因型和物种再生和转化的新方法。
在GWAS基因座附近发现的De从头变体的功能注释与有或没有left裂的唇ce裂
在GWAS基因座附近发现的从头变体的功能注释，有或没有left裂的嘴唇sarah W. Curtis 1，Laura E. Cook 3，Kitt Paraiso 3，Kitt Paraiso 3，Axel Visel 2,3，Axin L. Cotney 4，Justne L. Cotney 4，Justney 5 J. Leslie-Clarkson 1 * 1-人类遗传学系，埃默里大学医学院，亚特兰大，佐治亚州亚特兰大，30322 2-美国能源部联合基因组研究所，劳伦斯·伯克利国家实验室，加利福尼亚州伯克利，加利福尼亚州伯克利，3-环境基因组和系统生物学部，加利福尼亚州伯克利，加利福尼亚州伯克利。4- - 费城儿童医院，宾夕法尼亚州费城儿童医院研究所，19104年5月5日 - 爱荷华州爱荷华大学儿科学系，爱荷华州，爱荷华州，52242 6-流行病学系，约翰·霍普金斯·布卢姆伯格公共卫生部，巴尔蒂群岛，哥伦比亚省，约翰斯·霍普金斯·布卢姆伯格（Johns Hopkins Bloomberg）宾夕法尼亚州匹兹堡匹兹堡大学生物学，15261 8-匹兹堡大学人类遗传学系，宾夕法尼亚州匹兹堡，匹兹堡，15621 9-匹兹堡生物统计学和健康数据科学系，匹兹堡，匹兹堡，匹兹堡，宾夕法尼亚大学，15261年，宾夕法尼亚大学15261年。颅面出生缺陷，影响700分的分娩，有强大的遗传基础，家庭内部复发风险很高。 因此，我们从1,409个三重点重新分析了现有的DNV数据集，其OFC经过了已知的OFC相关基因座的靶向测序。 然后，我们通过在人类颅面发育过程中从预测的表观遗传功能数据集中提供了这些DNV的注释。- 费城儿童医院，宾夕法尼亚州费城儿童医院研究所，19104年5月5日 - 爱荷华州爱荷华大学儿科学系，爱荷华州，爱荷华州，52242 6-流行病学系，约翰·霍普金斯·布卢姆伯格公共卫生部，巴尔蒂群岛，哥伦比亚省，约翰斯·霍普金斯·布卢姆伯格（Johns Hopkins Bloomberg）宾夕法尼亚州匹兹堡匹兹堡大学生物学，15261 8-匹兹堡大学人类遗传学系，宾夕法尼亚州匹兹堡，匹兹堡，15621 9-匹兹堡生物统计学和健康数据科学系，匹兹堡，匹兹堡，匹兹堡，宾夕法尼亚大学，15261年，宾夕法尼亚大学15261年。颅面出生缺陷，影响700分的分娩，有强大的遗传基础，家庭内部复发风险很高。因此，我们从1,409个三重点重新分析了现有的DNV数据集，其OFC经过了已知的OFC相关基因座的靶向测序。然后，我们通过在人类颅面发育过程中从预测的表观遗传功能数据集中提供了这些DNV的注释。尽管以前的许多研究都将常见的，非编码的遗传基因座与OFC相关联，但在OFC案例中，先前对从头变异的研究（DNV）的研究重点是编码可能对蛋白质结构产生功能影响的变体，并且对非编码DNV对OFC形成的贡献也没有被忽略，并且已被忽略了。在预测的增强子或启动子区域内。两个DNV落在相同的增强子区域（HS1617）之内，这超出了偶然性的预期（p = 0.0017）。预计由这些DNV引起的序列变化将创建在转录因子PAX6和ZBTB7A的参考序列中未见的结合位点，并破坏了STAT1和STAT3的结合位点。该增强子区域与HHAT，SERTAD4和IRF6在同一拓扑相关的域内，所有这些区域都参与颅面发育。这三个基因在人神经rest细胞中高度表达。HHAT和IRF6的基因敲除小鼠具有异常的胚胎发育，包括left裂，IRF6及其周围的变体与人类OFC的非综合症和综合综合症形式有关。综上所述，这表明非编码DNV有助于OFC的遗传结构，在增强子区域中，OFC Trios的DNV负担在已知的OFC相关基因附近。总的来说，这增加了我们对OFC形成基础的遗传机制的理解。
基于GWAS和转录组数据的生物信息学分析多发性硬化症和干燥综合征的共同机制及候选药物
结果：基于GWAS数据，发现14个枢纽共同易感基因（HLA-DRB1、HLA-DRA、STAT3、JAK1、HLA-B、HLA-DQA1、HLA-DQA2、HLA-DQB1、HLA-DRB5、HLA-DPA1、HLA-DPB1、TYK2、IL2RA、MAPK1），8种药物靶向2个或2个以上的基因，28条共同易感通路，15种药物靶向3个或3个以上的通路。基于转录组数据，发现3个枢纽共同DEG（STAT1、GATA3、PIK3CA）与3种药物，10条共同风险通路与435种药物。“JAK-STAT信号通路”同时被纳入共同易感通路和共同风险通路。 GWAS 数据和转录组数据中的药物有 133 个重叠，包括 JAK-STAT 抑制剂。此外，我们发现 IL2RA 和 HLA-DRB1 被确定为中心常见易感基因，是用于治疗 MS 的达克珠单抗和格拉替雷的靶点，这表明达克珠单抗和格拉替雷可能对 SS 有治疗作用。
双重因果效应的强大估计Niculescu，A。B.和Le-Niculescu，H。（2020）。最近的GWAS数据与以前的血液生物标志物的收敛：独立reproducibili
niculescu，A。B.和Le-Niculescu，H。（2020）。 最近的GWAS数据具有自杀性与以前的血液生物标志物的收敛：在独立人群中使用独立方法的独立可重复性。 分子精神病学，25（1），19-21。 https://doi.org/10.1038/s41380-019-0465-6B.和Le-Niculescu，H。（2020）。最近的GWAS数据具有自杀性与以前的血液生物标志物的收敛：在独立人群中使用独立方法的独立可重复性。分子精神病学，25（1），19-21。https://doi.org/10.1038/s41380-019-0465-6https://doi.org/10.1038/s41380-019-0465-6