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Bordetella pelita pelita III的完整基因组序列，印尼全细胞百日咳疫苗的生产菌株
t Bio Farma（Persero）使用Borde-tella thea thea attuse pelita pelita III生产全细胞百日咳（WP）疫苗。百日咳菌株的抗原特性会随着时间的流逝而变化（1-3），因此，需要监测工作种子的这些特征以产生有效的疫苗。顺便说一句，最近的基因组学革命使全基因组shot弹枪进行了快速，准确且具有成本效益的途径，不仅检查疫苗抗原基因，而且还检查了生产过程至关重要的其他基因。但是，这取决于全基因组序列的可用性。出于这些原因，并且与其他百日咳疫苗生产菌株进行了详细比较，确定了百日咳芽孢杆菌菌株pelita III的整个基因组序列。The sequencing was performed at the University of Delaware Sequencing & Geno- typing Center (Newark, DE) on the PacBio RS II platform, employing single-molecule real-time (SMRT) technology (Pacific Biosciences, Menlo Park, CA) (4), yielding 141,140 reads totaling 888,059,822 bases.通过层次基因组组装过程（HGAP）工作流进行了从头基因组组装（4）。使用Gepard测试了组装序列的圆形，并用AMOS和Minimus2生成圆序（5，6）。最终组装产生了一个具有141.91覆盖率的4.1-MB基因组的重叠群。使用美国能源部联合基因组研究所（美国加利福尼亚州核桃溪）的综合微生物基因组综述（IMG/ER）平台进行了基因的初始识别和注释（7）。GenBank注释利用了NCBI原核基因组注释管道（8）。在基因组水平上，Pelita III与Bordetella buttussis tohama I（9，10），参考菌株（11）和百日咳疫苗的主要来源密切相关（3，12）。每种发病机理基因的核苷酸序列，包括疫苗抗原的核苷酸序列，即百日咳毒素（PT），心霉素（PRN），膜状血凝集素（FHA）（FHA）和纤维mbriae（FIM），在两种菌株中是相同的（13）。观察到的两个基因组之间的差异有两种类型：（i）Pelita III中的其他元素，可能是由于换位引起的，在两个位置的转座酶INSO的串联重复（BP 44713至
医疗保健中AI的优点
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预印本 DOI：发布于 2022 年 6 月 30 日 https://...
基于全基因组测序的链霉菌属的表征。 6（4）：关注天然产品1 2 MarcelaProençaBorba1（0000-0003-4909-969X），JoãoPaulowitusk 1，DéboraMarchesan Cunha 1，Daiana deiana de Lima- 3 Mora-3 Morales 2,3 591-6514）4 5 1-农业和环境微生物学的研究生课程，基本健康科学研究所，6联邦大学里奥格兰德大学，巴西Porto Alegre，巴西Porto Alegre 7 2-生物信息知识从Porto Alegre开始阿雷格里、南里奥格兰德州、阿雷格里港、巴西 10 11 通讯作者：Marcela Proença Borba（ceh.proenca@gmail.com） 12 13 关键词 14 次生代谢产物、基因组挖掘、放线菌、生物合成基因簇、植物病原真菌。 15 16 数据摘要 17 该全基因组霰弹枪项目已存入 DDBJ/ENA/GenBank，登录号为 18 VIFW00000000。由于核苷酸序列数量巨大，在整个手稿和在线资源的补充数据中发现了数据库登录号。 20 21 摘要 22 我们对链霉菌属的整个基因组进行了测序。 6（4）是从番茄根部分离得到的，对植物病原真菌具有抗真菌活性，主要针对番茄根结线虫（Bipolaris sorokiniana）。该基因组有近 7 Mb 和 24 3,368 种假设蛋白质，这些蛋白质在 Uniprot 中进行了分析和表征，重点是 25 种生物化合物。为了表征和鉴定该分离株，进行了 MLST 分析，最终得到一种新的 ST，26 归类为 ST64。构建了表型和系统发育树来研究链霉菌属。 6(4)进化27和序列相似性，该分离株是与Streptomyces prasinus和Streptomyces viridosporus更接近的菌株。已知链霉菌属具有强大的代谢能力，并且存在隐秘基因。这 29 个基因通常以簇的形式存在，负责生产多种天然产物，其中主要是抗生素。此外，6（4）显示通过反SMASH扩增出11个生物合成基因簇，其中包括3个簇31PKS和NRPS类型。 32 33 34 简介 35
jata_s@yahoo.com
研究指南博士 - （当前注册为02，完成为05）； B.Tech / B.Sc.（19/04） - 完成； M. Tech/M.Sc。（14） - 完成。奖项和奖学金1。M.Sc的全印度入学考试考试。生物技术（1999），由新德里的Jawaharlal Nehru大学（JNU）进行。 2。 1999-2001在M. Sc期间授予了研究生奖学金。 生物技术系（DBT）的生物技术，政府科学技术部。 印度，印度。 3。 科学与工业研究委员会（CSIR）进行的国家资格测试（NET），（2000，2001）。 4。 2004-2006授予CSIR高级研究员，5。 从TIGR，CSIR，DST和INSA授予的旅行赠款，在第7届计算基因组学年会议上介绍海报”，美国弗吉尼亚州雷斯顿，由基因组研究所（TIGR）组织，2004年10月21日，2004年10月21日。。 6。 从2 nd晋级曲霉菌病（AAA2006）的全部奖学金，2006年2月22日，希腊雅典。 7。 “最佳海报奖”，Tarun Kumar Patel，Rajesh Anand，Bhupendra N Tiwary，Jata Shankar*。 通过三座四极质谱检测黄曲霉毒素在黄曲霉菌株中的产生。 2013年2月16日至17日，2013年2月16日至17日，《微生物多样性：探索，保护与应用》（C.G. ） ），印度。 （海报）， *通讯作者）8。 '奖学金奖学金第7奖，反对曲霉病（AAA2016），2016年3月3日，英国曼彻斯特。 9。生物技术（1999），由新德里的Jawaharlal Nehru大学（JNU）进行。2。1999-2001在M. Sc期间授予了研究生奖学金。 生物技术系（DBT）的生物技术，政府科学技术部。 印度，印度。 3。 科学与工业研究委员会（CSIR）进行的国家资格测试（NET），（2000，2001）。 4。 2004-2006授予CSIR高级研究员，5。 从TIGR，CSIR，DST和INSA授予的旅行赠款，在第7届计算基因组学年会议上介绍海报”，美国弗吉尼亚州雷斯顿，由基因组研究所（TIGR）组织，2004年10月21日，2004年10月21日。。 6。 从2 nd晋级曲霉菌病（AAA2006）的全部奖学金，2006年2月22日，希腊雅典。 7。 “最佳海报奖”，Tarun Kumar Patel，Rajesh Anand，Bhupendra N Tiwary，Jata Shankar*。 通过三座四极质谱检测黄曲霉毒素在黄曲霉菌株中的产生。 2013年2月16日至17日，2013年2月16日至17日，《微生物多样性：探索，保护与应用》（C.G. ） ），印度。 （海报）， *通讯作者）8。 '奖学金奖学金第7奖，反对曲霉病（AAA2016），2016年3月3日，英国曼彻斯特。 9。1999-2001在M. Sc期间授予了研究生奖学金。生物技术系（DBT）的生物技术，政府科学技术部。印度，印度。 3。 科学与工业研究委员会（CSIR）进行的国家资格测试（NET），（2000，2001）。 4。 2004-2006授予CSIR高级研究员，5。 从TIGR，CSIR，DST和INSA授予的旅行赠款，在第7届计算基因组学年会议上介绍海报”，美国弗吉尼亚州雷斯顿，由基因组研究所（TIGR）组织，2004年10月21日，2004年10月21日。。 6。 从2 nd晋级曲霉菌病（AAA2006）的全部奖学金，2006年2月22日，希腊雅典。 7。 “最佳海报奖”，Tarun Kumar Patel，Rajesh Anand，Bhupendra N Tiwary，Jata Shankar*。 通过三座四极质谱检测黄曲霉毒素在黄曲霉菌株中的产生。 2013年2月16日至17日，2013年2月16日至17日，《微生物多样性：探索，保护与应用》（C.G. ） ），印度。 （海报）， *通讯作者）8。 '奖学金奖学金第7奖，反对曲霉病（AAA2016），2016年3月3日，英国曼彻斯特。 9。印度，印度。3。科学与工业研究委员会（CSIR）进行的国家资格测试（NET），（2000，2001）。4。2004-2006授予CSIR高级研究员，5。从TIGR，CSIR，DST和INSA授予的旅行赠款，在第7届计算基因组学年会议上介绍海报”，美国弗吉尼亚州雷斯顿，由基因组研究所（TIGR）组织，2004年10月21日，2004年10月21日。6。从2 nd晋级曲霉菌病（AAA2006）的全部奖学金，2006年2月22日，希腊雅典。7。“最佳海报奖”，Tarun Kumar Patel，Rajesh Anand，Bhupendra N Tiwary，Jata Shankar*。通过三座四极质谱检测黄曲霉毒素在黄曲霉菌株中的产生。 2013年2月16日至17日，2013年2月16日至17日，《微生物多样性：探索，保护与应用》（C.G. ） ），印度。 （海报）， *通讯作者）8。 '奖学金奖学金第7奖，反对曲霉病（AAA2016），2016年3月3日，英国曼彻斯特。 9。通过三座四极质谱检测黄曲霉毒素在黄曲霉菌株中的产生。2013年2月16日至17日，2013年2月16日至17日，《微生物多样性：探索，保护与应用》（C.G.），印度。（海报）， *通讯作者）8。'奖学金奖学金第7奖，反对曲霉病（AAA2016），2016年3月3日，英国曼彻斯特。9。从DST提供Jata Shankar，Raman Thakur，Shanu Hoda，Shraddha Tiwari，Pooja Vijayaraghavan的旅行赠款。蛋白质组谱为曲霉的发芽和继发代谢物的生物合成提供了分子见解。第5届国际分析蛋白质组学大会（V ICAP 2017）。 3 rd - 2017年7月6日| Caparica |葡萄牙（口头邀请）专业机构的成员：美国过敏，哮喘和免疫学学院（AAAAI），国际人类和动物真菌学学会（ISHAM）终身会员；印度免疫学协会（LM/IIS/530/12/16）生命会员：印度真菌学会（LM-21-16）期刊的临时审稿人NO = 40对NCBI GenBank数据库（总数= 1000）贡献（总= 1000）登录号：Isocitrate lyase（Isocitrate Lyase（Isocitrate）（AY5223574）核苷型核苷型（AY523574）核苷diphosate Kinase Kinasse（AY523574）233 （AY289197）热休克蛋白（AY551909硫胺素生物合成，蛋白质（AY792973））鸟苷酸激酶AY523574）多泛素（AY817687） BM037654 BQ079382，BQ276244，BM378043- BM378045，BM500121- BM500124第5届国际分析蛋白质组学大会（V ICAP 2017）。3 rd - 2017年7月6日| Caparica |葡萄牙（口头邀请）专业机构的成员：美国过敏，哮喘和免疫学学院（AAAAI），国际人类和动物真菌学学会（ISHAM）终身会员；印度免疫学协会（LM/IIS/530/12/16）生命会员：印度真菌学会（LM-21-16）期刊的临时审稿人NO = 40对NCBI GenBank数据库（总数= 1000）贡献（总= 1000）登录号：Isocitrate lyase（Isocitrate Lyase（Isocitrate）（AY5223574）核苷型核苷型（AY523574）核苷diphosate Kinase Kinasse（AY523574）233 （AY289197）热休克蛋白（AY551909硫胺素生物合成，蛋白质（AY792973））鸟苷酸激酶AY523574）多泛素（AY817687） BM037654 BQ079382，BQ276244，BM378043- BM378045，BM500121- BM500124
cas12b（A.酸性）重组
描述：重组A.酸性AAPCAS12B（V型CRISPR相关蛋白CAS12B），无标签。AAPCAS12B属于V型CRISPR效应器CRISPR-CAS12B/C2C1，对于广泛的应用，高温。物种：酸性酸性酸性构建体：CAS12B（全长）（酸性）浓度：0.20 mg/ml表达系统：大肠杆菌纯度：80％格式：水缓冲液溶液。以：50 mm磷酸钠，pH 7.5、300 mm NaCl，1 mM DTT和10％甘油MW：128 kDa GenBank登录：WP_067623834稳定性：至少在-80°C时至少6个月。存储：-80°C使用的说明：在冰上解冻，并在使用前轻轻混合。不要涡旋。在打开前进行快速旋转。等分的小容量，然后闪烁冻结以进行长期存储。避免多个冻结/解冻周期。测定条件：使用基于CRISPR的荧光记者测定法测量了不同量的AAPCAS12B活性，以获得最佳结果。使用RNA引导的DNA与CAS12结合，将靶DNA切割和不加选择的单链DNA侧支裂解激活。荧光信号的发射是由于裂解后ssDNA记者的降解所致。Active Cas12 was thawed on ice while 1X Endonuclease Buffer containing 10 mM Tris- HCl, pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 mM MgCl 2 , and 0.1 mg/ml BSA, guide RNA (custom designed crRNA), ds DNA activator (complementary sequence to crRNA and a PAM sequence specific for Cas enzyme) and FQ-ssDNA substrate （用荧光团和淬火器标记）平衡为室温。然后将板密封并在37°C下孵育10-30分钟。使用1X内核酸酶缓冲液制备了活性CAS12（4倍最终浓度）指南RNA（4倍最终浓度）和含有DS DNA激活剂和SSDNA报告基因（2倍最终浓度）的激活器/报告剂混合物（2倍最终浓度）。10 µL的4倍活性CAS12和10 µL的4倍引导RNA在室温下在固体黑色96井板的一半面积中预孵育10分钟。预孵育后，将20 µL的2倍激活剂/报告基因混合物添加到板上，并将其放置在振动孵化器上1分钟。然后将板平衡至室温，去除板密封剂，并在毫用读取器上读取荧光。阴性对照是通过用相等量的测定缓冲液代替酶工作溶液来测量的。应用程序：
dsRNA-ljrab7
摘要。据估计，病毒病原体每年会给全球虾类行业造成10亿美元的损失。根据世界动物健康组织（OIE）的说法，该部门面临的主要健康问题是病毒病因疾病的发生。当前，基于RNAi的治疗方法显示了控制各种病毒的希望。甲壳类动物中内源性Rab7基因的沉默可防止复制影响虾的各种类型的病毒。该基因的阻塞抑制了DNA病毒的感染，例如WSSV，也抑制了用RNA（YHV，TSV，LSNV）的病毒。从这种角度来看，这项研究旨在通过体外转录综合DSRNA-RAB7。以这种方式，可以获得与penaeus japonicus（LJRAB7）的Rab7基因（GenBank AB379643.1）相对应的393 bp dsRNA。通过用RNase A分析来证实双链结构中的杂交。研究的含义是在其重要性中讨论的，作为开发与Penaeid Shrimps水产养殖部门相关的病毒病原体方法开发方法的工具。关键词：dsRNA，虾，rab7基因，RNAi，转基因表达，病毒。简介。如今，没有治疗方法可用于控制虾养殖行业的病毒病原体。然而，正在努力开发抗病毒疗法来对抗这些类型的虾病原体。此外，RNAi在抑制这些努力主要基于双链RNA（DSRNA）介导的基因的沉默，或通过涉及使用RNA干扰（RNAi）的机制（Saksmerprome等，2009; Itathitphaisarn等人，2017年）。据报道，RNAi可以保护虾免受几种高度致病的病毒，包括白斑综合征病毒（WSSV）（Attasart等，2009年），黄头病毒（YHV）（Tirasophon等，2005，2007，2007），Taura综合征病毒（TSV）（tsv） （PSTDV1）和Penaeus monodon致病毒（PMDNV）（Attasart等人，2011; Saksmerprome et al 2013; Chimwai等，2016）。基于RNAi的机制已被证明是一种有前途的预防和治疗方法，用于治疗影响虾的病毒疾病。RNAi的作用机理是由DSRNA分子引发的，DSRNA分子导致Messenger RNA（mRNA）从特定和同源序列降解（Fire等，1998）。在虾中，像YHV蛋白酶这样的病毒基因互补的dsRNA已被证明可以有效预防和/或固化该病毒在P. monodon中引起的感染（Yodmuang et al 2006; Tirasophon et al 2007）。
使用非侵入性粪便DNA样品对麻风病的DNA微型 - 巴甲构造及其监测入侵物种的重要性
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埃及化学杂志
摘要 从埃及土壤和食物来源中分离出产生磷脂酶 C (PLC) 的细菌。通过 16S rRNA 测序，将一种强效假单胞菌分离物鉴定为 P. fluorescens MICAYA，并以基因登录号 (OQ231499) 记录在 GenBank 中。通过 Plackett Burman 和中心复合设计进行优化发现，豆粕、酵母提取物、NaCl 和蛋黄显著提高了磷脂酶 C 的产量。Michaelis-Menten 动力学确定了 K m 为 0.4 mg/ml 蛋黄，V max 为 287 U/ml。Box Behnken 设计确定了 395 U/ml 磷脂酶 C 产量的最佳 pH 值为 6.5、0.55 g/l CaCO 3、1.05% 蛋黄、48.5°C。该磷脂酶对人成纤维细胞表现出低细胞毒性。磷脂酶 C 浓度（0.2-1 ml）可有效脱胶芝麻、洋甘菊、西洋菜、荷荷巴油、橄榄、黑种草和蓖麻油。磷脂酶 C 浓度为 0.4-0.8 ml/L 时磷脂减少率最高。荧光假单胞菌磷脂酶 C 提供了一种可生物降解的化学脱胶替代方法。总之，统计优化成功提高了磷脂酶 C 的产量。表征发现该酶在碱性 pH、中等温度和蛋黄底物下效果最佳。已证明多种植物种子油具有生物脱胶能力。进一步固定化和蛋白质工程可以提高磷脂酶 C 的工业效用。关键词：磷脂酶 C；荧光假单胞菌；培养基优化；油脱胶；酶动力学。 _____________________________________________________________________________________________________________ 1. 简介 磷脂酶 (PLC) 水解磷脂骨架中的磷酸二酯键，根据所涉及的具体磷脂种类产生 1,2-二酰基甘油和磷酸单酯。微生物磷脂酶是催化磷脂水解的酶。由于其广泛的底物特异性、温和条件下的高活性以及易于大规模生产，它们具有广泛的工业应用 [1]。磷脂酶已被用于修改磷脂结构以生产特定脂质、脱胶植物油、合成化妆品成分、改善面团的烘焙特性、产生风味和香气等 [2]。真菌、细菌和酵母等微生物来源的磷脂酶比植物和动物来源具有优势，因为它们可以通过发酵以高产量和纯度生产 [3]。最有效的真菌生产者是黑曲霉、环青霉和少根根霉。黑曲霉可产生高产量的磷脂酶 A1 和 A2 [4]。固定化黑曲霉磷脂酶 A2 对植物油的重复脱胶表现出良好的稳定性 [5]。最常见的细菌生产者是假单胞菌和芽孢杆菌。铜绿假单胞菌和蜡状芽孢杆菌产生胞外磷脂酶 C [6,7]。枯草芽孢杆菌分泌磷脂酶 A2，并且已经通过基因改造以提高产量。在稳定期，荧光假单胞菌可以产生各种具有抗菌潜力的次级代谢物，例如氢氰酸 (HCN)、绿脓杆菌素 (Pit) 和 2,4-二乙酰间苯三酚 (Phi)，以及铁螯合代谢物 [8]。绿脓杆菌素、水杨酸和绿脓杆菌素。蛋白酶、磷脂酶 C 和脂肪酶是从各种环境中分离的荧光假单胞菌菌株产生的三种细胞外酶的例子 [9]。在稳定生长期测定的磷脂分解活性水平最高，表明生长阶段依赖机制负责诱导这些酶。此外，酵母生产者是隐球菌，它被固定化并用于大豆油脱胶。 Candida rugosa 是一种脂肪酶和磷脂酶生产者，固定化 C. rugosa 脂肪酶用于结构化脂质的生产 [10]。微生物磷脂酶，如磷脂酶 A1、A2、C 和 D，在脱胶、油脂酯交换、卵磷脂生物合成和废水处理应用中表现出良好的应用前景 [11]。它们的酶水解导致磷脂部分水解，使胶的分离更容易 [12]。响应面法 (RSM) 被有效地用于各种微生物产品的优化和建模 [13]。该方法结合了统计和数学技术，用于模型构建、评估几个独立变量的影响并获得变量的最优值。因此，本研究的目的是利用响应面法的统计方法优化荧光假单胞菌磷脂酶 C 的生产和表征，并研究其在某些植物油脱胶中的应用。油脂的酯交换、卵磷脂的生物合成和废水处理应用 [11]。它们的酶水解导致磷脂的部分水解，使胶的分离更容易 [12]。响应面法 (RSM) 被有效地用于各种微生物产品的优化和建模 [13]。该方法结合了统计和数学技术，用于模型构建、评估几个独立变量的影响并获得变量的最优值。因此，本研究的目的是利用响应面法的统计方法优化荧光假单胞菌磷脂酶 C 的生产和特性，并研究其在某些植物油脱胶中的应用。油脂的酯交换、卵磷脂的生物合成和废水处理应用 [11]。它们的酶水解导致磷脂的部分水解，使胶的分离更容易 [12]。响应面法 (RSM) 被有效地用于各种微生物产品的优化和建模 [13]。该方法结合了统计和数学技术，用于模型构建、评估几个独立变量的影响并获得变量的最优值。因此，本研究的目的是利用响应面法的统计方法优化荧光假单胞菌磷脂酶 C 的生产和特性，并研究其在某些植物油脱胶中的应用。
深海海绵衍生的环境 DNA 分析揭示了偏远北极生态系统的底栖鱼类生物多样性
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