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引用了原始发表的论文（记录的版本）：Moraes Zenker，M.，Portella，T.，Pessoa，F。等（2024）。物种的低覆盖范围
蚊子（Culicidae）代表全球主要的媒介昆虫，它们还居住在世界上许多陆地和水生栖息地。DNA条形码和元法编码现在广泛用于涉及蚊子的研究和常规实践中。但是，这些方法依赖于由代表分类学凭证标本的条形码序列组成的数据库中可用的信息。在这项研究中，我们评估了主要在线数据库中蚊子的公共数据的可用性，专门针对Culicidae：COI及其2的两个最广泛使用的DNA条形码标记。此外，我们对影响物种覆盖范围的可能因素（即在线数据库中覆盖的物种的百分比）对不同国家的COI以及COI的DNA条形码间隙的出现进行检验。我们的发现显示了存储库公开可用的数据差异，Bold + GenBank的COI的分类学或物种覆盖率为28.4–30.11％，而GenBank的ITS覆盖率为12.32％。非洲，澳大利亚和东方的生物地理区域的覆盖范围最低，而近乎度，果皮和大洋洲的覆盖范围最高。新热带区域具有中间覆盖范围。通常，蚊子多样性和较高数量的医学重要物种的覆盖率较低。此外，较高数量的特有物种的国家往往具有更高的覆盖范围。我们希望这项研究可以帮助指导蚊子的区域物种清单，并为所有蚊子物种的DNA条形码提供公开可用的参考文献库。尽管我们的DNA条形码间隙分析表明，需要在数据库中可用的一半蚊子中修改物种边界，但必须收集其他数据以确认这些结果并允许解释DNA条形码间隙的发生。
结核分枝杆菌中的突变和抗生素抗性
摘要：结核分枝杆菌（MTB）是一种已知的细菌，可以靶向，感染和破坏肺部细胞以及体内的结缔组织。该细菌在全球范围内普遍存在，已感染了当前世界人口的四分之一，成为历史上最成功的病原体之一。由于其作为空降病原体的极端传播速率，MTB菌株已被抗生素（例如利福平和异念珠菌）处理，这些抗生素抑制了人体细菌感染。这些第一轮药物仍然是减慢病原体和杀死病原体的成功机制，特别是通过利福平抑制RNA - 聚合酶和以异oni氮的停止形成细菌细胞壁的能力。然而，由于最近发现了多药耐药性结核病菌株，TB已被证明是威胁，使这些第一轮药物无效。本研究的主要目标是1）回顾有关结核病的最新发表文献，2）检查突变对结核病菌株中抗生素耐药性的作用，3）分享我们关于全球结核病治疗的成功和挑战的综合。我们的研究是通过NCBI Genbank中可用的数据和文献综述的。为了实现这些目标，我们回顾了有关结核分枝杆菌的相关文献，以收集病理生理数据，结核病突变的趋势以及当今该疾病如何在全球范围内不断流行的应用。我们从国家医学图书馆的GenBank收集了抗生素响应式RPO B基因序列，以评估四个国家的特定结核病的突变。我们发现，随机突变引起了具有有效抗生素耐药性的结核病菌株的演变，并且药物的选择性可以鼓励这些抗生素耐药基因。新药，例如Bedaquiline，进行了大量研究，但有效地发现了针对这些耐药性分枝杆菌的新靶标。但是，尽管有一些新开发的药物，但MDR结核病仍然仍然是一个相当大的威胁。
（截至 2025 年 1 月 28 日）第 1 页，共 2 页 城市...
(a) 快速评估从开始到结束的预计时间框架是什么？ (b) 快速评估应在现场进行还是可以在实验室分析样本？与目前通常需要几天时间才能产生结果的方法相比，快速评估方案应减少所需时间。申请人可以根据其提案的方法，自由提出现场评估或收集样本的实验室分析。 T9.2 参考征集主题的技术可交付成果“为本地物种开发一个 eDNA 条形码库，该库通过特定地点的实地采样进行验证，用于生物多样性保护和管理，并提高 GenBank 和 BOLDSystems 等全球 DNA 序列库中物种身份的准确性”（2025 年 1 月 28 日）–
将环糊精作为人造伴侣来通过超分子
在基于序列的元基因组生物透镜中鉴定出了芽孢杆菌属的水解酶（NCBI登录号：WP_034624255.1）。简要地，我们筛选了海洋宏基因组MARREF数据库，其中1个包含约470万个蛋白质编码序列。通过使用Diamond BlastP查询输入序列，以默认参数（身份百分比> 60％；对准长度> 70; e-e-value <1×10 −5）对215个氨基酸脂肪酶的bacillus pumilus pumilus pumilus（NCBI辅助编号：wp_1066666668777777777777777777777; morecrect da） Point，9.77），一种具有工业潜力的多功能脂肪酶。与来自B. pumilus的脂肪酶相比，总共检索了33个序列（从2,821×10 -105到3.24×10 -12）。证实，分配给芽孢杆菌细菌的一个这样的序列（GenBank登录号，WP_034624255.1）被证实，可以编码预测的全长长度215氨基酸长脂肪酶（E-vorue 2,821×10 -136和92.1％相似的cat catue catue catsy cate cate cate catsy cate catsy cate catsy cate cate cate catemanty） D167，H189），被选为进一步研究的目标。在MARREF数据库中，序列WP_034624255.1起源于从韩国Seongsan-Ri前面的海水海绵中分离出的微生物组（ENA BioSame samn06016472; Ena Bioprodroprodrodryprodeion prjna3555555554555455543535554353555435355543535554353555435355555543555555543535535355353553535553535535355353553535535355353553535535355.一旦确定，编码野生型酶的215个氨基酸序列（GenBank登录号WP_075743487; Molecular Mose，23,102.65 Da;等电点，9.77）用作基因合成的A模板。s1）在与Ni-Nta His-Bind树脂结合后。合成后，获得了215个氨基酸序列，编码分子质量为21,974.60 DA的酶，以及8.0的等电点。生产并纯化了可溶性N末端六位苯二胺（His6） - 使用SDS-PAGE分析> 98％；图。该酶称为LIP MRD9（唇部指脂肪酶； MRD指的是MARREF数据库）。
单剂量复制型 RNA 疫苗可在非人类灵长类动物中诱导产生针对 SARS-CoV-2 的中和抗体
图 1. 体外 repRNA-CoV2S 表征。（A）密码子优化的全长刺突 (S) 开放阅读框，包括 S1-、S2-、跨膜 (TM) 和胞质 (CD) 结构域，对应于 SARS-CoV-2 分离株武汉-Hu-1（GenBank：MN908947.3）中的位置 21,536 至 25,384，与 c 端 v5 表位标签融合，克隆到编码委内瑞拉马脑炎病毒株 TC-83 的 4 个非结构蛋白 (nsP1-4) 基因的 α病毒复制子中。 RNA 转录和加帽后，将 repRNA-COV2S 转染到 BHK 细胞中，24 小时后，使用 (B) 抗 v5 免疫荧光和 (C) 蛋白质印迹法分析细胞，使用恢复期人血清或抗 v5 进行免疫检测。重组 SARS-CoV2 刺突蛋白 (rCoV2-Spike) 和 repRNA-GFP 分别用作阳性和阴性对照。B 和 C 中的数据代表 2 个独立实验。57
探索，利用和保存海洋遗传资源朝着可持续的海藻水产养殖
fi g u r e 2单倍型网络和四种培养的正弦素化种类的单倍型牙齿素（A），Kappaphycus alvarezii（b），K。Striatus（C），K。Malesianus（K。Malesianus（d），K。Malesianus（d），使用MiTochrial sequence cox-3--在单倍型网络中，节点的大小与GenBank中的序列数有关，内圆的颜色与地理起源有关，外圈的颜色表示样品起源（野生，野生本地，野生非本地）。对于地理分布样品，根据其在海洋生态区中的采样位置进行分组（Spalding等，2007年）。请注意，这不一定反映本地多样性，因为分子信息偏向耕种标本，并包括引入标本（有关主要简介事件，请参见图1）
来自钦奈海岸的lysiosquilla maculata的第一个基于DNA条形码的记录，印度泰米尔纳德邦，
通过分析印度泰米尔纳德邦的Costa de Chennai渔港收集的标本的DNA棒法规。 div>测序了具有650 bp区域的细胞色素线粒体氧化酶（MTCOI）的亚基I基因，用于系统发育分析。 div>在此记录中，线粒体基因序列用于鉴定螳螂虾。 div>这是印度水域中DNA棒法规的第一个确认记录，其MTCOI序列沉积在Genbank中。 div>邻居加入方法用于遗传边缘分析。 div>用五个密切相关的物种计算出的遗传距离在0.01至0.094％之间。 div>形态学和分子分析证实，收集的副本对应于Maculata。 div>
可培养的嗜热细菌多样性来自Kotli Azad Jammu和Kashmir的Tata Pani Hotspring
以前未记录在一个或多个主要的公共序列数据库中。我们的工作流程使用了Sanger和下一代测序（NGS）方法的混合，以最大程度地提高序列恢复，同时确保实惠的成本。总共获得了属于3,737个属的3,737种物种的5,686个标本，并在137个国家 /地区分布的205个家庭中获得了COI序列。成功率根据收集数据和焦点分类单元而差异很大。ngs帮助恢复了先前的Sanger测序序列序列的序列。成功率和Sanger和NGS之间的最佳平衡是最大程度地提高产出并最大程度地减少未来项目成本的最重要驱动因素。可以通过生命数据系统，GenBank，全球生物多样性信息设施，全球基因组生物多样性网络数据门户和NMNH数据门户的条形码访问相应的序列和分类数据。
B.A.经济学 科学硕士（微生物学）M.Sc。 （...B.A.经济学科学硕士（微生物学）M.Sc。 （...
模块1：序列分析该项目的目的是使用在线工具（例如Blast或Clustal Omega）分析核苷酸或蛋白质序列。学生将从公共数据库（如NCBI）中选择一种感兴趣的基因或蛋白质，检索序列并执行序列比对以识别同源区域。他们将分析物种序列的相似性和差异，并解释进化关系。这个项目可以在家中使用计算机和Internet访问完成，需要5-7天。最终输出将是一份报告，详细介绍了基因或蛋白质的作用及其在物种之间的保护。模块2：该项目中的数据库探索，学生将探索GenBank，Uniprot或PDB等公共数据库以检索核酸和蛋白质序列。目标是提取和分析注释的信息，以了解基因功能和蛋白质结构。学生将比较跨物种的这些序列并解释其
全球抗菌素耐药性杂志
背景：几种属于伽马变形菌的细菌种群具有内在的 A 类 β-内酰胺酶基因，这些基因可能是进一步传播和获得其他革兰氏阴性菌种的来源。我们在此描述了 KSA-1 A 类 β-内酰胺酶，该基因是在环境肠杆菌目物种 Kosakonia sacchari 的染色体内发现的，该物种最近还被鉴定为 MCR 样粘菌素抗性决定簇的前体。方法：使用 GenBank 数据库进行计算机分析，在 K. sacchari SP1 的染色体内发现了 A 类 β-内酰胺酶基因（GenBank 登录号 WP_017456759）。相应的蛋白质 KSA- 1 与 Citrobacter koseri 的内在 CKO-1 有 63% 的氨基酸同一性，与 TEM-1 有 53% 的氨基酸同一性。使用 K. sacchari DSM 100203 参考菌株作为模板，扩增 bla KSA-1，克隆到质粒 pUCp24 中并在大肠杆菌 TOP10 中表达。从纯化的酶中获得最小抑制浓度和动力学参数。结果：K. sacchari 菌株 SP1 仅对氨基、羧基和脲基青霉素产生抗性。一旦在大肠杆菌中产生，KSA-1 就会表现出典型的克拉维酸抑制广谱 β-内酰胺酶，并伴有特殊的替莫西林抗性特征。使用纯化的 KSA-1 提取物进行动力学测定，结果显示对青霉素和哌拉西林以及弱广谱头孢菌素具有高水解率。抑制常数的测定表明，克拉维酸、他唑巴坦和阿维巴坦的 50% 抑制浓度分别为 2.2、3 和 1.8 nM。对 bla KSA-1 基因周围序列的分析未发现任何可能参与该物种获得这种 β-内酰胺酶基因的移动元素。结论：KSA-1 是一种 A 类广谱 β-内酰胺酶，与已知的广谱或广谱 Ambler A 类 β-内酰胺酶远亲，对替莫西林具有高度耐药性。bla KSA-1 基因可被视为该物种固有的。© 2024 作者。由 Elsevier Ltd 代表国际抗菌化疗协会出版。这是一篇根据 CC BY 许可开放获取的文章（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）