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桑格生命之树HMW DNA提取：手动magAttract
该方案描述了从多种不同物种的多个不同组织样品中手动提取HMW DNA，不包括植物和真菌，用于使用Qiagen MagAttract HMW DNA提取试剂盒进行长阅读测序。此过程对于生命之树计划所涵盖的各种分类群体都是有效的。该方案对于组织可用性有限的样品特别有用，因为它始终从这些较小的样品中产生的DNA比等效的自动化方法更多。The output of this protocol is HMW DNA, which depending upon yield and the genome size of the species, can be directed towards HMW DNA Pooling, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI HiFi, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio or HMW DNA Fragmentation: g-Tube for ULI PacBio.
使用 Nanobind® HT CBB 试剂盒提取 HMW DNA 用于...
• KingFisher Apex 使用带条形码的 96 深孔样品板（Thermo Fisher 95040450B）。如果仪器未检测到条形码，它将显示错误消息。点击“确定”将允许脚本继续（它仍将适用于非条形码版本的板）。如果检测到错误的板或尖端梳条形码，仪器将显示错误消息（例如，如果插入的是 24 深孔板而不是 96 深孔板）。
高分子量（HMW）DNA提取和质量控制
我们建议使用Qubit®DSDNABR分析（Q32850; Thermofisher Scientific）确定HMW DNA浓度。该测定法使用超敏感的荧光核酸染色来用标准的荧光计和荧光素激发和发射波长来量化双链DNA（dsDNA）。建议从顶部，中部和底部进行多次测量。
Sage Hi-Bead™HMW DNA浓度套件PN＃HBK- ...
简介下面描述的SAGE HI-BEAD方案是专门设计的，用于从浓度低于10 ng/µl的样品中完整的HMW DNA分子浓度。通常使用Sage HLS-Catch靶向大片段富集程序遇到这种低浓度样本（请参阅https://sagescience.com/applications/target-capture/）。在低于10ng/µl的输入DNA浓度下，可以实现80％的回收率，如下表所示。表：在未切除的噬菌体T4 DNA样品（166KB线性DNA）上以两个不同的输入浓度（0.5和5 ng/µl）进行了复制HI珠清洁。通过量子HS分析测量恢复。更多的销售？HMW DNA浓度/纯化协议
使用纳米素试剂盒从植物核中提取HMW DNA
PANDNA试剂盒包含3个洗涤缓冲液（CW1，CW2和PW1），以提取各种样品类型。CBB套件仅包含2个洗涤缓冲液（CW1和CW2）。缓冲CW1，CW2和PW1作为浓缩物提供。CW1和CW2的最终乙醇浓度使用60％。PW1最终乙醇浓度使用70％。在使用之前，如瓶子上所示，将适当的乙醇量（96-100％）添加到缓冲液CW1，CW2和PW1中。注意：并非所有缓冲区都在每个过程中使用。
高通量HMW DNA动物血液提取和PACBIO REVIO系统上的测序
Darwin Life Project是一项大型生物多样性计划，旨在为整个英国和爱尔兰的70,000种真核生物生成高质量的基因组。对于这样的大型项目，高通量（HT）解决方案至关重要； PACBIO NANOBIND HT DNA提取试剂盒与Revio系统相结合，通过显着增加吞吐量并降低长阅读测序的成本来满足这些需求。
Sanger 生命之树 HMW DNA 碎片化：用于 PacBio HiFi 的 Diagenode Megaruptor®3
本方案描述了使用 Diagenode Megaruptor®3 从 MagAttract v.1、Plant MagAttract v.1 或 Plant MagAttract v.2 Sanger Tree of Life HMW DNA 提取方案中对 HMW DNA 进行片段化。该过程对于从生命之树计划涵盖的所有分类群中提取 DNA 非常有效，DNA 被剪切成平均 12-20 kb 大小的片段。然而，具有挑战性的样本包括那些浓度高或粘度大的样本，以及 DNA 提取后含有污染物或杂质的样本。该方案的输出是剪切的 DNA，可以使用手动或自动 SPRI 方案将其用于碎片 DNA 清理。该协议已更新为 Sanger Tree of Life HMW DNA Fragmentation：Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio，以处理由 Sanger Tree of Life HMW DNA Extraction：Automated MagAttract v.2、Automated Plant MagAttract v.3 和 Automated Plant MagAttract v.4 协议产生的样本。
桑格生命树Hmw DNA碎片：li pacbio
该协议描述了使用diaganodeMegaruptor®3的植物Magattract v.3或植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract v.4使用iaganodeMegaruptor®3的生命HMW DNA提取方案的片段化。此过程对于从生命之树计划所涵盖的所有分类组中的DNA提取物中清除和较短的片段去除非常有效，DNA剪切成平均片段大小范围为12-20 kb。但是，高度浓缩或粘性样品具有挑战性。该协议的输出是剪切的DNA，可以用手动或自动化的SPRI协议针对碎片的DNA清除。该协议改编自Sanger Life Tree HMW DNA片段：Pacbio Hifi的diaganodeMegaruptor®3，以处理由Sanger Life Tree HMW DNA提取的样本HMW DNA提取：自动化MagAttract v.2，自动化植物Magattract V.3，自动化工厂Magattract V.3和自动化工厂Magattrack V.4协议。
使用Nanobind®Pandna试剂盒从植物核中提取HMW DNA
PANDNA试剂盒包含3个洗涤缓冲液（CW1，CW2和PW1），以提取各种样品类型。CBB套件仅包含2个洗涤缓冲液（CW1和CW2）。缓冲CW1，CW2和PW1作为浓缩物提供。CW1和CW2的最终乙醇浓度使用60％。PW1最终乙醇浓度使用70％。在使用之前，如瓶子上所示，将适当的乙醇量（96-100％）添加到缓冲液CW1，CW2和PW1中。
程序和清单 - 使用纳米素试剂盒从革兰氏阴性细菌中提取HMW DNA
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