1 美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院 Windreich 人工智能与人类健康系,2 美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院西奈山哈索普拉特纳数字健康研究所,3 美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院西奈山查尔斯布朗夫曼个性化医学研究所,4 美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院数据驱动和数字医学系,5 美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院重症监护医学研究所,6 美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院新生儿医学分部,7 美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院医学系,8 美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院外科系, 9. 美国纽约州纽约市西奈山伊坎医学院瓦伦丁·富斯特心脏病医院、10 美国马萨诸塞州剑桥麻省理工学院和哈佛大学布罗德研究所、11 美国马萨诸塞州剑桥哈佛大学哈佛数据科学计划、12 美国马萨诸塞州剑桥哈佛大学肯普纳自然与人工智能研究所
在这项研究中,我们探讨了计算神经科学中的模拟设置。我们使用Genesis,一种通用模拟引擎,用于亚细胞组件和生化反应,现实的神经元模型,大型神经网络和系统级模型。Genesis支持开发和运行计算机模拟,但留下了一个差距,用于建立当今更大,更复杂的模型。大脑网络现实模型的领域已过度生长了最早模型的简单性。挑战包括管理软件依赖性和各种模型的复杂性,设置模型参数值,将输入参数存储在结果旁边以及提供执行统计信息。此外,在高性能计算(HPC)上下文中,公共云资源正在成为昂贵的本地集群的替代品。我们提出了神经模拟管道(NSP),该管道有助于使用基础架构作为代码(IAC)容器化方法,促进了大规模的计算机模拟及其部署到多个计算基础架构。作者通过定制的视觉系统(称为retnet(8×5,1))使用生物学上可见的霍奇金 - 赫斯利尖刺神经元,证明了NSP在用创世纪编程的模式识别任务中的效果。我们通过在Hasso Plattner Institute(HPI)将来以服务为导向的计算(SOC)实验室以及通过全球最大的公共云服务提供商的Amazon Web Services(AWS)上执行54套本地执行的模拟来评估管道。我们报告了使用Docker的非候选和容器的执行,并在AWS中呈现每个仿真的成本。结果表明,我们的神经模拟管道可以减少神经模拟的进入障碍,从而使它们更实用和成本效率。
1 Department of Neurosurgery, and Neuroscience, Weill Cornell Medicine, NewYork-Presbyterian Hospital, New York, NY, United States, 2 Department of Neurosurgery, Chulabhorn Hospital, Chulabhorn Royal Academy, Bangkok, Thailand, 3 MIT Computer Science & Artificial Intelligence Laboratory, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, United States, 4 Harrington Heart & Vascular大学医院研究所克利夫兰医学中心,凯斯西部储备大学,俄亥俄州克利夫兰,美国,罗伯特·D·罗伯特·D·罗伯特·D·和帕特里夏·凯恩医疗保健科学科学中心,美国明尼苏达州罗切斯特市梅奥诊所,梅奥诊所,美国6号卫生保健政策和研究部,卫生科学系,美国梅奥诊所,梅奥诊所,美国梅奥诊所,埃斯恩,埃斯恩,埃斯恩,埃斯恩,埃斯恩,埃斯恩,人工学会,纽约市,德国,加利福尼亚大学,旧金山分校,旧金山,加利福尼亚州旧金山大学8号巴卡尔计算健康科学研究所,美国9号病理学系,纽约大学纽约州纽约州,纽约州,纽约州,纽约州,纽约州10 Hasso Plattner数字健康研究所10失败医学,大学医院,蒙斯特大学,德国蒙斯特,12个心脏病学系,部门预防医学系,健康促进,卫生学院,医学院,医学院,大学维滕/赫尔德克,德国哈根
10 康奈尔大学生物医学工程系,美国纽约州伊萨卡 11 康奈尔大学传播系,美国纽约州伊萨卡 12 弗朗西斯·刘易斯高中,美国纽约州纽约市 13 西奈山伊坎医学院哈索·普拉特纳数字健康研究所,美国纽约州纽约市 14 威尔康奈尔医学院阿尔瓦利德·本·塔拉勒·本·阿卜杜勒阿齐兹·阿沙德王子殿下计算生物医学研究所,美国纽约州纽约市 15 加利福尼亚大学圣地亚哥分校精神病学系,加利福尼亚州拉霍亚 16 加利福尼亚大学圣地亚哥分校麻醉学系,加利福尼亚州拉霍亚 17 威尔康奈尔医学院费尔家族大脑与心智研究所,美国纽约州纽约市 10021 18 威尔康奈尔医学院 WorldQuant 定量预测计划,美国纽约州纽约市*通讯作者:Christopher Mason (chm2042@med.cornell.edu) 摘要 十年前,有人预测多组学革命也将彻底改变太空药物基因组学。目前,在太空药物数据的可查找性、可访问性、可互操作性和可重复性应用方面存在诸多障碍,导致其在地球原则应用之外缺乏进展。为了直接应对这些挑战,我们构建了一个全新的数据库,涵盖所有进入太空的药物,该数据库由公开的本体论和航天相关数据集汇编而成,旨在为描述重要航天相关靶点的分析提供范例。通过关注受航天干扰的机制,我们提供了一种识别药物吸收、分布、代谢和排泄途径中最相关变化的新途径。我们提出了一组太空基因,通过