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使用深度学习来预测大麦基班克的地理起源对基因组环境协会研究
基因组环境协会（GEA）是一种通过与环境参数结合遗传变异来识别适应位点的方法，从而提供了提高作物弹性的潜力。但是，其在Genebank配件上的应用受到丢失的地理来源数据的限制。为了解决这一限制，我们探索了神经网络来预测大麦加入的地理起源，并将估算的环境数据整合到GEA中。神经网络在交叉验证方面表现出很高的精度，但偶尔会产生可行的预测，因为模型仅被视为地理位置。例如，一些预测的起源位于不可理的区域内，例如地中海。使用大麦开花时间基因作为基准，GEA整合了估算的环境数据（n = 11,032），与常规GEA（n = 1,626）相比，在开花时间基因附近的基因组区域进行了部分一致但互补的检测（n = 1,626）（n = 1,626），从而突出了GEA与估计的GEA的潜在的互补的GEA，并在互补的GEA中突出了。同样，与我们最初的假设相反，可以通过增加样本量来预期GEA性能会有显着改善，我们的模拟产生了意外的见解。我们的研究表明，通过预测丢失的地理数据，GEA方法的敏感性对相当大的样本量的敏感性有潜在的局限性。总体而言，我们的研究通过与GEA进行深入的学习来提供有关利用不完整的地理起源数据的见解。我们的发现表明，需要进一步开发GEA方法来优化估算的环境数据的使用，例如结合区域GEA模式，而不是仅仅关注大型景观跨等位基因频率和环境梯度之间的全球关联。
国际植物遗传资源条约
CGIAR Ms Isabel LÓPEZ NORIEGA Policy and Legal Specialist Plant Genetic Resources and Seed Policies Alliance of Bioversity International and CIAT (CGIAR) CGIAR Genebank Initiative Alliance Headquarters Rome Via di San Domenico, 1 00153, Rome, Italy E-mail: i.lopez@cgiar.org Mr Nigel Ruaraidh SACKVILLE HAMILTON Consultant, Plant Genetic Resources and Seed Policies Alliance of Bioversity International and CIAT (CGIAR) CGIAR Genebank Initiative E-mail: Ruaraidh.sh@gmail.com Mr Claudio CHIAROLLA Alliance of Bioversity International and CIAT (CGIAR) CGIAR Genebank Initiative E-mail: C.Chiarolla@cgiar.org Mr Mathieu ROUARD Alliance of Bioversity International and CIAT （CGIAR）CGIAR GENEBANK倡议电子邮件：m.rouard@cgiar.org fao fao先生丹·莱斯基恩（Dan Leskien）先生高级联络官官员遗传资源和农业食品和农业遗传资源委员会意大利罗马，意大利罗马，
社论：利用基因库：作物野生亲戚和陆地的高通量表型和基因分型
全球基因银行具有表型和遗传新颖性，可用于提高产量，作物适应性和农生动态性（Tanksley and McCouch，1997），同时缓冲作物遗传侵蚀（Khoury等，2021年）。然而，必须授权基因银行利用的新策略，以满足日益增长的全球粮食需求（McCouch，2013; Bohra等，2021），其作物替代方案具有适合气候变化的替代品，对环境和生物多样性的可持续性，以及社区的生物多样性（Scherer等人，2020年）。因此，为了在Genebank采矿中填补这一差距，该研究主题通过利用高通量表型和作物野生亲戚（CWR）和Landraces的基因分型来汇总了能够加快作物改进过程的最新发展（Singh等，2022）。如下一部分所讨论的那样，累积的作品创新了基因班克表征，利用和等位基因部署的不同步骤，包括种质鉴定，保护，保护，繁殖前筛查基因上多样性和相关标记物以及侵入性育种。
CGIAR 基因库的范围和作用：2030 年愿景
• 育种者对基因库材料的需求可能会减少，至少对于更先进的作物而言是这样，因为他们将更多地依赖基因组信息及其表型后果来选择他们所需的种质。相反，随着建立基因型-表型关联的重要性和便利性不断增加，其他研究人员对材料的需求可能会增加。 • 其他未来的变化更具推测性。更强的民族主义可能意味着跨境访问国家基因库的机会减少；获取原位材料可能会受到越来越严格的限制；随着私营部门加速参与作物改良，收藏品可能会出现显著的“私有化”；由于短期发展目标优先于可持续性，一些国家基因库的资金和范围可能会在未来大幅削减。这些变化将影响 CGIAR 库的未来和作用，例如保护遗留材料。 • 基因库管理者应该：
DNA条形码分析（Anabas ...
摘要：Ikan Betok（Anabas testudineus，Bloch 1792）是FISHES之一，是Anabantidae家族的成员。Betok是Riau省的一种地方性鱼。关于Betok Fish的DNA条形码的科学研究仍然很少。这项研究旨在分析Betok Fish上细胞色素C氧化酶I（COI）的DNA条形码序列。方法，例如采样，总DNA提取，PCR，电泳，测序和数据分析。所研究的COI序列的大小为694 bp。BLASTN分析表明，Betok Fish的相似性最高为99.7％，而A. cobojinus的testudineus和最低的93.00％。有一个核苷酸基于COI序列（即核苷酸编号309）。这项研究可能会丰富Genebank中Betok Fish的DNA条形码数据库。关键字：Anabas testudineus，Betok Fish，COI，DNA条形码，RIAU。pendahuluan
植物遗传资源培训计划培训计划
背景：ICAR-National植物遗传资源局（ICAR-NBPGR）是ICAR组成学院（印度农业研究委员会），成立于1976年，其总部位于新德里。它具有计划，进行，进行，促进和协调有关植物勘探和收集，表征，评估，保护和分布的所有活动的所有活动，并分配了土著植物及其野生亲戚的种质。植物遗传资源（PGR）代表农作物及其野生亲戚的自然变异，这些变化在支持粮食安全方面起着至关重要的作用，尤其是在气候变化的情况下。ICAR-NBPGR的印度国家基金（NGB）（NGB）通过住房对食品和农业很重要的植物遗传资源来促进遗传多样性的保护。在过去的几十年中，以种质剂的形式保存农作物遗传多样性方面取得了重大进展。
作物改良前沿技术
摘要 过去二十年，作物改良的若干前沿技术得到了快速发展和应用，这些技术为选择具有更好遗传特性的改良育种系带来了速度、精度和成本效益。需要提及的几项此类技术包括准确、高效地表征不同基因库种质、高通量测序和基因分型、快速世代推进、基于现代测序的性状定位和基因发现，随后识别出优良单倍型、基因组选择、基因编辑、正向育种和多组学方法，包括更好的生物信息学工具/软件。虽然各种性状（尤其是复杂性状）的表型分析方案仍有改进空间，但上述前沿技术为提高开发具有未来性状的新品种的精度和速度提供了巨大的机会，以确保不同作物的可持续性。利用一个共同平台大规模集成和使用这些技术，为作物的可持续发展提供完美支持。
Oscar Fernando Castaneda Mendez 简历
09/2019 第十六届茄科植物大会 产量与营养。耶路撒冷，以色列 海报 1：番茄中的杀虫黄酮工程 海报 2：SlAGL6 转录因子的分子表征 03/2017 系统发育分析研讨会：从基因库到系统发育树。马尼萨莱斯，卡尔达斯，哥伦比亚 12/2016 第一届国家农业基因组编辑课程。帕尔米拉，考卡山谷，哥伦比亚 06/2016 第九届 REDBIO 大会。 2016，秘鲁，利马 演讲：通过反式嫁接方法诱导木薯（Manihot esculenta）开花 海报：一种简单的水培强化系统和氮源对离体木薯（Manihot esculenta Crantz）驯化的影响 07/2015 研讨会：撰写科技文章。帕尔米拉，哥伦比亚考卡山谷省 10/2014 第九届拉丁美洲生物科学学生大会。亚美尼亚，哥伦比亚金迪奥省 演讲：使用 G3pdh、NIA-i3 和 matK 区域作为条形码识别来自 CIAT 种质库的木薯属（Mill）种质 09/2019 良好实验室规范（GLP）。CIAT，帕尔米拉，哥伦比亚考卡山谷省 08/2013亚美尼亚、金迪奥、哥伦比亚
莱茵衣藻乙酰辅酶A羧化酶（CrACCase）的计算机基因组编辑鉴定和功能蛋白变化
莱茵衣藻中的乙酰辅酶a羧化酶（CrACCase）是一种编码三酰甘油（TAG）和脂质（油体）合成的基因。CrACCase基因研究很少，尚未进行过计算机或体内遗传改造。在本研究中，我们为基因组编辑，特别是CrACCase提供了生物信息学精确信息。本研究旨在构建sgRNA并预测CrACCase假定突变蛋白的功能区域。根据分子鉴定结果，可以对最佳的CrACCase（GeneBank XM_001703135）进行计算机遗传改造。本研究中最佳的潜在 sgRNA 构建体为 GCGTCTGCTCAATCACACGGCGG、TTGAGGTCGGAACTCCAGCGG 和 AGGCAATACCCTCAATTGGGTGG，效率值分别为 79.27%、68.25% 和 65.17%。获得的最佳寡核苷酸 sgRNA 具有一个带有 NGG 的原间隔区相邻基序 (PAM) 位点，尤其是 CGG 和 TGG 的形式。工程化的 CrACCase 基因突变的位置位于莱茵衣藻基因组的 XM_001703135.1:1089 区域，尤其是在负链中。预测 CrACCase 蛋白具有 ACC 的羧基转移酶亚基、假定 PCC 的羧基转移酶亚基、酵母乙酰辅酶 A 羧化酶的人源化羧基转移酶结构域和乙酰辅酶 A 羧化酶的结构。 CrACCase 基因中的移码突变的变化影响了残基 D:C 92、95、111 和 114 处配体-蛋白结合位点功能区的结构变化，这些位点是锌离子结合位点。这种结构变化导致 CrACCase 蛋白的功能发生变化。这种生物信息学信息对于将来对 CrACCase 进行体内基因组编辑非常重要，这样就可以获得具有最高 TAG 产量或最高生物柴油（油体）产量的突变体。分子生物学家和生物技术专家可以将对莱茵衣藻中 CrACCase 基因的操纵应用于脂质百分比最高的其他微藻生物，以增加未来的生物能源产量。
修补生殖基因和无融合生殖
摘要：马铃薯是世界上最重要的非谷类作物，然而，马铃薯的遗传增益传统上一直受到作物生物学的延迟，主要是自交四倍体品种的遗传杂合性和生殖系统的复杂性。新型定点基因改造技术为设计气候智能型品种提供了机会，但它们也为马铃薯育种带来了新的可能性（和挑战）。由于马铃薯品种表现出显著的生殖多样性，并且它们的胚珠倾向于发展出类似无融合生殖的表型，因此对马铃薯生殖基因进行修改正在开辟马铃薯育种的新领域。开发二倍体品种而不是四倍体品种已被提议作为填补遗传增益空白的替代方法，这是通过使用基因编辑的自交亲和基因型和自交系来利用杂交种子技术来实现的。类似地，调节二倍体或四倍体马铃薯中未减数配子的形成和合成无融合生殖可能有助于加强向二倍体杂交作物的过渡或增强基因渗入方案并固定四倍体品种中高度杂合的基因型。无论如何，诱导无融合生殖样表型将缩短开发新品种的时间和成本，因为这样可以通过真种子进行多代繁殖。在这篇评论中，我们总结了目前关于马铃薯生殖表型和潜在基因的知识，讨论了利用马铃薯的自然变异性调节种子形成过程中的生殖步骤的优缺点，并考虑了合成无融合生殖的策略。然而，在我们能够完全调节生殖表型之前，我们需要了解这种多样性的遗传基础。最后，我们设想基因库在这一努力中发挥积极、核心的作用，通过对正确基因型的基因库种质和新引进品种进行表型分析，为科学家和育种者提供可靠的数据和资源，以开发创新，利用市场机会。