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通过潮汐和TIDE对CRISPR基因组编辑的快速定量评估
当前的基因组编辑工具使许多物种中选定的DNA序列的靶向诱变。但是，通过基因组编辑方法引入突变的效率和类型在很大程度上取决于目标位点。因此，很难预测编辑操作的结果。因此，量化突变频率的快速测定对于正确评估基因组编辑作用至关重要。我们开发了两种快速，具有成本效益且容易适用的方法：（1）潮汐，可以准确识别和量化插入和删除（indels），这些插入和删除（indels）在引入双链断裂后出现的（dsbs）； （2）Tider，适用于模板介导的编辑事件，包括点突变。这两种方法仅需要一组PCR反应和标准的Sanger测序运行。通过潮汐或TIDE算法分析序列轨迹（可在https://tide.nki.nl或https://deskgen.com上获得）。例程很容易，快速，并且提供了比当前基于酶的测定更详细的信息。潮汐和TIDE加速基于DSB的基因组编辑策略的测试和设计。
患者IPSC中的基因组编辑纠正了最普遍的USH2A突变，并揭示了有趣的突变mRNA表达曲线
遗传性视网膜营养不良（IRD）的特征是进行性光感受器变性和视力丧失。Usher综合征（USH）是一种综合征IRD，其特征是色素性视网膜炎（RP）和听力损失。USH在临床和基因上是异质的，最普遍的病因基因是USH2A。USH2A突变还解释了大量孤立的常染色体隐性RP（ARRP）病例。这种高预期是由于两个经常性的USH2A突变引起的，C.2276G> T和C.2299delg。由于USH2A cDNA的大尺寸，基因增强疗法是无法访问的。但是，CRISPR/CAS9介导的基因组编辑是可行的替代方法。我们使用了增强的链球菌链球菌（ESPCAS9）的特异性CAS9来成功实现诱导多能干细胞（IPSC）患者的两个最普遍的USH2A突变的无缝校正。我们的结果强调了促进ESPCAS9的高目标效率和特种型的功能。一致地，我们没有在校正后的IPSC中识别出任何非靶诱变，这些诱变也保留了多能性和遗传稳定性。此外，对USH2A表达的分析出乎意料地识别了与C.2276G> T和C.229999delg突变相关的异常mRNA水平，这些突变在校正后恢复。综上所述，我们有效的CRISPR/CAS9介导的USH2A突变校正策略为USH和ARRP患者提供了潜在治疗的希望。
昼夜节律的全基因组筛查
对长的非编码RNA的功能，富含核的丰富转录本（Neat1）的功能知之甚少。neat1是形成拼贴需要的，但其各自的拼贴或独立功能尚不清楚。包括我们的一些研究报告说，Neat1参与了昼夜节律的调节。我们表征了Neat1遗传缺失在大鼠垂体细胞系中的影响。与通过CRISPR/CAS9删除Neat1的细胞相比，在高通量RNA测序的高通量RNA测序后，其昼夜节律表达模式或表达水平受到NEAT1的调节。发现受NEAT1缺失影响的众多RNA是昼夜节律或非曲目，目标或非目标的羊皮群，并且与许多关键的生物学过程相关联，表明Neat1与昼夜节律系统相互作用或独立性可以通过多种机构在关键的生理功能中起着关键作用。2021作者。由Elsevier B.V.代表计算和结构生物技术的研究网络发布。这是CC BY-NC-ND许可证（http：//creative-commons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放式访问文章。
Bioasia 2025宣布新加坡教授帕特里克·坦（Patrick Tan）
帕特里克·坦（Patrick Tan）教授对癌症基因组学和人群健康领域的贡献在全球范围内得到认可。他的研究导致了癌症生物学的开创性发现，尤其是在胃肠道癌中，并鉴定了针对靶向疗法的新型生物标志物。确切地说，TAN教授率领新加坡的国家精密医学计划，该计划将先进的基因组研究与人工智能相结合，以创建预防疾病和治疗的预测模型。
多路复用的单分子实验揭示了Cas9基因组编辑器的核小体入侵动力学
摘要：单分子测量值提供了对分子过程的详细机械见解，例如在基因组调节中，DNA访问受核小体和染色质机械控制。然而，作用于定义的染色质底物上的核因子的实时单分子观察对于定量和可重复性执行具有挑战性。在这里，我们提出XSCAN（染色质关联的多路复用单分子检测），一种通过同时对核小体库的成像并行化单分子实验的方法，其中每种核小体类型在其核体DNA中携带一个可识别的DNA序列。并行实验。我们使用这种方法来揭示Cas9核酸酶在入侵染色质DNA作为PAM位置的函数时如何克服核小体屏障。
通过与肌动蛋白相关的先天误差的棱镜在免疫细胞中重塑肌动蛋白
中国广州太阳大学医学院1宗医学院。2库里研究院，PSL大学，索邦大学，CNRS UMR3244，遗传信息动态，法国巴黎。3个细胞综合生物学研究所（I2BC），巴黎 - 萨克莱大学，CEA，CNRS，GIF-SUR-YVETTE，法国。4Écolenormalesupérieure（ibens），Écolenormalesupérieure，CNRS，INSERM，PSL大学，法国巴黎，法国，典型的NormaleSupérieure（Ibens）。5表观遗传学和细胞命运CNRS UMR7216法国巴黎的巴黎大学大学。6现在的地址：法国基因组稳定性和癌症的巴黎 - 萨克莱大学CNRS UMR9019 Institut Gustave Roussy，法国Vilejuif。7这些作者同样贡献：Xia Wu； Yaqun Liu。✉电子邮件：olivier.hyrien@bio.ens.psl.eu; chunlong.chen@curie.fr; nataliya.petryk@gustaverssy.fr
特刊 - 病毒的基因组和分子生物学
病毒在各种生物学过程中起着重要作用，并对健康，农业生产和生态环境产生深远影响。了解其分子生物学和基因组结构对于制定有效治疗和针对病毒疾病的预防措施至关重要。本期特刊旨在探索调节病毒复制，与宿主细胞相互作用以及基因组变异的分子机制。我们邀请研究病毒发病机理，病毒基因组的进化动力学以及尖端技术在病毒学中的应用。感兴趣的主题包括但不限于病毒进入机制，宿主免疫反应，病毒蛋白在疾病过程中的作用以及在病毒基因组测序中的进展。我们特别鼓励提交对病毒宿主相互作用的新见解，并讨论疫苗开发的潜力。我们欢迎原始研究，评论，简短的沟通和案例研究，以增强对分子和基因组水平的病毒的理解。
英国生物库中全基因组跨基因组分析产生新风险基因景
A.研究示意图（A1）概述了UKB的抑郁症结果，（A2）GWAS和GWAS后分析，以及（A3）在我们所有大家研究计划中的后续分析。B.遗传主成分分析（PCA）图显示了UKB参与者在前三个遗传PC上的相对位置。使用PCA，基于1000个基因组项目3期和人类基因组多样性项目的遗传相似性，将参与者分配给“遗传祖先”：欧洲/欧洲/欧洲/欧洲/欧洲中部/CSA，类似非洲/非洲/非洲/非洲的欧洲/欧洲/amr类似的美国/AMR般的美国/emr like，East-like类似于欧洲/欧洲，类似于欧洲/欧洲/欧洲，类似于欧洲/欧洲/欧洲/欧洲/欧洲/欧洲/欧洲基因组。C.指定的遗传祖先的样本量分布。D.非欧洲类群体中不同抑郁症结果的相对几率相对于欧洲样组，控制年龄，性别和UKB评估中心。