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World File Search SystemHMGA1
通过终端选择器功能中的时间模块化运动神经元身份的建立和维护
摘要在胃肠道中，神经rest细胞在神经板边界处指定为PAX7表达。使用单细胞RNA测序与高分辨率原位杂交结合以识别新型的转录调节剂，我们表明染色质重塑剂HMGA1在规格之前高度表达并保持在迁移的鸡神经trest细胞中。暂时控制的CRISPR-CAS9介导的敲除在神经Crest发育中发现了HMGA1的两个不同功能。在神经板边界，HMGA1调节依赖PAX7的神经rest谱系规范。在移民阶段，第二个角色表现出HMGA1损失减少了独立于PAX7的背神经管的颅顶移民。有趣的是，这是通过稳定的ß-catenin挽救的，因此将HMGA1作为规范WNT激活剂。一起，我们的结果表明，HMGA1在神经Crest发育过程中以双峰方式起作用，以调节神经板边界的规范，然后通过规范WNT信号传导从神经管中移民。
科学家确定了“打开”结肠癌门的表观遗传键
先前的研究发现，在结肠癌患者的肿瘤中，HMGA1基因表达高水平，但科学家不知道HMGA1在这种情况下可能扮演什么角色。Linda Resar，医学博士，Johns Hopkins Kimmel癌症中心的医学，病理学和肿瘤学教授，她的同事们表明，HMGA1有助于开启在腺瘤polyposis Coli（Mouse APC）基因中携带突变的小鼠中促进肿瘤基因的网络。APC基因是Kimmel Cancer Center研究人员在1991年发现的，APC的突变发生在所有结直肠肿瘤的90％以上。
与HPV相关的基因信号
背景：越来越多的证据表明，HPV感染在膀胱癌（BC）的起始和进展中起关键作用。然而，确定卑诗省HPV相关基因的预测价值仍然具有挑战性。方法：我们从TCGA和GEO数据库中鉴定出差异表达的BC患者的HPV相关基因。我们使用Cox和Lasso回归筛选了预后基因，随后建立了风险预测模型。使用Kaplan-Meier生存分析和ROC曲线测量了模型的精度和临床相关性。在高风险和低风险的集合中进行了功能富集，免疫细胞浸润和药物敏感性分析。PCR分析用于测量基因的表达水平。结果：我们为风险模型确定了13个与HPV相关的基因。在其中，将FLRT2，HOXC5，LDLR，SCD，GRM7，DSC1，EMP1和HMGA1鉴定为风险贡献者，而LPA，SERPINA6，ZNF124，ETV7和SCO2被认为是保护性的。COX回归分析验证了我们的模型在膀胱癌（BC）患者中提供了整体生存（OS）的独立预测。基因本体论（GO）分析显示，在伤口愈合，细胞外基质组成和富含胶原蛋白的细胞外基质中，主要基因富集。KEGG途径分析突出了主要的富集区域，包括焦点粘附，PI3K-AKT信号通路和ECM受体相互作用。风险评分与肿瘤微环境（TME）评分，免疫细胞浸润以及对化学疗法和免疫疗法的敏感性相关。结论：我们已经制定了一个风险评估模型，该模型指出了卑诗省的13个中央HPV相关基因。这些基因作为预后指标和治疗靶标的潜力，强调了HPV诱导的BC进展与免疫景观之间的相互交织的关系。
吸烟者肺腺癌表观遗传调控 lncRNA 和 DNA 甲基化情况
在本研究中，我们利用来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的 184 个合格肺腺癌 (LUAD) 组织样本和 21 个正常肺组织样本的临床和甲基化/表达数据，鉴定了与肺腺癌 (LUAD) DNA 甲基化相关的长链非编码 RNA (lncRNA)。我们鉴定了 1865 个与正常肺组织、从不吸烟者 LUAD 组织和吸烟者 LUAD 组织的甲基化谱呈负相关的差异表达基因，同时使用相同标准鉴定了 1079 个差异表达的 lncRNA。使用独创性通路分析整合这些转录本，以确定与癌症直接相关的重要通路，表明 lncRNA 在致癌作用中起着至关重要的作用。当比较正常肺组织和吸烟者 LUAD 组织时，鉴定了 86 个候选基因，包括六个 lncRNA。通过比较从不吸烟者 LUAD 组织和吸烟者 LUAD 组织发现的 43 个候选基因中，有 13 个与正常肺组织相比也有所不同。然后，我们使用正常和肿瘤组织的基因表达 (GENT) 和正常和肿瘤组织的甲基化和表达数据库 (MENT) 数据库研究了这些基因的表达。我们观察到正常肺组织和吸烟者 LUAD 组织中 13 个基因的表达之间存在负相关性，而从不吸烟者和吸烟者 LUAD 组织之间有 5 个基因的表达存在负相关性。这些发现在临床标本中通过亚硫酸盐测序进一步验证，结果显示 AGR2 、 AURKB 、 FOXP3 和 HMGA1 显示出甲基化的边界差异。最后，我们探索了 DNA 甲基化、lncRNA 和基因表达之间的功能联系，以确定可能导致吸烟相关 LUAD 发病机制的可能靶点。总之，我们的研究结果表明差异表达的 lncRNA 及其靶转录本可以作为 LUAD 的潜在生物标志物。