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无反应患者的大脑活动保存识别MCS Star
目的：床边无反应的脑损伤患者（即，营养状态/无反应性的觉醒综合征 - VS/UWS）可能会表现出与最低意识状态（MCS）中患者相似的大脑活动。这种特殊的条件被称为“非行为MCS”或“ MCS *”。在本研究中，我们旨在研究MCS *患者的大脑特征和潜在的大脑特征。方法：脑18 F-氟脱氧葡萄糖正电子发射断层扫描（FDG-PET）是在长期VS/UWS（n = 48）或MC（n = 87）中诊断出的135名脑损伤患者（fdg-pet）。从现有的数据库中，额叶网络中的相对代谢前景（用标准化摄取值测量）由三名专家进行视觉检查。额叶网络缺乏代谢的患者被标记为“ VS/UWS”，而其（部分）保留的患者要么确认了“ MCS”的行为诊断，要么在没有意识的行为迹象的情况下，表明对“ MCS *”的诊断表明。在1年随访，功能连通性，灰质萎缩和区域脑代谢模式的临床结果（VS/UWS，MCS *和MCS）中进行了研究。结果：67％的行为与/UWS呈现了脑代谢的部分保存（即MCS *）。与VS/UWS患者相比，MCS *患者表现出更好的结果，全球功能连通性和灰质的前景与MCS的诊断更兼容。与MCS患者相比， MCS *患者在后脑区域中呈现较低的脑代谢。 Ann Neurol 2021; 00：1 - 12MCS *患者在后脑区域中呈现较低的脑代谢。Ann Neurol 2021; 00：1 - 12解释：MCS *是一种常见现象，与诊断VS/UWS的诊断相比，与更好的预后和更好的大脑保存相关。在做出医疗决定之前，应向所有反应迟钝的患者提供互补考试。
阿尔茨海默氏病的组蛋白全乙酰基组的关联研究1
控制i）Eno2的模型：r = 0.99，p <1.00e -50; ii）olig2：r = 0.99，p <1.00e -50; iii）157
CIBRA识别具有对肿瘤生物学影响的基因组改变
1个生物信息学科，计算机科学系，荷兰弗里杰大学阿姆斯特丹，阿姆斯特丹，荷兰2转化胃肠道肿瘤学小组，荷兰荷兰癌症研究所病理学系，荷兰荷兰3 AI技术小组，荷兰3 AI技术小组，信息和计算机科学系，荷兰3 AI技术。作者。荷兰癌症研究所病理学系的转化胃肠道肿瘤学小组，荷兰Plesmanlaan 121，1066CX，荷兰。电话：（31）20 512 9111;电子邮件：r.fijneman@nki.nl（R.J.A.F）;荷兰海德堡大学8，3584c utrecht的乌得勒支大学生物学系计算与信息科学系。 电话：（31）641240127;电子邮件：s.abeln@uu.nl（S.A.）电话：（31）20 512 9111;电子邮件：r.fijneman@nki.nl（R.J.A.F）;荷兰海德堡大学8，3584c utrecht的乌得勒支大学生物学系计算与信息科学系。电话：（31）641240127;电子邮件：s.abeln@uu.nl（S.A.）
机器学习驱动的糖蛋白质组学分析标识了新型糖尿病相关的糖基化生物标志物
糖基化在包括糖尿病在内的蛋白质功能和疾病进展中起着至关重要的作用。这项研究进行了全面的糖蛋白分析，比较了健康的志愿者（HV）和DM样品，并鉴定出19,374肽和2,113种蛋白质，其中11104种是糖基化的。总共将287种不同的聚糖映射到3,722个糖基化的肽，揭示了HV和DM样品之间糖基化模式的显着差异。统计分析确定了29个显着改变糖基化位点，在DM中上调了23个，在DM中下调了6个。值得注意的是，在DM中，在Prosaposin的位置215处的Glycan HexNAC（2）Hex（2）FUC（1）在DM中显着上调，标志着其首次报道的与糖尿病的关联。机器学习模型，尤其是支持向量机（SVM）和广义线性模型（GLM），在基于糖基化特征（Glycans，糖基化蛋白质和糖基化位点）区分HV和DM样品时，可以在区分HV和DM样品时获得高分类精度（〜92％：96％）。这些发现表明，改变的糖基化模式可能是糖尿病相关病理生理和治疗靶向的潜在生物标志物。
CRISPR/CAS9介导的屏幕确定早期浆细胞分化的决定因素
Results: Among known genes whose deletion preferentially or mostly affected plasmablast formation were the transcription factors Prdm1 (BLIMP1), Irf4 and Pou2af1 (OBF-1), and the Ern1 gene encoding IRE1a, while deletion of XBP1, the transcriptional master regulator that speci fi es the expansion of the secretory program in plasma cells, had no effect.由ERN1缺失引起的缺陷浆形形成无法通过XBP1的活跃的，拼接的形式来挽救其处理取决于IRE1A的下游和下游，这表明在早期的血浆细胞分化中，IRE1A在XBP1独立于XBP1独立于XBP1。此外，我们刚鉴定出涉及NF-KB信号传导（NFKBIA），囊泡Traffiffiffiffiking（ARF4，PERB）和表观遗传调节剂的几个基因，这些基因构成了NURD COMPLEX（HDAC1，MTA2，MBD2）的一部分。ARF4的缺失，ARF4是Copi囊泡形成所需的小GTPase，浆膜形成受损和抗体分泌阻塞。HDAC1缺失后，浆质分化始终降低约50％，而密切相关的HDAC2基因的缺失无效。HDAC1敲除导致控制浆细胞与B细胞身份的拮抗转录因子的强烈扰动蛋白表达（通过降低IRF4和Blimp1以及增加Bach2和Pax5）。
全基因组测序可识别常见和罕见的结构变异，有助于
Marsha M. Wheeler* 1, Adrienne M. Stilp* 2 , Shuquan Rao* 3 , Bjarni V. Halldórsson 4,5 , Doruk Beyter 4 , Jia Wen 6 , Anna V. Mikhaylova 2 , Caitlin P. McHugh 2 , John Lane 7 , Zhi Gof field , M. Jio 8 . Jun 9 , Fritz J. Sedlazeck 10 , Ginger Metcalf 10 , Yao Yao 3 , Joshua B. Bis 11 , Nathalie Chami 12 , Paul S. de Vries 13 , Pinkal Desai 14 , James S. Floyd 11 , Yan Gao 15 , Kim Kammer 16 , Young-Young Moon 18 , Aakrosh Ratan 19 , Lisa R. Yanek 16 , Laura Almasy 20 , Lewis C. Becker 16 , John Blangero 21 , Michael H. Cho 17 , Joanne E. Curran 21 , Myriam Fornage 22 , Robert C. Kaplan 18 , Jos. Loos 22 , Ruth P. Hua . xton D. Mitchell 23 , Alanna C. Morrison 13 , Michael Preuss 12 , Bruce M. Psaty 11 , Stephen S. Rich 19 , Jerome I. Rotter 24 , Hua Tang 25 , Russell P. Tracy 26 , Eric Boerwinkle 13 , Abeca Smith , Albert V. Smith , 27 . 27 , Andrew D. Johnson 28 , Rasika A. Mathias 16 , Deborah A. Nickerson 1 , Matthew P. Conomos 2 , Yun Li 6 , NHLBI Trans-Omics for Precision Medicine (TOPMed) Consortium, Unnur Þorsteinsdóttir 4,29 , Magnússon , Stefansson , 24 9 , Nathan D. Pankratz* 7 , Daniel E. Bauer* 3 , Paul L. Auer** 30 , Alex P. Reiner** 31
综合多组学数据分析确定了 IRF4 的新型遗传风险基因
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证 它是永久可用的。 是作者/资助者，已授予 medRxiv 许可以显示预印本（未经同行评审认证）预印本 此版本的版权所有者于 2021 年 11 月 21 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.11.17.21266500 doi：medRxiv 预印本
全基因组CRISPR激活屏幕确定SARS-COV-2条目的候选受体
由SARS-COV-2引起的2019年冠状病毒疾病爆发（Covid-19）造成了全球健康危机。SARS-COV-2感染已知受体ACE2低或几乎不存在的组织种类，表明存在替代病毒进入途径。在这里，我们进行了全基因组的条形码 - 脆性筛查，以识别能够使SARS-COV-2感染的新型宿主因子。超过已知的宿主蛋白，即ACE2，TMPRSS2和NRP1，我们确定了多个宿主成分，其中LDLRAD3，TMEM30A和CLEC4G被证实为SARS-COV-2的功能受体。所有这些膜蛋白都直接与Spike的N末端结构域（NTD）结合。在神经元或肝细胞中已经确认了它们的必不可少的生理作用。尤其是LDLRAD3和CLEC4G以与ACE2无关的方式介导SARS-COV-2进入和感染。新型受体和进入机制的识别可以提高我们对SARS-COV-2的多机器人对流的理解，并可能阐明Covid-19-19的对策的发展。
全基因组 CRISPR 筛选确定 TLR3 信号通路的调控因子
摘要 TLR 的一个子集专门通过对内体进行核酸检测来检测进入的病原体。其中，TLR3 感知内体中双链 RNA 的异常存在，并通过激活 NF- j B 和 IRF3 启动强大的先天免疫反应。然而，控制 TLR3 调节的机制仍然不甚明了。为了确定参与 TLR3 通路的新分子参与者，我们使用 CRISPR/Cas9 技术进行了全基因组筛选。我们生成了携带 NF- j B 反应启动子的 TLR3 + 报告细胞，该启动子控制 GFP 表达。接下来用单向导 RNA (sgRNA) 文库转导细胞，用 poly(I:C) 进行连续刺激，并对 GFP 阴性细胞进行分类。通过深度测序估计的 sgRNA 富集确定了 TLR3 诱导的 NF-j B 激活所需的基因。在这些基因中，通过筛选确定了五个已知与 TLR3 通路密切相关的基因，包括 TLR3 本身和伴侣 UNC93B1，从而验证了我们的策略。我们进一步研究了前 40 个基因，并重点研究了转录因子芳烃受体 (AhR)。AhR 的消耗对 TLR3 反应有双重影响，消除了 IL-8 的产生并增强了 IP-10 的释放。此外，在暴露于 poly(I:C) 的原代人巨噬细胞中，AhR 激活增强了 IL-8 并减少了 IP-10 的释放。总体而言，这些结果表明 AhR 在 TLR3 细胞先天免疫反应中发挥作用。
全基因组 CRISPR 激活筛选可识别 SARS-CoV-2 进入的新受体
未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者（此版本于 2021 年 4 月 9 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.04.08.438924 doi：bioRxiv preprint