自闭症谱系障碍(ASD)是一种常见的神经发育障碍,其特征是社会交流和受限,重复行为或利益受损(Masi等,2017; Lord等,2018; Hirota and King,King,2023)。在美国,ASD影响了8岁儿童约2.3%(Hirota and King,2023)。ASD的一个重要方面是其异质临床特征。例如,有些人表现出智力障碍(ID)和有限的语言能力,而另一些人则表现出运动障碍(Hirota and King,2023年)。这种异质性归因于多种遗传变异和环境因素(Baron-Cohen,2017; Bai等,2019)。遗传变异与等位基因效应大小和种群频率不同。此外,遗传变异存在于连续体中,从单核苷酸变化到染色体水平的基因组变化。小规模的变化包括单核苷酸多态性(SNP)以及短DNA序列的插入或缺失(indels),而典型的大规模变化包括拷贝数变化(CNV)和染色体重排(Sebat等,2007)。通常,稀有变体的效果大小比共同变体具有更大的效果大小(Grove等,2019)。存在许多具有不同效应大小和等位基因频率的变体,以及它们与环境因素的相互作用,产生了ASD的高度复杂的遗传结构(Timpson等,2018)。有针对性的面板测序允许对具有高灵敏度的变体有效检测(Mellone等,2022)。尽管全基因组和全异常下一代测序(NGS)已被用于对这种多基因疾病的全面分析,但这些方法相对昂贵(Mellone等,2022)。迄今为止,几项大型队列研究已经确定了越来越多的ASD相关遗传变异。已使用全基因组测序和传播和从头结合的测试确定了超过一千个ASD相关的稀有变体(Murtaza等,2022)。通过外来分析的日本人口分析,Kimura等人。(2022)识别稀有突触功能相关的变体。但是,这些大型队列研究可能包括具有不同程度的自闭症特征和ID严重程度的个体。此外,遗传变异与单个ASD特征之间的关系,例如语音发展,社会反应能力和智力,在很大程度上尚未得到探索。在这项研究中,我们进行了病例对照NGS分析,并对日本ASD儿童进行心理评估,主要是具有高功能自闭症(HFA)。由于HFA不被认为是独特且绝对的诊断类别,因此我们将其评估为ASD的一种形式,在表型中是高度异质的。患有智能商(IQ)为70或以上的ASD的儿童被定义为具有HFA的儿童(Alvares等,2020)。使用基于短阅读的方法,我们分析了SNP和简短的Indels,无论它们在人口频率上是罕见还是常见。我们旨在通过阐明与ASD相关的变体与个体ASD特征之间的关系来进一步了解ASD。