XiaoMi-AI文件搜索系统
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使用机器学习来识别冠状动脉疾病的危险因素
为了检查利什曼原虫大调的遗传多样性，在2019 - 2021年期间，从伊朗（东北，中部和西南省东北，中部和西南省）的地方性焦点收集了100个GIEMSA染色的正幻灯片。Leishmania It-rDNA基因被占据了，Leishmania sp。通过PCR-RFLP和测序识别。此外，还从伊朗其他地理区域的178个注册的ITS-RDNA序列是从Genbank中检索出的，包括不同的寄主物种（人，沙蝇和啮齿动物）。使用ITS-RDNA序列分析发现了总共40种新的单倍型。ir29（20.6％）和IR34（61％）是两种最常见的单倍型，以整个人口中的星形特征表示。分子方差测试的分析显示L的遗传多样性低。 在人类病例（单倍型多样性; 0.341），啮齿动物（HD; 0.387）和沙蝇（HD; 0.390）序列中的专业。 L的最低遗传多样性。 在伊朗西南/东南部观察到了大调（HD：0.104–0.286）。 统计上的f st值表示l。 主要在伊朗的地理区域之间没有遗传区分，除了东北西南（F ST：0.29055）和中南部（F ST：0.30294）人口对以外。 首次调查揭示了新的观点，以进一步评估当地传输范式并启动有效的预防策略。分子方差测试的分析显示L的遗传多样性低。在人类病例（单倍型多样性; 0.341），啮齿动物（HD; 0.387）和沙蝇（HD; 0.390）序列中的专业。L的最低遗传多样性。大调（HD：0.104–0.286）。统计上的f st值表示l。主要在伊朗的地理区域之间没有遗传区分，除了东北西南（F ST：0.29055）和中南部（F ST：0.30294）人口对以外。首次调查揭示了新的观点，以进一步评估当地传输范式并启动有效的预防策略。
马来西亚Glycycometus malaysiensis的鉴别（首次）...
摘要 热带布洛米亚螨和屋尘螨在引发过敏方面起着重要作用。马来西亚布洛米亚螨在敏感人群中引起 IgE 反应，但在家用灰尘中很少见，因为它在形态上与热带布洛米亚螨相似，使得这些物种的鉴定很困难。螨虫的鉴定主要基于形态学，这是一种耗时且不明确的方法。在此，我们描述了一种基于核糖体 DNA 的多重聚合酶链反应 (mPCR) 检测方法，该方法能够鉴定热带布洛米亚螨、屋尘螨和马来西亚布洛米亚螨的混合培养物，和/或从环境灰尘中鉴定这些物种。为此，对 5.8S 和 28S 基因部分序列两侧的内部转录间隔区 2 (ITS2) 区域进行了 PCR 扩增、克隆和测序。将获得的序列与 GenBank 数据库中可用的同特异性序列比对，以进行引物设计和系统发育研究。选择三对引物组成 mPCR 检测，用于验证巴西萨尔瓦多家庭屋尘样本 (n = 20) 中不同螨虫的频率。Blomia tropicalis 是最常见的，在 95% 的样本中发现，其次是 G. malaysiensis (70%) 和 D. pteronyssinus (60%)。除了首次报道 G. malaysiensis 在巴西的出现之外，我们的结果还证实了 ITS2 区域对于螨虫识别的良好分辨率。此外，mPCR 检测被证明是一种快速可靠的工具，可用于在混合培养物中识别这些螨虫，并可应用于未来的流行病学研究，以及用于通用螨虫提取物生产的质量控制。
类型标本和类型菌株的DNA序列
摘要。- 科学的名称允许人类和搜索引擎访问有关我们周围的生物多样性的知识，与DNA序列相关的名称在搜索和匹配识别过程中扮演着越来越多的角色。在这里，我们分析了国家生物技术信息中心（NCBI）的用户和策展人如何标记和策展序列，该序列是从命名自然型材料中得出的，这是提高长期运行中基于DNA的识别质量的唯一方法。对于原核生物，NCBI员工策划了18,281个基因组组件，并提高了原核生命名的质量。对于真菌，代表21,000多种物种的类型衍生序列对于真菌命名和识别至关重要。对于其余的真核生物而言，可识别为类型的序列的序列数量很小，仅代表739种节肢动物，1542个脊椎动物和125个胚胎。An increase in the production and curation of such sequences will come from (i) sequencing of types or topotypic specimens in museum collections, (ii) the March 2023 rule changes at the International Nucleotide Sequence Database Collaboration requiring more metadata for specimens, and (iii) efforts by data submitters to facilitate curation, including informing NCBI curators about a specimen's type status.我们说明了不同类型的data提交旅程，并提供了各种生物体的最佳实践示例。扩大DNA数据库中类型衍生的序列的数量，尤其是真核生物的序列，对于捕获，记录和保护生物多样性至关重要。[最佳实践示例；策划；数据提交； GenBank；博物馆学；命名类型；分类法。]
水生生物疾病 62:255
摘要：传统上，螺原体仅从花和其他植物部位的表面、各种昆虫的内脏和血淋巴以及维管植物的液体（韧皮部汁液）和以这些液体为食的昆虫中分离出来。在本文中，我们报告了在虾中发现的第一种致病螺原体，以及通过组织学评估、原位杂交测定、透射电子显微镜、16S rRNA 序列同源性和注射感染性研究对其进行表征的结果。此外，还介绍了为检测这种微生物而开发的分子方法，该微生物被确定为哥伦比亚养殖的南美白对虾的病原体，导致其死亡率很高。使用标准组织学方法和原位杂交测定，证实南美白对虾感染了这种致病螺原体。组织学分析显示受影响器官/组织出现全身性炎症反应。为了鉴定细菌，使用来自初始流行区的冷冻感染南美白对虾样本对 16S rRNA 基因进行测序并开发分子检测方法。通过 PCR 扩增 16S rRNA 基因，然后进行测序。使用 GenBank BLAST 搜索分析序列数据，结果显示与柑橘树病原体柑橘螺原体有 98% 的同源性。对 16S rRNA 序列数据进行评估以开发针对假定螺原体的独特 PCR 引物。使用针对螺原体属的螺旋素基因开发的 PCR 引物，开发并测试了地高辛标记的探针。该探针是物种特异性的，与以此形式测试的其他细菌样本没有发生阳性反应或交叉反应。
雷的地中海lig骨的基因组（Linnaeus，1758）
patella caerulea（Linnaeus，1758）是胃足类的软体动物。地中海流行，它被认为是基石物种，因为它在结构和调节潮汐和潮汐栖息地的生态平衡中的主要作用。目前，它被用作评估沿海海水的环境质量的生物指导者，并用作了解适应海洋酸化的模型物种。在这里，我们为闭藻提供了高质量的参考基因组组装和注释。我们从一个个体中生成了约30 GB的太平洋生物科学高保真数据，并提供了最终的749.8 MB组件，其中包含62个重叠群，包括线粒体基因组（14,938 bp）。n50为48.8 MB，其中98％的组装中包含在18个最大的重叠群中，该组件靠近染色体规模。基准的通用单拷贝直系同源物分数很高（Mollusca，87.8％完成； Metazoa，97.2％完成），与其他染色体级the骨基因组观察到的指标相似，突出了Mollusca数据库中可能的偏差。，我们从相同位置收集的第二个人产生了转录组光照明数据，并将其与蛋白质证据一起注释基因组。总共发现了23,938个蛋白质编码基因模型。通过将该注释与其他已发表的patella注释进行比较，我们发现，尽管方法不同，但外显子和基因长度的分布和中位数与其他patella物种相媲美。目前可在GenBank上获得的高质量P. caerulea参考基因组（Bioproject：PRJNA1045377；组装：GCA_036850965.1），是未来生态和进化研究的重要资源。
摘要。 Siahaan P，Mangais RER，Kolondam B，Tangapo A，Mambu S. 2023。与East Dumog的各种主机隔离
摘要。Siahaan P，Mangais RER，Kolondam B，Tangapo A，Mambu S.2023。metarhizium sp。的遗传多样性。与印度尼西亚北苏拉威西东杜莫加的各种寄主分离。生物多样性24：6888-6896。metarhizium tungus是一种已知杀死许多害虫的昆虫病作用真菌。这意味着metarhizium sp。在生态系统中具有重要的生态作用，尤其是在控制昆虫种群和回收养分方面。研究元族种类的遗传多样性及其与昆虫宿主的关系提供了对害虫管理和研究其分类法的见解。这项研究旨在通过检查其各自的宿主类型来研究metarhizium真菌之间的遗传变异性，该类型可以用作分类学研究，种质保护工作和PEST Management的基本数据。探索结果表明，三种昆虫物种被Metarhizium sp真菌，即Scotinophara coarctata，Nilaparvata Lugens和Recilia recilia tosalis感染。系统发育分析的结果表明，与来自Genbank的四个可比较的牛hiasopliae分离株在同一组中，相似性水平为100％，而lugens和R. redorsalis隔离株与四个metarhizium huainamdanmdanmdanmdanmdanmdanmdanmdanmdanmdanmdanmdanmdangense sellige sellimes sellime sellime sellime sellime sellime sellime sellime sellime sellime sellime sellime sellime sellime sellime sellime sellime sally群。99％和三个分离株的表示相似性98％。分子分析证实，从颈链链球菌分离的元族是弧菌菌种，而从lugens和R. dorsalis分离的元则是m。真菌。Huainamdangense物种。已证明宿主昆虫的差异可以为metarhizium sp提供遗传变异。
（Jurnal Ilmiah Perikanan Dan Kelautan）
一个淡水鳗（Anguilla spp。）被分类在Anguillidae家族中，并将其包括在Catadromous组中。这项研究旨在确定线粒体DNA的COI基因序列，分析遗传距离和系统发育学，并表征Kuari River Bengkulu中淡水鳗鱼栖息地的物理和化学参数。这项研究是从2020年11月至2021年4月进行的。条形码EEL物种中使用的方法是使用PCR（聚合酶链反应）的DNA分离，DNA扩增，电泳和MTDNA中COI基因区域的测序。在35个循环中，从PCR的结果中获得了COI mtDNA基因片段30秒。对EEL样品AM3和AM4的BLASTN分析与Anguilla Marmorata的相似性最高为99.82％-100％，而样品AB2-AB5表示，与Anguilla Bengalensis的标识最高99.84％-100％。系统发育物种表明Anguilla Marmorata和Anguilla Bengalensis形成了两个不同的亚群体。Bengkulu Kuari河的水品质是温度26.5-27.5°C，pH 7.1-8.7，溶解氧6.19-9.54 mg l-1，亮度21-47 cm，ammonia，ammonia 0.16-0.41 mg l-1，总碱性20–52 mg l-1，33-1，TDS 33-1，TDS M. 0.3-0.4 PPT和水速度0.5-0.8 ms-1。通过将COI基因的DNA序列与GenBank中的现有数据库进行比较，DNA条形码中的COI基因非常适合用于鉴定Anguilla SPP物种。
HIV-1 DNA测试在病毒血症患者中比HIV-1 RNA测试识别更多的耐药性
抗抗性相关的主要和次要突变与核OS（T）IDE和非核苷逆转录酶抑制剂（NRTIS和NNRTIS），蛋白酶抑制剂（PIS）和综合酶抑制剂（INIS）通过Sanger（现象GLES GRESSENSE gt insensense，Ontosense，Onagrive Biogence）鉴定如前所述[51]如前所述。从全血EDTA SAM PLE中提取基因组DNA后，进行HIV-1 POL区域的一式三份嵌套聚合酶链反应放大。放大器，然后在Illumina Miseq平台上进行2×150个基本配对末端测序。配对末端读数被连接在一起，并以密码子感知方式将读数与NL43 GenBank：KM390026.1参考序列对齐。质量指标已适当，以在所有位置进行终止对齐覆盖> 1000倍，并且在所有位置上> 30 phred评分。一种幼稚的贝叶斯分类模型用于单独评估apobecec诱导的g的证据。超级读数，并评估其余的读数的变异频率。报告阈值设定为10％，以最大程度地减少ApoBec诱导的超伪阳性的影响。对于在不太可能发生APOBEC诱导的变化的位置发生的耐药性突变，最小报告阈值为3％。基于基因型的抗病毒（ARV）易感性评估是使用专有的ALGO RITHM进行的，该ALGO RITHM合并了每种药物的临床试验数据，> 120 000次匹配的基因型 - 表型结果。病毒载荷测量发生在电阻测试前不超过5天或3天，并使用Cobas Ampliprep/Cobas Taqman HIV-1分析进行。
遗传特性和对普通乌鸦（Corvus Splendens）的系统发育分析
普通的房屋乌鸦（Corvus Splendens）具有显着的生态适应性，使其在大陆上的快速扩张。尽管分布广泛，但仍需要遗传研究来阐明其进化史和人口结构。本研究采用DNA条形码，重点是线粒体基因细胞色素氧化酶亚基I（COX1），这对于物种鉴定和系统发育分析非常有效。从70 C.旁遮普邦的七个城市的70 C中收集了血液样本：拉合尔，卡苏尔，sialkot，narowal，pakpattan，gujranwala和bahawalpur。基因组DNA提取，并使用PCR技术扩增Cox1基因的部分序列。从10个随机选择的标本中对Cox1标记的测序揭示了9种不同的遗传变异。种间分析将我们的C. splendens序列与GenBank中的各种Corvus物种一起定位，而种内分析确定了15种遗传变异。这些变体显示核苷酸的身份率范围从98.7％到99.8％，遗传距离在0.002至0.013之间。分析表明，C。Splendens集团由一个单一的异质进化枝组成，其中包括来自多个国家的变体，包括巴基斯坦，坦桑尼亚，尼泊尔，南非，马来西亚，马来西亚，斯里兰卡，孟加拉国，孟加拉国，肯尼亚，澳大利亚，澳大利亚，澳大利亚和新加坡。这项研究显着增强了我们对C. Splendens种群中遗传多样性和进化关系的理解，强调了遗传研究的必要性，以告知保护策略。采用先进分子技术和更广泛的地理抽样的进一步研究对于评估这种适应性物种的遗传多样性和种群动态至关重要。
检测SARS-COV-2和庇护猫中可能的变体
SARS-COV-2是轻度至重度急性呼吸系统疾病的原因，导致2019年至2022年之间在全球范围内的人类生命丧失。在包括猫和狗在内的各种动物中发现了该病毒，这使其成为一个主要的公共卫生问题和一个健康问题。在这项研究中，在动物收容所中收集了结膜和咽拭子（n = 350）和血清样品（n = 350）（n = 350）（n = 350）。中和测试（SVNT）。203（58％）拭子样品为阴性（未检测到N1和N2），2（0.6％）为正（检测到N1和N2），而145（41％）尚无定论（仅检测到N1）。对N2区域的分析和多个序列比对揭示了猫样样品RNA提取物的N2探针结合区域中的基本对缺失和取代，与GenBank数据库中的正结构和人类SARS-COV-2序列相比。用源自CAT样品扩增子序列的探针代替N2探针，127个N2阴性样品中的123个（96.9％）返回了阳性。除350种血清样品中的所有外，所有其他人的SARS-COV-2抗体都是负面的。这些观察结果表明，尽管在测试的样品中发现SARS-COV-2感染的检测较低，但宠物猫可以怀有该病毒，并作为可能导致人类感染的病毒扩散来源。此外，猫可能带有与SARS-COV-2有关的尚未描述的病毒。