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药物代谢组学鉴定 3-羟基己二酸，d-...
以吉西他滨 (GEM) 为基础的化疗是治疗胰腺癌 (PC) 的标准方案。然而，化疗耐药是 PC 治疗的主要挑战。迫切需要可靠的生物标志物来预测对基于 GEM 的疗法的反应。建立了 GEM 敏感 (GEM-S) 和 GEM 抗性 (GEM-R) 胰腺癌异种移植模型，并对 GEM-S/R 荷瘤小鼠进行了 GEM 单药治疗和 GEM 加纳米颗粒白蛋白结合紫杉醇 (nab-PTX) 双药治疗。使用超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱仪对血清、肝脏和肿瘤样本进行代谢组学质谱 (MS) 分析。结果表明，GEM 单药治疗和联合治疗均显着抑制 GEM-S 亚组的肿瘤生长。但在GEM-R亚组中，GEM单药治疗对肿瘤生长的抑制作用不显著，而GEM联合治疗则显著抑制肿瘤生长。通过层次聚类分析和偏最小二乘判别分析进行代谢谱分析显示，无论是GEM单药治疗还是联合治疗，GEM-S/R亚组三类样品血清中代谢物的差异最为显著。血清样品的差异代谢物分析显示，GEM单药治疗和联合治疗的GEM-R和GEM-S亚组之间分别有38和26个差异代谢物，其中4个常见的判别代谢物为：3-羟基己二酸、
1 In Vivo CRISPR筛选识别geranylgeranyl ...
作者分支：1分子与比较病理生物学系1，手术系3，肿瘤学系3，悉尼·金梅尔综合癌症中心，乔瓦尼斯综合细胞生物学研究所5号，约翰·霍普金斯大学医学学院，马里兰州巴尔蒂莫尔，马里兰州21205 cellcemology：petney and of call of transcortational and of Translational Cell Institute of Translational Cell Institute of Translational Cell Institute of Translational Biology and Cellsogy：Petne and Celters and Cell。综合癌症中心约翰·霍普金斯大学医学院725 N Wolfe St.，生理学107 Baltimore，MD 21205（443）287-5026 PETER.ESPENSHADE.ESPENSHADE@JHMI.EDU.EDU竞争利益：T.T.T.T.T.T.T.T.S。报告了Amgen Finland的咨询费，是Healthfund Finland Ltd的共同所有人兼首席执行官，临床顾问委员会成员和LS Cancer Diag Ltd的次要利益相关者。 Sol Goldman胰腺癌研究中心（PJE）；艾默生集体（PJE）；西兰花家庭基金会（RAB）；国家科学基金会DGE-1746891（CSK）;美国国立卫生研究院，T32GM007445（CSK），T32OD011089（SLM），K08CA248710（RAB）和P30CA006973。
运动训练减少了炎症反应，并促进与肠粘膜相关的林奇综合征的免疫力全基因组关联分析确定祖先 -
结果 - 全基因组的五个显着变异与二甲双胍或Glipizide反应有关。最强的关联是在rs149403252处的非洲血统特异性变体（MAF AFR] = 0.0283）与二甲双胍后访问2下的较低空腹葡萄糖（P = 1.9×10 -9）；发现载体的空腹葡萄糖降低了0.94 mmol/l。rs111770298是另一种非洲祖先特异性变体（MAF AFR = 0.0536），与对二甲双胍的反应降低有关（P = 2.4×10 -8），其中承运人的速度为0.29 mmol/L，与经历了0.15 mmol/l降低的非驾驶员相比，禁食葡萄糖增加了，而禁食的葡萄糖增加。这一发现在预防糖尿病预防计划中得到了验证，其中rs111770298与对二甲双胍的血糖反应较差有关：杂合子携带者的HBA 1C增加了0.08％，非携带者在治疗1年后HBA 1C增加了0.01％（P = 3.3×10 -3）。我们还确定了2型糖尿病相关的变异和血糖反应之间的关联，包括Zmiz1附近的2型糖尿病保护c等位基因和升高的活性胰胰素基肽1（GLP-1）（GLP-1）（p = 1.6×10-5）的关联（p = 1.6×10-5），在Increti corperipy pertans pertans pertans pertions contrestion corment corment corment corment corment corment in contrestion corpersions中的作用。
Tofersen上的靶向蛋白质组学确定候选人...
此预印本版的版权持有人于2024年4月24日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.04.22.24306165 doi：medrxiv preprint
主机多型多构型分析标识了独特的covid- ...
冠状病毒疾病2019（Covid-19）对实体器官移植受者构成了显着风险，这些受体具有非典型但特征性不佳的免疫反应对感染的特征。我们旨在通过利用具有86名移植受者的增值多中心队列来了解Covid-19的宿主免疫和微生物特征，并与172个非移植群体对照组合。我们发现，移植受者具有较高的鼻SARS-COV-2病毒丰度和病毒清除受损，抗尖峰IgG水平较低。此外，移植受者表现出降低的浆膜和过渡B细胞，并增加了衰老T细胞。血液和鼻腔转录培训表明，先天免疫信号通路的意外上调，几种促炎性血清趋化因子的水平增加。但是，移植受者中的严重疾病的特征是促炎基因和趋化因子的稳健诱导较低。一起，我们的研究揭示了固体器官移植受者中不同的免疫特征和病毒动力学改变。
Fisher 信息全面识别量子资源
引言：Fisher 信息 (FI) 在量子信息科学中起着重要的基础作用。在量子计量和传感中，它通过众所周知的量子 Cram´er-Rao 边界 [1 – 3] 决定了测量设备精度的最终极限。现有的应用包括干涉测量法 [4 – 6]、磁力测量法 [7,8]、温度测量法 [9,10]、量子照明 [11 – 13]、位移传感 [14,15] 等 [16]。至关重要的是，这些应用利用了已充分研究的非经典量子特性，如相干性 [17,18]、纠缠 [19,20] 和负准概率 [21,22]，以证明量子测量设备相对于经典测量设备的内在优越性。 FI 还被用于研究量子系统的非经典特性，如量子相干性 [23,24] 和纠缠 [25,26]。传统上，量子力学中不同的非经典性概念都是独立研究的。因此，过去开发的理论工具和物理量通常一次只能探测一个非经典特性。然而，最近的发展在提供一个统一的框架方面取得了巨大进步，不仅可以研究几种不同的非经典性概念 [27-29]，还可以研究量子系统的更一般资源 [30,31]。这导致我们发现了不仅与某一特定资源理论相关的物理任务和操作量，而且与一般环境也相关。这促使我们考虑具有普遍适用性的量，即它们保持物理上有意义的解释，同时能够在给定资源理论的物理约束内识别被认为是“非经典”或“资源丰富”的每个状态[32-40]。这类量的一个例子是稳健性度量类[41]，它们是任何量子资源的明确定义的量词，可用于量化资源在资源方面的运营优势
磷酸化蛋白质组学鉴定出 PI3K 抑制剂选择性适应性反应
本预印本的版权所有者（此版本于 2021 年 5 月 10 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.10.08.313833 doi: bioRxiv preprint
多主体优化确定癌症选择性组合疗法
组合疗法需要通过重新布线冗余途径来治疗已经对单层抗性的晚期癌症患者。由于潜在的药物组合数量，需要采用系统的方法来使用成本效益的方法来确定每个患者的安全有效组合。在这里，我们开发了一种精确的多目标优化方法，用于识别显示最大癌症选择性的成对或高阶组合。患者特异性组合的优先级是基于组合的治疗和非选择性效应所跨越的搜索空间中的帕累托优化。我们在BRAF-V600E黑色素瘤治疗中证明了该方法的表现，在那里，Optimal Solutions预测了vemurafenib批准的vemurafenib的许多共同抑制伙伴，Vemurafenib是一种选择性的BRAF-V600E抑制剂，批准了晚期黑色素瘤。我们通过实验验证了BRAF-V600E黑色素瘤细胞系中的许多预测，结果表明，通过使用成对和第三阶药物组合的MAPK/ERK和其他补偿途径组合，通过将MAPK/ERK和其他补偿途径组合进行组合来改善BRAF-V600E黑色素瘤细胞的选择性抑制。我们的机理 - 不足的优化方法广泛适用于各种癌症类型，它仅作为对成对药物组合的子集的输入测量，而无需目标信息或基因组谱。此类数据驱动的方法可能对超出癌症遗传依赖性范式的功能精度肿瘤应用有用，以优化癌症选择性的组合治疗。
对 1350 例神经内分泌肿瘤进行分析可识别出多种...
结果：总体而言，在 1350 例病例中，有 1295 例 (96%) 被确认存在药物治疗相关改变。在 149/243 例胰腺病例 (61%) 和 488/1015 (48%) 非胰腺 NET 中发现 MGMT 表达低或缺失 (IHC 为 0 或 1+)，MGMT 是烷化剂敏感性的生物标志物。在 927/1193 例 NET (78%) 中发现 RRM1 是吉西他滨敏感性的生物标志物，RRM1 表达低或缺失 (IHC 为 0 或 1+)，在 950/1187 例 NET (80%) 中发现胸苷合酶 TS 是氟嘧啶敏感性的生物标志物，TS 表达低或缺失。肿瘤测序表明，BRAF（6/446（3 例为 V600E、2 例为 G596R、1 例为 K601E）、CTNNB1（3/223）、KIT（4/357）、EGFR（1/245）、FGFR2（2/224）、GNAS（1/224）、HRAS（2/192）、PIK3CA（10/418）、RB1（4/222）VHL（2/203）、KRAS（23/472）、NRAS（2/349）和 APC（14/224）存在致癌突变，EGFR（46/688）和 MET（4/306）存在扩增。在有记录的病例中，以基于机制的生物标志物为指导的治疗产生了持久的反应：一例患有 KIT 突变的转移性 NET 患者对伊马替尼治疗后部分缓解（PR）>1 年，对于 MGMT 低 / TS 低的患者，则使用链脲佐菌素或替莫唑胺加氟嘧啶化疗进行治疗，从而支持 NET 靶标分析的临床相关性。结论：尽管单个生物标志物的频率较低，但对大量 NET（n=1350）进行全面的多平台分析，在 90% 以上的患者中确定了临床相关靶标。鉴于 NET 化疗的使用率越来越高，我们的研究结果为未来临床试验评估基于生物标志物的 NET 治疗的疗效提供了基础。
系统方法识别 HPV 的关键调节因子 - ...
图 1：(a) HPV 阳性和 HPV 阴性癌症患者第一疗程治疗后的临床结果比较。(b) 饼图显示 HPV 阳性和 HPV 阴性癌症患者第一疗程治疗后的生命体征。(c) 癌症样本中 HPV 亚型的频率。颜色显示 HPV 病毒 DNA 整合到宿主基因组中的样本的分布。(d) HPV 阳性宫颈癌患者不同年龄类别肿瘤的 HPV 亚型分布。(e) HPV 阳性癌症中测量的标准化 E6 剪接 mRNA 转录本与标准化 E6 未剪接 mRNA 转录本之间的 Pearson 线性相关性。HPV 亚型 18 和 16 的回归线分别绘制。标记形状显示基于主要 HPV 病毒 DNA 整合到宿主基因组的标记。 (f) E6 未剪接标准化计数 E6 与 E6 剪接标准化计数。颜色显示有关 HPV 亚型的详细信息。标记大小显示受感染患者总生存期（以月为单位）的详细信息。标记标有总生存期。