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真核ITS和rRNA扩增子的全长HIFI测序
与简短的读数相比，覆盖范围仅限于ITS1或ITS2区域，HIFI读取的读数涵盖了全真菌其区域的全长。这包含800 bp，如果包括18s和/或28S基因以跨越操纵子，则可以提供约5 kb的扩增子。以及更保守的rRNA基因，这些区域允许在物种水平上降低序列相似性和更高分辨率的分类信息（Tedersoo等，2018； Tedersoo等人，2021年，图2）。除了产生更高的分类价值外，HIFI全长扩增子测序的成本与短阅读的部分扩增子测序相当。在本申请注释中，我们提供了从复杂社区DNA样品中扩增全长真核ITS和rRNA区域的一般指导。
瑞典蜂蜜中的乳酸细菌在美国fulbrood爆发期间
J.，Grochowalski，。，Strapagiel，D.，Gnat，S.，Załuski，D.，Gancarz，M.，Rusinek，R.，Krutmuang，P.，MartínHernánandez，R.对来自真菌和植物的细菌及其2个区域的可变16S rRNA的扩增子测序，使蜜蜂对疾病的易感性重新易感性，这是由于其在人为景观下的饲料可用性而引起的。病原体，10，381。https：//doi。Org/10. 3390/Patho Gens1 0030381 R Core Team。（2022）。r：用于统计计算的语言和环境。r统计计算基础。https：//www.r- proje ct。（2018）。肠道微生物组在
关于白色念珠菌引起阴道和尿路的研究...
白色念珠菌中抽象的抗真菌抗性是最有害的微生物之一，可能导致阴道和尿路炎症。为了解决这个问题，我们测试了一些天然产品对抗白色念珠菌的作用。这项研究的重点是隔离，识别，研究念珠菌对某些天然产物的流行和敏感性。在特定培养基上分离后，我们对回收的念珠菌株进行了形态学和生化鉴定。然后，我们估计了分离株对抗真菌性物质的抗真菌耐药性，以及它们对苹果醋，大蒜，薰衣草，椰子和茶树油的敏感性。我们仅获得了五十个尿液样品和阴道拭子中的十二个念珠菌。生化鉴定表明所有分离株都是念珠菌属。最抗真菌的分离株具有估计其基因。之后，六个分离物对苹果醋，茶树油，椰子油，大蒜油和薰衣草油的敏感性揭示了念珠菌对测试产品的敏感性。最后，ITS2基因测序结果证实了白色念珠菌MS24和C的鉴定。白色唱片MS44。我们的研究得出的结论是，白色念珠菌被认为是阴道和尿路炎症的最常见原因之一。此外，天然产品，尤其是茶树油和苹果醋，分别对白色念珠菌MS24和MS44具有出色的抗真菌活性。
博士计划动物和食品科学课程（如果预见）
奖学金的类型EX DM 630/2024 NGS在野生和耕种工厂中的赋予培训概况，主管Piergiorgio Stevanato主管发送电子邮件至stevanato@unipd.it项目描述背景，背景是16S和目标的Amplicon测序的应用，是支持高级繁殖和繁殖的有前途的工具。但是，我们对植物相关微生物群落的理解仍然有限。目的该项目旨在使用16S rRNA及其测序方法分析不同生长野生和栽培植物的微生物多样性的季节变化。材料和方法将使用16S rDNA多样化学测序评估细菌多样性，同时将使用其目标的扩增子测序来调查真菌群落多样性。ITS1和ITS2区域将用于分析。预期的结果将揭示使用NGS的野生和栽培植物之间的内生谱差异。以检测叶片菌群组成的变化和随着季节在不同采样时间的发展而变化的丰富度。确定影响细菌和真菌群落组成的环境和遗传因素。为植物的微生物分析提供了关键的见解，讨论对精确表型和农作物繁殖的影响。强制性实习生
哺乳动物大脑和体型的共同进化动力学
蚊子中存在的微生物及其相互作用是影响昆虫发育的关键因素。其中，沃尔巴基亚与宿主密切相关，并影响多个适应性参数。在这项研究中，来自两个实验室Culex quinquefasciatus隔离菌的细菌和真菌菌群（野生型和四环素固定）的特征是在不同的发育阶段和喂养条件下ITS2和16S RRNA基因的MetAgenome扩增子测序。我们确定了572个细菌和61个真菌OTU。两个孤立的细菌群落都呈现出可变的细菌群落和各组之间多样性分布的不同趋势。在腌制的分离线的成年人中检测到了最低的细菌丰富度，而在血液喂养的蚊子中，真菌丰富度高度降低。β多样性分析表明，隔离是分化细菌群落的重要因素。考虑组成，青霉是主要的真菌属，而沃尔巴基亚的主导地位与肠杆菌（主要是索尔塞利亚和塞拉蒂亚）成反比。这项研究提供了对蚊子微生物组的更完整概述，强调了特定的高度丰富成分，这些成分应在微生物操纵方法中应考虑以控制载体 - 传播疾病。
探索对比鲜明的热带森林，树组织和发育阶段
真菌内生菌在热带森林动力学中起着关键作用，通过生长刺激，疾病抑制，胁迫耐受性和营养动员而影响植物的影响。这项研究研究了热带植物中内生菌社区的区域，叶片发育阶段和组织类型的影响。年轻和成熟的叶子是从47种荒谬的物种中收集的，来自23种的sapwood，哥斯达黎加的高果实和瓜纳卡斯特的旧生长森林。真菌多样性和组成是通过对ITS2 nrDNA区域的质量编码进行评估的。最识别的ASV距离门comycota。diver命令是botryosphaeriales和glomerellales sig-nifimpy促进了内生构造的贡献，而无需检测到宿主特异性群落。我们观察到了各个地区的物种丰富度的显着差异，并通过β多样性确定了明显的组成。在成熟的叶组织和幼体叶组织之间没有发现统计学上的显着变化。相比之下，叶子比Sapwood表现出更丰富，更多样化的组合。随着植物在时间和空间中经历了不同的环境，我们的结果可能会因通过个体发育而改变结构和化学性质的影响。鉴于这些真菌对农业和森林生态系统的潜在影响，持续的研究对于辨别宿主，内生物和其他生态机制在明显的定殖模式中的作用至关重要。
羊栖菜属植物的抗氧化和抗菌潜力...
马尾藻是印度尼西亚古农基杜尔海岸最丰富、种类最多的大型藻类。尽管马尾藻具有抗氧化和抗菌特性，但在古农基杜尔，它作为化妆品成分的使用却有限。本研究旨在基于 DNA 条形码鉴别马尾藻并探索其抗氧化和抗菌特性。从古农基杜尔海岸收集了三种马尾藻，并通过针对核糖体内转录间隔区 2 (ITS2) 序列的 DNA 条形码进行鉴别。采用正庚烷/乙酸乙酯/乙腈/丁烷-1-醇/水溶剂的三相法进行提取。通过测试提取物对四种细菌的最低抑菌浓度 (MIC) 和其 IC 50 容量来评估提取物的生物活性。DNA 条形码鉴别出了三个确认的物种：S. oligocystum，与 S. aquifolium 密切相关；S. ilicifolium，与 S. yinggehaiense 密切相关；和 S. aquifolium ，与 S. oligocystum 和 S. megalocystum 密切相关。三相提取物的三个阶段分为：1（顶部）、2（中间）和 3（底部）。对四种微生物的 MIC 测试显示活性范围从无抑制到最小活性。使用 IC 50 对 S. ilicifolium 和 S. aquifolium 提取物进行抗氧化能力检查，得到的值范围从强到非常强。这些发现得到了 LC-MS 去重复的进一步支持，揭示了 sargachromanols A 和 Cystodione I 分子的存在。
e006284.full.pdf
抽象背景研究了肠道细菌与肝细胞癌（HCC）中对免疫检查点抑制剂（ICI）的反应之间的关联；然而，尚未完全了解ICI处理的HCC队列中的多Kingdom肠道微生物组的改变以及ICI处理的HCC队列中的相互作用。方法从2018年11月到2022年4月，预期接受了高级HCC治疗的ICI治疗的患者。在此，我们使用元基因组，IS2和80例ICI-Preated HCC患者的肠道微生物组和代谢组的肠道微生物组和代谢组进行了多振形微生物群的表征。结果我们的发现表明，耐用的临床益处（DCB）和不可耐性的临床益处（NDB）组之间的细菌和代谢产物显着差异，而真菌的差异较小。在DCB组治疗前的细菌和真菌的总体多样性高于NDB组，并且在6-8周后使用免疫疗法随着免疫疗法的使用而开始改变。We also explored the alterations of gut microbes in the DCB and NDB groups, established 18 bacterial species models as predictive biomarkers for predicting whether immunotherapy is of sustained benefit (area under the curve=75.63%), and screened two species of bacteria ( Actinomyces_sp_ICM47 , and Senegalimassilia_anaerobia ) and one metabolite （甘氨酸酮）作为预测用ICI治疗的HCC患者的预后生物标志物。我们的发现表明细菌分类群是ICI临床疗效的预测生物标志物，细菌及其代谢物作为预后生物标志物。在这项研究中得出的结论，包括肠道细菌，真菌及其代谢物在内的多象kingdom微生物群的状态和表征，首次通过ICI治疗的HCC患者进行了多组学测序。
引用了原始发表的论文（记录的版本）：Moraes Zenker，M.，Portella，T.，Pessoa，F。等（2024）。物种的低覆盖范围
蚊子（Culicidae）代表全球主要的媒介昆虫，它们还居住在世界上许多陆地和水生栖息地。DNA条形码和元法编码现在广泛用于涉及蚊子的研究和常规实践中。但是，这些方法依赖于由代表分类学凭证标本的条形码序列组成的数据库中可用的信息。在这项研究中，我们评估了主要在线数据库中蚊子的公共数据的可用性，专门针对Culicidae：COI及其2的两个最广泛使用的DNA条形码标记。此外，我们对影响物种覆盖范围的可能因素（即在线数据库中覆盖的物种的百分比）对不同国家的COI以及COI的DNA条形码间隙的出现进行检验。我们的发现显示了存储库公开可用的数据差异，Bold + GenBank的COI的分类学或物种覆盖率为28.4–30.11％，而GenBank的ITS覆盖率为12.32％。非洲，澳大利亚和东方的生物地理区域的覆盖范围最低，而近乎度，果皮和大洋洲的覆盖范围最高。新热带区域具有中间覆盖范围。通常，蚊子多样性和较高数量的医学重要物种的覆盖率较低。此外，较高数量的特有物种的国家往往具有更高的覆盖范围。我们希望这项研究可以帮助指导蚊子的区域物种清单，并为所有蚊子物种的DNA条形码提供公开可用的参考文献库。尽管我们的DNA条形码间隙分析表明，需要在数据库中可用的一半蚊子中修改物种边界，但必须收集其他数据以确认这些结果并允许解释DNA条形码间隙的发生。