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945个汉族的长阅读测序识别与
基因组结构变异（SV）是人类遗传多样性的主要来源。尽管许多研究探索了全球人群的SV多样性及其潜在影响1-3，但需要使用模型系统验证来确认报告的基因型 - 表型关联。在这里，通过长阅读的945个汉族基因组的测序，我们确定了111,288个SV，包括24.56％的未报告变体，许多人预测在功能上很重要。我们的分析揭示了汉族人群中这些SV的多方面起源，大约有24％出现在现代人类的共同祖先中。通过整合人口水平的表型，代谢和免疫学数据以及两个人性化的小鼠模型，我们证明了两种SVS的因果关系：一项SV出现在现代人类和尼安德萨省的共同祖先中表型和先天免疫。这些表型中的某些表型以前是未报告的，并且在小鼠敲除实验中是不可培养的表型。我们的结果表明，GSDMD中的SV可以用作快速且具有成本效益的预测生物标志物，用于评估多个器官损伤的GSDMD介导的凋亡，包括顺铂诱导的急性肾脏损伤。虽然最初在han中鉴定出来，但从人到小鼠的功能保护，但在包括HAN在内的非非洲人群中的积极选择的信号，以及与多种疾病风险的关联表明，这两种SV可能都会影响许多非非洲人群的局部适应性，表型多样性以及疾病的易感性。
神经影像学时间序列中的箭头 - 标识脑功能的因果触发器
图4箭头识别运动任务中的时空定位因果效应。（a）在运动任务范式中，因果效应（τ，顶部），活动（中间）和连通性（底部）的度量。范式由运动时期（左右手和脚，舌头）组成，被休息块隔开。（b）左半球大脑区域的因果效应的详细视图，显示了面板（a）（舌运动）突出显示的间隔中最强的AOT波动。正值表明该区域充当因果效应的下水道，而负值表明该区域是因果关系的来源。（c）面板（b）中四个大脑区域的可视化以及当受试者开始移动舌头时招募的假定因果途径。VIS24和PFC13之间的虚线表示，这两个区域之间的直接信息流不能仅从分析的四个区域中推断出来，并且可能涉及中间体。
遗传疾病关联的网络和途径扩展确定了成功的药物靶标
疾病关联的遗传证据经常被用作选择复杂常见疾病的药物靶标的基础。同样，已经证明通过基因或蛋白质相互作用网络传播遗传证据可以准确推断出无法观察到直接遗传证据的基因上的新型疾病关联。然而，缺乏将这些药物发现方法结合的实用性的经验检验。在这项研究中，我们研究了对648个英国Biobank GWAS的分析引起的遗传关联，并评估是否通过历史临床试验数据来衡量，成功的药物靶标是否将被鉴定为直接遗传命中的靶标富含成功的药物靶标。我们发现，由蛋白质复合物和配体 - 受体对等特定功能连接形成的蛋白质网络适用于即使是幼稚的内guin-sysosociation网络传播方法。此外，应用于全球蛋白质 - 蛋白质相互作用网络和途径数据库的更复杂的方法也成功地检索了富含临床成功药物靶标的靶标。我们得出结论，遗传证据的网络传播可用于药物靶标识别。
发育中的人皮质的元元素标识驱动细胞亚型规范的模块
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2023年9月13日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.09.12.557406 doi：Biorxiv Preprint
光活化纤维素膜 (CISCM) 上的化合物相互作用筛选可识别药物靶标
大型天然产物衍生分子，无法通过合成获得或处理。对于激酶靶标，另一种方法建立在对多种细胞激酶具有广泛特异性的亲和珠上。使用这些珠子与不同浓度的游离目标激酶抑制剂竞争可以实现靶标 ID。[6,7] 这种方法的一个缺点是它仅限于激酶抑制剂。较新的蛋白质组学方法，如热蛋白质组分析 (TPP) 和有限蛋白水解-小分子图谱 (LiP-SMap) 不需要化合物标记或固定。[8,9] 然而，这些方法需要对蛋白质组样本进行深度表征，因此需要较长的质谱测量时间。因此，基于 TPP 和 LiP-SMap 的靶标 ID 研究通常仅限于单一化合物。无向光交联是一种将小分子固定在亲和基质上的有吸引力的替代方法。 [10–14] 光交联反应具有化学和位点非选择性，因此无需事先衍生化即可为每个小分子分配不同的标记产物。这使得可以同时并行地以阵列形式固定多个小分子。这种阵列可以用单个标记蛋白质（分离的或全细胞蛋白质提取物）进行探测，以评估其与多个小分子（多种化合物，一种候选靶蛋白）的相互作用。[15] 光固定化小分子还可用于在全细胞蛋白质提取物中寻找相互作用伙伴，然后进行无偏靶标鉴定。[16–18] 然而，由于区分特定靶标蛋白质和非特定污染物具有挑战性，因此此类靶标鉴定实验迄今为止仅限于单一化合物（一种化合物，多种靶标蛋白质）。据我们所知，尚未描述无定向光交联用于并行高通量鉴定多种化合物（多种化合物，多种候选靶标蛋白质）的靶标。定量亲和纯化与质谱联用（q-AP-MS）利用定量来区分特定
kinome分析将MARK3和STK10识别为紫veal黑色素瘤的潜在治疗靶标
杰斐逊数字共享将这篇文章带给您免费和开放访问。Jefferson Digital Commons是Thomas Jefferson大学教学中心（CTL）的服务。Commons是杰斐逊书籍和期刊的展示，经过同行评审的学术出版物，大学档案馆的独特历史收藏以及教学工具。Jefferson Digital Commons允许研究人员和感兴趣的读者在世界任何地方学习并与Jefferson奖学金保持最新状态。本文已被杰斐逊数字共享的授权管理员所接受，以纳入药理学，生理学和癌症生物学教师论文。有关更多信息，请联系：jeffersondigitalcommons@jefferson.edu。
neogap Therapeutics的PIOR技术确定了个性化肝癌免疫疗法的目标
关于NeoGap Therapeutics NeoGap Therapeutics是一家瑞典临床阶段生物技术公司，致力于使用患者自己的细胞开发个性化的癌症免疫疗法。该疗法基于公司的两种技术Pior®和Epitcer®。pior®是复杂的软件，它使用来自患者和机器学习算法的DNA测序数据来选择肿瘤特异性突变。然后，Epitcer®用于繁殖可以识别和攻击所选肿瘤特异性靶标的T细胞。neogap位于斯德哥尔摩的癌症中心Karolinska。要了解有关NeoGap及其尖端研究的更多信息，请访问该公司的Neogap.se网站，并在LinkedIn上关注Neogap。
在常用的枯草芽孢杆菌染色体整合中的历史序列缺失
letctin是一个哺乳动物聚糖结合蛋白的家族，与众多细胞过程的调节剂有关，包括细胞迁移，凋亡和免疫调节。该家族的几个成员，例如Galectin-1，表现出细胞表面和细胞内功能。有趣的是，lectectin-1可以在内膜系统，核或细胞质以及细胞表面中找到。对细胞隔室之间的半流量运输（包括其非常规分泌和内在化过程）的机制知之甚少。在这里，我们确定了外源乳糖素1进入细胞的途径，并探索了其作为蛋白质和siRNA疗法的递送载体的能力。我们使用了以抗体 - 药物缀合物为模型的Galectin-1-Toxin结合物作为全基因组CRISPR筛查中的选择工具。我们发现Galectin-1以聚糖依赖性的方式与内体 - 溶酶体运输受体Tortilin相互作用，从而调节Galectin-1运输到溶酶体。此外，我们表明可以利用该途径来传递功能性siRNA。这项研究阐明了lectectin-1被细胞内在化的机制，并提出了通过lectectin-1偶联的细胞内药物递送的新策略。
全基因组 CRISPR 筛选确定自噬途径的相互作用蛋白是冠状病毒的保守靶点
1 瑞士伯尔尼和米特豪森病毒学和免疫学研究所，2 瑞士伯尔尼大学兽医学院传染病和病理生物学系，3 瑞士伯尔尼大学生物医学科学研究生院，4 德国耶拿欧洲病毒生物信息学中心，5 德国波鸿鲁尔大学分子与医学病毒学系，6 瑞士伯尔尼大学兽医学院神经科学系，7 慕尼黑亥姆霍兹中心肺生物学和疾病研究所综合肺病学中心，德国肺研究中心 (DZL) 成员，8 德国慕尼黑路德维希马克西米利安大学 Max von Pettenkofer 研究所，9 德国慕尼黑感染研究中心，慕尼黑分部，10 伯尔尼大学传染病研究所， 瑞士
研究文章 CUT&RUN 识别了 Rhodotorula toruloides IFO0880 的着丝粒 DNA 区域
人们越来越多地研究将红酵母用作脂质、脂肪酸衍生物和萜类化合物的生物生产宿主。人们已经开发了各种遗传工具，但尚未报道过着丝粒和自主复制序列 (ARS)，而这两者都是维持稳定的游离质粒所必需的元素。在本研究中，使用靶标下切割并使用核酸酶释放 (CUT&RUN)（一种用于全基因组 DNA-蛋白质相互作用映射的方法）来识别与着丝粒组蛋白 H3 蛋白 Cse4（着丝粒 DNA 的标记）相关的红酵母 IFO0880 基因组区域。识别并分析了 15 个长度从 8 到 19 kb 不等的假定着丝粒，并对其中四个进行了 ARS 活性测试，但未显示 ARS 活性。这些着丝粒序列含有低于平均水平的 GC 含量，对应于转录冷点，主要是非重复的，并且共享一些残留转座子相关序列，但除此之外没有显示显著的序列保守性。未来在该酵母中识别 ARS 的努力可以利用这些着丝粒 DNA 序列来提高来自假定 ARS 元素的游离质粒的稳定性。