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通过ARG衍生的IBD估算进化和人口参数
从基因组序列样本中的进化和人口统计学参数推断通常是通过首先推断出相同的逐种（IBD）基因组段进行的。通过基于祖先重组图（ARG）利用有效的数据编码，我们获得了与当前方法相比的三个主要优势：（i）无需在IBD段上施加长度的阈值，（ii）IBD可以定义IBD，而无需进行无需重新组合的损失，并且（III II II II III）可以定义IBD，并且（III II II II II III），并且（III II II III）可以进行统计学上的损失。一组序列对，与样本量线性缩放。我们首先在模拟数据中获得真实的IBD信息时首先演示有力的推论。对于从真实数据推断出的IBD，我们提出了近似贝叶斯计算推理算法，并使用它表明即使是较差的短IBD段也可以改善估计。我们的突变估计量估计器与以前发布的方法相似，尽管用于推断的数据降低了4000倍，我们发现了人类种群之间的显着差异。计算成本限制在我们的方法中模型的复杂性，但是我们能够结合未知的不明智参数和模型错误指定，仍然可以找到改进的参数推断。
我们如何改善IBD临床护理的碳足迹？
引言气候变化对公共卫生构成了重大威胁。1国家卫生服务局（NHS）是英国最大的公共绿色房屋贡献者，据估计占英国所有环境排放的5.9％。1 2这意味着我们作为医疗保健提供者的行动可能会产生巨大影响，而92％的英国公众认为，对于卫生系统的运作更加可持续性很重要。3 NHS已承诺到2040年净碳（CO2）净零，而24％的碳排放来自直接患者护理，而工作人员，患者或访客旅行的10％来自我们可以帮助实现这一目标的多种途径。1个炎症性肠道疾病（IBD）是需要终身护理的慢性疾病，并通过调查，住院，门诊就诊，内窥镜和药物造成了重大的财务和环境负担。在进一步的情况下，英国估计有50万名IBD患者。4
炎症性肠病（IBD）的定量系统药理学（QSP）模型
•基于机械，多阶层，数学模型，包括血液和肠道中的关键生物学机制，细胞分化，细胞因子产生和临床生物标志物（Rogers等人2021。https://doi.org/10.1111/cts.12849）•使用相同的基本生物学机制模拟CD和UC
早期诊断、早期分层、早期干预，实现 IBD 精准医疗
来自 * 英国剑桥大学医院 NHS 信托阿登布鲁克医院胃肠病学部 † 英国伦敦大学学院医学研究委员会临床试验部 ‡ 葡萄牙维塞乌 3504-509 Tondela-Viseu 医院中心维塞乌科胃肠病学部 § 法国圣艾蒂安医学院圣艾蒂安大学医院免疫学部，CIC INSERM 1408 ¶ 法国圣艾蒂安圣艾蒂安大学医院胃肠病学部 ‖ 以上作者贡献相同。联系方式：Nurulamin Noor 博士，英国剑桥大学医院 NHS 信托阿登布鲁克医院胃肠病学部（noorn@doctors.org.uk）。尽管在理解 IBD 的分子基础方面取得了巨大进展，但临床管理仍然依赖于“反复试验”的方法。此外，治疗上限已经出现，即使最有效的干预措施也仅对大约 30% 的患者有益。因此，已经开发了几种工具来帮助分层和指导治疗决策。我们回顾了许多这些精准医疗方法的潜在应用，这些方法现在几乎触手可及。我们强调了早期行动（避免不作为）的重要性，以确保患者获得最佳结果，以及如何将早期行动与精准工具相结合，以确保在正确的时间和地点为每个患有 IBD 的人提供正确的治疗。尽管精准医疗被大肆宣传和投入，但迄今为止它缺乏临床影响，应该认识到临床转化可能需要很长时间，许多有希望的突破可能在不久的将来就可以投入临床实施。我们讨论了一些临床应用尚待克服的挑战和障碍。我们还强调，早期识别、早期诊断、早期分层和早期干预与精准医疗工具密不可分。这些方法的结合为最终实现 IBD 精准医疗的承诺提供了最大的机会。关键词：精准医疗、分层医疗、生物标志物、早期诊断、早期干预
IBD相关脊椎关节炎的抑制剂
对环境的不完整知识导致代理在不确定性下做出决定。强化学习（RL）的主要困境之一，即自主代理在做出决策时必须平衡两个对比需求的是：利用当前对环境的知识以最大程度地提高累积奖励，并探索允许环境知识的行动，希望提高环境的知识，希望带来更高的奖励价值（探索奖励价值（Exploritation-explotitation-explotitation-explopolitation-opploplotiting-offriatition-offlotiting-trifcount）。同时，另一个相关问题指的是各州的全部观察性，这在所有申请中都可能不假定。例如，当2D图像被视为用于在3D模拟环境中找到最佳动作的RL方法中的输入时。在这项工作中，我们通过部署和测试几种技术来解决这些问题，以平衡探索和剥削的权衡，以在自主驾驶场景中预测转向车轮的部分可观察到的系统。更确切地说，最终的目的是研究使用自适应和确定性探索策略以及深层复发Q-NETWORK的影响。此外，我们改编并评估了修改后的二次损失函数的影响，以改善基础卷积复发性神经网络的学习阶段。我们表明，自适应方法可以更好地近似探索和剥削之间的权衡，而且通常，SoftMax和Max-Boltzmann策略的表现优于绿化技术。
研究论文通过生物信息学和实验测定法探索IBD和牛皮癣的共享诊断基因
背景：炎症性肠病（IBD）是一种影响肠道的持续性，非特异性炎症。牛皮癣是皮肤的长期炎症性疾病。IBD和牛皮癣之间存在合并症的相关性，但是合并症的特定发病机理尚不清楚。材料和方法：在这项研究中，我们分析了来自基因表达综合（GEO）数据库的数据集，并通过差异表达分析和加权基因共表达网络分析（WGCNA）鉴定了IBD和牛皮癣的共享基因。然后，应用三种机器学习算法来识别共享的诊断基因。接下来，用ROC曲线评估了共享诊断基因的验证，并确定了AUC。随后，进行了单个样品基因集富集分析（SSGSEA）和免疫浸润分析。此外，我们在药物签名数据库（DSIGDB）中获得了潜在的药物，例如Coremine数据库中的7种传统中药，这可能会对IBD和牛皮癣的合并症具有治疗作用。最后，我们通过RT-PCR，Western印迹和免疫组织化学（IHC）方法证实了结肠炎和牛皮癣小鼠组织中共有诊断基因的表达。结果：结果表明，AQP9的两种疾病具有最高的诊断值。AQP9的AUC值为UC的AUC值为93.681％，CD的AUC值为89.629％，在内部验证数据集中，牛皮癣的AUC值为78.689％。在外部验证数据集中，AQP9的AUC值为UC的AUC值为90.394％，CD的AUC值为93.909％，牛皮癣的AUC值为90.909％，为82.906％。免疫浸润分析和SSGSEA表明，AQP9可能通过参与NF-kappab信号通路并调节免疫细胞分化来影响IBD和牛皮癣的疾病过程。此外，与对照组相比，AQP9的表达水平始终验证，在IBD中显示上调和牛皮癣下调。结论：这项研究揭示了IBD和牛皮癣合并症的共享诊断基因和潜在机制，为探索合并症机制和治疗目标的未来研究提供了新的方向。
在 SARS-CoV-2 大流行的 Omicron 浪潮期间，接受英夫利昔单抗治疗的 IBD 患者出现疫苗逃逸、突破和再感染增加
摘要 目的 抗肿瘤坏死因子 (TNF) 药物会削弱接种 SARS-CoV-2 疫苗后的血清学反应。我们试图评估第三剂信使 RNA (mRNA) 疫苗是否能显著增强接受英夫利昔单抗治疗的 IBD 患者的抗 SARS-CoV-2 抗体反应和保护性免疫。设计 在生物疗法对 SARS-CoV-2 感染和免疫的影响 (CLARITY) IBD 研究中，比较了接受英夫利昔单抗治疗的 IBD 患者中第三剂疫苗诱导的抗 SARS-CoV-2 刺突 (抗 S) 受体结合域 (RBD) 抗体反应、突破性 SARS-CoV-2 感染、再感染和持续性口咽携带者与接受维多珠单抗治疗的参考队列。结果 接种第三剂 mRNA 疫苗后，两组的抗 S RBD 抗体浓度几何平均数 (SD) 均增加。然而，无论前两剂基础疫苗是 ChAdOx1 nCoV-19（1856 U/mL (5.2) vs 10 728 U/mL (3.1), p<0.0001）还是 BNT162b2 疫苗（2164 U/mL (4.1) vs 15 116 U/mL (3.4), p<0.0001），接受英夫利昔单抗治疗的患者的抗体浓度均低于接受维多珠单抗治疗的患者的抗体浓度。然而，无论接受何种基础疫苗组合，在第三剂和第四剂 mRNA 疫苗接种后，抗 S RBD 抗体浓度均无差异。接种第三剂疫苗后，接受英夫利昔单抗治疗的患者的抗 S RBD 抗体半衰期估计值短于接受维多珠单抗治疗的患者（37.0 天（95% CI 35.6 至 38.6）vs 52.0 天（95% CI 49.0 至 55.4），p<0.0001）。与接受维多珠单抗治疗的患者相比，接受英夫利昔单抗治疗的患者更有可能出现 SARS-CoV-2 突破性感染（HR 2.23（95% CI 1.46 至 3.38），p=0.00018）和再感染（HR 2.10（95% CI 1.31 至 3.35），p=0.0019），但这种影响与第三剂疫苗抗 S RBD 抗体浓度无关。再感染主要发生在 Omicron 浪潮期间，并由 SARS-CoV-2
摘要简介原发性硬化性胆管炎（PSC）是炎症性肠病（IBD）的经典肝胆管表现。 Stron
摘要简介原发性硬化性胆管炎（PSC）是炎症性肠病（IBD）的经典肝胆管表现。肠炎与肝脏炎症之间的牢固关联驱动了一些病原假设，提出了肠道微生物组的贡献。PSC和IBD中粪便微生物群移植（FMT）的初步研究被证明是安全的，并且与肠道细菌多样性的增加有关。然而，尚未研究这种变化的寿命以及对疾病活动和疾病进展标记的影响。该临床试验的目的是确定重复的FMT作为PSC-IBD的治疗方法。方法和分析在原发性硬化性胆管炎（FARGO）中的粪便菌群移植是一项IIA期随机安慰剂对照试验，用于评估FMT反复施用FMT患者的疗效和安全性。将从英格兰的六个地点招募58名患者，并在主动FMT或FMT安慰剂组之间以1：1的比例随机分配。fmt将由伯明翰大学微生物组治疗中心生产，使用严格筛选的健康供体收集的粪便。将总共进行8次每周治疗；首次通过结肠镜管理（第1周），其余七个通过每周一次的灌肠（直到第8周）。将在第一次治疗访问开始的第48周以12周的基础上遵循参与者。主要的疗效结果将是确定FMT随着时间的推移（研究结束在48周的结束）对血清碱性磷酸酶值的影响。关键的次要结果将是评估FMT对肝纤维化的其他肝脏生物化学参数，PSC风险评分，循环和成像标记，健康相关的生活质量度量，IBD活性以及与PSC相关的临床事件的发生率。关键的翻译目标将是识别与FMT给药相关的粘膜元基因组，元转录，代谢组和免疫学途径。
饮食模式和肠道菌群：炎症性肠病的关键参与者
人们普遍认为，饮食和肠道菌群与炎症性肠病（IBD）的发生和进展密切相关，但是饮食模式与IBD肠道菌群之间相互作用的影响尚未得到很好的阐明。在本文中，我们旨在探讨饮食模式，肠道菌群和IBD之间的复杂关系。我们首先全面总结了与IBD相关的饮食模式，并发现饮食模式可以通过各种信号通路（包括Rapamycin（MTOR）靶标（MTOR）靶标的IBD的发生和进展，有丝分裂原激活的蛋白质激活的蛋白激酶（MAPKS），信号转移量，N NF型和激活的3（ 此外，此外，肠道菌群在IBD的进展中发挥了至关重要的作用，这可以影响IBD易感基因的表达，例如双氧化酶2（DUOX2）和apOA-1，肠道屏障（尤其是紧密连接蛋白的表达）（尤其是肠道），尤其是免疫功能）代谢，特别是SCFA，胆汁酸（BAS）和色氨酸代谢。 最后，我们审查了IBD中饮食模式与肠道菌群之间相互作用的当前知识，发现饮食模式调节了IBD的发作和进展，这部分归因于肠道肠道菌群的调节（尤其是SCFAS产生的细菌和埃希氏菌）。 粪便藻菌作为IBD的“微生物标志物”，可以用作减轻IBD的饮食干预措施的目标。 Adv Nutr 2022; 13：1628–1651。此外，肠道菌群在IBD的进展中发挥了至关重要的作用，这可以影响IBD易感基因的表达，例如双氧化酶2（DUOX2）和apOA-1，肠道屏障（尤其是紧密连接蛋白的表达）（尤其是肠道），尤其是免疫功能）代谢，特别是SCFA，胆汁酸（BAS）和色氨酸代谢。最后，我们审查了IBD中饮食模式与肠道菌群之间相互作用的当前知识，发现饮食模式调节了IBD的发作和进展，这部分归因于肠道肠道菌群的调节（尤其是SCFAS产生的细菌和埃希氏菌）。粪便藻菌作为IBD的“微生物标志物”，可以用作减轻IBD的饮食干预措施的目标。Adv Nutr 2022; 13：1628–1651。对饮食摄入量，肠道菌群和IBD之间的相互作用的全面了解将促进基于IBD中肠道菌群的调节，并加快IBD精确营养干预措施的时代。
第二方意见 Nacional Financiera SNC、IBD (NAFIN) 可持续发展债券框架
1 可持续债券指南、绿色债券原则和社会债券原则由国际资本市场协会管理，可在 https://www.icmagroup.org/green-social-and-sustainability-bonds/sustainability-bond-guidelines-sbg/ 上查阅 2 Nacional Financiera SNC, IBD (NAFIN) 可持续债券框架可在 Nacional Financiera SNC, IBD (NAFIN) 网站上查阅：https://www.nafin.com 3 在运营服务于各种客户类型的多种业务线时，客观研究是 Sustainalytics 的基石，确保分析师独立性对于进行客观、可操作的研究至关重要。因此，Sustainalytics 建立了一个强大的冲突管理框架，专门解决分析师独立性、流程一致性、商业和研究（和参与）团队的结构分离、数据保护和系统分离的需求。最后但并非最不重要的是，分析师薪酬与特定商业结果没有直接关系。 Sustainalytics 的标志之一是诚信，另一个是透明度。