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跨保护HCOV免疫可减少SARS-COV-2感染期间的症状发展
抽象的许多临床参数与2019年严重冠状病毒病有关，但预防症状疾病的因素仍然未知。我们研究了严重的急性呼吸综合征2型（SARS-COV-2）和特有的人类冠状病毒（HCOV）抗体反应对纵向儿童队列中症状的症状的影响 瑞士。唾液（n = 4,993）和血浆（n = 7,486）对四个HCOV（亚基S1 [S1]）和SARS-COV-2（S1，受体结合结构域，亚基S2 [s2]，subunit S2 [s2]，核苷酸蛋白）的抗体反应性与SARS-COV-2一起确定了SARS-COV-2。 （ba.2）在一个个体的子集中。推断最近的SARS-COV-2感染与粘膜与全身SARS-COV-2抗尖峰反应之间的强相关性有关。Individuals with pre-existing HCoV-S1 reactivity exhibited significantly higher antibody responses to SARS-CoV-2 in both plasma (IgG regression coefficients = 0.20, 95% CI = [0.09, 0.32], P < 0.001) and saliva (IgG regression coefficient = 0.60, 95% CI = [0.088, 1.11], P = 0.025).Saliva neutralization activity was modest but surprisingly broad, retaining activity against Wuhan (median NT50 = 32.0, 1Q–3Q = [16.4, 50.2]), Alpha (median NT50 = 34.9, 1Q–3Q = [26.0, 46.6]), and Delta (median NT50 = 28.0, 1Q–3Q = [19.9, 41.7]）。与交叉反应性HCOV免疫触发的快速粘膜防御相一致，无症状的个体在血浆中具有较高的先前存在的HCOV-S1活性（IgG HKU1）（IgG HKU1）（IgG HKU1），异步比[OR] = 0.53，95％CI = [0.29,97]，p = 0.29,0.97]，p = 0.038）and = 0.038）和saliva（saliva and kc， = [0.33，0.91]，p = 0.019）和唾液中较高的SARS-COV-2反应性（IgG S2倍变化= 1.26，95％CI = [1.03，1.54]，p = 0.030）。通过研究人群中对SARS-COV-2和HCOV的全身和粘膜免疫反应，而无需事先暴露于SARS-COV-2或疫苗接种，我们确定了与缺乏症状发育有关的特定抗体反应性。
冠状病毒感染——不仅仅是普通感冒
人类冠状病毒 (HCoV) 长期以来被认为是无关紧要的病原体，会导致原本健康的人患上“普通感冒”。然而，在 21 世纪，两种高致病性 HCoV——严重急性呼吸综合征冠状病毒 (SARS-CoV) 和中东呼吸综合征冠状病毒 (MERS-CoV)——从动物宿主中出现，引发全球流行病，发病率和死亡率令人震惊。2019 年 12 月，另一种致病性 HCoV——2019 年新型冠状病毒 (2019-nCoV) 在中国武汉被发现，并导致严重疾病和死亡。由于情况迅速发展，目前尚不清楚此次疫情的最终范围和影响。冠状病毒是大型、有包膜的正链 RNA 病毒，可分为 4 个属：α、β、δ 和 γ，其中 α 和 β 冠状病毒已知可感染人类。 1 四种 HCoV（HCoV 229E、NL63、OC43 和 HKU1）是全球地方性流行病毒，占成人上呼吸道感染的 10% 至 30%。冠状病毒生态多样，蝙蝠中的种类最多，这表明它们是许多此类病毒的宿主。2 家养哺乳动物可能充当中间宿主，促进重组和突变事件，扩大遗传多样性。
双向基因组CRISPR筛选揭示了调节SARS-COV-2，MERS-COV和季节性HCOV的宿主因素
ARS-COV-2是冠状病毒疾病2019（COVID-19）大流行的病因学药。SARS-COV-2是在2002 - 2003年SARS-COV-1之后的第21世纪越过物种障碍的第三个高度致病性冠状病毒（参考文献。1 - 3）和2012年的MERS-COV（参考4）。已知另外四个HCOV（HCOV-229E，HCOV-NL63，HCOV-OC43和HCOV-HKU1）在人类的季节性循环中循环，大约有三分之一的常见冷感染感染5。像SARS-COV-1和HCOV-NL63一样，SARS-COV-2进入靶细胞的进入是由血管紧张素转化酶2（ACE2）受体6-10介导的。SARS-COV-1和SARS-COV-2使用细胞丝氨酸蛋白酶跨膜蛋白酶丝氨酸2（TMPRSS2）用于质膜6，11的尖峰蛋白启动。组织蛋白酶还参与SARS-COV峰蛋白裂解和融合肽暴露于进入时（参考文献。12 - 15）。已经报道了几个用于鉴定冠状病毒调节剂的全基因组KO CRISPR屏幕16 - 21。这些屏幕使用肾脏起源的自然允许的Simian Vero E6细胞20；肝脏起源的人类HuH7细胞（或衍生物）（非定位表达ACE2和TMPRSS2）16、18、19;和A549肺部的细胞，异位表达ACE2 17，21。在这里，我们进行了全基因组，功能丧失的CRISPR KO屏幕和功能获得的CRISPRA屏幕，包括生理学上
长期，症状和潜在机制
a 2AP: Anti-Plasmine A 2 ACE2: Angiotensin converting enzyme 2 ADEV: extracellular vesicle derived from AGCC astrocytes: Gras with short chain Ampk: Kinase amp protein dependent Ana: anti-nuclear antibody APL: anti-phospholipid antibodies Apol1: Apolipoprotein L1 AP2: 2型AVC肺泡细胞：BHE脑部卒中：Hémato-脑脑屏障CCL：带半胱氨酸膜性cDC的趋化因子配体：常规树突状细胞：复杂呼吸链CIIII-10的子单位6 6 of Histocompatibility CMV: cytomegalovirus covars: monitoring and anticipation committee of health risks CSH: Hematopoietic stem cell Cyp: Cytochrome DDC: Dopa-Decarboxylase DFG: GLUSEURUL DDP4 GLUSEURAL FILTRATION: DIPEPTIDYL PEPTIDASE-4 E: Protein SARS-COV-2 EBNA：EPSTEIN-BARR核EBV：Epstein Barr病毒EM / SFC：肌电脑脊髓炎 / ERGIC慢性慢性疲劳综合征：内质网隔室的中间室内室内室内室内室内室内室内室，可质性网状 - 高尔基氏菌Et-1：endophinin-1 fsh：endophelin-1 fsh：follolicular刺激刺激性刺激激素刺激激素刺激激素1：1：1：fsh：FSH：FSH：fshelin-1：fsh：1：1：1：fsh：FSH： ：垂体性促性腺激素GSK3β的释放激素：糖原合酶激酶3βH2 S：硫化氢具有：HCOV HCOV的高度权威：人冠状病毒IFN：Interferon
全面的SARS-COV-2基因组分析确定了药物重新利用的潜在目标
严重的急性呼吸综合症冠状病毒2（SARS-COV-2），这是一种新型的人类冠状病毒菌株（HCOV），最初于2019年12月在中国武汉市报道。这种急性感染会导致肺炎样症状和其他呼吸道疾病。其更高的传播和感染率已成功地使其在很小的时间内具有全球范围。涉及SARS-COV-2的主要问题之一是突变率，它增强了病毒的进化和基因组变异性，从而使治疗剂的设计变得困难。在这项研究中，我们从单倍型网络中确定了最常见的单倍类型。分析了保守的基因和种群水平的变异。非结构蛋白10（NSP10），核蛋白，类木瓜蛋白酶样蛋白酶（PLPRO或NSP3）和3-偶联蛋白酶（如蛋白酶）（3ClPro或NSP5），它们在最高阈值中保守，用作分子动力学模拟的药物靶标。div> darifena- cin，Nebivolol，Bictegravir，Alvimopan和Irbesartan是潜在的药物，建议进行进一步的临床前和临床试验。这项特定的研究提供了保守基因的预定靶向。我们还确定了整个病毒基因组的突变频率。
世界疟疾报告2021
世界卫生组织已经采取了所有合理的预防措施，以验证本出版物中包含的信息。但是，已发表的材料是在没有任何形式的任何形式的保证的情况下分发的。材料解释和使用的责任在于读者。在任何情况下，世界卫生组织都不应对其使用造成的损害负责。单独指定的作者负责本出版物中表达的观点。摘要来自七个国家的十个实验室已参加了一项合作研究，以评估提出的7种参考病毒股票的适用性，该参考病毒股票是通过高通量测序（HTS）在生物学产品中检测到的第1股WHO国际参考小组。五个参与的实验室提供了简短的HTS数据，以及时提交本报告，该报告支持建立7种病毒股票，作为用于平台评估和HTS验证的参考小组，以供HTS验证用于偶然病毒检测。选择这些病毒来表示具有不同物理化学和基因组特性的多种病毒家族，以评估HTS在生物制剂中检测HT的能力。病毒小组包括Epstein-Barr病毒（EBV；也称为人疱疹病毒4），哺乳动物矫形病毒1型（REO），人呼吸道综合病毒（RSV），猫氏白血病病毒（FELV），猪circovirus ockovirus and bet ciruus oc1 oc41（pcvirus ocv1）（Hcov1小鼠（MVM）。此外，自修订后的ICH在病毒面板中添加HCOV和MVM扩展了前5名WHO引用HTS不定病毒检测试剂（成立于2020年10月），并且病毒面板中的小瓶数量有更多的小瓶可长期可用。Similar to the previous study for establishment of the 5 WHO reference reagents, the 7 viruses were spiked together at 10 4 genome copies per mL of each virus into 10 9 genome copies per mL of adenovirus 5 (Ad5) to evaluate the breadth of virus detection by HTS (using targeted bioinformatics analysis) in a high-titer virus back ground mimicking a low-complexity biological sample (with reduced细胞材料），例如病毒疫苗种子或病毒载体制备。每个实验室都使用一个共同的方案来制备加标样品，然后遵循自己的HTS工作流程（样品处理，cDNA合成，库准备，测序和生物信息学分析）的协议。本报告中提出的结果表明，5个实验室在10 4-10 5尖峰水平上检测到了所有7种病毒。实验室之间的病毒检测差异是对HTS工作流中使用的不同方案的反映。在两个实验室的结果中没有看到显着差异，这些实验室进行了三个独立的HTS实验，表明该技术的可重复性。这项研究证明了使用HTS的7个病毒小组对平台评估和验证研究的适用性，用于使用HTS进行广泛的病毒不定剂检测已知和未知病毒的检测。
工程CRISPR/CAS12A启用快速SARS-COV-2检测
致谢：我们感谢Jain Lab的成员提供有用的建议和讨论。我们感谢佛罗里达大学，UF健康癌症中心和临床和转化科学研究所存储库的支持。我们还要感谢David Ostrov博士和Cuong Nguyen博士的支持，并获得了患者样本并进行讨论。 最后，我们感谢惠特尼·斯托佩尔（Whitney Stoppel）博士和她在化学工程系的实验室和佛罗里达大学森林基因组学集团的Chrisopher Dervinis博士使用冻干剂。 通过BEI资源，NIAID，NIH：中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-COV），EMC/2012，NR-45843获得以下试剂。来自Urbani，Urbani，NR-52346的定量PCR（QPCR）控制RNA；来自人类冠状病毒（HCOV）的基因组RNA，NL63，NR-44105；来自SARS相关冠状病毒2的基因组RNA，孤立的香港/VM20001061/2020，NR-52388。 以下试剂是由疾病控制和预防中心沉积的，并通过BEI资源，NIAID，NIH：与SARS相关冠状病毒2，分离的USA-WA1/ 2020，NR-52285的BEI资源：基因组RNA。来自热灭活SARS相关的冠状病毒2，分离株USA-WA1/2020，NR 52347的定量PCR（QPCR）对照RNA；与SARS相关的冠状病毒2，分离的USA-WA1/2020，热灭活，NR-52286。 通过Bei Resources，NIAID，NIH：与SARS相关的冠状病毒2，Inalaly Italy-Inmi1，NR-52498分离出Maria R. Capobianchi博士的基因组RNA。我们还要感谢David Ostrov博士和Cuong Nguyen博士的支持，并获得了患者样本并进行讨论。最后，我们感谢惠特尼·斯托佩尔（Whitney Stoppel）博士和她在化学工程系的实验室和佛罗里达大学森林基因组学集团的Chrisopher Dervinis博士使用冻干剂。通过BEI资源，NIAID，NIH：中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-COV），EMC/2012，NR-45843获得以下试剂。来自Urbani，Urbani，NR-52346的定量PCR（QPCR）控制RNA；来自人类冠状病毒（HCOV）的基因组RNA，NL63，NR-44105；来自SARS相关冠状病毒2的基因组RNA，孤立的香港/VM20001061/2020，NR-52388。以下试剂是由疾病控制和预防中心沉积的，并通过BEI资源，NIAID，NIH：与SARS相关冠状病毒2，分离的USA-WA1/ 2020，NR-52285的BEI资源：基因组RNA。来自热灭活SARS相关的冠状病毒2，分离株USA-WA1/2020，NR 52347的定量PCR（QPCR）对照RNA；与SARS相关的冠状病毒2，分离的USA-WA1/2020，热灭活，NR-52286。通过Bei Resources，NIAID，NIH：与SARS相关的冠状病毒2，Inalaly Italy-Inmi1，NR-52498分离出Maria R. Capobianchi博士的基因组RNA。
SARS-COV-2表位特异性T细胞：免疫响应特征，TCR库特性和交叉反应性
由SARS-COV-2和多个变体或子变量引起的毁灭性的共同19岁大流行仍然是一个持续的全球挑战。SARS-COV-2-特异性T细胞反应在早期病毒清除，疾病严重程度控制，限制病毒传播和支持COVID-19 COVID-19疫苗效能中起关键作用。研究估计了每个个体中宽阔和稳健的T细胞反应，至少识别30至40个SARS-COV-2抗原表位，并与COVID-19的临床结果相关。几种关键的免疫主导病毒蛋白蛋白质组表位，包括S蛋白质和非S蛋白质衍生的表位，可能主要引起有效和持久的抗病毒保护作用。在这篇综述中，我们总结了靶向不同SRAS-COV-2蛋白质组结构后的免疫主流表位特异性T细胞的免疫反应特征，包括丰度，大小，频率，表型特征和反应动力学。此外，我们分析了表位免疫层次结构，结合了多个表位特异性T细胞属性和TCR曲目特征，并讨论了交叉反应T细胞对HCOV，SRAS-COV-2和SRAS-COV-2和SRAS-COV-2和CARESSS的变种的显着含义。本综述对于映射T细胞反应对SARS-COV-2的景观至关重要，并优化了当前的疫苗策略。
社论：交叉反应免疫和 COVID-19
SARS-CoV-2 和 COVID-19 就像一场现代瘟疫一样影响着世界，在全球蔓延。当人类发现这种新瘟疫带有变种时，人类更加恐惧，而且即使感染了一种病毒，也并不意味着对所有变种都具有免疫力。但是，正如以前的流行病一样，由于医学科学的进步和病毒自身进化为危害较小的形式，COVID-19 的致命性和传播范围已经减弱到令人稍感担忧的现状。SARS-CoV-2 和 COVID-19 在对世界造成致命袭击的高峰期受到了密切关注，这揭示了一些现在用于抗击这种流行病的方法。我们现在知道，与我们不同，我们的免疫系统对 SARS-CoV-2 并不感到意外，因为在 COVID-19 流行病爆发之前，我们就存在对 SARS-CoV-2 的交叉反应免疫。交叉反应性免疫是由特定病原体或抗原引起的抗体和记忆B细胞和T细胞介导的，这些病原体或抗原也能对其他病原体或抗原作出反应 (1)。交叉反应性是适应性免疫的主要特征，蛋白质抗原（表位）内小部分识别 (2) 和同源 B 细胞和 T 细胞受体的多特异性 (3,4) 高度支持这种免疫反应。人类普通感冒冠状病毒 (hCoV) 作为对 SARS-CoV-2 产生交叉反应性免疫的潜在来源而受到广泛关注 (5)。然而，也有报道称 SARS-CoV-2 与无关病毒 (6)、细菌 (7)、疫苗 (8,9) 甚至食物抗原 (9) 之间存在免疫交叉反应。激活交叉反应性免疫并非总是具有保护作用，也可能产生免疫病理学 (10)。此外，免疫交叉反应是双向的，SARS-CoV-2感染以及COVID-19疫苗也可诱导交叉反应性免疫。事实上，SARS-CoV-2和COVID-19疫苗与人体组织之间存在免疫交叉反应，这提出了SARS-CoV-2感染和COVID-19疫苗可能导致自身免疫反应的可能性（见图1）（11）。显然，预先存在的交叉反应性免疫必定对形成对病毒和COVID-19疫苗的免疫反应产生重大影响，但其影响程度和对保护的贡献仍未确定。同样，SARS-CoV-2和COVID-19疫苗也可能产生重大的交叉反应性免疫学后果，需要进行研究。在这篇关于“交叉反应性免疫学”的前沿研究课题中，
辉瑞‐BioNTech COVID‐19 疫苗在儿童和青少年中的临床结果：系统评价
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