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多核算方法
RING1和YY1结合蛋白（RYBP）主要被称为抑制器，是非典型的PolyComb抑制性复合物1（NCPRC1S）的核心成分。然而，还描述了RYBP的几种NCPRC1独立函数。我们先前报道说，RYBP是小鼠胚胎发育的本质，Rybp null突变体胚胎干细胞不能在体外形成收缩的心肌细胞（CMC）。我们还表明，在rybp -null突变CMC中未表达plagl1，通常在先天性心脏病（CHD）中突变的心脏转录因子。然而，未揭示RYBP如何调节PLAGL1表达的基本机制。在这里，我们证明了RYBP与NKX2-5合作以转录激活Plagl1基因的P1和P3启动子，并且这种激活是NCPRC1无关的。我们还表明，驻留在PLAGL1基因座中的两个非编码RNA也可以调节plagl1启动子。最后，PLAGL1能够激活TNNT2，这是转染HEK293细胞中CMC的收缩力很重要的基因。我们的研究表明，RYBP对plagl1的激活对于肌节开发和收缩力很重要，并表明RYBP通过其调节功能可能有助于CHD的发展。
实时H2O2监视的快速遗传编码传感器的结构引导的工程
A-B结构引导的OROS传感器设计假设。 大肠杆菌的调节结构域（RD）还原和氧化形式的晶体结构。 胱氨酸形金对以黄色标记。 红色指示超级传感器的荧光蛋白插入环，蓝色指示新近鉴定的OROS传感器的荧光蛋白插入位点。 b的氧化氧结构的B因子和残基到残留的距离图，用于放大的假定区域，并在氧化和还原形式的Ecoxyr之间具有高构象变化。 红色和绿色框分别表示HyperRed和Oros-G的插入位点。 针对OROS-G提出的插入位点在C199和C208之间的循环之外（灰色线）。 以最大化循环的灵活性。 OROG-G传感器变体的 C-E筛选。 在HEK293细胞上表达并筛选所有传感器变体（每个条件/变体n> 100个单元）。 c荧光变化（∆F/fo）响应细胞外H 2 O 2（300µm）刺激对CPGFP插入到新鉴定的OROS插入区域的变体上。 插入211-212，确定了具有特殊响应动力学范围的变体。 d插入211-212的最大荧光变化（∆F/fo），并响应高（300µm）和低（10µm）细胞外H 2 O 2。 e位定向诱变变体的最大荧光变化（∆F/fo）预测可减少CPGFP的水获取。 除非另有说明，否则从3个生物学重复中收集利益。A-B结构引导的OROS传感器设计假设。大肠杆菌的调节结构域（RD）还原和氧化形式的晶体结构。胱氨酸形金对以黄色标记。红色指示超级传感器的荧光蛋白插入环，蓝色指示新近鉴定的OROS传感器的荧光蛋白插入位点。b的氧化氧结构的B因子和残基到残留的距离图，用于放大的假定区域，并在氧化和还原形式的Ecoxyr之间具有高构象变化。红色和绿色框分别表示HyperRed和Oros-G的插入位点。针对OROS-G提出的插入位点在C199和C208之间的循环之外（灰色线）。以最大化循环的灵活性。OROG-G传感器变体的 C-E筛选。 在HEK293细胞上表达并筛选所有传感器变体（每个条件/变体n> 100个单元）。 c荧光变化（∆F/fo）响应细胞外H 2 O 2（300µm）刺激对CPGFP插入到新鉴定的OROS插入区域的变体上。 插入211-212，确定了具有特殊响应动力学范围的变体。 d插入211-212的最大荧光变化（∆F/fo），并响应高（300µm）和低（10µm）细胞外H 2 O 2。 e位定向诱变变体的最大荧光变化（∆F/fo）预测可减少CPGFP的水获取。 除非另有说明，否则从3个生物学重复中收集利益。C-E筛选。在HEK293细胞上表达并筛选所有传感器变体（每个条件/变体n> 100个单元）。c荧光变化（∆F/fo）响应细胞外H 2 O 2（300µm）刺激对CPGFP插入到新鉴定的OROS插入区域的变体上。插入211-212，确定了具有特殊响应动力学范围的变体。d插入211-212的最大荧光变化（∆F/fo），并响应高（300µm）和低（10µm）细胞外H 2 O 2。e位定向诱变变体的最大荧光变化（∆F/fo）预测可减少CPGFP的水获取。利益。插入211-212变体的突变E215Y导致了工程OROS-G。描述性统计：误差线和频段代表使用Seaborn（0.11.2）统计绘图套件的中心值趋势的自举置信区间（95％）。
H19/ 位点的基因座特异性和稳定 DNA 去甲基化...
摘要：DNA 甲基化与染色质状态和细胞类型特异性基因表达的调节密切相关。印记控制区 (ICR) 上的等位基因特异性 DNA 甲基化调控母源或父源等位基因的印记基因的独家表达。H19/IGF2 印记位点 ICR1 处的异常 DNA 高甲基化或低甲基化分别是印记障碍 Beckwith-Wiedemann 综合征 (BWS) 和 Silver-Russell 综合征 (SRS) 的特征。在本文中，我们使用 dCas9-SunTag 和 TET1 催化域进行表观基因组编辑，以诱导 HEK293 细胞中 ICR1 处的靶向 DNA 去甲基化。靶位点的 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 水平降低高达 90%，瞬时转染 27 天后，仍观察到 >60% 的去甲基化。与 ICR1 内 CTCF 结合位点的稳定去甲基化一致，DNA 甲基化敏感绝缘体 CTCF 蛋白的占有率在 27 天内增加了 2 倍以上。此外，H19 表达稳定增加了 2 倍，而 IGF2 受到抑制，尽管只是暂时的。我们的数据表明，表观基因组编辑能够在一次短暂治疗后实现印迹控制区域 DNA 甲基化的长期变化，这可能为治疗性表观基因组编辑方法在治疗印迹障碍方面铺平了道路。
以茴香酰胺为靶向的固体脂质纳米粒子将多西他赛递送至前列腺癌：制备、优化和体外评价
本研究的目的是制备和表征用于治疗前列腺癌的载多西紫杉醇 (DTX) 的靶向固体脂质纳米粒 (SLN)。通过将茴香酰胺 (Anis) 配体定位在 SLN 表面，可以与前列腺癌细胞上过表达的 σ 受体相互作用，实现了目标。通过高剪切均质化和超声波处理法制备负载 DTX 的 SLN，并通过实验设计进行优化。最佳 DTX-SLN 的平均粒径和包封率分别为 174 ± 9.1 nm 和 83 ± 3.34%。差示扫描量热法的结果表明，DTX 以无定形状态分散在纳米载体中。扫描电子显微镜 (SEM) 图像证实了纳米粒子的纳米级尺寸和球形形状。细胞毒性研究表明，游离药物、DTX-SLN 和 DTX-SLN-Anis 的 IC 50 在 PC3 细胞系中分别为 0.25 ± 0.01、0.23 ± 0.02、0.12 ± 0.01 nM，在 HEK293 细胞系中分别为 20.9 ± 3.89、18.74 ± 7.43 和 14.68 ± 5.70 nM。与 DTX-SLN 和游离药物相比，靶向 DTX-SLN-Anis 对前列腺癌细胞的作用更有效。本研究的结果表明，靶向 SLN 中装载的抗癌药物可能是一种有前途的癌症治疗方法。此外，进行体内研究将对这些发现进行补充。
新型功能性抗 HER3 单克隆抗体，对多种人类上皮癌具有强效抗癌作用
进行性癌症对化疗的耐药性是一个严重的临床问题。在这种情况下，人表皮生长因子受体 3 (HER3) 在 HER1 和 HER2 靶向治疗的耐药性中起着重要作用。由于抗 HER3 单克隆抗体 (mAb)（例如 patritumab）的临床试验与现有药物相比未能显示出显著的效果，因此我们生成了针对抗 HER3 的新型 mAb。新型大鼠 mAb 与表达 HER3 的 HEK293 细胞发生反应，但不与表达 HER1、HER2 或 HER4 的细胞发生反应。siRNA 敲低和基于 CRISPR/Cas9 的基因组编辑敲除导致 mAb 结合丧失，从而证实了 mAb 的特异性。CDR 序列和种系片段的分析显示，七种 mAb 分为四组，而 patritumab 的结合被七种 mAb 中的一种抑制。七种 mAb 已显示出与各种人类上皮癌细胞的反应性、细胞表面 HER3 的强内化活性以及对 NRG1 结合、NRG1 依赖性 HER3 磷酸化和细胞生长的抑制作用。抗 HER3 mAb 还与体内肿瘤组织和癌症组织来源的球体反应。Ab4 抑制了裸鼠体内人类结肠癌细胞的肿瘤生长。目前的 mAb 可能优于现有的抗 HER3 mAb，并支持现有的抗癌治疗性 mAb。
CRISPR 共编辑策略实现无疤痕同源性......
摘要：成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR)/Cas9 通过提供一种简单而强大的方法来切割特定的基因组序列，彻底改变了基因组编辑。然而，在目标位点引入模板化变化通常需要同源定向修复 (HDR)，而这种修复仅在培养的一小部分细胞中起作用。为了富集 HDR 依赖性编辑细胞，我们采用了一种共同编辑策略，即在挽救内源性预制温度敏感 (ts) 突变的同时编辑目标基因 (GOI)。通过使用 ts 突变的修复作为可选择标记，由于编辑会恢复野生型 (wt) 序列，因此选择是“无疤痕的”。为了验证原理，我们使用了 HEK293 和 HeLa 细胞，这些细胞在必需的 TAF1 基因中发生了 ts 突变。 CRISPR 联合编辑 TAF1ts 和 GOI 可使高达 90% 的耐高温细胞携带 GOI 中的所需突变。我们使用该系统插入由质粒供体编码的大盒和由单链寡核苷酸供体 (ssODN) 编码的较小变化。值得注意的是，我们编辑的基因之一是在蛋白酶体亚基 PSMB6 中引入 T35A 突变，从而消除其 caspase 样活性。编辑后的细胞显示出这种活性的特定降低，证明了该系统在生成具有内源基因生物学相关突变的细胞系中的实用性。这种方法提供了一种快速、高效且无疤痕的方法来选择需要 HDR 的基因组编辑细胞。
AAV亲和力色谱法的生产力优化和过程计算
使用重组腺相关病毒（RAAV）作为基因疗法的递送方法，继续使用数百项正在进行的临床试验和一些最近的批准成功。RAAV应用的多样性范围从影响小患者人群的罕见疾病到更普遍的遗传性疾病，例如血友病。剂量从〜4E11 VG/眼睛的视网膜下给药到3.5E14 VG的剂量差异很大[1]。从制造业的角度来看，该领域已转向了Raav的生产和纯化方法。上游方法通常使用HEK293细胞的转染，并且滴度通常在1-2e10 Vg/ml中使用，尽管最近报道了2000 l量表的高达6E11 VG/mL的较高滴度[2]。大剂量和/或患者种群需要这些较高的滴度来满足这些疗法的需求并降低成本。对于RAAV纯化，该领域的大多数已移至使用亲和力捕获色谱步骤[3]的可扩展过程，并通常使用Poros™Capturelect™AAVX树脂。在这项工作中，利用了多种AAV血清型的动态结合能力（DBC）数据，以估算使用AAVX树脂的最佳生产力。对符合最大处理时间和树脂利用率的过程条件和柱几何形状的分析，用于两种情况，代表了用于临床制造的当前滴度和用于商业制造量表的高滴度。
评估心脏淀粉样变性临床途径的实施：现实世界经验
USH2A突变是常染色体隐性视网膜炎色素（RP）和Usher综合征的常见原因，目前尚无批准的治疗方法。基因增强是治疗许多遗传性视网膜疾病的宝贵治疗策略；然而，常规的腺相关病毒（AAV）基因疗法无法容纳超过4.7 kb的cDNA，例如15.6 kb-kb--kb-long-long ush2a编码序列。在本研究中，我们采用了一种替代策略来成功产生支架/矩阵附着区域（S/MAR）DNA质粒载体，其中包含全长人类USH2A编码顺序，GFP记者基因，以及一个泛质启动子（CMV或CAG）（CMV或CAG），达到了大约23 kB的大小。除了在一个细胞阶段与载体显微注射，我们还评估了转染的HEK293细胞和USH2A患者衍生的皮肤纤维细胞中的载体。ps/mar-ush2a载体通过恢复usherin的患者纤维细胞中持续的转基因表达。在USH2A U507 U507斑马鱼的光感受器中拯救了usher 2复合物定位，并在光疗细胞中检测到了十二个月的GFP表达。 据我们所知，这是第一个报道的向量，可用于用功能救援表达全长Usherin。 S/MAR DNA载体已显示出有望作为一种新型的非病毒视网膜基因疗法，需要进一步的转化发展。在USH2A U507 U507斑马鱼的光感受器中拯救了usher 2复合物定位，并在光疗细胞中检测到了十二个月的GFP表达。据我们所知，这是第一个报道的向量，可用于用功能救援表达全长Usherin。 S/MAR DNA载体已显示出有望作为一种新型的非病毒视网膜基因疗法，需要进一步的转化发展。据我们所知，这是第一个报道的向量，可用于用功能救援表达全长Usherin。S/MAR DNA载体已显示出有望作为一种新型的非病毒视网膜基因疗法，需要进一步的转化发展。
DNASE1L3 中的 Arg206Cys 替代导致 DNASE1L3 蛋白质分泌缺陷，从而增加系统性红斑狼疮的风险
摘要 目的 确定 DNASE1L3 中 Arg206Cys 替换的多态性是否解释了 DNASE1L3/PXK 基因位点与系统性红斑狼疮 (SLE) 的关联，并检查 Arg206Cys 序列变化对 DNASE1L3 蛋白功能的影响。方法 对来自 SLE 免疫芯片研究的具有欧洲血统的病例和对照进行 rs35677470 的条件分析，并比较基因型和单倍型频率。在表达重组和内源性 206Arg 和 206Cys 蛋白变体的 HEK293 细胞和单核细胞衍生树突状细胞的细胞和上清液中测量 DNASE1L3 蛋白水平。结果 rs35677470 的条件分析消除了主要单核苷酸多态性 (SNP) rs180977001 和 rs73081554 的 SLE 风险关联信号，发现这两个 SNP 标记的风险单倍型与 rs35677470 相同。SLE 风险基因型的适度效应大小（杂合风险 OR=1.14 和纯合风险等位基因 OR=1.68）表明 DNASE1L3 内切酶酶功能有所保留。在 rs35677470 条件化后，PXK（主要 SNP rs11130643）中的 SLE 保护信号仍然存在。DNASE1L3 206Cys 风险变异体保持酶活性，但人工和内源性 DNASE1L3 206Cys 蛋白的分泌显著减少。结论 DNASE1L3 基因座的 SLE 风险关联依赖于错义 SNP rs35677470，这导致 DNASE1L3 蛋白分泌减少，但不会消除其 DNase 酶功能。
宫颈癌活检中的生物标志物表达谱揭示 WT1 是青蒿琥酯的靶点
摘要。背景/目的：青蒿素及其衍生物不仅是已获批准的抗疟药，还具有强大的抗癌活性。基于此前报道的青蒿琥酯 (ART) 在宫颈癌中的临床活性，我们研究了一组 12 种不同的生物标志物，并确定了 Wilms 肿瘤 1 (WT1) 蛋白是 ART 的潜在靶点。患者和方法：对接受 ART 治疗的患者在治疗前、治疗期间和治疗后匹配的宫颈癌活检样本进行研究，以了解其是否诱导细胞凋亡 (TUNEL 检测) 以及 Wilms 肿瘤蛋白 1 (WT1)、14-3-3 ζ、分化标志物簇 (CD4、CD8、CD56)、ATP 结合盒转运蛋白 B5 (ABCB5)、谷胱甘肽 S-转移酶 P1 (GSTP1)、诱导型一氧化氮合酶 (iNOS)、翻译控制肿瘤蛋白 (TCTP)、真核延伸因子 3 (eIF3) 和 ADP/ATP 转位酶的表达情况。已选择 WT1 进行更详细的分析，使用分子对接进行计算机模拟，使用重组 WT1 进行微尺度热泳动，并使用转染了四种不同 WT1 剪接变体的 HEK293 细胞进行细胞毒性测试 (刃天青检测)。结果：ART 治疗患者肿瘤后，凋亡细胞比例和 WT1、14-3-3 ζ 和 CD4 表达增加。ART 在计算机中与位于 WT1 的 DNA 结合位点的结构域结合，而二氢青蒿素 (DHA) 以低亲和力与 WT1 的另一个与 DNA 结合无关的位点结合。使用微尺度验证了结果