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面包小麦的野生相对timopheevii
小麦（Triticum aestivum）是最重要的食品作物之一，迫切需要增加其生产以养活不断增长的世界。triticum timopheevii（2n = 4x = 28）是一种同种二磷酸小麦野生物种，其中包含许多在小麦改善的预育前期计划中被利用的A T和G基因组。在这项研究中，我们报告了基于PACBIO HIFI读取和染色体构象捕获（HI-C）的T。Imopheevii登录PI 94760的染色体规模参考基因组组装。组件包含9.35 GB的总尺寸，其重叠群为42.4 MB，并包括线粒体和质体基因组序列。基因组注释预测了166,325个基因模型，其中包括70,365个基因，具有高置信度。DNA甲基化分析表明，G基因组的平均甲基化碱基比A T基因组更多。总而言之，T。timopheevii基因组组装为基因组知情发现农艺安全基因的粮食安全基因提供了宝贵的资源。
DNA-DNA滑动摩擦和非平衡动力学在病毒基因组喷射和包装中的作用使用RNA
β-Mercaptoethanol PanReac-AppliChem A4338,0100 Sodium chloride (NaCl) PanReac-AppliChem 131659.1211 Tryptone Condalab 1612 Yeast Extract Condalab 1702 Bacteriological Agar Condalab 1800 Agarose D1 Medium EEO Condalab 8019 Liquid nitrogen n/a n/a Critical commercial assays NEBuilder® HiFi DNA Assembly Master Mix New England Biolabs E2621S Phusion TM High-fidelity DNA polymerase Thermo Fisher Scientific F530S MluI (10 U/µL) Thermo Fisher Scientific ER0561 BsaIHF®v2 (20 U/µL) New England Biolabs R3733S DNA Clean & Concentrator TM -5 Zymo研究D4004Nucleospin®质粒DNA纯化机构 - 纳格尔740588.250 Ribolock RNase抑制剂（40 u/μl）Thermo Fisher Scientific EO0381恢复TM逆转录（TM）逆转录酶Thero Fisher Fisher Fisher Scientific EP0441 Therus prolainsir prolapers themophirs dna Polymsisriast dna Polymsiss dna Prolymasse：003 3.003.003 3.003 3.003 3.003 3.003 3.003 3.003; 003 3.003 3.003 Nicotiana Benthamiana cas9（Bernabé-ortts等，2019）N/A寡核苷酸D2409 atttatattattAttCataCaatCaaAcc
用于准确有效的从头基因组的新算法...
由于长期阅读的DNA测序技术，可以进行复杂基因组的从头基因组组件。但是，基于长阅读的组件质量最大化是一项具有挑战性的任务，需要开发专门的数据分析技术。我们提出了用于组装单倍体和二倍体生物的长DNA测序读数的新算法。组件算法构建了一个无方向的图，每个读取两个顶点是根据由k-mer分布得出的哈希函数所指出的最小化器所读取的。在图形构造过程中收集的统计信息被用作通过选择边缘来构建布局路径的功能，该边缘通过似然函数排名。对于二倍体样品，我们整合了对RefHAP算法进行分子相分化的重新配置。我们在PACBIO HIFI和纳米孔测序数据上运行了从不同物种的单倍体和二倍体样品中采集的纳米孔测序数据。与当前使用的其他软件相比，我们的算法表现出竞争精度和计算效率。我们希望这种新的发展对于为不同物种建立基因组组件的研究人员将很有用。
Alt-R HDR 设计工具和 HDR 供体寡核苷酸
图 1.与其他修饰相比，具有 Alt-R HDR 修饰的供体寡核苷酸表现出更高的 HDR 效率。 图 1.与其他修饰相比，具有 Alt-R HDR 修饰的供体寡核苷酸表现出更高的 HDR 效率。 （A）供体寡核苷酸修改的示意图。 （B）每次修改的 HDR 效率。使用 4D-Nucleofector™ 系统（Lonza）将四个靶向基因位点的 RNP 复合物（2 µM）与 0.5 µM 单链 HDR 供体寡核苷酸通过电穿孔共转染到 Jurkat 和 HeLa 细胞中。使用的 RNP 复合物是 Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3，以及 Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA 和 tracrRNA。 使用了三种类型的供体寡核苷酸：未经任何修饰的寡核苷酸（未修饰的）、具有硫代磷酸酯键的寡核苷酸（PS 修饰的）和具有 Alt-R HDR 修饰的寡核苷酸（Alt-R HDR 修饰的）。 电穿孔后 48 小时 (HeLa) 或 72 小时 (Jurkat) 提取基因组 DNA。通过在 Illumina™ MiSeq™ 系统 (v2 化学、150 bp 双端读取) 上进行扩增子测序来测量 HDR 效率。
一种工程化的 Cas12i 核酸酶，是动物和植物中有效的基因组编辑工具
VI 型 CRISPR-Cas 系统在基因组编辑方面越来越有吸引力。然而，该系统的天然核酸酶通常效率低下，限制了它们的应用。在这里，我们使用结构引导的合理设计和蛋白质工程来优化一种未表征的 Cas12i 核酸酶 Cas12i3。结果，我们开发了 Cas-SF01，这是一种 Cas12i3 变体，在哺乳动物细胞中表现出显著改善的基因编辑活性。与 SpCas9 和其他 Cas12 核酸酶相比，Cas-SF01 显示出相当或更优异的编辑性能。与天然 Cas12i3 相比，Cas-SF01 具有扩展的 PAM 范围，并能有效识别 NTTN 和非规范 NATN 和 TTVN PAM。此外，我们还发现了一种氨基酸替代物 D876R，它显著降低了脱靶效应，同时保持了较高的靶向活性，从而开发出了 Cas-SF01 HiFi（高保真 Cas-SF01）。最后，我们表明 Cas-SF01 在小鼠和植物中具有较高的基因编辑活性。我们的结果表明，Cas-SF01 可以作为一种强大的基因编辑平台，具有高效性和特异性，适用于各种生物体的基因组编辑应用。
无间隙的基因组组装和CYP450基因家族分析揭示了黄霉菌中花色苷的生物合成
Lamiaceae家族的成员Baicalaria Baicalensis Georgi是一家广泛使用的药用植物。从黄葡萄球菌中提取的黄酮促成了许多健康益处，包括抗炎，抗病毒和抗肿瘤活性。但是，不完全的基因组组装阻碍了对黄链树的生物学研究。这项研究通过PACBIO HIFI，纳米孔超长和HI-C技术的整合，提出了第一台端粒到核（T2T）间隙 - 无链球菌的基因组组装。获得了384.59 MB的基因组大小，其重叠群N50为42.44 MB，所有序列均固定在没有任何间隙或不匹配的9个假色体中。此外，我们使用广泛靶向的代谢组方法分析了与蓝紫花花的测定有关的主要氰化素和delphinidin的花青素。基于整个基因组的鉴定（CYP450）基因家族，三个基因（SBFBH1、2和5）编码类黄酮3'-羟基酶（F3'HS）（F3'HS）和一个基因（SBFBH7）（SBFBH7）（SBFBH7）（SBFBH7）编码F3'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' - 羟基化类黄酮的B环。我们的研究丰富了可用于Lamiaceae家族的基因组信息，并提供了一种用于发现类黄酮装饰涉及的CYP450基因的工具包。
两个本土蛤s的基因组（Linnaeus，1767）和Meretrix Petechialis（Lamarck，1818）
蛤lam挖掘在香港的历史悠久，但不受管制的蛤挖掘活动耗尽了蛤lam种群并威胁到生态系统。种群基因组学对于揭示不同地理位置上蛤的连通性并提供必要的保护措施很有用。但是，香港只有有限数量的蛤s具有基因组资源。在这里，我们使用Pacbio Hifi和Omni-C读数的组合，介绍了香港，柔韧性和Meretrix petechialis的两个蛤s的染色体水平基因组组件。对于A. flexuosa，我们将基因组组装成19个伪色体，基因组大小为1.09 GB（支架N50 = 58.5 MB），BUSCO得分为94.4％。也使用本研究中产生的转录组预测了总共20,881个基因模型。对于叶柄杆菌，基因组主要组装成19个伪色体，基因组大小为1.04 GB（支架N50 = 53.5 MB），而BUSCO得分为95.7％。也使用本研究中产生的转录组预测了总共20,084个基因模型。本研究中建立的两个新的基因组资源将有助于进一步研究蛤lam的生物学，生态学和进化，并为保护措施和实施方面的证据决策建立基础。
Electronics-Worhl - 世界无线电史
广播与电视新闻 广播新闻 广播 - 电子工程商标注册。美国专利。关闭。订阅服务：所有订阅通信都应寄往 Electronics World，发行部，波特兰广场。科罗拉多州博尔德 80311。地址变更请至少等待六周。包括您的旧地址以及新地址（如果可能），请附上最近一期的地址标签。编辑投稿必须附有回邮邮票，并将得到合理谨慎的处理；但是出版商对艺术作品、照片或手稿的退回或安全不承担任何责任。《电子世界》（1966 年 4 月，第第 75 卷，第第 4 期）由 Ziff -Davis 出版公司每月出版，地址为伊利诺伊州芝加哥市北密歇根大道 307 号，邮编 60601。（Ziff -Davis 还出版滑雪、飞行、商务/商业航空。流行划船、汽车和司机。流行摄影、HiFi/立体声评论、流行电子产品。现代新娘。滑雪贸易新闻和滑雪区新闻。美国、美国属地和加拿大一年订阅费为 5.00 美元；其他国家/地区为 6.00 美元。二等邮资在伊利诺伊州芝加哥市和其他邮寄地点支付办公室。经加拿大渥太华邮政局批准为二等邮件，可以用现金支付邮资。
Drew：双通量模拟WiFi
BLE/FSK设备与WiFi接入点（APS）之间的双向通信结合了长期效果，设备成本低和无处不在的互联网访问的好处。但是，先前的跨技术通信（CTC）So so-untions需要FSK芯片中的变速箱混合器，因此不适用于新的超低功率（ULP）BLE芯片，这可以去除这些搅拌机以节省动力。此外，先前的CTC解决方案的吞吐量限制为1Mbps。我们提出了从根本上克服这些限制的drew。它旨在仅通过控制功率放大器（PA）来有效传输WiFi数据包，因此适用于无混合的ULP BLE芯片。我们还提出了BLE的智商采样能力的创新使用来重新使用标准WiFi数据包。我们使用SIMD（单个指令多个数据）加速设计有效的算法，以实时检测，同步和解码WiFi数据包。DREW还实现了WiFi的CS-MA/CA和时机，从而在ULP BLE设备中添加了直接的WiFi连接。与先前的工作不同，Drew唯一支持QPSK，因此将下行链接吞吐量加倍。这种2倍吞吐量增加对于先前工作无法支持的新应用程序至关重要。尤其是Drew可以从WiFi到ULP BLE芯片流无损，Hifi质量的音频。由于立体声音频需要1.411Mbps的吞吐量，因此由于其1Mbps的限制，任何先前的工作都能支持此重要应用程序。CCS概念
高度改良的肩突硬蜱基因组，含有 X 和 Y 假染色体
肩突硬蜱，即黑腿蜱，是莱姆病螺旋体伯氏疏螺旋体的主要媒介，是美国每年约 47 万例莱姆病病例中的大多数是由其引起的。肩突硬蜱可以传播另外六种对人类健康有影响的病原体。由于其医学重要性，肩突硬蜱是第一个被测序和注释的蜱基因组。然而，由于节肢动物基因组特有的长重复基因组序列以及缺乏长读长测序技术所带来的技术挑战，第一个组装体肩突硬蜱 Wikel (IscaW) 高度碎片化。尽管由于胚胎注射和 CRISPR-Cas9 介导的基因编辑等新工具的出现，肩胛带蜱已成为蜱研究的模型，但缺乏染色体级支架减缓了蜱生物学的进展和控制工具的开发。在这里，我们结合了多种技术来制作肩胛带蜱 Gulia-Nuss (IscGN) 基因组组装和基因组。我们使用了来自卵和雄性和雌性成年蜱的 DNA，并利用 Hi-C、PacBio HiFi 测序和 Illumina 短读测序技术来制作染色体水平的组装。在这项工作中，我们展示了由 13 条常染色体和性假染色体组成的预测假染色体：X 和 Y，以及与现有组装和注释相比显着改进的基因组注释。