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RNA 引导的 AsCas12a 和 SpCas9 催化敲除...
寡核苷酸和基于序列的试剂 PCR 引物 本研究 从 IDT ssODN 合成 Ittiprasert 等人，2019 年和本研究 Ultramer DNA Oligos， 从 IDT 合成向导 RNA Ittiprasert 等人，2019 年和本研究 从 IDT 合成 化学品、酶和其他试剂 Alt-R® CRISPR-Sp HiFi Cas9 酶 V3 Integrated DNA Technologies 1081060 Alt-R® CRISPR-AsCas12a 酶 V3 Integrated DNA Technologies 1081068 DNAzol® ES 试剂 Molecular Research Center DN127 RNAzol® RT 试剂 Molecular Research Center RN190 Opti-MEM FisherScientific Gibco™ 31985062 DMEM FisherScientific 88364 胎牛血清 FisherScientific Gibco™ 26140079 100x 青霉素-链霉素-两性霉素 B FisherScientific SV30079.01 NucleoSpin® 凝胶和 PCR 纯化 Takara 740609
利用冲击波介导的核糖核蛋白递送对烟草 ADF 基因进行定向诱变，提高渗透胁迫耐受性
建立了工作流程后，我们随后使用脉冲激光诱导冲击波法将 RNP 直接递送到完整的烟草叶片细胞中，这比原生质体或受精卵更容易制备和处理。我们引入了一个预组装的 RNP，它包含 HiFi Cas9 蛋白、crispr RNA (crRNA) 和 ATTO-550 标记的反式激活 crispr RNA (tracrRNA)，靶向烟草 PDS 或 ADF 基因。荧光 tracrRNA 允许直接筛选转染细胞，因此不需要选择标记基因（图 2A'）。样本大小和实验设置与上面描述的 DsRed 转染相同（图 1A、B）。根据我们的观察，ATTO-550 荧光在激光处理后 24 小时开始变得可见，在转染后 48 小时达到最大值。根据制造商的说法，RNP 复合物的活性最长为 72 小时。
白皮书 - 全长和单细胞同工型测序
对可行的洞察力基因组注释的更完整的基因组注释是使用序列数据描绘基因组的结构元素并确定这些区域的功能影响的过程。此过程非常重要，因为它将原始序列数据转化为生物体的生理功能，并且是将基因组信息的潜力转化为研究人员可行的见解的原因。虽然注释可以完成基因组的包装，但它本身也很有价值，提供了有关在不同条件下产生的同工型的信息。基因组注释对植物和动物研究人员非常有用，这些植物和动物研究人员希望绘制对耐旱性耐受性以及对温度和盐度变化的反应等反应的反应。HIFI测序的高精度和长度读取长度比其他技术具有独特的优势，用于产生高质量和更全面的基因组注释。
SPARQ DNA Frag＆Library Prep Kit
产品描述：SPARQ DNA片段和库准备套件提供了对DNA的酶促片段化和在Illumina®NGS平台上进行测序的库的必不可少的试剂。流线型工作流程可以在3小时内完成最小的动手时间，并且可以容纳从1 ng到1000 ng的DNA输入量。将DNA碎片和抛光反应组合成单个步骤，产生碎片的DNA，该DNA通过5´-磷酸化和3´-da-da-tailing抛光反应。片段大小可根据反应时间进行调谐。随后可以进行测序适配器的连接，而无需进行中间的清理步骤。可选的HIFI PCR主混合和底漆混合物允许将片段毫无偏扩大，并带有适当的适配器，并带有连接到两端的片段。pcr-免费工作流程可从100 ng的起始材料启用。
标题：肠道菌群脑瘤诱导的肠道菌群失调调节1
体细胞变体检测是癌症基因组学分析的组成部分。尽管大多数方法都集中在短阅读测序上，但长阅读技术现在在重复映射和变体相位方面具有潜在的优势。我们提出了一种深度学习方法，一种深度学习方法，用于从短读和长阅读数据中检测体细胞SNV，插入和缺失（indels），具有用于全基因组和外显子组测序的模式，并且能够以肿瘤正常，唯一的肿瘤正常，ffpe pppe的样本进行运行。为了帮助解决公共可用培训的缺乏和基准测试数据以进行体细胞变体检测，我们生成并公开提供了一个与Illumina，Pacbio Hifi和Oxford Nanopore Technologies的五个匹配的肿瘤正常细胞线对的数据集，以及基准的变体。在样本和技术（短读和长阅读）中，深度态度始终优于现有呼叫者，特别是对于Indels而言。
高保真SIM重建基于超分辨率定量FRET成像
摘要。基于结构化照明的超分辨率Förster共振能量转移显微镜（SIM-FRET）提供了一种方法来解决活细胞中复杂的生物结构中的分子行为。但是，SIM重建伪像将减少模拟信号的定量分析保真度。为了解决这些问题，我们开发了一种称为HIFI Spectrum优化SIM-FRET（HIFI-SO-SIM-FRET）的方法，该方法在两步频谱优化中使用优化的Wiener参数来抑制Sidelobe伪像并实现超分辨率的Sim-Fret。我们通过证明其减少重建伪像的能力，同时在模拟的FRET模型和Live细胞FRET-Standard构造样本中保持FRET信号的准确性，从而验证了我们的方法。总而言之，HIFI-SO-SIM-FRET提供了一种有希望的解决方案，用于实现高空间分辨率并减少定量FRET成像中的SIM卡重建伪像。
真核陆生Microalga coccomyxa viridis sag 216-4
coccomyxa属的单细胞绿藻以其全球分布和生态多功能性而被认可。迄今为止所描述的大多数物种与各种宿主物种密切相关，例如地衣关联。然而，对驱动这种共生生活方式的分子机制知之甚少。，我们为地衣coccomyxa viridis sag 216-4（相当于粘菌）生成了高质量的基因组组装。使用长阅读的PACBIO HIFI和牛津纳米孔技术与染色质构象捕获（HI-C）测序结合使用，我们将基因组组装成21个SCA效率，总长度为50.9 MB，N50的N50和2.7 MB的N50和BUSCO得分为98.6％。虽然19个sca o olds代表了全长的核染色体，但两个添加的sca o olds代表了线粒体和质体基因组。转录组引导的基因注释导致13,557个蛋白质编码基因鉴定，其中68％的PFAM结构域和962被预测被分泌。
长度16S rRNA测序
KINNEX 16S rRNA试剂盒将扩增的16S扩增子作为输入，并输出一个可进行测序的库，与标准的FL 16S库相比，该库将导致多达12倍的吞吐量增加。Kinnex 16S套件基于多路复用阵列测序（MAS-SEQ）方法（Al'khafaji等，2024），用于FL 16S扩增子（图3A）。结果明显更高，并且对高精度，成本效率的FL 16S测序的测序需求显着降低，每个PACBIO SMRT细胞的多重能力高达1,536个扩增子样品。我们在各种样本中测试了Kinnex 16S rRNA套件，包括模拟社区标准，凳子，唾液，植物，土壤，废水，废水和拭子（皮肤，口腔，阴道和兽医伤口）。然后，我们使用用户友好的生物信息学管道HIFI-16-Workflow分析了数据，该管道为FL 16S HIFI读取提供了快速Q-to-Report分析解决方案（图3B）。我们还检查了读取深度对样本类型中检测到的物种数量的影响（图4）。
桑格生命树Hmw DNA碎片：li pacbio
该协议描述了使用diaganodeMegaruptor®3的植物Magattract v.3或植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract v.4使用iaganodeMegaruptor®3的生命HMW DNA提取方案的片段化。此过程对于从生命之树计划所涵盖的所有分类组中的DNA提取物中清除和较短的片段去除非常有效，DNA剪切成平均片段大小范围为12-20 kb。但是，高度浓缩或粘性样品具有挑战性。该协议的输出是剪切的DNA，可以用手动或自动化的SPRI协议针对碎片的DNA清除。该协议改编自Sanger Life Tree HMW DNA片段：Pacbio Hifi的diaganodeMegaruptor®3，以处理由Sanger Life Tree HMW DNA提取的样本HMW DNA提取：自动化MagAttract v.2，自动化植物Magattract V.3，自动化工厂Magattract V.3和自动化工厂Magattrack V.4协议。
利用 RNA 病毒载体对植物基因组进行可遗传的 CRISPR-Cas9 编辑
液氮 n/an/a 关键商业检测 NEBuilder® HiFi DNA 组装预混液 New England Biolabs E2621S BsaIHF®v2 (20 U/µL) New England Biolabs R3733S Phusion TM 高保真 DNA 聚合酶 Thermo Fisher Scientific F530S MluI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER0561 ApaI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER1411 XhoI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER0691 EcoRI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER0271 RevertAid TM 逆转录酶 Thermo Fisher Scientific EP0441 RiboLock RNase 抑制剂 (40 U/μL) Thermo Fisher Scientific EO0381 NucleoSpin® 质粒试剂盒 Macherey-Nagel 740588.250 Zymoclean 凝胶 DNA 回收试剂盒 Zymo Research D4001 Zymo-Spin I Zymo Research C1003-250 嗜热菌 (Tth) DNA 聚合酶 Biotools 10.003 寡核苷酸 D1789 GGGAATCAATCACAGTGTTGGC