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Aquincola agrisoli sp. nov.，从茄子根际土壤中分离，并通过计算机基因组挖掘预测生物合成基因簇
作者隶属关系：1 韩国京畿道安城市中央大学生物技术与自然资源学院食品与营养系，邮编 17546；2 孟加拉国贾肖尔科技大学遗传工程与生物技术系，邮编 7408；3 孟加拉国库什蒂亚-7003 伊斯兰大学生物科学学院生物技术与遗传工程系。 *通讯作者：Md. Amdadul Huq，amdadbge100@cau.ac.kr；amdadbge@gmail.com 关键词：Aquincola agrisoli；数字 DNA-DNA 杂交；基因组序列；计算机基因组挖掘；次级代谢产物。缩写：ANI，平均核苷酸同一性；BGC，生物合成基因簇；dDDH，数字 DNA-DNA 杂交；GBDP，基因组爆炸距离系统发育； ML，最大似然法；MLSA，多位点序列分析；MP，最大简约法；NJ，邻接法；RAST，使用子系统技术进行快速注释。菌株 MAHUQ-54 T 的 16S rRNA 基因和草图基因组序列的 NCBI GenBank 登录号分别为 MT514502 和 JAZIBG000000000。本文的在线版本提供了六个补充图和四个补充表。006355 © 2024 作者
Jurnal Simetris，第14卷，第1期。2023年4月ISSN：2252-4983
生物学的发展变得快速，尤其是遗传学，导致各种人类遗传数据实验的激增，作为用于分析遗传和重复以及法医活动的遗传信息的载体。在由碳水化合物，蛋白质或脂肪组成的细胞核或遗传学中，由磷含量高的物质组成。该物质在称为核素的细胞核中发现。然后将此名称转换为核酸。核酸由两种类型组成，即脱脂核酸（ADN）或脱氧核糖核酸核酸（DNA）和核糖核酸（ARN）或核糖核酸（RNA）。需要数字化遗传数据以促进研发。生物信息学是来自分子或生物医学生物学家研究人员实验室的实验数据，可促进使用计算技术处理人类遗传数据的方法。来自遗传学的数字数据可以以某种格式存储在数据库中。本研究旨在解释从生物样品中的人类遗传学数据数字化到数字数据的步骤。人类遗传数据的形式可用于生物学家使用可以读取FASTA格式文件的软件进行研究。Fasta是GenBank（蛋白质链数据库）中可用的几种类型的蛋白质链格式的链文件类型。来自遗传学的数字数据将用于生物学家的进一步研究，而无需采集生物样品。
遗传学、基因组和生物技术实践研讨会
1988年，美国政府推出了第一个包含多种生物体DNA序列的公共数据库。这个序列库被命名为美国国家生物技术信息中心（NCBI）。如今该中心在世界各地拥有多个分支机构，除了数据库本身之外，NCBI 还提供大量计算机工具和资源来协助科学家进行基因研究。计算机在生物学研究、尤其是基因研究中的应用日益广泛，催生了生物信息学这门学科。生物信息学仍被认为是生物技术的一个新兴分支，代表着生物技术与信息技术的“结合”。简而言之，生物信息学包括在数据库中存储和分析基因序列，以及随后使用特定软件对这些序列进行操作和分析。公共数据库的建立使得科学家可以获取其他实验室的信息，也可以交换和共享基因序列。每天都会有新的序列存入 NCBI 公共数据库（称为 GenBank）。生物信息学彻底改变了医学生物学研究的发展，使得几乎每天都有新的相关发现。如今，大多数从事遗传学研究的生物学家并不局限于实验室工作，而必须将大量时间投入到生物信息学研究中。
来自Ash Yellows Group
“ Cantidatus Phytoplasma Fraxini”的Ashy1菌株起源于伊萨卡（美国纽约，美国纽约），并于白灰（Fraxinus Americana），并被转移到Catharanthus Roseus（5）。使用Dneasy血液和组织试剂盒（Qiagen，Hilden，Germany）制备了由感染的玫瑰花芽芽孢杆菌和叶子材料制备的测序模板。使用SMRTBELL PREP KIT 3.0（美国加利福尼亚州PACBIO）的SMRTBELL PREP KIT 3.0（美国）而没有其他DNA片段化制备了用于单分子实时（SMRT）的高保真库。在Max Planck Genome-Centre（德国科隆）的续集IIE设备（PACBIO）上对片段文库进行了测序，其结合KIT 2.0（PACBIO）和续集II测序套件2.0（PACBIO）。通过使用BLAST+ v2.2.2.9，MetAgenome Analyze（Megan）和一个数据核定的数据，通过BLAST+ v2.2.2.9，MetAgenome Analyze（Megan）v.6.18.2（6.18.2（6.18.2）（6）（6）（6.6.18.2（6）的候选，分类构造分类为“ candidatus phyto plasma”属，其中11,518个读取（5834中的N 50）被分配给“念珠菌Phyto等离子体”属。 GenBank的Tus Phytoplasma”和Catharanthus Roseus（登记：2024年1月）。 使用PACBIO-HIFI选项和估计的基因组大小为600 kb，将其余的读数与CANU v2.2（7）组装在一起。 实现了一个连续的圆形序列，具有67.17倍的覆盖率。 通过爆炸分析确认了> 10 kb的序列重叠。 随后，使用Artemis V18.2.0（8）手动删除序列重叠。 在Rast V2.0（9）中进行了完整染色体的注释，然后在Artemis v18.2.0（8）中进行手动策划，DNAA将DNAA设置为染色体的第一个基因。 未发现质粒。通过BLAST+ v2.2.2.9，MetAgenome Analyze（Megan）v.6.18.2（6.18.2（6.18.2）（6）（6）（6.6.18.2（6）的候选，分类构造分类为“ candidatus phyto plasma”属，其中11,518个读取（5834中的N 50）被分配给“念珠菌Phyto等离子体”属。 GenBank的Tus Phytoplasma”和Catharanthus Roseus（登记：2024年1月）。使用PACBIO-HIFI选项和估计的基因组大小为600 kb，将其余的读数与CANU v2.2（7）组装在一起。实现了一个连续的圆形序列，具有67.17倍的覆盖率。通过爆炸分析确认了> 10 kb的序列重叠。随后，使用Artemis V18.2.0（8）手动删除序列重叠。在Rast V2.0（9）中进行了完整染色体的注释，然后在Artemis v18.2.0（8）中进行手动策划，DNAA将DNAA设置为染色体的第一个基因。未发现质粒。使用BUSCO的151个单拷贝直系同源物（94％）的比较支持了注释的完整性（10）。在染色体组装中未考虑的读数对额外的分类套筒进行了进一步的分类，并筛选了ASHY1的肉体外DNA。默认参数用于所有软件，除非另有说明。
对CMC纤维素酶活性的不同染色技术的比较研究
本实验是在纳瓦萨里农业大学农业学院植物病理学系进行的。所有分离株通过不同的染色染料和细菌分离株CD35均赋予菌落周围的透明区域均显示出所有染料中最高的纤维素分解指数。接下来，革兰氏碘（3.34）的CD35的纤维素分解指数在Coomassie Brillial Blue（2.96），Safranin（2.55）和刚果红（2.15）下接下来是最高的。显着地，接种后24小时记录了CD35（0.169 U ML -1）的较高的纤维素酶活性，随后是CD17（0.124 U ML -1），CD19（0.101 U ML -1）和CD11（0.081 U ML -1）（0.081 U ML -1），而在CD222222222222222222222221）。最大纤维素酶活性，接种后最大96小时。CD35在72小时时给出了显着最大的纤维素酶活性（0.822 U mL -1）。为了使纤维素酶活性为CD17（0.477 U ML -1），与CD19（0.471 U ML -1）相当，然后是CD11（0.292 U ML -1），而CD22中的最低（0.199 U ML -1）。通过形态学，生化和分子方法将纤维素分解细菌CD35鉴定为枯草芽孢杆菌，并提交给具有MW715021的NCBI GenBank数据库。
链霉菌属的杀虫潜力。反对登革热...
艾德斯·埃及林恩。（Diptera：culicidae）是登革热和基孔肯尼亚等最常见的引起疾病的arbovirus的载体之一。缺乏这些疾病的疫苗以及当前增加杀虫剂耐药性的问题加剧了寻找控制载体种群的新颖和有效方法的需求。因此，本文旨在研究菲律宾链霉菌与AE的生物学活性。埃及作为管理这些蚊子种群的潜在生物学剂。在测试生物学活性之前，使用其16S rRNA序列根据形态，文化和分子表征确定了八个放线菌分离株。生成的核苷酸序列的BLASTN结果显示出98–100％与不同链霉菌物种的相似性，并用GenBank登录号MZ317443 – MZ317450分配。在八个分离株中，针对3至5天的雌性艾迪斯埃及埃及成年人的CDC瓶生物测定法显示，CGS C13（92.68％），DK 5-10（85.53％）（85.53％）和CGS B11（81.91％）表现出最高的成人活性对照（均表现出较高的成人活动）。LC 50通过剂量反应生物测定测定表明，CGS B11的活性最高（2.838 ppm），其次是DK 5-10（6.083 ppm）和CGS C13（519.281 ppm）。这是关于这些链霉菌物种对AE的杀虫活性的第一份报告。埃及。
CRISPR/Cas12a (Cpf1) 引导RNA序列的鉴定
CRISPR（成簇的规律间隔的短回文重复序列）或 CRISPR 相关（Cas）系统已成为一种主要的基因编辑工具。使用 CRISPR 进行基因编辑需要 Cas 蛋白和相应的向导 RNA（gRNA）。然而，低切割效率和脱靶效应会阻碍 CRISPR/Cas 系统的应用。因此，确定特定的 gRNA 至关重要。在生物传感器应用中，由于 Cas12a（Cpf1）的反式切割活性，CRISPR/Cas12a 可以增强识别靶基因的特异性和灵敏度。mtDNA D 环序列是 mtDNA 中最易变的部分，使其适合区分物种。因此，本研究的目的是通过计算机模拟确定野猪 mtDNA D 环的 gRNA 序列。在 GenBank 数据库的帮助下，使用 Benchling 应用程序预测候选 gRNA。随后，使用 BLAST 核苷酸对 gRNA 候选物进行同源性差异分析，并使用 Jalview 进行错配测试。在几个候选物中，候选物 1 被选为最佳选择，脱靶值为 99.8。与竞争对手的同源性差异分析和与 Sus 属的错配测试分别产生了较高的 E 值和较高的百分比值。这表明候选物不会识别其他物种，但可以检测 Sus scrofa 物种的成员。这些 gRNA 候选物可以选择性地且灵敏地应用于生物传感器，以检测肉类掺假。
从 Balao-balao（一种发酵的米虾混合物）中分离出的产生细菌素的乳酸菌对选定病原体的拮抗活性
本研究从一种在菲律宾传统上称为 Balao-balao 的发酵米虾混合物中分离出乳酸菌。筛选乳酸菌菌株表明，10 种分离物对测试微生物表现出良好的抑制活性，即金黄色葡萄球菌 BIOTECH 1634、大肠杆菌 BIOTECH 1582、枯草芽孢杆菌 BIOTECH 1679 和哈维氏弧菌 SEAFDEC 010。感兴趣的是分离物 PL12，这是一种产生细菌素的菌株，对测试的病原体表现出最高的抑制活性。分离物 PL12 被鉴定为戊糖片球菌 (GenBank 登录号 MF353992)，通过 16S rDNA 序列分析具有 100% 的相似性。排除有机酸和过氧化氢的影响，PL12 分离株的无细胞上清液 (CFS) 在琼脂孔扩散试验中表现出对测试病原体的强拮抗活性。这些结果证实了分离株的蛋白质性质，并表明了细菌素的典型特性。为了进一步浓缩 CFS 中的蛋白质，进行了硫酸铵沉淀，然后进行柱纯化（Sep-Pak C 18 筒式柱）。在测试的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌中均观察到 PL12 细菌素的阳性拮抗作用。在每个纯化步骤中都发现对大肠杆菌的抑制活性最高。这些结果表明，产生细菌素的 PL12 分离株可以成为食品工业中一种有前途的防腐剂，也可以作为水产养殖中的益生菌，因为它具有对抗哈维氏弧菌的拮抗活性。
同名牡蛎（Lightfoot, 1786）的系统发育关系
Isognomon (Lightfoot, 1786) 是一种牡蛎属，分布于世界各地的各种沿海生态系统中。它与其他双壳类动物一起，在海洋生态系统中发挥着重要的生态功能，为鱼类和无脊椎动物提供食物和栖息地、过滤水和保护海岸线。由于 Isognomon 牡蛎的表型特征多样或隐蔽，尤其是贝壳特征，因此对其进行分类可能具有挑战性。在本研究中，从印度尼西亚北苏拉威西省利库庞的红树林水域采集了两个具有不同贝壳特征的 Isognomon 牡蛎样本，并对其进行了分子分析以确定其身份。为此，使用线粒体细胞色素 C 氧化酶亚基 I (COI) 基因作为引物，并通过将它们与 GenBank 数据库进行比较来确定两个样本的遗传距离和系统发育位置。基本局部比对搜索工具 (BLAST) 显示两个样本属于 Isognomon ephippium ，相似性为 99.84％。使用 Tamura Nei 模型计算两个样本之间的遗传距离为 0.00，而 I. ephippium 与 Isognomon 属其他物种之间的遗传距离介于 0.00 至 0.14 之间。邻接 (NJ) 树分析的结果显示两个样本与 I. ephippium 聚在一起，将其分为两个不同的分支，在节点处的强自举值为 100。关键词：双壳纲，COI 基因，isognomon，牡蛎，北苏拉威西岛。引言
生物信息学分析L-天冬酰胺酶结构（枯草芽孢杆菌），中嗜（Kibdelosporangium）和嗜热（Thermoco
抽象背景：L-天冬酰胺酶在治疗急性淋巴细胞白血病（ALL）方面用作抗癌药。此外，它在医学，食品和制药行业中广泛应用。方法：源自枯草芽孢杆菌的L-天冬酰胺酶的核苷酸和氨基酸序列最佳7613，kibdelosporangium sp。MJ126-NF4和kodakarensis kod1是从GenBank和NCBI数据库中获得的。使用Clustalw 1.83进行了浮雕水的成对序列比对。使用瑞士模型软件进行了研究的不同L-天冬酰胺酶分子的二级和三级蛋白质结构的预测。此外，使用Prosite软件分析了源自三种细菌的L-天冬酰胺酶的蛋白质结构域。使用蛋白质PI计算器（http：// isoelectric.ovh.org/）预测理论等电点（PI），分子量和氨基酸组成。结果：尽管三种细菌菌株中L-天冬酰胺酶的结构差异，但其功能特征没有差异，包括分子量，PI和功能域。结论：分析结构差异并找到功能相似性可用于设计具有较高稳定性和生物半衰期的药物。我们的分析表明，具有不同结构的蛋白质可能具有相似的功能特征，这证明了密码子使用假设。关键字：天冬酰胺酶，淋巴细胞白血病，生物信息学