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人类和小鼠星形胶质细胞的综合交叉疾病图集揭示了神经变性中星形胶质细胞亚型的异质性和保守性
星形胶质细胞在中枢神经系统稳态和神经炎症中起着关键作用。尽管在单细胞分析中取得了进步，但神经退行性疾病中反应性星形胶质细胞的异质性，尤其是整个物种的异质性。在这里，我们提出了来自阿尔茨海默氏症（AD）小鼠模型和多发性硬化症（MS）的187,000个星形胶质细胞的整合地图集，以及来自AD，MS和Parkinson's（PD）患者的438,000个星形胶质细胞。我们的分析确定了四个不同的小鼠星形胶质细胞簇，包括两个与疾病相关的星形胶质细胞（DAA）簇DAA1和DAA2。daa1表现出类似于急性刺激的反应，包括内毒素血症，而DAA2表示众所周知的AD风险基因。在AD模型中，DAA1和DAA2与淀粉样斑块表现出不同的空间关系。在人类中，我们确定了八个不同的星形胶质细胞簇，其中包括体内平衡和疾病相关的亚型。跨物种分析联系了与疾病相关的簇，同时也突出了其他人的表达。我们的星形胶质细胞地图集可通过用户友好的，可搜索的网站提供：http：//research-pub.gene.com/astrotlas/。
13 种 IFN-α 亚型的异质性和功能
I 型 IFN 对宿主对病毒感染的反应至关重要，也与多种自身免疫性疾病的发病机制有关。I 型 IFN 家族中有多种亚型，特别是 13 种不同的 IFN-α 基因，它们通过哺乳动物细胞中普遍表达的相同异二聚体受体发出信号。进化遗传学研究和功能性抗病毒检测都强烈表明 13 种 IFN-α 亚型之间存在不同的功能和活性，但我们仍然对这些不同的作用缺乏清晰的认识。本综述总结了描述 IFN-α 亚型不同功能的研究证据，并强调了报告之间存在差异的潜在原因。我们研究了急性和慢性病毒感染以及自身免疫，并整合了最近对抗 IFN-α 自身抗体在这些不同情况下塑造 I 型 IFN 反应的重要性的认识。
2021 BEETL 竞赛：推进针对受试者独立性和异构 EEG 数据集的迁移学习
Stylianos Bakas 1 , 2 , 3 stelios@cogitat.io Siegfried Ludwig 1 , 2 siegfried@cogitat.io Konstantinos Barmpas 1 , 2 ntinos@cogitat.io Mehdi Bahri 1 , 2 mehdi@cogitat.io Yannis Panagakis 1 , 2 , 4 yannis@cogitat.io Nikolaos Laskaris 1 , 2 , 3 nikos@cogitat.io Dimitrios A. Adamos 1 , 2 , 3 dimitrios@cogitat.io Stefanos Zafeiriou 1 , 2 stefanos@cogitat.io William C. Duong 5 , 6 wduong@dcscorp.com Stephen M. Gordon 5 , 6 sgordon@dcscorp.com 弗农·J·劳恩 (Vernon J. Lawhern) 6 vernon.j.lawhern.civ@army.mil Maciej ´ Sliwowski 7 , 8 , 9 maciej.sliwowski@opium.sh Vincent Rouanne 7 vincent.rouanne@gmail.com Piotr Tempczyk 9 , 10 piotr.tempczyk@opium.sh 1 Cogitat Ltd.，英国 2 智能行为理解小组，伦敦帝国理工学院，英国 3 塞萨洛尼基亚里士多德大学，希腊 4 雅典国立和卡波迪斯特里安大学，希腊 5 DCS 公司，弗吉尼亚州亚历山大，美国 6 人类研究与工程理事会，DEVCOM 陆军研究实验室，马里兰州阿伯丁试验场，美国 7 大学。格勒诺布尔阿尔卑斯大学，CEA，LETI，Clinatec，F-38000 格勒诺布尔，法国 8 巴黎萨克雷大学，CEA，List，F-91120，帕莱索，法国 9 波兰国家机器学习研究所 (OPIUM)，华沙，波兰 10 deeptale.ai，波兰
对铁基金属药物反应的异质性
摘要：胶质母细胞瘤 (GBM) 是成人中最常见和最致命的原发性脑癌，因此寻求新的治疗方法是合理的。铁基铁环芬家族的一些成员已通过创新的作用机制对各种癌细胞系表现出高细胞毒性。在这里，我们通过 wst-1 测定法评估了六种铁环芬在 15 种分子结构不同的 GBM 患者来源细胞系 (PDCL) 中的抗增殖活性。六种化合物中有五种的半数最大抑制浓度 (IC 50 ) 值差异很大 (10 nM < IC 50 < 29.8 μM)，而剩下的一种（他莫昔芬样复合物）对所有 PDCL 均具有高度细胞毒性（平均 IC 50 = 1.28 μM）。四种至少带有一个酚基的铁环芬的反应模式相似，与他莫昔芬样复合物和不含酚基的复合物的反应模式大不相同。RNA 测序差异分析表明，对二酚铁环芬的反应依赖于死亡受体信号通路的激活和 FAS 表达的调节。与经典亚型相比，间充质或原神经转录组亚型的 PDCL 对这种复合物的反应更大。这些结果为铁环芬的作用机制提供了新的信息，并强调了该家族成员之间比以前怀疑的更广泛的行为多样性。它们还支持在未来使用铁环芬治疗 GBM 时采用基于分子的个性化方法。
针对复合杂合卟啉症的突变特异性引导 RNA 通过干细胞中的 CRISPR/Cas9 进行靶向无瘢痕矫正
Florence Prat、Jérôme Toutain、Julian Boutin、Samuel Amintas、Grégoire Cullot 等人。通过 CRISPR/Cas9 在干细胞中对复合杂合卟啉症进行突变特异性引导 RNA 的无瘢痕靶向矫正。Stem Cell Reports，2020 年，15，第 677-693 页。�10.1016/j.stemcr.2020.07.015�。�hal-03492339�
黑色素瘤异质性的计算模型
皮肤黑色素瘤是一种高度侵袭性的肿瘤，尽管最近出现了一些治疗方法，但大多数晚期转移性黑色素瘤患者的临床预后不佳。黑色素瘤中最常见的突变会影响 BRAF 致癌基因，它是 MAPK 信号通路的蛋白激酶。针对 BRAF 和 MEK 的疗法仅对 50% 的患者有效，并且几乎系统地产生耐药性。与黑色素瘤细胞的强烈异质性和可塑性相关的遗传和非遗传机制被认为有利于耐药性，但人们对其了解甚少。最近，我们引入了一种新的数学形式，可以表示肿瘤异质性和耐药性之间的关系，并提出了几种用 BRAF/MEK 抑制剂治疗的黑色素瘤产生耐药性的模型。在本文中，我们使用一种新的计算模型进一步研究了这种关系，该模型可以处理用 BRAF/MEK 抑制剂治疗的黑色素瘤中单细胞 mRNA 测序数据识别的多种细胞状态。我们使用该模型来预测不同治疗策略的结果。参考疗法称为“连续”疗法，其包括不间断地应用一种或多种药物。在“联合疗法”中，几种药物按顺序使用。在“适应性疗法”中，当肿瘤大小低于下限时中断药物应用，当肿瘤大小超过上限时恢复药物应用。我们表明，与直觉相反，在 BRAF/MEK 抑制剂与假设药物（针对在肿瘤对激酶抑制剂的反应过程中后期发展的细胞状态）的联合疗法中，最佳方案是先用这种假设药物治疗。此外，尽管连续疗法和适应性疗法之间出现耐药性的时间差别不大，但在适应性疗法的情况下，不同黑色素瘤亚群的空间分布更加分区化。
UHRF1碱基翻转活性的抑制剂显示针对癌细胞的细胞毒性
Ritesh Haldar，Hongye Chen，Antoine Mazel，Dong-Hui Chen，Gaurav Gupta等人。天线：实现晶体化的伪装性果皮中实现良好的光波长转化的关键。高级材料界面，2021，8（10），pp.2100262。10.1002/admi.202100262。hal-03384232
在大脑区域的异质电动机BOLD-FMRI反应表现出负大胆的脑血管反应性，表明窃取现象并不总是是由于耗尽的脑血管储备能力
简介：表现出负血氧水平的大脑区域，依赖性脑血管反应性（BOLD-CVR）对二氧化碳（CO 2）的反应被认为遭受了完全耗尽的自动调节性脑血管储备的能力和表现出血管窃取现象。如果此假设是正确的，那么在基于电动机的BOLD FMRI研究中，血管窃取现象的存在应随后导致相等的FMRI信号响应（代谢增加而不会增加由于耗尽的储备能力而增加的脑血流），而其他功能性的脑组织则在其他功能性脑组织中。为了调查这一前提，这项研究的目的是进一步研究表现出负BOLD CVR的大脑区域中基于电动机的BOLD-FMRI信号反应。Material and methods: Seventy-one datasets of patients with cerebrovascular steno-occlusive disease without motor defects, who underwent a CO 2 -calibrated motor task-based BOLD-fMRI study with a fingertapping para- digm and a subsequent BOLD-CVR study with a precisely controlled CO 2 -challenge during the same MRI ex- amination, were included.我们比较了双侧前后Gyri - i的BOLD-FMRI信号反应。 e。感兴趣的区域（ROI）与此ROI中的相应BOLD-CVR。使用对42个接受相同研究方案的健康个体的BOLD-FMRI任务研究的第二级组分析确定ROI。结果：BOLD-CVR的总体下降与ROI内BOLD-FMRI信号响应的降低有关。对于表现出阴性BOLD-CVR的患者，我们发现基于正电动机和负电动机的BOLD-FMRI信号反应。结论：我们表明，对CO 2的负CVR响应的存在与基于Motor的BOLD-FMRI信号反应有关，其中一些患者表现出更大的假定 - 负面BOLD-FMRI信号反应，而其他患者则表现出阳性的BOLD-FMRI信号反应。此发现可能表明
在标签中毒攻击对分布式异质数据的标签中毒攻击下，平均聚合器比强大的聚合器更强大
对恶意攻击的鲁棒性对于分布式学习至关重要。现有作品通常考虑经典的拜占庭式攻击模型，该模型假设有些工人可以将任意恶意消息发送给服务器并打扰分布式学习过程的聚合步骤。为了防止这种最严重的拜占庭袭击，已经提出了各种强大的聚合器。被证明它们是有效的，并且优于通常使用的平均值。在本文中，我们证明了强大的聚合器太保守了，对于一类弱但实用的恶意攻击，称为标签中毒攻击，一些工人的样本标签被毒害。令人惊讶的是，鉴于分布式数据具有足够的异质性，我们能够证明平均聚合器比理论上最新的鲁棒聚合器更强大。实际上，在这种情况下，平均聚合器的学习错误被证明是最佳的。实验结果证实了我们的理论发现，显示了在标签中毒攻击下平均聚合子的优越性。
