XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemHomology
利用 CRISPR 在人类诱导性多能干细胞中进行有效的双等位基因标记
注：同源臂位于敲入位点上游和下游约 500–1,000 bp 处。图 1 C 为 SIN3A 示例的供体载体示意图。为选取基因组区域作为同源臂，我们使用 Primer-BLAST ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ ) 设计了两对引物，分别位于 SIN3A 终止密码子上游 500–1,000 bp 处和下游 500–1,000 bp 处。也可以使用其他程序设计引物。正向和反向引物之间的区域用作同源臂。我们选择 SIN3A 终止密码子上游 501 bp 序列作为左同源臂（图 2 A 和 2B 中的 SIN3A 左），并选择 SIN3A 终止密码子下游 612 bp 序列作为右同源臂（图 2 A 和 2B 中的 SIN3A 右）。
Gabriel M. Cohn 医学博士担任首席医疗官
Cohn 博士拥有 30 多年的学术医学和生物技术行业经验，为治疗罕见遗传疾病的多种疗法的开发做出了贡献。此前，他曾担任 Homology Medicines 的首席医疗官，领导该公司针对 PKU 的 1/2 期基因治疗试验，并支持该公司基因编辑项目向美国食品药品监督管理局 (FDA) 提交两项试验性新药 (IND) 申请。在加入 Homology 之前，他曾担任 AVROBIO 的临床开发副总裁，领导临床项目、方案设计、监管备案、FDA 和加拿大卫生部的互动以及试验地点的确定和启动。他还曾在 OvaScience 和 Shire 担任过高管职务。 Cohn 博士是美国遗传学和基因组学学院 (FACMG) 和美国妇产科学院 (ACOG) 的院士，撰写了 40 多篇同行评议出版物，并曾担任贝斯特医学中心临床和生殖遗传学主任和遗传服务医学主任，以及塔夫茨大学医学院助理教授。他获得了纽约州立大学锡拉丘兹分校健康科学中心的医学博士学位和马萨诸塞大学阿默斯特分校艾森伯格管理学院的工商管理硕士学位。他在纽约州立大学锡拉丘兹分校健康科学中心完成了妇产科住院医师培训，并在美国国立卫生研究院完成了医学遗传学研究。
海报：使用单链 DNA 模板进行高效的同源定向修复
(ssDNA) 是优于 dsDNA 的 HDR 模板。在此，我们报告了一项系统研究，比较了 HEK293 细胞中的 dsDNA HDR 模板和 IDT Ultramer® 寡核苷酸 ssDNA HDR 模板。测试了链选择和同源臂长度，以确定 HDR 在 Cas9 dsDNA 断裂点创建新的限制位点（6 个碱基插入）的效率。使用较长 ssDNA HDR 模板的初步实验表明，与较短 ssDNA 模板具有类似的优势和行为。具有不对称同源臂的模板的 HDR 插入。使用具有不对称同源臂的 HDR 模板导致 EcoRI 插入率与对称同源臂的插入率相似。使用靶向链模板获得了高 HDR 效率，其中
Jumpcode Genomics海报模板
下一代测序（NGS）基于靶向基因面板，外显子组测序（ES）和基因组测序（GS）现在通常用于询问大量基因以供诊断使用。否则对所选的测定法，具有高序列同源性的基因仍然是短读技术的主要挑战，并且可能导致假阳性和假阴性诊断错误。长阅读测序有可能解决许多基因的问题，但是对同源序列的分析通常需要先进的生物信息学管道，这些管道尚未验证用于临床使用。传统上，实验室使用了靶向的Sanger测序和/或远程PCR技术来解决这些基因。这些方法是基因特异性的，难以设计，并且在临床环境中执行昂贵。具有同源性的目标区域是复杂的，可以通过不同程度的同源性，医学相关性和同源性类型（功能同源性，已知的假基因，部分或基因同源性，未表征的非编码区域）进行划分。为了满足这种未满足的需求，我们描述了使用CRISPRCHEAN®技术的概念证明，该技术利用CRISPR-CAS9系统的特异性来降低了下一代测序库中丰富的，无信息的序列。
Rho GTPases及其效应蛋白
使用的缩写：ACK，激活的CDC42相关酪氨酸激酶； GEF，鸟苷核苷酸交换因子； PH，Pleckstrin同源性； DH，DBL同源性； PIP 2，磷脂酰肌醇4,5-双磷酸；间隙，GTPase激活蛋白； GDI，鸟苷核苷酸解离抑制剂； SRF，血清反应因子； NF-κB，核因子κB； Jnk，c-jun n末端激酶；婴儿床，cdc42/rac-Interactive结合； REM，Rho ectector同源性； RKH，ROK – Kinectin同源性； MLC，肌球蛋白轻链； PI-4-P5K，磷脂酰肌醇-4-磷酸5-激酶； GTP [s]，鸟嘌呤5« - [γ -thio]三磷酸； MAP激酶，有丝分裂原激活的蛋白激酶； MLK，混合细胞激酶； ACC，反平行线圈； BTK，布鲁顿的酪氨酸激酶； MBS，肌球蛋白结合亚基； ERM，Ezrin/radixin/Moesin; FH，形态学；黄蜂，Wiskott-Aldrich-Syndrome蛋白；波浪，黄蜂样的垂直蛋白质蛋白； lim激酶； EGF，表皮生长因子； TNFα，肿瘤坏死因子α； Mekk，地图激酶激酶激酶； PAK，P21激活的激酶； PKN，蛋白激酶N； MRCK，肌发育症激酶相关的CDC42结合激酶。1应向谁致辞（电子邮件Anne.bishop！ucl.ac.uk）。
NDP 外显子 2 区域 KO 报告模板...
图 S01：CRISPR/Cas9 编辑人类 iPSC。(A) 使用双 sgRNA（sg1 和 sg2）靶向外显子 2 两侧的区域来生成 HDR 介导的 NDP KO-GFP 报告系，使用带有 KO 报告模板的 PUC57 载体，由外显子 2 (5'UTR)-eGFP-P2A 盒组成，两侧是同源臂 (HA)，其中包括 PAM 位点突变和用于质粒线性化的 sgRNA 切割位点 (sg1-c 和 sg2-c)。在此过程中还生成了 NHEJ 介导的 NDP KO (NDP Δ exon2) 以及 NDP WT 同源克隆。(B) 使用类似方法生成 NDP WT-GFP 报告系。外显子 3 的 CDS 两侧的双 sgRNA（sg3 和 sg4）和含有修复模板的质粒，由外显子 3（CDS）-V5-P2A- eGFP 盒组成，两侧是同源臂，包括 PAM 位点突变和用于质粒线性化的 sgRNA 切割位点（sg3-c 和 sg4-c）。sgRNA，小向导 RNA；HDR，同源定向修复；KO-GFP，敲除报告基因；KO，敲除；WT，野生型；PAM，protoscpacer 相邻基序；UTR，非翻译区；CDS，编码序列；HA，同源臂；eGFP，增强型绿色荧光蛋白；P2A，猪 teschovirus-1 2A 自切割肽；V5，V5 标签。
CRISPR稳定的敲入细胞生产（CAT。C.C408）案例研究：使用CRISPR将红色荧光蛋白（RFP）基因敲入人类胚胎
图2 PCAS-GUIDE-AAVS1和PAAVS1-RFP-DNR的矢量图。pCAS指向AAVS1是哺乳动物细胞中SGRNA和Cas9共表达的多合一载体。SGRNA的表达是由强大的组成型Pol III启动子U6启动子驱动的。而CMV启动子则驱动CAS9酶的表达。paAVS1-RFP-DNR在CMV启动子下的PGK启动子和RFP基因下表达紫霉素的抗性标记。5'和3'AAVS1同源臂（“ aavs-right”和“ aavs-left”）为单元提供了一个用于同源性修复的模板。
第20届东亚几何拓扑会议
房间3 13：30–13：50在大道（Kindai University）在同源球的结上纯粹是整容手术和Casson-Walker In-raniant 13：55-14：15 Yuta Nozaki（Yokohama National University Yuta Nozaki（Yokohama National University youkohama National University）中相关渐变元素的元素40：40：40：40：40：40：40：40：40：40：40：40：40：40：40：40：40： Tatsumasa Suzuki（Meiji University）关于Pochette手术及其概括14：45-15：05 Seungwon Kim（Sungkyunkwan University）非剪裁，交替的联系，在4孔
alphafold加速了针对痕量胺相关受体1
人工智能正在革新蛋白质结构预测，为药物设计提供了前所未有的机会。为了评估对配体发现的潜在影响，我们使用Alphafold机器学习方法和传统同源性建模产生的蛋白质结构比较了虚拟筛选。将超过1600万种化合物停靠到痕量胺相关受体1（TAAR1）的模型，这是一种未知结构的G蛋白 - 偶联受体，也是治疗神经精神疾病的靶标。分别来自Alphafold和同源模型筛选的30和32个高度排名化合物。中有25个是TAAR1激动剂，其功能范围为12至0.03μM。AlphaFold屏幕的产生的命中率（60％）比同源性模型高两倍以上，并且发现了最有效的前身。具有有希望的选择性曲线和类似药物的特性的TAAR1激动剂在野生型中显示出生理和抗精神病药样作用，但在TAAR1敲除小鼠中却没有。这些结果表明，αFOLD结构可以加速药物发现。
辐射肿瘤学研究务虚会，2024年5月4日，星期六，上午7:30，下午12:00
重新审查持续的同源性和经典放射线特征/探索HCC临床预测建模中的放射线整合的比较分析 - Jalen Crump