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通过封闭灯测定MECA和SPA基因
摘要：抗菌耐药性（AMR）的出现，尤其是金黄色葡萄球菌（MRSA），构成了重大的全球健康威胁，因为这些细菌越来越多地抵抗最可用的治疗选择。因此，开发一种有效的方法以直接从临床标本中快速筛选MRSA变得至关重要。在这项研究中，我们建立了一个闭合的管环介导的等热放大（LAMP）方法，该方法融合了羟基荷硫醇蓝（HNB）色染料测定法，以直接根据MECA和SPA基因的存在直接从临床样品中检测MRSA。总共有125个预识别的金黄色葡萄球菌分离株和93个含有金黄色葡萄球菌的临床样品来自哈马德综合医院（HGH）的微生物学实验室。根据常规PCR计算敏感性，特异性，正预测值（PPV）和负预测值（NPV）。该测定法显示了100％特异性，91.23％的敏感性，0.90 Cohen Kappa（CK），100％PPV和87.8％的NPV，而临床分离株则表现出100％特异性，97％的敏感性，926 CK，0.926 CK，100％PPV，和889％NPV。与头孢辛蛋白盘扩散相比，LAMP提供了100％的特异性和敏感性，PPV和NPV的1.00 CK和100％。研究表明，闭合管灯（HNB）染料是一种快速技术，其周转时间小于1小时，并且特异性和灵敏度高。
收集地热创世纪和光荣的小工具
本研究中发现的俄罗斯地热发电与客户满意度与客户满意度之间的引人注目的相关性提供了丰富的含义，并促使人们关于可再生能源和消费者技术的交织领域的沉思融合。我们的发现与“史密斯等人”的学术启示和谐相吻合。这种偶然的证据同意强调了地热能力的持久效力及其对数字领域的深远影响，类似于发现融合美食中意外互补口味的和谐融合。
玉米中与耳朵相关性状的定量性状基因座和候选基因的热点区域：文献综述
摘要：在这项研究中，热点区域，QTL簇和候选基因具有八个与耳朵相关的玉米特征（耳长，耳长，耳道，内核行号，每行的内核数，内核长度，内核宽度，内核宽度，内核厚度和100个内核重量），并总结了三个十二次。本评论的目的是（1）全面总结和分析与这八个与耳朵相关性状相关的QTL的研究，并确定位于玉米染色体上的热点式bin区域以及与耳朵相关性状相关的关键候选基因，以及与QTL和稳定的QTL和QTL clusers和QTL clusers相关的杂物和QTL clusique和QTL clusequique and Migapppers的信息，并兴起。用于高收益和高质量玉米的映射，基因克隆和育种。先前的研究表明，与耳朵相关性状的QTL分布在玉米中的所有十种染色体上，而表型变异的解释为单个QTL范围为0.40％至36.76％。总共确定了所有十种染色体的耳朵相关性状的23个QTL热点箱。最突出的热点区域是4号染色体上的bin 4.08，其中15个QTL与八个与耳朵相关性状有关。此外，本研究确定了与耳朵相关性状相关的48个候选基因。在这些研究中，有五个被克隆和验证，而QTL热点中的二十8个候选基因是由本研究定义的。本评论对QTL映射的进步以及与八个与耳朵相关特征相关的关键候选者的识别提供了更深入的了解。这些见解无疑将帮助玉米育种者制定策略来开发高产玉米品种，从而有助于全球粮食安全。
扩展跳跃基因：使用Alu插入...
本实验室检查了16染色体的DNA区域，该区域可以在染色体的非编码区域内包含称为ALU的短核苷酸序列。学生将从盐水漱口水获得的细胞中制备自己的DNA样品，使用PCR扩增靶向基因座，然后使用琼脂糖凝胶电泳来确定该ALU的存在或不存在，该ALU跳入了数万年前的染色体。类数据被用作探索等位基因频率和Hardy-Weinberg平衡的一部分，并使用模拟服务器来建模人口遗传学原理。实验室长度：6小时建议的前LAB教学
智能：使用多基因组轮廓的新型机器学习管道，用于生物标志物发现和预测分析
摘要在本文中，我们提出了智能，这是一种用于多基因组学探索的新型机器学习（ML）管道，以发现具有高度准确性的疾病预测生物标志物。智能基于一种新型方法，该方法由使用多基因组，临床和人口统计数据的传统统计技术和剪切ML算法组成。智能引入了一种新的度量，即智能基因（I-Gene）得分，以衡量单个生物标志物对复杂性状的预测的重要性。i-gene分数可用于生成个体的i-gene概况，以理解疾病预测中使用的ML的复杂性。Intelligenes是用户友好，便携式的，并且是与Microsoft Windows，MacOS和UNIX操作系统兼容的跨平台应用程序。智能不仅具有个性化的个性化早期发现和罕见疾病的潜力，而且还为使用新型ML方法提供了更广泛研究的途径，最终导致了个性化的干预措施和新颖的治疗目标。可用性：智能的源代码可在GitHub（https://github.com/drzeeshanahmed/intelligenes）和Code Ocean（https://codeocean.com/capsule.8638596/tree/v1）上获得。联系人：Zeeshan Ahmed（zahmed@ifh.rutgers.edu）补充信息：补充数据可从BioInformatics Online获得。
AcaFinder：抗 CRISPR 相关基因的基因组挖掘
摘要 抗 CRISPR（Acr）蛋白由（原）病毒编码，以抑制其宿主的 CRISPR-Cas 系统。编码 Acr 和 Aca（Acr 相关）蛋白的基因通常共定位以形成 acr-aca 操纵子。在这里，我们提出 AcaFinder 作为第一个 Aca 基因组挖掘工具。AcaFinder 可以 (i) 使用关联理论 (GBA) 预测 Acas 及其相关的 acr-aca 操纵子；(ii) 使用 HMM（隐马尔可夫模型）数据库识别已知 Acas 的同源物；(iii) 获取潜在原噬菌体、CRISPR-Cas 系统和自靶向间隔区 (STS) 的输入基因组；(iv) 提供独立程序（https://github.com/boweny920/AcaFinder）和 Web 服务器（http://aca.unl.edu/Aca）。 AcaFinder 被用于挖掘 16,000 多个原核生物和 142,000 个肠道噬菌体基因组。经过多步过滤，鉴定出 36 个高置信度的新 Aca 家族，是已知 12 个 Aca 家族的三倍。七个新的 Aca 家族来自人类主要肠道细菌（拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门）及其噬菌体，而大多数已知的 Aca 家族来自变形菌门和厚壁菌门。通过分析 Acrs 和 Acas 的操纵子共定位，揭示了它们之间复杂的关联网络。相同的 aca 基因可以与不同的 acr 基因重组，反之亦然，从而形成不同的 acr-aca 操纵子组合，这在进化过程中似乎很常见。
2024; 15(3): 632-644. doi: 10.7150/jca.89581 研究论文探索头颈部鳞状细胞癌的预后免疫微环境相关基因
目的：头颈部鳞状细胞癌 (HNSCC) 具有较高的局部和远处转移率。在肿瘤组织中，肿瘤细胞与肿瘤微环境 (TME) 之间的相互作用与癌症的发展和预后密切相关。因此，筛选 HNSCC 中的 TME 相关基因对于了解转移模式至关重要。方法：我们的研究主要依赖于一种名为使用表达数据估计恶性肿瘤中的基质和免疫细胞 (ESTIMATE) 的新算法。从 TCGA 数据库中获取外显子模型每百万映射片段的每千碱基片段 (FPKM) 数据和 HNSCC 临床数据，并确定 HNSCC 组织的纯度以及基质和免疫细胞浸润的特征。此外，根据免疫、基质和 ESTIMATE 评分筛选差异表达基因 (DEG)，并评估它们的蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络和 ClueGO 功能。最后，确定了 HNSCC 中与免疫相关的 DEG 的表达谱。在高侵袭性口腔癌细胞系 (SCC-25、CAL-27 和 FaDu) 和口腔癌组织中验证了差异基因表达。结果：我们的分析发现免疫和 ESTIMATE 评分均与 HNSCC 的预后显着相关。此外，使用 Venn 算法进行交叉验证显示 433 个基因显着上调，394 个基因显着下调。所有 DEG 都与 ESTIMATE 和免疫评分相关。使用通路富集分析观察到细胞因子-细胞因子受体相互作用和趋化因子信号通路的富集。在分析了 PPI 网络的关键子网络后，我们初步筛选了 25 个基因。生存分析揭示了 CCR4、CXCR3、P2RY14、CCR2、CCR8 和 CCL19 与生存的关系以及它们与 HNSCC 中免疫浸润相关转移的关系。结论：使用 ESTIMATE 对基质和免疫细胞进行评分后，筛选了相关 TME 相关基因的表达谱，并确定了与生存相关的 DEG。这些 TME 相关基因标记物可作为 HNSCC 中的预后指标和指示转移性状的标记物，具有宝贵的实用性。
创世纪的能量使用Kupe利润在策略重置下到2035
本演示文稿包含前瞻性语句。前瞻性陈述包括预测，并且可能包括有关Genesis Energy意图，信念或当前期望与其未来的运营或财务绩效或市场状况有关的陈述。本演讲中的前瞻性陈述还可能包括有关Genesis Energy的时间表，行为和结局的陈述，有关计划的陈述，Genesis Energy的计划，目标，目标和策略，有关创世纪能源的行业和市场的陈述，以及Genesis Energy of Genesis Energy of Genesis Energy of Genesis Energy of Genesis Energy的未来表现，Genesis Energy的业务，Genesis Energy的业务。对未来收益或财务状况或绩效以及未来分配的任何指示，指导或前景也是前瞻性的陈述。
定量性状基因座映射鉴定的候选基因涉及植物高度调节水稻的
摘要：水稻植物的高度是一种与生物量，住宿耐受性和产量密切相关的农业特征。识别与植物高度调节和制定筛查潜在候选基因的策略有关的定量性状基因座（QTL）区域可以改善水稻的农业特征。在这项研究中，使用了跨越“ Cheongcheong”和“ Nagdong”个体的双单倍体种群（CNDH），并使用了222个单序重复标记构建遗传图。在RM3482-RM212区域中，染色体1，QPH1，QPH1-1，QPH1-3，QPH1-5和QPH1-6的区域连续五年识别。表型方差解释的范围为9.3％至13.1％，LOD评分在3.6至17.6之间。Osphq1是一种与植物高度调节有关的候选基因，在RM3482-RM212中进行了筛选。Osphq1是吉布雷素20氧化酶2的直系同源物，其单倍型以9个SNP区分。根据其高度将植物分为两组，并根据Osphq1的表达水平区分高植物并聚集。QTL和候选基因，因此，筛选了生物量调节，但是调节的分子机制仍然鲜为人知。本研究获得的信息将有助于开发通过水稻植物高度控制的标记辅助选择和繁殖的分子标记。
原创研究 糖尿病肾病相关的铁死亡及免疫相关基因综合分析
目的：糖尿病肾病 (DKD) 是全球慢性肾病 (CKD) 的主要原因。阐明 DKD 中铁死亡和免疫的分子机制可能有助于开发潜在有效的治疗方法。本研究旨在对 DKD 中的铁死亡和免疫相关差异表达 mRNA (DEG) 进行综合分析。材料和方法：从基因表达综合 (GEO) 数据库下载 DKD 患者和对照样本的基因表达谱。使用 R 软件筛选潜在的差异表达基因 (DEG)，并从 DEG 中提取铁死亡免疫相关差异表达基因 (FIRDEG)。我们进行了功能富集分析，并构建了蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络、转录因子 (TF)-基因网络和基因-药物网络，以探索它们的潜在生物学功能。相关性分析和受试者工作特征曲线用于评估 FIRDEG。我们使用CIBERSORT算法来检查免疫细胞的组成并确定FIRDEG特征与免疫细胞之间的关系。最后，使用RT-PCR在动物肾脏样本中验证了六种FIRDEG的RNA表达。结果：我们鉴定了80个FIRDEG并进行了功能分析。我们利用PPI网络鉴定了六个枢纽基因（Ccl5、Il18、Cybb、Fcgr2b、Myd88和Ccr2），并预测了潜在的TF基因网络和基因-药物对。DKD中的免疫细胞（包括M2巨噬细胞、静息肥大细胞和γ-delta T细胞）发生了改变；FIRDEG（Fcgr2b、Cybb、Ccr2和Ccl5）与M2巨噬细胞和γ-delta T细胞的浸润丰度密切相关。最后，在小鼠肾脏样本中验证了枢纽基因。结论：我们鉴定了 DKD 中的六个枢纽 FIRDEG（Ccl5、Il18、Cybb、Fcgr2b、Myd88 和 Ccr2），并预测了潜在的转录因子基因网络和未来研究的可能治疗靶点。关键词：糖尿病肾病、铁死亡、免疫、生物信息学